# TARGET T0586 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0586.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9967 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.058 0.071 0.115 0.132 0.011 0.132 0.023 0.041 0.012 0.009 0.079 0.077 0.168 0.010 0.041 0.021 2 N 0.029 0.092 0.110 0.143 0.006 0.072 0.016 0.016 0.028 0.013 0.117 0.113 0.161 0.009 0.018 0.057 3 A 0.096 0.100 0.201 0.230 0.010 0.029 0.027 0.007 0.018 0.003 0.029 0.059 0.097 0.016 0.011 0.067 4 M 0.025 0.045 0.515 0.296 0.002 0.011 0.011 0.006 0.003 0.001 0.004 0.011 0.035 0.002 0.012 0.019 5 N 0.018 0.022 0.241 0.316 0.009 0.268 0.010 0.004 0.006 0.007 0.007 0.007 0.057 0.001 0.002 0.023 6 P 0.036 0.091 0.076 0.423 0.014 0.056 0.007 0.009 0.003 0.003 0.227 0.011 0.034 0.003 0.001 0.007 7 T 0.011 0.107 0.036 0.212 0.022 0.368 0.008 0.010 0.008 0.003 0.016 0.164 0.024 0.005 0.004 0.004 8 F 0.009 0.110 0.124 0.175 0.032 0.061 0.023 0.023 0.007 0.005 0.252 0.024 0.110 0.008 0.016 0.022 9 H 0.020 0.089 0.065 0.074 0.043 0.162 0.077 0.019 0.015 0.015 0.052 0.213 0.069 0.048 0.018 0.020 10 A 0.026 0.065 0.069 0.049 0.005 0.106 0.026 0.065 0.009 0.010 0.211 0.062 0.170 0.005 0.098 0.024 11 D 0.023 0.286 0.093 0.071 0.001 0.011 0.004 0.004 0.076 0.008 0.027 0.099 0.050 0.002 0.009 0.237 12 K 0.306 0.019 0.330 0.156 0.001 0.019 0.005 0.001 0.003 0.003 0.009 0.034 0.090 0.001 0.003 0.021 13 P 0.012 0.005 0.255 0.034 0.003 0.475 0.003 0.002 0.001 0.003 0.036 0.022 0.149 0.001 0.001 0.002 14 I 0.001 0.038 0.001 0.017 0.001 0.196 0.001 0.002 0.001 0.001 0.495 0.088 0.160 0.001 0.001 0.001 15 Y 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.587 0.316 0.001 0.001 0.001 16 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.038 0.943 0.001 0.001 0.001 17 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.980 0.001 0.001 0.001 18 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.992 0.001 0.001 0.001 19 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 20 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 21 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 22 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 23 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 24 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.002 0.004 25 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.006 0.003 0.008 26 M 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.011 0.003 0.010 27 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.892 0.003 0.003 28 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.960 0.003 29 G 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.035 0.018 0.004 0.001 0.036 0.002 0.002 0.874 30 E 0.955 0.005 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.003 31 W 0.010 0.020 0.723 0.082 0.044 0.030 0.045 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.016 0.010 0.003 0.006 32 K 0.002 0.013 0.015 0.042 0.280 0.494 0.038 0.052 0.001 0.003 0.015 0.007 0.018 0.012 0.008 0.001 33 G 0.001 0.031 0.001 0.011 0.003 0.061 0.001 0.236 0.019 0.011 0.570 0.016 0.019 0.002 0.014 0.004 34 E 0.014 0.064 0.005 0.011 0.001 0.003 0.008 0.002 0.120 0.017 0.031 0.673 0.020 0.005 0.010 0.017 35 D 0.224 0.017 0.215 0.015 0.002 0.029 0.052 0.003 0.005 0.002 0.011 0.088 0.167 0.005 0.081 0.084 36 K 0.013 0.043 0.769 0.016 0.001 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.005 0.004 0.014 0.001 0.004 0.119 37 L 0.105 0.036 0.301 0.098 0.006 0.306 0.021 0.001 0.005 0.007 0.006 0.026 0.062 0.001 0.003 0.017 38 P 0.022 0.149 0.279 0.100 0.001 0.115 0.002 0.010 0.001 0.004 0.181 0.023 0.108 0.001 0.001 0.005 39 S 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.760 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.169 0.038 0.001 0.001 0.001 40 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.836 0.043 0.116 0.001 0.001 0.001 41 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.807 0.185 0.001 0.001 0.001 42 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 43 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 44 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 45 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.965 0.001 0.005 47 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 0.953 0.001 48 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.061 0.002 0.001 0.913 49 V 0.880 0.025 0.028 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.022 0.001 0.004 0.008 50 N 0.002 0.002 0.035 0.002 0.001 0.876 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.014 0.056 0.001 0.001 0.002 51 P 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.003 0.032 0.001 0.001 0.001 52 N 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.980 0.010 0.001 0.001 0.001 53 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.031 0.936 0.001 0.001 0.001 54 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.043 0.912 0.001 0.001 0.001 55 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.096 0.902 0.001 0.001 0.001 56 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 57 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 58 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 59 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 60 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 62 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.002 63 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.967 0.001 0.003 64 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.987 0.001 65 G 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.958 66 Y 0.976 0.002 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 67 I 0.004 0.020 0.800 0.111 0.002 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 68 Y 0.001 0.030 0.041 0.879 0.010 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 69 A 0.002 0.020 0.031 0.835 0.044 0.042 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.009 0.001 0.001 0.002 70 K 0.001 0.004 0.007 0.033 0.852 0.025 0.051 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 71 R 0.001 0.042 0.007 0.056 0.006 0.013 0.001 0.801 0.002 0.001 0.007 0.003 0.002 0.001 0.057 0.001 72 G 0.003 0.024 0.007 0.047 0.028 0.022 0.012 0.005 0.415 0.329 0.013 0.006 0.002 0.006 0.001 0.079 73 M 0.702 0.071 0.041 0.107 0.001 0.004 0.001 0.037 0.006 0.001 0.005 0.008 0.002 0.001 0.013 0.002 74 G 0.022 0.022 0.504 0.278 0.001 0.050 0.001 0.003 0.048 0.028 0.007 0.010 0.005 0.001 0.001 0.022 75 S 0.116 0.030 0.126 0.699 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 76 F 0.002 0.005 0.069 0.897 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 77 V 0.002 0.018 0.043 0.888 0.018 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 78 T 0.002 0.041 0.013 0.700 0.029 0.189 0.002 0.006 0.001 0.003 0.006 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 79 S 0.004 0.091 0.020 0.280 0.021 0.418 0.002 0.034 0.005 0.008 0.091 0.012 0.010 0.001 0.001 0.002 80 D 0.007 0.153 0.021 0.147 0.006 0.221 0.002 0.022 0.012 0.010 0.245 0.122 0.025 0.001 0.003 0.003 81 K 0.016 0.090 0.047 0.120 0.007 0.079 0.006 0.009 0.010 0.004 0.225 0.268 0.098 0.004 0.006 0.010 82 A 0.017 0.053 0.101 0.089 0.006 0.086 0.014 0.011 0.005 0.002 0.087 0.196 0.297 0.007 0.011 0.018 83 L 0.012 0.063 0.108 0.091 0.007 0.072 0.023 0.011 0.006 0.003 0.058 0.084 0.406 0.013 0.013 0.032 84 F 0.013 0.033 0.071 0.083 0.005 0.072 0.020 0.012 0.004 0.003 0.061 0.068 0.507 0.008 0.020 0.022 85 D 0.011 0.019 0.045 0.035 0.003 0.076 0.010 0.010 0.004 0.004 0.095 0.063 0.581 0.007 0.010 0.026 86 Q 0.018 0.031 0.039 0.040 0.004 0.029 0.014 0.006 0.004 0.002 0.124 0.099 0.528 0.023 0.010 0.027 87 L 0.011 0.033 0.073 0.043 0.002 0.032 0.016 0.007 0.002 0.001 0.025 0.124 0.570 0.009 0.029 0.021 88 K 0.006 0.014 0.056 0.023 0.001 0.047 0.009 0.004 0.002 0.002 0.036 0.027 0.718 0.005 0.012 0.036 89 K 0.014 0.016 0.035 0.023 0.002 0.039 0.009 0.003 0.002 0.001 0.100 0.056 0.673 0.006 0.006 0.015 90 E 0.009 0.027 0.033 0.029 0.001 0.027 0.004 0.004 0.001 0.001 0.056 0.123 0.661 0.003 0.008 0.011 91 L 0.005 0.012 0.026 0.023 0.001 0.039 0.006 0.002 0.001 0.001 0.031 0.062 0.765 0.005 0.004 0.018 92 A 0.002 0.006 0.020 0.011 0.001 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.036 0.042 0.842 0.001 0.004 0.003 93 D 0.001 0.005 0.006 0.007 0.001 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.035 0.043 0.877 0.001 0.002 0.004 94 A 0.002 0.004 0.004 0.008 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 0.037 0.903 0.002 0.002 0.005 95 I 0.001 0.005 0.012 0.007 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.037 0.905 0.003 0.004 0.008 96 T 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.954 0.001 0.002 0.003 97 E 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.037 0.015 0.928 0.002 0.001 0.003 98 R 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.046 0.913 0.003 0.004 0.006 99 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.957 0.003 0.003 0.009 100 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.959 0.003 0.002 0.002 101 E 0.001 0.009 0.005 0.004 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.026 0.931 0.001 0.004 0.004 102 E 0.002 0.004 0.004 0.008 0.001 0.008 0.004 0.001 0.002 0.001 0.004 0.019 0.888 0.020 0.004 0.032 103 A 0.002 0.002 0.035 0.005 0.001 0.006 0.017 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.894 0.004 0.014 0.006 104 K 0.001 0.015 0.036 0.013 0.001 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.013 0.020 0.859 0.003 0.007 0.018 105 S 0.002 0.001 0.002 0.003 0.017 0.002 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.890 0.001 0.007 106 I 0.001 0.005 0.031 0.005 0.001 0.001 0.004 0.047 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 0.001 0.873 0.002 107 G 0.002 0.006 0.021 0.009 0.001 0.010 0.005 0.001 0.054 0.046 0.002 0.002 0.039 0.002 0.002 0.799 108 L 0.900 0.013 0.023 0.026 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.013 0.001 0.001 0.002 109 D 0.002 0.014 0.041 0.008 0.001 0.825 0.001 0.004 0.001 0.003 0.007 0.049 0.037 0.001 0.003 0.002 110 D 0.001 0.009 0.003 0.004 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.865 0.010 0.058 0.001 0.001 0.002 111 Q 0.002 0.015 0.002 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.897 0.046 0.001 0.001 0.001 112 T 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.072 0.879 0.001 0.001 0.002 113 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.019 0.936 0.001 0.001 0.001 114 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.063 0.929 0.001 0.001 0.001 115 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.992 0.001 0.001 0.001 116 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 117 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 118 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 119 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.011 0.004 0.018 120 R 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.827 0.059 0.026 0.050 121 S 0.002 0.002 0.032 0.001 0.001 0.008 0.056 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.793 0.039 0.030 0.025 122 R 0.009 0.051 0.047 0.009 0.001 0.009 0.026 0.010 0.002 0.001 0.042 0.014 0.570 0.045 0.065 0.100 123 N 0.039 0.056 0.074 0.026 0.002 0.021 0.029 0.005 0.013 0.004 0.021 0.060 0.410 0.033 0.051 0.155 124 H 0.033 0.016 0.174 0.013 0.018 0.054 0.148 0.003 0.002 0.002 0.059 0.026 0.367 0.036 0.018 0.031 125 E 0.020 0.134 0.118 0.043 0.013 0.041 0.047 0.070 0.004 0.002 0.110 0.083 0.184 0.040 0.062 0.028