This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA G A 2 2 NATRO P A 3 3 NATAA R A 4 4 NATAA A A 5 5 NATAA R A 6 6 NATAA D A 7 7 NATAA L A 8 8 NATAA G A 9 9 NATAA V A 10 10 NATRO P A 11 11 NATAA F A 12 12 NATAA E A 13 13 NATAA G A 14 14 NATAA T A 15 15 NATRO P A 16 16 NATAA G A 17 17 NATAA A A 18 18 NATAA L A 19 19 NATAA N A 20 20 NATAA A A 21 21 NATAA I A 22 22 NATAA T A 23 23 NATAA D A 24 24 NATAA V A 25 25 NATAA A A 26 26 NATAA G A 27 27 NATAA V A 28 28 NATAA E A 29 29 NATAA V A 30 30 NATAA G A 31 31 NATAA H A 32 32 NATAA T A 33 33 NATAA T A 34 34 NATAA V A 35 35 NATAA I A 36 36 NATAA S A 37 37 NATAA G A 38 38 NATAA D A 39 39 NATAA G A 40 40 NATAA A A 41 41 NATAA M A 42 42 NATAA V A 43 43 NATAA I A 44 44 NATAA G A 45 45 NATAA K A 46 46 NATAA G A 47 47 NATRO P A 48 48 NATAA Y A 49 49 NATAA R A 50 50 NATAA T A 51 51 NATAA G A 52 52 NATAA V A 53 53 NATAA T A 54 54 NATAA I A 55 55 NATAA I A 56 56 NATAA H A 57 57 NATRO P A 58 58 NATAA L A 59 59 NATAA G A 60 60 NATAA K A 61 61 NATAA T A 62 62 NATAA S A 63 63 NATAA L A 64 64 NATAA D A 65 65 NATAA G A 66 66 NATAA V A 67 67 NATAA A A 68 68 NATAA A A 69 69 NATAA G A 70 70 NATAA R A 71 71 NATAA A A 72 72 NATAA V A 73 73 NATAA I A 74 74 NATAA N A 75 75 NATAA G A 76 76 NATAA T A 77 77 NATAA G A 78 78 NATAA E A 79 79 NATAA W A 80 80 NATAA T A 81 81 NATAA G A 82 82 NATAA M A 83 83 NATAA H A 84 84 NATAA L A 85 85 NATAA V A 86 86 NATAA D A 87 87 NATAA E A 88 88 NATAA V A 89 89 NATAA G A 90 90 NATAA Q A 91 91 NATAA F A 92 92 NATAA L A 93 93 NATAA G A 94 94 NATRO P A 95 95 NATAA I A 96 96 NATAA A A 97 97 NATAA L A 98 98 NATAA T A 99 99 NATAA G A 100 100 NATAA T A 101 101 NATAA G A 102 102 NATAA N A 103 103 NATAA V A 104 104 NATAA G A 105 105 NATAA L A 106 106 NATAA V A 107 107 NATAA H A 108 108 NATAA Q A 109 109 NATAA S A 110 110 NATAA M A 111 111 NATAA M A 112 112 NATAA D A 113 113 NATAA W A 114 114 NATAA S A 115 115 NATAA V A 116 116 NATAA G A 117 117 NATAA K A 118 118 NATAA V A 119 119 NATRO P A 120 120 NATAA E A 121 121 NATAA E A 122 122 NATAA A A 123 123 NATAA L A 124 124 NATAA F A 125 125 NATAA S A 126 126 NATAA R A 127 127 NATAA L A 128 128 NATAA L A 129 129 NATRO P A 130 130 NATAA V A 131 131 NATAA V A 132 132 NATAA A A 133 133 NATAA E A 134 134 NATAA T A 135 135 NATAA L A 136 136 NATAA D A 137 137 NATAA N A 138 138 NATAA R A 139 139 NATAA L A 140 140 NATAA N A 141 141 NATAA D A 142 142 NATAA V A 143 143 NATAA F A 144 144 NATAA G A 145 145 NATAA H A 146 146 NATAA G A 147 147 NATAA L A 148 148 NATAA T A 149 149 NATAA R A 150 150 NATAA D A 151 151 NATAA H A 152 152 NATAA V A 153 153 NATAA F A 154 154 NATAA A A 155 155 NATAA A A 156 156 NATAA L A 157 157 NATAA D A 158 158 NATAA G A 159 159 NATAA A A 160 160 NATAA K A 161 161 NATAA G A 162 162 NATAA G A 163 163 NATRO P A 164 164 NATAA V A 165 165 NATAA A A 166 166 NATAA E A 167 167 NATAA G A 168 168 NATAA N A 169 169 NATAA V A 170 170 NATAA G A 171 171 NATAA G A 172 172 NATAA G A 173 173 NATAA T A 174 174 NATAA G A 175 175 NATAA M A 176 176 NATAA I A 177 177 NATAA A A 178 178 NATAA Y A 179 179 NATAA T A 180 180 NATAA F A 181 181 NATAA K A 182 182 NATAA G A 183 183 NATAA G A 184 184 NATAA I A 185 185 NATAA G A 186 186 NATAA T A 187 187 NATAA S A 188 188 NATAA S A 189 189 NATAA R A 190 190 NATAA V A 191 191 NATAA V A 192 192 NATAA S A 193 193 NATAA A A 194 194 NATAA G A 195 195 NATAA D A 196 196 NATAA T A 197 197 NATAA R A 198 198 NATAA Y A 199 199 NATAA T A 200 200 NATAA V A 201 201 NATAA G A 202 202 NATAA V A 203 203 NATAA L A 204 204 NATAA V A 205 205 NATAA Q A 206 206 NATAA A A 207 207 NATAA N A 208 208 NATAA H A 209 209 NATAA G A 210 210 NATAA D A 211 211 NATAA R A 212 212 NATAA N A 213 213 NATAA D A 214 214 NATAA L A 215 215 NATAA R A 216 216 NATAA I A 217 217 NATAA A A 218 218 NATAA G A 219 219 NATAA V A 220 220 NATAA Q A 221 221 NATAA I A 222 222 NATAA G A 223 223 NATAA K A 224 224 NATAA E A 225 225 NATAA I A 226 226 NATAA K A 227 227 NATAA G A 228 228 NATAA A A 229 229 NATAA W A 230 230 NATRO P A 231 231 NATAA E A 232 232 NATAA V A 233 233 NATAA N A 234 234 NATAA G A 235 235 NATAA I A 236 236 NATAA V A 237 237 NATAA A A 238 238 NATAA A A 239 239 NATAA G A 240 240 NATRO P A 241 241 NATAA D A 242 242 NATAA A A 243 243 NATAA G A 244 244 NATAA K A 245 245 NATRO P A 246 246 NATAA Q A 247 247 NATAA D A 248 248 NATAA K A 249 249 NATAA N A 250 250 NATAA S A 251 251 NATAA L A 252 252 NATAA L A 253 253 NATAA I A 254 254 NATAA V A 255 255 NATAA I A 256 256 NATAA A A 257 257 NATAA T A 258 258 NATAA D A 259 259 NATAA A A 260 260 NATRO P A 261 261 NATAA L A 262 262 NATAA M A 263 263 NATRO P A 264 264 NATAA H A 265 265 NATAA Q A 266 266 NATAA L A 267 267 NATAA E A 268 268 NATAA R A 269 269 NATAA M A 270 270 NATAA A A 271 271 NATAA R A 272 272 NATAA R A 273 273 NATAA A A 274 274 NATAA A A 275 275 NATAA L A 276 276 NATAA G A 277 277 NATAA V A 278 278 NATAA G A 279 279 NATAA R A 280 280 NATAA N A 281 281 NATAA G A 282 282 NATAA S A 283 283 NATAA T A 284 284 NATAA A A 285 285 NATAA G A 286 286 NATAA A A 287 287 NATAA L A 288 288 NATAA S A 289 289 NATAA G A 290 290 NATAA E A 291 291 NATAA F A 292 292 NATAA A A 293 293 NATAA L A 294 294 NATAA A A 295 295 NATAA F A 296 296 NATAA S A 297 297 NATAA T A 298 298 NATAA S A 299 299 NATAA H A 300 300 NATAA V A 301 301 NATAA I A 302 302 NATRO P A 303 303 NATAA L A 304 304 NATAA G A 305 305 NATAA G A 306 306 NATAA K A 307 307 NATRO P A 308 308 NATAA R A 309 309 NATAA L A 310 310 NATRO P A 311 311 NATAA A A 312 312 NATAA I A 313 313 NATAA I A 314 314 NATAA N A 315 315 NATAA D A 316 316 NATAA T A 317 317 NATAA D A 318 318 NATAA S A 319 319 NATAA E A 320 320 NATAA T A 321 321 NATAA M A 322 322 NATAA N A 323 323 NATAA A A 324 324 NATAA L A 325 325 NATAA F A 326 326 NATAA R A 327 327 NATAA G A 328 328 NATAA V A 329 329 NATAA V A 330 330 NATAA Q A 331 331 NATAA A A 332 332 NATAA T A 333 333 NATAA E A 334 334 NATAA E A 335 335 NATAA A A 336 336 NATAA L A 337 337 NATAA V A 338 338 NATAA N A 339 339 NATAA Q A 340 340 NATAA L A 341 341 NATAA V A 342 342 NATAA A A 343 343 NATAA S A 344 344 NATAA E A 345 345 NATAA T A 346 346 NATAA M A 347 347 NATAA T A 348 348 NATAA G A 349 349 NATAA A A 350 350 NATAA N A 351 351 NATAA N A 352 352 NATAA A A 353 353 NATAA K A 354 354 NATAA V A 355 355 NATAA Y A 356 356 NATAA G A 357 357 NATAA I A 358 358 NATRO P A 359 359 NATAA H A 360 360 NATAA D A 361 361 NATAA Q A 362 362 NATAA L A 363 363 NATAA A A 364 364 NATAA R A 365 365 NATAA I A 366 366 NATAA M A 367 367 NATAA K A 368 368 NATAA A A 369 369 NATAA R A 370 370 NATAA F A 371 371 NATRO P A 372 372 NATAA R A 373 373 NATAA R