# TARGET T0586 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0586.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5246 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.141 0.087 0.095 0.119 0.137 0.129 0.097 0.075 0.055 0.030 0.019 0.010 0.005 0.002 2 N 0.077 0.046 0.057 0.081 0.116 0.133 0.139 0.121 0.087 0.062 0.042 0.025 0.010 0.004 3 A 0.085 0.063 0.068 0.112 0.139 0.128 0.106 0.108 0.078 0.049 0.035 0.017 0.009 0.005 4 M 0.043 0.026 0.032 0.040 0.067 0.090 0.121 0.141 0.122 0.110 0.098 0.070 0.029 0.010 5 N 0.075 0.065 0.090 0.147 0.164 0.129 0.117 0.094 0.057 0.030 0.018 0.008 0.003 0.002 6 P 0.052 0.033 0.047 0.074 0.114 0.122 0.132 0.136 0.113 0.081 0.054 0.026 0.011 0.004 7 T 0.196 0.148 0.135 0.157 0.137 0.094 0.065 0.032 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 8 F 0.108 0.089 0.143 0.174 0.160 0.135 0.083 0.050 0.030 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 9 H 0.351 0.191 0.133 0.116 0.087 0.053 0.040 0.014 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 10 A 0.496 0.223 0.127 0.072 0.039 0.020 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.513 0.222 0.101 0.066 0.045 0.022 0.018 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 K 0.204 0.158 0.173 0.164 0.140 0.083 0.042 0.020 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 13 P 0.282 0.147 0.137 0.120 0.127 0.085 0.055 0.027 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 14 I 0.101 0.066 0.081 0.132 0.171 0.155 0.116 0.091 0.050 0.025 0.009 0.003 0.002 0.001 15 Y 0.041 0.038 0.054 0.119 0.219 0.180 0.137 0.100 0.062 0.032 0.012 0.004 0.001 0.001 16 S 0.372 0.206 0.147 0.110 0.072 0.048 0.022 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 17 Q 0.188 0.179 0.162 0.168 0.127 0.091 0.042 0.025 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 18 I 0.018 0.010 0.016 0.041 0.090 0.185 0.232 0.233 0.125 0.039 0.008 0.003 0.001 0.001 19 S 0.024 0.070 0.128 0.253 0.232 0.161 0.077 0.033 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 20 D 0.748 0.176 0.057 0.011 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 W 0.046 0.125 0.220 0.268 0.200 0.096 0.028 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 M 0.018 0.012 0.026 0.064 0.172 0.236 0.213 0.174 0.069 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 23 K 0.086 0.223 0.228 0.218 0.140 0.066 0.026 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.772 0.166 0.043 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 Q 0.116 0.200 0.201 0.206 0.154 0.070 0.036 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 M 0.045 0.027 0.064 0.115 0.223 0.218 0.145 0.102 0.045 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 27 I 0.238 0.168 0.143 0.152 0.135 0.083 0.047 0.022 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 28 T 0.575 0.181 0.091 0.078 0.034 0.017 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 G 0.253 0.115 0.141 0.154 0.135 0.090 0.063 0.024 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 30 E 0.223 0.188 0.166 0.153 0.118 0.068 0.046 0.019 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 31 W 0.156 0.066 0.093 0.128 0.191 0.156 0.099 0.067 0.027 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 32 K 0.403 0.173 0.126 0.118 0.079 0.047 0.034 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 33 G 0.405 0.137 0.125 0.110 0.092 0.055 0.039 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 34 E 0.537 0.200 0.095 0.085 0.042 0.021 0.012 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 D 0.547 0.183 0.116 0.068 0.039 0.022 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 K 0.245 0.136 0.146 0.146 0.134 0.089 0.053 0.026 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 37 L 0.141 0.089 0.113 0.140 0.183 0.133 0.090 0.058 0.028 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 38 P 0.283 0.136 0.130 0.125 0.120 0.088 0.051 0.033 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 39 S 0.171 0.100 0.110 0.149 0.158 0.118 0.077 0.054 0.032 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 40 V 0.092 0.067 0.077 0.144 0.184 0.168 0.108 0.075 0.046 0.025 0.009 0.003 0.001 0.001 41 R 0.199 0.143 0.142 0.161 0.134 0.107 0.053 0.029 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 42 E 0.350 0.214 0.153 0.106 0.065 0.049 0.032 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 43 M 0.058 0.035 0.062 0.116 0.183 0.200 0.136 0.113 0.058 0.021 0.010 0.007 0.002 0.001 44 G 0.068 0.052 0.074 0.121 0.184 0.179 0.131 0.103 0.053 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 45 V 0.254 0.210 0.181 0.148 0.083 0.058 0.035 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 46 K 0.229 0.211 0.170 0.139 0.110 0.063 0.041 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 47 L 0.071 0.038 0.061 0.103 0.193 0.177 0.154 0.103 0.054 0.023 0.012 0.007 0.003 0.001 48 A 0.234 0.189 0.161 0.148 0.117 0.067 0.042 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 49 V 0.173 0.071 0.071 0.110 0.146 0.137 0.107 0.090 0.053 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 50 N 0.150 0.100 0.093 0.141 0.134 0.138 0.116 0.061 0.035 0.019 0.008 0.002 0.001 0.001 51 P 0.131 0.111 0.148 0.173 0.168 0.117 0.070 0.037 0.023 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 52 N 0.370 0.182 0.123 0.095 0.084 0.067 0.038 0.022 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 53 T 0.049 0.043 0.066 0.132 0.166 0.200 0.171 0.101 0.046 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 54 V 0.017 0.015 0.023 0.059 0.120 0.195 0.222 0.200 0.100 0.037 0.009 0.002 0.001 0.001 55 S 0.203 0.301 0.220 0.142 0.076 0.037 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 R 0.218 0.276 0.227 0.133 0.073 0.044 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 A 0.008 0.005 0.014 0.046 0.107 0.230 0.275 0.218 0.078 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 58 Y 0.017 0.042 0.086 0.162 0.287 0.177 0.136 0.061 0.025 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 59 Q 0.723 0.200 0.057 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 E 0.087 0.197 0.278 0.227 0.128 0.053 0.022 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.026 0.015 0.034 0.086 0.215 0.245 0.188 0.135 0.046 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.143 0.263 0.226 0.195 0.111 0.040 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 R 0.706 0.133 0.067 0.050 0.023 0.011 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 A 0.114 0.100 0.153 0.241 0.163 0.122 0.065 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 65 G 0.144 0.101 0.124 0.132 0.144 0.126 0.107 0.051 0.038 0.016 0.008 0.005 0.002 0.001 66 Y 0.127 0.077 0.080 0.100 0.138 0.143 0.116 0.101 0.048 0.033 0.019 0.011 0.005 0.002 67 I 0.077 0.046 0.053 0.058 0.091 0.096 0.093 0.109 0.111 0.103 0.078 0.048 0.027 0.010 68 Y 0.092 0.064 0.088 0.142 0.149 0.128 0.101 0.095 0.063 0.037 0.022 0.012 0.005 0.002 69 A 0.109 0.072 0.082 0.126 0.129 0.121 0.106 0.083 0.069 0.046 0.031 0.014 0.007 0.004 70 K 0.087 0.082 0.104 0.140 0.148 0.145 0.109 0.079 0.046 0.028 0.017 0.008 0.003 0.003 71 R 0.138 0.120 0.127 0.134 0.120 0.111 0.084 0.060 0.048 0.028 0.016 0.008 0.004 0.002 72 G 0.135 0.105 0.112 0.120 0.120 0.109 0.099 0.071 0.064 0.033 0.018 0.008 0.004 0.002 73 M 0.101 0.078 0.091 0.116 0.125 0.120 0.114 0.084 0.073 0.045 0.026 0.014 0.008 0.004 74 G 0.048 0.034 0.047 0.063 0.099 0.122 0.143 0.128 0.106 0.085 0.056 0.039 0.018 0.010 75 S 0.050 0.036 0.044 0.052 0.074 0.094 0.108 0.130 0.117 0.112 0.088 0.054 0.026 0.014 76 F 0.045 0.028 0.036 0.053 0.076 0.089 0.095 0.132 0.124 0.116 0.102 0.063 0.026 0.014 77 V 0.033 0.030 0.041 0.059 0.091 0.109 0.111 0.126 0.124 0.110 0.084 0.048 0.022 0.012 78 T 0.068 0.066 0.088 0.118 0.136 0.139 0.125 0.091 0.070 0.046 0.028 0.015 0.006 0.004 79 S 0.182 0.166 0.155 0.137 0.108 0.085 0.074 0.035 0.028 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 80 D 0.245 0.186 0.155 0.126 0.109 0.073 0.049 0.025 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 81 K 0.307 0.214 0.148 0.123 0.095 0.051 0.029 0.014 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 82 A 0.406 0.191 0.136 0.108 0.075 0.040 0.022 0.010 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.255 0.150 0.151 0.164 0.125 0.075 0.045 0.019 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 84 F 0.200 0.123 0.149 0.174 0.153 0.098 0.059 0.024 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 85 D 0.542 0.190 0.107 0.075 0.041 0.022 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 Q 0.439 0.198 0.137 0.096 0.062 0.033 0.021 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 L 0.218 0.126 0.160 0.191 0.151 0.084 0.040 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 88 K 0.433 0.184 0.122 0.097 0.075 0.041 0.031 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 89 K 0.341 0.193 0.158 0.126 0.087 0.049 0.026 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 90 E 0.514 0.215 0.108 0.070 0.050 0.021 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 L 0.142 0.127 0.167 0.204 0.178 0.102 0.042 0.021 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 92 A 0.121 0.075 0.100 0.144 0.191 0.159 0.118 0.053 0.026 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 93 D 0.310 0.256 0.169 0.128 0.072 0.035 0.018 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 A 0.729 0.183 0.051 0.019 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 I 0.101 0.123 0.172 0.248 0.191 0.099 0.038 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 96 T 0.079 0.052 0.073 0.130 0.201 0.191 0.151 0.074 0.034 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 97 E 0.336 0.297 0.167 0.111 0.051 0.023 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 R 0.616 0.259 0.080 0.026 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 F 0.024 0.030 0.077 0.182 0.261 0.224 0.117 0.057 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 100 L 0.031 0.030 0.061 0.126 0.238 0.197 0.163 0.099 0.038 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 101 E 0.631 0.224 0.083 0.038 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 E 0.233 0.269 0.207 0.149 0.080 0.034 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 A 0.032 0.023 0.053 0.105 0.223 0.234 0.160 0.106 0.046 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 104 K 0.185 0.201 0.202 0.185 0.121 0.062 0.024 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 105 S 0.654 0.208 0.064 0.038 0.018 0.008 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 I 0.142 0.073 0.112 0.193 0.221 0.138 0.065 0.031 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 107 G 0.275 0.200 0.172 0.145 0.088 0.052 0.049 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 108 L 0.312 0.113 0.129 0.137 0.145 0.080 0.046 0.023 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 109 D 0.653 0.149 0.074 0.068 0.031 0.012 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 D 0.222 0.136 0.189 0.178 0.130 0.078 0.041 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 111 Q 0.657 0.186 0.079 0.044 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 T 0.355 0.395 0.164 0.049 0.020 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 A 0.031 0.021 0.042 0.096 0.219 0.248 0.157 0.113 0.055 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 114 I 0.042 0.072 0.116 0.202 0.236 0.174 0.094 0.044 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 115 E 0.659 0.245 0.069 0.015 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 L 0.063 0.053 0.110 0.214 0.286 0.158 0.049 0.041 0.017 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 117 L 0.019 0.012 0.026 0.067 0.155 0.219 0.240 0.179 0.057 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 118 I 0.104 0.168 0.206 0.245 0.140 0.080 0.032 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 119 K 0.742 0.183 0.050 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 R 0.125 0.137 0.182 0.233 0.164 0.098 0.042 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 S 0.194 0.093 0.144 0.169 0.189 0.107 0.069 0.023 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 122 R 0.741 0.152 0.047 0.034 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 N 0.860 0.079 0.031 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 H 0.378 0.135 0.148 0.141 0.096 0.053 0.032 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 125 E 0.231 0.108 0.144 0.155 0.158 0.104 0.053 0.026 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001