# TARGET T0590 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0590.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1824 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.166 0.351 0.280 0.104 0.037 0.037 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 2 N 0.067 0.232 0.281 0.067 0.050 0.186 0.022 0.003 0.088 0.004 0.001 3 A 0.566 0.076 0.125 0.162 0.025 0.014 0.007 0.008 0.010 0.006 0.001 4 R 0.636 0.069 0.081 0.162 0.009 0.012 0.007 0.003 0.018 0.003 0.001 5 D 0.255 0.025 0.076 0.468 0.013 0.013 0.118 0.011 0.010 0.011 0.001 6 N 0.028 0.011 0.033 0.084 0.030 0.009 0.522 0.267 0.004 0.011 0.001 7 K 0.065 0.461 0.261 0.104 0.041 0.028 0.013 0.002 0.025 0.001 0.001 8 F 0.022 0.261 0.613 0.005 0.014 0.070 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 9 N 0.304 0.300 0.043 0.290 0.037 0.014 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 10 T 0.007 0.637 0.037 0.008 0.304 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 11 W 0.021 0.757 0.084 0.016 0.080 0.015 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 12 N 0.030 0.628 0.100 0.021 0.130 0.029 0.006 0.001 0.053 0.002 0.001 13 D 0.178 0.289 0.164 0.094 0.156 0.047 0.027 0.007 0.026 0.011 0.001 14 S 0.184 0.280 0.193 0.181 0.077 0.034 0.015 0.007 0.023 0.005 0.001 15 R 0.169 0.240 0.202 0.239 0.055 0.016 0.039 0.005 0.030 0.005 0.001 16 G 0.086 0.019 0.073 0.026 0.076 0.005 0.063 0.211 0.003 0.437 0.001 17 N 0.193 0.102 0.140 0.370 0.033 0.049 0.068 0.007 0.032 0.004 0.002 18 Y 0.168 0.094 0.207 0.166 0.110 0.026 0.121 0.062 0.016 0.029 0.002 19 W 0.193 0.249 0.352 0.104 0.047 0.030 0.006 0.003 0.011 0.002 0.003 20 S 0.175 0.379 0.197 0.094 0.107 0.017 0.005 0.003 0.015 0.008 0.001 21 D 0.134 0.263 0.320 0.084 0.100 0.050 0.014 0.005 0.024 0.004 0.001 22 Y 0.234 0.321 0.128 0.190 0.057 0.027 0.008 0.003 0.029 0.002 0.001 23 E 0.129 0.225 0.205 0.208 0.112 0.023 0.043 0.009 0.035 0.009 0.001 24 G 0.095 0.050 0.178 0.068 0.166 0.009 0.048 0.234 0.005 0.145 0.003 25 S 0.142 0.323 0.327 0.074 0.067 0.021 0.007 0.003 0.030 0.006 0.001 26 D 0.210 0.099 0.371 0.154 0.047 0.050 0.026 0.009 0.015 0.012 0.006 27 E 0.195 0.220 0.246 0.137 0.079 0.041 0.025 0.014 0.026 0.015 0.001 28 N 0.141 0.122 0.297 0.297 0.029 0.035 0.039 0.007 0.027 0.003 0.002 29 G 0.085 0.049 0.108 0.023 0.156 0.005 0.045 0.166 0.011 0.350 0.001 30 D 0.174 0.061 0.402 0.257 0.034 0.013 0.032 0.006 0.006 0.006 0.009 31 G 0.021 0.016 0.057 0.021 0.157 0.003 0.052 0.420 0.001 0.251 0.001 32 I 0.055 0.623 0.145 0.087 0.071 0.008 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 33 G 0.023 0.273 0.134 0.042 0.422 0.008 0.016 0.015 0.013 0.054 0.001 34 D 0.009 0.558 0.241 0.013 0.153 0.016 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 35 S 0.005 0.782 0.051 0.007 0.138 0.006 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 36 A 0.003 0.801 0.107 0.003 0.062 0.012 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 37 Y 0.002 0.826 0.079 0.002 0.071 0.008 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 38 A 0.003 0.819 0.080 0.001 0.077 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 39 V 0.007 0.815 0.119 0.007 0.026 0.016 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 40 N 0.005 0.357 0.249 0.001 0.096 0.041 0.005 0.001 0.243 0.003 0.001 41 P 0.844 0.003 0.086 0.032 0.002 0.013 0.002 0.001 0.001 0.002 0.015 42 E 0.711 0.027 0.036 0.193 0.010 0.005 0.008 0.003 0.004 0.001 0.001 43 A 0.308 0.043 0.105 0.499 0.013 0.005 0.012 0.003 0.010 0.001 0.001 44 G 0.036 0.003 0.034 0.014 0.035 0.001 0.080 0.485 0.001 0.311 0.001 45 S 0.167 0.106 0.380 0.197 0.042 0.056 0.020 0.008 0.015 0.007 0.004 46 M 0.259 0.278 0.189 0.166 0.062 0.015 0.009 0.004 0.013 0.005 0.001 47 D 0.191 0.160 0.220 0.212 0.069 0.067 0.046 0.006 0.021 0.007 0.001 48 Y 0.174 0.306 0.164 0.214 0.065 0.027 0.019 0.006 0.022 0.002 0.001 49 M 0.035 0.467 0.267 0.005 0.049 0.014 0.010 0.001 0.152 0.001 0.001 50 P 0.070 0.016 0.855 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 51 L 0.120 0.475 0.245 0.058 0.043 0.036 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 52 M 0.059 0.564 0.199 0.028 0.099 0.025 0.004 0.001 0.021 0.002 0.001 53 E 0.063 0.583 0.183 0.026 0.091 0.021 0.005 0.001 0.025 0.001 0.001 54 Y 0.064 0.506 0.283 0.024 0.046 0.041 0.004 0.001 0.030 0.001 0.001 55 L 0.103 0.530 0.201 0.045 0.034 0.049 0.003 0.001 0.033 0.001 0.001 56 H 0.075 0.515 0.152 0.049 0.134 0.025 0.008 0.002 0.035 0.005 0.001 57 S 0.134 0.207 0.314 0.167 0.061 0.042 0.019 0.009 0.034 0.009 0.004 58 S 0.054 0.303 0.376 0.008 0.147 0.014 0.011 0.003 0.066 0.016 0.001 59 P 0.310 0.009 0.314 0.145 0.001 0.082 0.007 0.001 0.004 0.001 0.124 60 V 0.024 0.525 0.311 0.019 0.053 0.016 0.008 0.001 0.041 0.001 0.002 61 L 0.008 0.090 0.774 0.001 0.002 0.032 0.004 0.001 0.085 0.001 0.005 62 P 0.046 0.012 0.831 0.004 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 63 T 0.042 0.623 0.118 0.047 0.105 0.026 0.005 0.002 0.030 0.001 0.001 64 A 0.019 0.519 0.315 0.016 0.084 0.027 0.002 0.001 0.015 0.002 0.001 65 R 0.020 0.633 0.184 0.021 0.054 0.048 0.004 0.001 0.034 0.001 0.001 66 F 0.026 0.640 0.134 0.029 0.101 0.036 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 67 T 0.020 0.520 0.134 0.029 0.212 0.027 0.009 0.003 0.040 0.005 0.001 68 S 0.081 0.308 0.318 0.055 0.180 0.024 0.006 0.004 0.012 0.009 0.002 69 D 0.022 0.287 0.336 0.024 0.139 0.086 0.014 0.003 0.083 0.004 0.001 70 I 0.450 0.154 0.201 0.094 0.027 0.042 0.008 0.003 0.017 0.002 0.002 71 T 0.433 0.147 0.076 0.265 0.034 0.017 0.007 0.003 0.014 0.003 0.001 72 E 0.157 0.283 0.117 0.263 0.114 0.009 0.021 0.006 0.026 0.003 0.001 73 G 0.077 0.050 0.121 0.048 0.165 0.006 0.050 0.248 0.004 0.231 0.001 74 F 0.061 0.411 0.285 0.070 0.068 0.026 0.018 0.002 0.054 0.004 0.001 75 A 0.038 0.196 0.612 0.002 0.043 0.020 0.013 0.001 0.057 0.014 0.004 76 P 0.125 0.014 0.647 0.018 0.001 0.050 0.001 0.001 0.002 0.001 0.142 77 L 0.036 0.372 0.313 0.054 0.130 0.029 0.025 0.003 0.035 0.002 0.001 78 S 0.027 0.389 0.448 0.015 0.054 0.043 0.005 0.001 0.013 0.001 0.005 79 V 0.004 0.836 0.066 0.005 0.054 0.012 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 80 R 0.005 0.771 0.161 0.003 0.017 0.031 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 81 F 0.010 0.671 0.122 0.011 0.097 0.048 0.003 0.001 0.036 0.001 0.001 82 K 0.071 0.654 0.080 0.033 0.090 0.027 0.002 0.001 0.040 0.001 0.001 83 D 0.028 0.132 0.333 0.029 0.103 0.200 0.026 0.001 0.142 0.002 0.005 84 F 0.575 0.025 0.039 0.324 0.006 0.013 0.005 0.002 0.007 0.001 0.003 85 S 0.344 0.085 0.146 0.269 0.078 0.015 0.020 0.013 0.008 0.021 0.001 86 E 0.183 0.060 0.065 0.425 0.072 0.014 0.078 0.069 0.013 0.022 0.001 87 N 0.032 0.246 0.353 0.070 0.097 0.051 0.043 0.004 0.100 0.003 0.001 88 A 0.292 0.151 0.309 0.107 0.058 0.040 0.021 0.009 0.008 0.004 0.003 89 T 0.147 0.505 0.109 0.127 0.089 0.013 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 90 S 0.021 0.606 0.036 0.036 0.290 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 91 R 0.009 0.715 0.084 0.009 0.160 0.009 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 92 L 0.008 0.825 0.080 0.005 0.049 0.013 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 93 W 0.013 0.749 0.120 0.006 0.080 0.014 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 94 M 0.023 0.569 0.274 0.013 0.039 0.051 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 95 F 0.095 0.430 0.199 0.109 0.088 0.020 0.014 0.003 0.038 0.003 0.001 96 G 0.061 0.018 0.048 0.014 0.086 0.002 0.022 0.149 0.002 0.597 0.001 97 D 0.142 0.094 0.163 0.418 0.032 0.038 0.060 0.005 0.041 0.005 0.003 98 G 0.065 0.014 0.083 0.068 0.074 0.007 0.144 0.406 0.002 0.135 0.001 99 N 0.209 0.195 0.308 0.148 0.066 0.032 0.013 0.008 0.015 0.005 0.001 100 T 0.180 0.247 0.241 0.198 0.072 0.025 0.011 0.006 0.015 0.005 0.001 101 S 0.192 0.194 0.240 0.114 0.204 0.016 0.010 0.009 0.008 0.012 0.001 102 D 0.177 0.100 0.138 0.468 0.058 0.016 0.012 0.013 0.012 0.006 0.001 103 S 0.019 0.308 0.369 0.003 0.153 0.011 0.017 0.001 0.112 0.006 0.001 104 P 0.246 0.006 0.526 0.036 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.156 105 S 0.022 0.387 0.292 0.005 0.131 0.012 0.016 0.002 0.129 0.003 0.001 106 P 0.119 0.019 0.739 0.006 0.001 0.026 0.001 0.001 0.002 0.001 0.084 107 L 0.234 0.316 0.249 0.122 0.034 0.022 0.004 0.003 0.015 0.001 0.001 108 H 0.054 0.416 0.243 0.051 0.123 0.062 0.013 0.002 0.033 0.002 0.001 109 T 0.042 0.704 0.128 0.043 0.046 0.017 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 110 F 0.050 0.429 0.210 0.042 0.125 0.077 0.015 0.003 0.044 0.004 0.001 111 F 0.117 0.299 0.346 0.124 0.041 0.041 0.007 0.003 0.017 0.003 0.002 112 N 0.044 0.410 0.151 0.017 0.220 0.015 0.023 0.004 0.095 0.019 0.001 113 E 0.082 0.062 0.659 0.083 0.025 0.013 0.033 0.007 0.007 0.009 0.020 114 G 0.008 0.013 0.048 0.014 0.183 0.001 0.025 0.432 0.001 0.276 0.001 115 E 0.018 0.541 0.255 0.041 0.123 0.010 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 116 Y 0.001 0.760 0.133 0.003 0.070 0.011 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 117 I 0.001 0.591 0.383 0.001 0.005 0.016 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 118 V 0.001 0.848 0.091 0.001 0.024 0.013 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 119 S 0.001 0.594 0.353 0.001 0.003 0.036 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 120 L 0.001 0.821 0.121 0.001 0.019 0.016 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 121 I 0.002 0.809 0.142 0.001 0.007 0.027 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 122 V 0.003 0.745 0.166 0.002 0.020 0.038 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 123 S 0.042 0.560 0.129 0.081 0.108 0.053 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 124 N 0.008 0.159 0.347 0.017 0.153 0.181 0.011 0.001 0.120 0.004 0.001 125 E 0.720 0.005 0.007 0.254 0.001 0.004 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 126 N 0.316 0.046 0.044 0.505 0.020 0.007 0.042 0.007 0.011 0.002 0.001 127 D 0.099 0.047 0.119 0.284 0.064 0.023 0.195 0.117 0.027 0.023 0.002 128 S 0.180 0.167 0.288 0.138 0.104 0.016 0.037 0.028 0.011 0.030 0.001 129 D 0.122 0.134 0.242 0.290 0.084 0.048 0.039 0.011 0.020 0.009 0.001 130 S 0.051 0.457 0.164 0.085 0.226 0.006 0.003 0.003 0.003 0.002 0.001 131 A 0.018 0.612 0.088 0.039 0.221 0.008 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 132 S 0.005 0.697 0.120 0.006 0.162 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 133 V 0.003 0.845 0.047 0.005 0.075 0.007 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 134 T 0.004 0.485 0.461 0.001 0.014 0.024 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 135 I 0.011 0.786 0.120 0.005 0.024 0.020 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 136 R 0.018 0.338 0.545 0.009 0.014 0.040 0.004 0.001 0.029 0.001 0.001 137 A 0.142 0.225 0.343 0.030 0.127 0.017 0.021 0.027 0.012 0.054 0.001