# TARGET T0586 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0586.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5246 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.178 0.251 0.175 0.142 0.137 0.024 0.045 0.013 0.024 0.011 0.002 2 N 0.122 0.246 0.205 0.136 0.128 0.040 0.063 0.018 0.029 0.012 0.001 3 A 0.107 0.375 0.255 0.123 0.057 0.047 0.014 0.001 0.016 0.001 0.003 4 M 0.059 0.593 0.199 0.059 0.024 0.035 0.008 0.002 0.018 0.001 0.001 5 N 0.005 0.194 0.475 0.003 0.022 0.041 0.009 0.001 0.249 0.001 0.001 6 P 0.354 0.005 0.479 0.035 0.006 0.023 0.001 0.001 0.006 0.002 0.087 7 T 0.176 0.219 0.205 0.236 0.046 0.050 0.020 0.012 0.033 0.002 0.001 8 F 0.327 0.145 0.263 0.165 0.034 0.026 0.012 0.003 0.013 0.005 0.005 9 H 0.188 0.141 0.154 0.282 0.051 0.061 0.069 0.008 0.035 0.011 0.001 10 A 0.436 0.055 0.171 0.212 0.023 0.030 0.047 0.006 0.011 0.007 0.003 11 D 0.330 0.038 0.103 0.399 0.017 0.041 0.044 0.015 0.008 0.004 0.001 12 K 0.135 0.164 0.536 0.007 0.020 0.012 0.008 0.001 0.116 0.003 0.001 13 P 0.561 0.001 0.402 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 14 I 0.951 0.012 0.021 0.010 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 Y 0.994 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 Q 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 W 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 Q 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 M 0.988 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 I 0.965 0.004 0.003 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 28 T 0.336 0.008 0.037 0.586 0.003 0.003 0.024 0.001 0.003 0.001 0.001 29 G 0.042 0.003 0.019 0.023 0.018 0.003 0.160 0.659 0.001 0.072 0.001 30 E 0.183 0.275 0.341 0.105 0.035 0.027 0.014 0.001 0.017 0.002 0.001 31 W 0.075 0.257 0.461 0.049 0.030 0.086 0.011 0.001 0.026 0.002 0.001 32 K 0.082 0.350 0.393 0.059 0.026 0.058 0.009 0.001 0.019 0.001 0.003 33 G 0.149 0.107 0.198 0.109 0.186 0.033 0.073 0.061 0.014 0.068 0.002 34 E 0.159 0.067 0.114 0.098 0.147 0.021 0.080 0.171 0.010 0.133 0.001 35 D 0.218 0.133 0.143 0.382 0.048 0.019 0.034 0.005 0.011 0.005 0.001 36 K 0.215 0.210 0.300 0.112 0.045 0.025 0.048 0.010 0.027 0.008 0.001 37 L 0.042 0.192 0.592 0.004 0.019 0.015 0.004 0.001 0.129 0.002 0.002 38 P 0.128 0.002 0.793 0.007 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 39 S 0.410 0.137 0.324 0.025 0.034 0.038 0.003 0.003 0.024 0.001 0.001 40 V 0.978 0.004 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 R 0.992 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.986 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 M 0.987 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 G 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 V 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.982 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.252 0.004 0.006 0.726 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 48 A 0.118 0.014 0.062 0.050 0.019 0.013 0.669 0.041 0.006 0.008 0.001 49 V 0.148 0.261 0.345 0.147 0.013 0.072 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 50 N 0.031 0.092 0.541 0.015 0.026 0.123 0.015 0.001 0.145 0.011 0.001 51 P 0.967 0.001 0.021 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 52 N 0.941 0.001 0.004 0.035 0.002 0.004 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 53 T 0.934 0.010 0.006 0.043 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 V 0.994 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 E 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 R 0.958 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 A 0.255 0.004 0.022 0.686 0.001 0.002 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 65 G 0.053 0.009 0.022 0.028 0.023 0.003 0.327 0.500 0.002 0.032 0.001 66 Y 0.062 0.401 0.409 0.033 0.033 0.043 0.011 0.001 0.007 0.001 0.001 67 I 0.029 0.669 0.222 0.015 0.018 0.037 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 68 Y 0.032 0.676 0.156 0.013 0.072 0.027 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 69 A 0.040 0.554 0.197 0.018 0.120 0.034 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 70 K 0.031 0.479 0.315 0.019 0.044 0.048 0.005 0.001 0.054 0.001 0.003 71 R 0.061 0.271 0.492 0.052 0.049 0.021 0.024 0.001 0.022 0.003 0.003 72 G 0.010 0.024 0.051 0.018 0.121 0.013 0.062 0.413 0.006 0.281 0.001 73 M 0.051 0.317 0.363 0.113 0.100 0.013 0.021 0.003 0.015 0.004 0.001 74 G 0.018 0.122 0.159 0.029 0.277 0.025 0.051 0.156 0.011 0.151 0.001 75 S 0.034 0.682 0.174 0.017 0.068 0.013 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 76 F 0.023 0.629 0.193 0.013 0.085 0.040 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 77 V 0.045 0.689 0.162 0.013 0.040 0.032 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 78 T 0.082 0.426 0.235 0.036 0.111 0.058 0.008 0.001 0.040 0.001 0.001 79 S 0.290 0.205 0.220 0.086 0.096 0.041 0.022 0.004 0.030 0.006 0.002 80 D 0.272 0.131 0.199 0.191 0.069 0.048 0.048 0.006 0.028 0.008 0.001 81 K 0.542 0.081 0.193 0.078 0.034 0.019 0.019 0.004 0.021 0.007 0.001 82 A 0.704 0.044 0.144 0.063 0.011 0.017 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 83 L 0.544 0.095 0.137 0.156 0.017 0.028 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 84 F 0.617 0.112 0.138 0.067 0.022 0.016 0.009 0.001 0.016 0.001 0.001 85 D 0.702 0.049 0.118 0.072 0.015 0.019 0.013 0.001 0.010 0.002 0.001 86 Q 0.761 0.033 0.082 0.079 0.013 0.012 0.008 0.001 0.009 0.001 0.001 87 L 0.721 0.045 0.114 0.079 0.010 0.014 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 88 K 0.743 0.051 0.087 0.076 0.010 0.015 0.009 0.001 0.007 0.001 0.001 89 K 0.793 0.044 0.067 0.056 0.012 0.011 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 90 E 0.808 0.036 0.066 0.055 0.010 0.010 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 91 L 0.722 0.055 0.089 0.085 0.012 0.019 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 92 A 0.798 0.043 0.075 0.047 0.011 0.015 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 93 D 0.924 0.012 0.019 0.029 0.004 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 94 A 0.959 0.004 0.009 0.020 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 95 I 0.899 0.009 0.010 0.071 0.003 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 96 T 0.935 0.012 0.012 0.027 0.003 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 97 E 0.985 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 R 0.977 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 F 0.951 0.005 0.004 0.034 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 100 L 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 E 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 A 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 K 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 S 0.965 0.002 0.002 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 106 I 0.161 0.004 0.019 0.802 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 107 G 0.029 0.002 0.021 0.013 0.009 0.004 0.333 0.531 0.001 0.057 0.001 108 L 0.155 0.193 0.462 0.103 0.014 0.058 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 109 D 0.053 0.061 0.537 0.049 0.022 0.208 0.017 0.001 0.042 0.008 0.001 110 D 0.940 0.002 0.032 0.012 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 Q 0.988 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 T 0.986 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 A 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 I 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 K 0.978 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 R 0.810 0.004 0.007 0.171 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 121 S 0.632 0.023 0.056 0.219 0.006 0.011 0.040 0.001 0.012 0.001 0.001 122 R 0.542 0.034 0.075 0.237 0.008 0.017 0.075 0.004 0.006 0.002 0.001 123 N 0.186 0.028 0.091 0.432 0.018 0.038 0.174 0.019 0.007 0.007 0.001 124 H 0.167 0.093 0.194 0.278 0.049 0.043 0.105 0.031 0.027 0.012 0.001 125 E 0.305 0.205 0.325 0.071 0.026 0.024 0.014 0.002 0.022 0.003 0.002