# TARGET T0586 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0586.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9555 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.119 0.022 0.003 0.022 0.011 0.029 0.112 0.010 0.002 0.055 0.615 2 N 0.074 0.009 0.001 0.027 0.021 0.043 0.116 0.002 0.001 0.056 0.651 3 A 0.011 0.005 0.001 0.037 0.032 0.054 0.147 0.001 0.001 0.044 0.668 4 M 0.011 0.010 0.001 0.037 0.040 0.045 0.117 0.002 0.001 0.035 0.702 5 N 0.176 0.057 0.003 0.018 0.049 0.046 0.108 0.019 0.001 0.095 0.429 6 P 0.094 0.030 0.001 0.021 0.017 0.024 0.122 0.007 0.001 0.042 0.642 7 T 0.119 0.019 0.024 0.017 0.015 0.033 0.101 0.009 0.014 0.103 0.547 8 F 0.155 0.006 0.001 0.017 0.012 0.018 0.105 0.004 0.001 0.026 0.656 9 H 0.477 0.006 0.001 0.012 0.005 0.008 0.071 0.003 0.001 0.049 0.369 10 A 0.004 0.011 0.001 0.012 0.006 0.008 0.087 0.001 0.001 0.017 0.855 11 D 0.019 0.175 0.001 0.006 0.003 0.007 0.061 0.002 0.001 0.024 0.701 12 K 0.044 0.276 0.001 0.012 0.075 0.023 0.099 0.005 0.001 0.230 0.235 13 P 0.007 0.636 0.002 0.019 0.007 0.007 0.054 0.001 0.001 0.079 0.188 14 I 0.008 0.947 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.019 0.015 15 Y 0.005 0.752 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.218 0.013 16 S 0.001 0.623 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.356 0.011 17 Q 0.002 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.008 18 I 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 19 S 0.002 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 0.007 20 D 0.002 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.060 0.013 21 W 0.006 0.844 0.010 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.119 0.011 22 M 0.015 0.824 0.032 0.001 0.001 0.001 0.006 0.033 0.002 0.077 0.011 23 K 0.021 0.887 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.001 0.027 0.040 24 K 0.013 0.065 0.006 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.829 0.072 25 Q 0.010 0.046 0.082 0.005 0.001 0.002 0.079 0.014 0.025 0.669 0.066 26 M 0.455 0.061 0.015 0.005 0.002 0.004 0.059 0.057 0.009 0.056 0.277 27 I 0.147 0.023 0.006 0.008 0.006 0.009 0.074 0.005 0.002 0.025 0.695 28 T 0.010 0.009 0.001 0.015 0.002 0.008 0.111 0.002 0.001 0.010 0.832 29 G 0.041 0.006 0.003 0.046 0.029 0.082 0.161 0.004 0.001 0.086 0.542 30 E 0.008 0.004 0.002 0.024 0.043 0.049 0.137 0.001 0.001 0.050 0.682 31 W 0.012 0.005 0.001 0.087 0.015 0.026 0.140 0.001 0.001 0.024 0.688 32 K 0.638 0.009 0.002 0.017 0.008 0.009 0.045 0.010 0.001 0.056 0.206 33 G 0.077 0.007 0.001 0.016 0.003 0.009 0.092 0.004 0.001 0.024 0.768 34 E 0.042 0.004 0.001 0.010 0.004 0.010 0.081 0.001 0.001 0.029 0.819 35 D 0.012 0.007 0.001 0.028 0.064 0.053 0.125 0.001 0.001 0.041 0.669 36 K 0.016 0.019 0.001 0.017 0.017 0.020 0.096 0.001 0.001 0.023 0.789 37 L 0.048 0.079 0.001 0.014 0.047 0.030 0.102 0.003 0.001 0.027 0.649 38 P 0.024 0.343 0.001 0.013 0.015 0.017 0.075 0.003 0.001 0.017 0.490 39 S 0.022 0.857 0.001 0.003 0.005 0.007 0.013 0.003 0.001 0.014 0.075 40 V 0.028 0.913 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.004 0.001 0.012 0.029 41 R 0.016 0.917 0.002 0.002 0.006 0.005 0.006 0.002 0.001 0.016 0.028 42 E 0.035 0.826 0.005 0.004 0.008 0.010 0.009 0.003 0.001 0.019 0.080 43 M 0.061 0.763 0.022 0.005 0.007 0.013 0.017 0.020 0.007 0.026 0.060 44 G 0.195 0.116 0.117 0.012 0.017 0.020 0.051 0.023 0.077 0.120 0.253 45 V 0.585 0.022 0.004 0.008 0.011 0.019 0.042 0.005 0.001 0.025 0.279 46 K 0.021 0.008 0.001 0.021 0.005 0.022 0.075 0.003 0.001 0.021 0.823 47 L 0.039 0.002 0.003 0.057 0.029 0.035 0.153 0.001 0.001 0.026 0.655 48 A 0.004 0.003 0.001 0.040 0.026 0.063 0.130 0.001 0.001 0.023 0.709 49 V 0.003 0.012 0.001 0.025 0.022 0.009 0.085 0.001 0.001 0.018 0.825 50 N 0.195 0.706 0.001 0.009 0.002 0.002 0.008 0.018 0.001 0.030 0.030 51 P 0.040 0.552 0.001 0.003 0.001 0.001 0.029 0.004 0.001 0.181 0.189 52 N 0.003 0.776 0.001 0.014 0.002 0.003 0.022 0.001 0.001 0.040 0.139 53 T 0.005 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.030 0.017 54 V 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 55 S 0.002 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.006 56 R 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 57 A 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.002 58 Y 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 59 Q 0.004 0.915 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.049 0.024 60 E 0.014 0.892 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.058 0.020 61 L 0.019 0.048 0.633 0.002 0.002 0.001 0.008 0.015 0.160 0.098 0.014 62 E 0.709 0.022 0.008 0.003 0.002 0.003 0.038 0.006 0.005 0.030 0.175 63 R 0.040 0.015 0.001 0.006 0.003 0.007 0.048 0.002 0.001 0.010 0.867 64 A 0.008 0.007 0.002 0.025 0.007 0.024 0.169 0.001 0.001 0.009 0.749 65 G 0.012 0.021 0.002 0.040 0.043 0.243 0.093 0.003 0.001 0.082 0.461 66 Y 0.011 0.007 0.001 0.021 0.247 0.179 0.061 0.002 0.001 0.034 0.437 67 I 0.007 0.004 0.001 0.312 0.190 0.203 0.028 0.001 0.001 0.038 0.217 68 Y 0.006 0.003 0.003 0.079 0.253 0.392 0.030 0.001 0.002 0.072 0.158 69 A 0.032 0.003 0.002 0.145 0.108 0.172 0.051 0.002 0.001 0.070 0.413 70 K 0.216 0.003 0.002 0.040 0.108 0.122 0.059 0.005 0.002 0.085 0.359 71 R 0.022 0.001 0.001 0.021 0.032 0.073 0.098 0.001 0.001 0.022 0.730 72 G 0.011 0.002 0.001 0.021 0.033 0.098 0.105 0.001 0.001 0.030 0.698 73 M 0.006 0.002 0.001 0.032 0.242 0.231 0.078 0.001 0.001 0.038 0.368 74 G 0.004 0.003 0.001 0.063 0.149 0.372 0.058 0.001 0.001 0.055 0.293 75 S 0.004 0.002 0.001 0.066 0.321 0.376 0.029 0.001 0.001 0.048 0.154 76 F 0.003 0.002 0.001 0.083 0.287 0.388 0.031 0.001 0.001 0.031 0.175 77 V 0.005 0.005 0.001 0.140 0.227 0.299 0.048 0.001 0.001 0.025 0.249 78 T 0.059 0.031 0.003 0.092 0.163 0.202 0.072 0.005 0.002 0.038 0.333 79 S 0.102 0.094 0.003 0.024 0.054 0.060 0.078 0.012 0.002 0.031 0.541 80 D 0.171 0.234 0.003 0.011 0.019 0.023 0.061 0.014 0.001 0.022 0.441 81 K 0.158 0.219 0.004 0.015 0.020 0.023 0.074 0.008 0.001 0.039 0.438 82 A 0.093 0.240 0.009 0.017 0.020 0.022 0.074 0.007 0.002 0.025 0.490 83 L 0.195 0.381 0.003 0.009 0.012 0.013 0.036 0.011 0.001 0.015 0.324 84 F 0.188 0.443 0.003 0.008 0.007 0.008 0.035 0.009 0.001 0.021 0.278 85 D 0.056 0.448 0.002 0.013 0.008 0.012 0.053 0.004 0.001 0.017 0.387 86 Q 0.036 0.538 0.004 0.012 0.009 0.012 0.040 0.004 0.001 0.012 0.332 87 L 0.058 0.758 0.005 0.004 0.006 0.004 0.018 0.010 0.001 0.011 0.125 88 K 0.098 0.843 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.001 0.005 0.035 89 K 0.052 0.815 0.006 0.005 0.002 0.002 0.014 0.006 0.001 0.014 0.085 90 E 0.021 0.829 0.006 0.004 0.002 0.002 0.011 0.004 0.001 0.017 0.103 91 L 0.054 0.869 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.001 0.019 0.035 92 A 0.013 0.099 0.002 0.002 0.001 0.001 0.018 0.002 0.001 0.822 0.040 93 D 0.011 0.715 0.004 0.004 0.002 0.004 0.024 0.004 0.001 0.121 0.111 94 A 0.050 0.777 0.005 0.003 0.003 0.003 0.018 0.011 0.001 0.021 0.109 95 I 0.034 0.729 0.021 0.007 0.004 0.006 0.025 0.015 0.005 0.032 0.124 96 T 0.085 0.759 0.002 0.002 0.002 0.002 0.016 0.012 0.001 0.011 0.107 97 E 0.097 0.601 0.006 0.006 0.003 0.004 0.030 0.006 0.001 0.022 0.224 98 R 0.047 0.595 0.011 0.015 0.005 0.010 0.049 0.007 0.001 0.026 0.233 99 F 0.081 0.540 0.015 0.010 0.006 0.008 0.050 0.013 0.003 0.030 0.244 100 L 0.216 0.542 0.007 0.005 0.007 0.005 0.027 0.019 0.002 0.023 0.148 101 E 0.212 0.313 0.007 0.009 0.007 0.008 0.046 0.011 0.001 0.063 0.323 102 E 0.094 0.300 0.008 0.013 0.006 0.010 0.065 0.009 0.002 0.043 0.450 103 A 0.155 0.182 0.023 0.013 0.009 0.012 0.074 0.023 0.007 0.045 0.458 104 K 0.273 0.126 0.005 0.010 0.008 0.009 0.064 0.013 0.002 0.023 0.465 105 S 0.183 0.106 0.004 0.018 0.006 0.009 0.071 0.009 0.001 0.028 0.565 106 I 0.050 0.077 0.003 0.025 0.007 0.010 0.088 0.005 0.001 0.034 0.700 107 G 0.085 0.172 0.003 0.020 0.008 0.014 0.085 0.008 0.001 0.047 0.558 108 L 0.047 0.059 0.002 0.017 0.013 0.009 0.136 0.003 0.001 0.232 0.481 109 D 0.026 0.410 0.003 0.015 0.007 0.007 0.075 0.006 0.001 0.099 0.351 110 D 0.076 0.808 0.001 0.002 0.001 0.002 0.012 0.012 0.001 0.009 0.077 111 Q 0.034 0.802 0.002 0.005 0.003 0.004 0.018 0.004 0.001 0.022 0.106 112 T 0.016 0.843 0.004 0.005 0.003 0.005 0.014 0.003 0.001 0.012 0.094 113 A 0.049 0.857 0.005 0.003 0.002 0.002 0.010 0.008 0.001 0.013 0.050 114 I 0.064 0.855 0.004 0.002 0.002 0.003 0.008 0.011 0.001 0.014 0.036 115 E 0.048 0.730 0.006 0.005 0.005 0.006 0.021 0.005 0.001 0.028 0.145 116 L 0.053 0.577 0.013 0.013 0.008 0.013 0.039 0.009 0.001 0.061 0.213 117 L 0.094 0.281 0.020 0.012 0.012 0.016 0.072 0.022 0.004 0.246 0.221 118 I 0.126 0.199 0.018 0.010 0.014 0.012 0.089 0.019 0.007 0.172 0.334 119 K 0.159 0.110 0.006 0.008 0.007 0.009 0.071 0.014 0.003 0.062 0.551 120 R 0.103 0.063 0.013 0.009 0.007 0.011 0.091 0.014 0.005 0.053 0.631 121 S 0.156 0.019 0.007 0.009 0.007 0.010 0.094 0.010 0.004 0.041 0.644 122 R 0.114 0.007 0.002 0.008 0.005 0.008 0.090 0.003 0.001 0.027 0.736 123 N 0.026 0.004 0.001 0.012 0.004 0.007 0.089 0.001 0.001 0.017 0.838 124 H 0.043 0.006 0.001 0.015 0.006 0.008 0.123 0.002 0.001 0.024 0.772 125 E 0.038 0.009 0.001 0.016 0.011 0.012 0.135 0.002 0.001 0.033 0.742