# TARGET T0586 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0586.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9967 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.004 0.021 0.583 0.008 0.037 0.040 0.001 0.001 0.013 0.156 0.083 0.026 0.027 2 N 0.003 0.017 0.422 0.012 0.074 0.058 0.001 0.001 0.012 0.161 0.194 0.017 0.029 3 A 0.005 0.035 0.402 0.005 0.081 0.058 0.002 0.002 0.027 0.133 0.193 0.027 0.029 4 M 0.007 0.044 0.552 0.005 0.046 0.031 0.003 0.003 0.031 0.145 0.060 0.018 0.057 5 N 0.003 0.028 0.695 0.002 0.012 0.012 0.001 0.001 0.022 0.134 0.022 0.045 0.022 6 P 0.002 0.036 0.594 0.004 0.030 0.021 0.001 0.001 0.012 0.165 0.081 0.011 0.043 7 T 0.002 0.034 0.613 0.005 0.067 0.031 0.001 0.001 0.008 0.129 0.077 0.019 0.013 8 F 0.001 0.025 0.335 0.002 0.166 0.073 0.001 0.001 0.005 0.121 0.248 0.003 0.021 9 H 0.001 0.012 0.379 0.002 0.102 0.049 0.001 0.001 0.002 0.112 0.330 0.006 0.005 10 A 0.001 0.006 0.161 0.001 0.076 0.049 0.001 0.001 0.001 0.166 0.531 0.004 0.004 11 D 0.001 0.011 0.141 0.001 0.012 0.034 0.001 0.001 0.001 0.283 0.513 0.002 0.003 12 K 0.001 0.023 0.479 0.001 0.005 0.148 0.001 0.001 0.001 0.284 0.050 0.007 0.003 13 P 0.001 0.022 0.467 0.001 0.006 0.404 0.001 0.001 0.002 0.048 0.025 0.004 0.020 14 I 0.001 0.003 0.036 0.001 0.010 0.931 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.002 0.003 15 Y 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 25 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 26 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 27 I 0.001 0.001 0.007 0.001 0.009 0.938 0.001 0.001 0.001 0.005 0.040 0.001 0.001 28 T 0.001 0.001 0.010 0.001 0.008 0.117 0.001 0.001 0.001 0.020 0.843 0.001 0.001 29 G 0.001 0.001 0.070 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.098 0.818 0.003 0.001 30 E 0.003 0.025 0.676 0.001 0.008 0.009 0.001 0.001 0.040 0.122 0.055 0.030 0.030 31 W 0.005 0.206 0.468 0.001 0.005 0.005 0.003 0.003 0.074 0.109 0.019 0.025 0.077 32 K 0.001 0.016 0.871 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.014 0.048 0.009 0.013 0.016 33 G 0.001 0.007 0.107 0.013 0.167 0.021 0.001 0.001 0.003 0.072 0.582 0.003 0.024 34 E 0.001 0.002 0.050 0.002 0.043 0.002 0.001 0.001 0.001 0.176 0.715 0.006 0.001 35 D 0.002 0.022 0.383 0.002 0.176 0.014 0.001 0.001 0.004 0.247 0.108 0.022 0.018 36 K 0.002 0.086 0.388 0.001 0.036 0.021 0.001 0.001 0.008 0.277 0.144 0.005 0.031 37 L 0.001 0.049 0.605 0.002 0.009 0.026 0.001 0.001 0.005 0.239 0.036 0.021 0.006 38 P 0.001 0.037 0.668 0.002 0.013 0.071 0.001 0.001 0.004 0.112 0.053 0.005 0.034 39 S 0.001 0.019 0.601 0.003 0.020 0.200 0.001 0.001 0.002 0.092 0.035 0.017 0.012 40 V 0.001 0.001 0.029 0.001 0.016 0.943 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.002 41 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 42 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 43 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 44 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 45 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 46 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.034 0.001 0.011 0.509 0.001 0.001 0.001 0.033 0.404 0.002 0.003 48 A 0.001 0.005 0.170 0.001 0.012 0.125 0.001 0.001 0.007 0.046 0.622 0.006 0.004 49 V 0.001 0.035 0.637 0.001 0.003 0.049 0.001 0.001 0.024 0.199 0.024 0.009 0.017 50 N 0.001 0.003 0.868 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.009 0.098 0.004 0.003 0.003 51 P 0.001 0.002 0.051 0.001 0.039 0.655 0.001 0.001 0.002 0.035 0.213 0.001 0.002 52 N 0.001 0.002 0.034 0.001 0.031 0.773 0.001 0.001 0.002 0.039 0.118 0.001 0.001 53 T 0.001 0.001 0.036 0.001 0.022 0.921 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.001 0.003 54 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 62 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 63 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.961 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.001 0.001 64 A 0.001 0.001 0.008 0.002 0.008 0.185 0.001 0.001 0.001 0.017 0.771 0.001 0.007 65 G 0.004 0.001 0.062 0.003 0.002 0.011 0.001 0.001 0.002 0.098 0.790 0.024 0.005 66 Y 0.095 0.003 0.495 0.004 0.002 0.010 0.003 0.001 0.022 0.041 0.019 0.140 0.165 67 I 0.316 0.003 0.063 0.005 0.001 0.010 0.019 0.004 0.028 0.008 0.003 0.261 0.279 68 Y 0.468 0.005 0.035 0.024 0.002 0.014 0.039 0.007 0.020 0.005 0.004 0.232 0.146 69 A 0.391 0.006 0.038 0.011 0.002 0.005 0.026 0.005 0.014 0.005 0.006 0.146 0.345 70 K 0.177 0.003 0.090 0.030 0.003 0.002 0.010 0.001 0.010 0.018 0.012 0.323 0.321 71 R 0.067 0.003 0.087 0.029 0.014 0.004 0.004 0.001 0.004 0.100 0.323 0.093 0.273 72 G 0.034 0.005 0.081 0.027 0.012 0.002 0.002 0.001 0.002 0.202 0.406 0.149 0.076 73 M 0.067 0.013 0.213 0.015 0.010 0.003 0.004 0.001 0.004 0.193 0.148 0.069 0.260 74 G 0.140 0.016 0.236 0.015 0.007 0.006 0.008 0.002 0.009 0.092 0.033 0.294 0.142 75 S 0.307 0.011 0.086 0.021 0.008 0.011 0.028 0.005 0.009 0.020 0.012 0.116 0.365 76 F 0.392 0.007 0.030 0.013 0.005 0.007 0.049 0.006 0.017 0.006 0.005 0.321 0.142 77 V 0.424 0.012 0.058 0.022 0.008 0.009 0.054 0.005 0.013 0.010 0.009 0.072 0.304 78 T 0.107 0.010 0.232 0.013 0.006 0.010 0.010 0.002 0.016 0.043 0.019 0.415 0.117 79 S 0.025 0.012 0.389 0.012 0.013 0.021 0.003 0.001 0.008 0.139 0.120 0.040 0.217 80 D 0.007 0.013 0.457 0.008 0.044 0.053 0.001 0.001 0.003 0.183 0.162 0.039 0.031 81 K 0.004 0.012 0.267 0.005 0.135 0.222 0.001 0.001 0.003 0.127 0.177 0.017 0.030 82 A 0.004 0.015 0.191 0.003 0.161 0.401 0.001 0.001 0.002 0.057 0.135 0.010 0.021 83 L 0.003 0.014 0.164 0.003 0.109 0.546 0.001 0.001 0.002 0.044 0.089 0.010 0.015 84 F 0.003 0.014 0.164 0.003 0.085 0.575 0.001 0.001 0.003 0.045 0.077 0.010 0.022 85 D 0.002 0.009 0.158 0.003 0.068 0.616 0.001 0.001 0.002 0.037 0.082 0.009 0.013 86 Q 0.001 0.005 0.083 0.002 0.051 0.728 0.001 0.001 0.001 0.026 0.087 0.004 0.010 87 L 0.001 0.004 0.120 0.002 0.036 0.688 0.001 0.001 0.002 0.036 0.096 0.006 0.008 88 K 0.001 0.005 0.136 0.001 0.035 0.710 0.001 0.001 0.002 0.029 0.067 0.005 0.009 89 K 0.001 0.004 0.085 0.001 0.026 0.812 0.001 0.001 0.002 0.023 0.035 0.004 0.006 90 E 0.001 0.002 0.056 0.001 0.019 0.842 0.001 0.001 0.002 0.019 0.051 0.003 0.004 91 L 0.001 0.003 0.051 0.001 0.024 0.848 0.001 0.001 0.002 0.014 0.049 0.002 0.006 92 A 0.001 0.002 0.032 0.001 0.022 0.910 0.001 0.001 0.001 0.009 0.017 0.002 0.004 93 D 0.001 0.001 0.017 0.001 0.020 0.933 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 0.002 0.002 94 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.012 0.948 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.001 0.002 95 I 0.001 0.001 0.014 0.001 0.012 0.941 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.001 0.002 96 T 0.001 0.001 0.012 0.001 0.013 0.958 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 97 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 98 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 99 F 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 101 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 102 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.001 0.001 103 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.014 0.943 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.001 0.001 104 K 0.001 0.001 0.036 0.001 0.036 0.845 0.001 0.001 0.001 0.011 0.063 0.003 0.002 105 S 0.003 0.002 0.050 0.003 0.101 0.643 0.001 0.001 0.003 0.025 0.155 0.004 0.011 106 I 0.001 0.003 0.078 0.002 0.055 0.327 0.001 0.001 0.004 0.074 0.448 0.004 0.004 107 G 0.001 0.011 0.249 0.001 0.030 0.108 0.001 0.001 0.009 0.100 0.479 0.003 0.008 108 L 0.001 0.019 0.801 0.001 0.005 0.026 0.001 0.001 0.012 0.107 0.010 0.011 0.007 109 D 0.001 0.007 0.857 0.001 0.004 0.020 0.001 0.001 0.006 0.082 0.012 0.002 0.008 110 D 0.001 0.004 0.105 0.001 0.075 0.716 0.001 0.001 0.002 0.044 0.051 0.001 0.001 111 Q 0.001 0.001 0.008 0.001 0.038 0.919 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.001 0.001 112 T 0.001 0.001 0.011 0.001 0.027 0.945 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 113 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.007 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 115 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 116 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 117 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 118 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 119 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 120 R 0.001 0.001 0.007 0.001 0.013 0.913 0.001 0.001 0.001 0.005 0.061 0.001 0.001 121 S 0.001 0.001 0.084 0.001 0.040 0.613 0.001 0.001 0.001 0.048 0.208 0.001 0.002 122 R 0.001 0.002 0.136 0.001 0.059 0.187 0.001 0.001 0.002 0.077 0.531 0.002 0.002 123 N 0.001 0.009 0.244 0.001 0.042 0.080 0.001 0.001 0.004 0.135 0.479 0.002 0.004 124 H 0.001 0.014 0.652 0.001 0.018 0.028 0.001 0.001 0.010 0.201 0.066 0.005 0.004 125 E 0.001 0.016 0.766 0.001 0.019 0.017 0.001 0.001 0.012 0.111 0.042 0.004 0.011