# TARGET T0586 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0586.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9967 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.499 0.164 0.045 0.099 0.069 0.041 0.035 0.021 0.014 0.008 0.004 2 N 0.330 0.188 0.053 0.141 0.108 0.063 0.054 0.027 0.019 0.012 0.006 3 A 0.141 0.116 0.046 0.150 0.112 0.104 0.121 0.073 0.068 0.044 0.026 4 M 0.045 0.043 0.029 0.071 0.081 0.109 0.184 0.144 0.134 0.093 0.067 5 N 0.078 0.177 0.082 0.250 0.166 0.091 0.077 0.035 0.024 0.014 0.007 6 P 0.055 0.034 0.024 0.054 0.063 0.089 0.165 0.144 0.161 0.116 0.095 7 T 0.268 0.274 0.065 0.202 0.109 0.034 0.023 0.011 0.007 0.005 0.002 8 F 0.046 0.035 0.020 0.065 0.067 0.105 0.162 0.147 0.150 0.112 0.093 9 H 0.242 0.321 0.071 0.172 0.104 0.033 0.025 0.013 0.009 0.006 0.003 10 A 0.304 0.225 0.056 0.128 0.098 0.060 0.063 0.034 0.017 0.009 0.005 11 D 0.490 0.219 0.059 0.095 0.059 0.028 0.023 0.013 0.008 0.005 0.002 12 K 0.176 0.091 0.045 0.148 0.136 0.142 0.142 0.059 0.034 0.017 0.008 13 P 0.267 0.134 0.098 0.146 0.094 0.076 0.079 0.046 0.031 0.021 0.008 14 I 0.023 0.058 0.053 0.134 0.143 0.192 0.198 0.085 0.066 0.034 0.014 15 Y 0.013 0.016 0.032 0.049 0.080 0.113 0.187 0.174 0.155 0.112 0.068 16 S 0.082 0.054 0.187 0.198 0.160 0.129 0.103 0.036 0.024 0.020 0.006 17 Q 0.008 0.026 0.103 0.191 0.212 0.134 0.151 0.103 0.042 0.022 0.008 18 I 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.005 0.037 0.086 0.238 0.356 0.268 19 S 0.001 0.004 0.031 0.062 0.100 0.178 0.351 0.121 0.087 0.047 0.018 20 D 0.075 0.036 0.690 0.128 0.030 0.019 0.012 0.005 0.003 0.002 0.001 21 W 0.002 0.005 0.023 0.064 0.096 0.289 0.404 0.072 0.030 0.011 0.004 22 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.013 0.035 0.178 0.311 0.456 23 K 0.001 0.003 0.052 0.098 0.265 0.253 0.234 0.052 0.025 0.013 0.005 24 K 0.003 0.011 0.776 0.111 0.063 0.020 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 25 Q 0.002 0.006 0.030 0.031 0.055 0.152 0.399 0.181 0.083 0.042 0.019 26 M 0.002 0.002 0.006 0.002 0.002 0.005 0.030 0.096 0.205 0.383 0.267 27 I 0.008 0.034 0.193 0.167 0.184 0.144 0.137 0.066 0.032 0.025 0.010 28 T 0.042 0.121 0.326 0.231 0.137 0.069 0.042 0.016 0.009 0.004 0.002 29 G 0.449 0.084 0.050 0.064 0.072 0.068 0.112 0.041 0.031 0.021 0.009 30 E 0.310 0.263 0.037 0.148 0.118 0.044 0.040 0.018 0.013 0.006 0.003 31 W 0.013 0.012 0.013 0.023 0.017 0.040 0.080 0.087 0.222 0.201 0.291 32 K 0.116 0.354 0.098 0.229 0.144 0.028 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 33 G 0.247 0.352 0.064 0.108 0.075 0.046 0.046 0.030 0.017 0.009 0.006 34 E 0.513 0.156 0.032 0.111 0.080 0.045 0.030 0.014 0.009 0.006 0.003 35 D 0.352 0.172 0.056 0.137 0.085 0.068 0.068 0.030 0.018 0.009 0.004 36 K 0.080 0.112 0.067 0.183 0.179 0.110 0.111 0.075 0.045 0.027 0.010 37 L 0.028 0.030 0.036 0.062 0.074 0.114 0.197 0.155 0.138 0.107 0.058 38 P 0.165 0.139 0.174 0.183 0.126 0.069 0.067 0.036 0.021 0.015 0.006 39 S 0.131 0.173 0.132 0.149 0.114 0.090 0.097 0.049 0.034 0.023 0.009 40 V 0.071 0.072 0.051 0.093 0.103 0.121 0.189 0.104 0.097 0.067 0.031 41 R 0.093 0.046 0.079 0.150 0.151 0.178 0.168 0.068 0.037 0.022 0.007 42 E 0.139 0.081 0.366 0.242 0.089 0.042 0.023 0.010 0.004 0.003 0.001 43 M 0.003 0.007 0.030 0.034 0.037 0.087 0.241 0.166 0.179 0.126 0.089 44 G 0.003 0.007 0.037 0.032 0.045 0.072 0.184 0.154 0.183 0.152 0.131 45 V 0.013 0.021 0.506 0.203 0.140 0.066 0.034 0.010 0.004 0.003 0.001 46 K 0.014 0.033 0.269 0.246 0.214 0.129 0.074 0.013 0.006 0.003 0.001 47 L 0.007 0.004 0.009 0.008 0.012 0.032 0.127 0.184 0.228 0.215 0.175 48 A 0.303 0.217 0.127 0.170 0.100 0.037 0.027 0.010 0.006 0.003 0.001 49 V 0.021 0.024 0.084 0.044 0.030 0.041 0.079 0.095 0.189 0.224 0.170 50 N 0.050 0.105 0.069 0.140 0.153 0.120 0.156 0.074 0.068 0.044 0.023 51 P 0.133 0.130 0.076 0.139 0.136 0.108 0.126 0.059 0.048 0.031 0.016 52 N 0.214 0.098 0.138 0.154 0.122 0.082 0.079 0.043 0.032 0.024 0.015 53 T 0.010 0.035 0.037 0.081 0.097 0.132 0.242 0.141 0.117 0.073 0.036 54 V 0.001 0.004 0.010 0.012 0.015 0.028 0.106 0.137 0.236 0.244 0.206 55 S 0.034 0.025 0.150 0.222 0.218 0.168 0.117 0.034 0.017 0.012 0.003 56 R 0.040 0.056 0.320 0.325 0.163 0.049 0.028 0.011 0.004 0.002 0.001 57 A 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.010 0.069 0.104 0.248 0.303 0.257 58 Y 0.001 0.002 0.014 0.017 0.024 0.072 0.302 0.165 0.204 0.114 0.085 59 Q 0.010 0.012 0.750 0.127 0.047 0.028 0.015 0.006 0.003 0.002 0.001 60 E 0.001 0.006 0.133 0.129 0.205 0.237 0.246 0.028 0.010 0.003 0.001 61 L 0.001 0.001 0.008 0.002 0.002 0.005 0.045 0.080 0.208 0.300 0.348 62 E 0.004 0.007 0.093 0.088 0.155 0.199 0.277 0.091 0.047 0.029 0.010 63 R 0.005 0.018 0.774 0.097 0.057 0.023 0.015 0.006 0.003 0.002 0.001 64 A 0.015 0.017 0.070 0.104 0.172 0.221 0.291 0.063 0.029 0.014 0.005 65 G 0.226 0.068 0.089 0.069 0.062 0.077 0.162 0.089 0.081 0.051 0.027 66 Y 0.022 0.041 0.071 0.091 0.099 0.100 0.173 0.130 0.133 0.080 0.059 67 I 0.005 0.010 0.045 0.025 0.021 0.035 0.101 0.111 0.232 0.197 0.218 68 Y 0.017 0.043 0.117 0.212 0.256 0.099 0.124 0.058 0.040 0.023 0.012 69 A 0.030 0.050 0.105 0.120 0.127 0.131 0.172 0.094 0.085 0.049 0.037 70 K 0.047 0.049 0.058 0.102 0.105 0.122 0.192 0.107 0.092 0.071 0.054 71 R 0.087 0.070 0.063 0.132 0.108 0.130 0.175 0.113 0.065 0.037 0.021 72 G 0.454 0.152 0.096 0.131 0.067 0.034 0.026 0.016 0.011 0.008 0.004 73 M 0.101 0.104 0.054 0.137 0.128 0.147 0.138 0.081 0.056 0.036 0.018 74 G 0.159 0.086 0.031 0.098 0.088 0.102 0.141 0.099 0.095 0.060 0.041 75 S 0.030 0.032 0.027 0.052 0.069 0.084 0.165 0.141 0.167 0.138 0.095 76 F 0.032 0.064 0.058 0.122 0.123 0.105 0.153 0.125 0.107 0.066 0.044 77 V 0.006 0.008 0.011 0.020 0.019 0.036 0.104 0.112 0.207 0.247 0.229 78 T 0.023 0.048 0.037 0.135 0.149 0.130 0.172 0.119 0.087 0.058 0.044 79 S 0.139 0.219 0.084 0.163 0.131 0.073 0.073 0.048 0.032 0.024 0.014 80 D 0.304 0.168 0.048 0.141 0.123 0.073 0.067 0.034 0.020 0.014 0.007 81 K 0.366 0.207 0.057 0.138 0.095 0.046 0.043 0.023 0.013 0.008 0.004 82 A 0.264 0.118 0.070 0.146 0.107 0.077 0.090 0.057 0.036 0.024 0.011 83 L 0.075 0.126 0.091 0.164 0.136 0.120 0.137 0.067 0.045 0.028 0.011 84 F 0.030 0.048 0.053 0.104 0.105 0.159 0.215 0.128 0.086 0.048 0.024 85 D 0.276 0.143 0.166 0.151 0.093 0.063 0.053 0.024 0.015 0.010 0.004 86 Q 0.180 0.108 0.133 0.181 0.132 0.096 0.087 0.039 0.023 0.014 0.007 87 L 0.081 0.060 0.068 0.090 0.085 0.102 0.161 0.120 0.105 0.081 0.047 88 K 0.079 0.168 0.147 0.180 0.134 0.103 0.103 0.040 0.025 0.016 0.006 89 K 0.125 0.085 0.155 0.175 0.144 0.127 0.103 0.047 0.023 0.012 0.005 90 E 0.389 0.105 0.176 0.128 0.072 0.050 0.042 0.017 0.011 0.008 0.003 91 L 0.034 0.073 0.073 0.160 0.149 0.148 0.183 0.088 0.051 0.028 0.012 92 A 0.005 0.011 0.024 0.023 0.029 0.054 0.150 0.171 0.209 0.189 0.135 93 D 0.049 0.057 0.232 0.224 0.192 0.116 0.079 0.026 0.013 0.009 0.003 94 A 0.161 0.093 0.408 0.172 0.070 0.044 0.029 0.011 0.007 0.005 0.002 95 I 0.016 0.025 0.034 0.061 0.074 0.123 0.238 0.165 0.125 0.090 0.049 96 T 0.009 0.026 0.036 0.039 0.051 0.088 0.208 0.184 0.162 0.129 0.069 97 E 0.076 0.061 0.343 0.198 0.125 0.092 0.059 0.024 0.011 0.008 0.002 98 R 0.197 0.083 0.396 0.171 0.070 0.041 0.025 0.008 0.005 0.003 0.001 99 F 0.008 0.019 0.023 0.040 0.048 0.099 0.240 0.175 0.164 0.118 0.066 100 L 0.005 0.011 0.025 0.035 0.049 0.103 0.213 0.176 0.162 0.129 0.090 101 E 0.074 0.059 0.540 0.157 0.076 0.046 0.026 0.011 0.006 0.004 0.001 102 E 0.045 0.078 0.283 0.265 0.157 0.095 0.054 0.013 0.007 0.003 0.001 103 A 0.007 0.005 0.009 0.011 0.014 0.029 0.102 0.153 0.222 0.230 0.219 104 K 0.033 0.053 0.106 0.189 0.196 0.159 0.149 0.056 0.032 0.019 0.007 105 S 0.033 0.076 0.399 0.191 0.095 0.070 0.060 0.027 0.025 0.017 0.007 106 I 0.018 0.023 0.042 0.060 0.091 0.148 0.259 0.153 0.110 0.064 0.032 107 G 0.271 0.175 0.101 0.147 0.096 0.057 0.069 0.032 0.025 0.019 0.007 108 L 0.026 0.028 0.037 0.061 0.064 0.101 0.159 0.142 0.147 0.131 0.105 109 D 0.126 0.403 0.129 0.145 0.084 0.037 0.037 0.017 0.011 0.007 0.003 110 D 0.158 0.213 0.059 0.130 0.143 0.089 0.109 0.054 0.025 0.014 0.006 111 Q 0.712 0.085 0.060 0.059 0.032 0.022 0.015 0.008 0.004 0.003 0.001 112 T 0.202 0.148 0.123 0.268 0.126 0.069 0.043 0.013 0.005 0.003 0.001 113 A 0.002 0.007 0.013 0.018 0.021 0.043 0.155 0.172 0.243 0.193 0.133 114 I 0.003 0.007 0.028 0.059 0.124 0.238 0.298 0.126 0.067 0.035 0.014 115 E 0.052 0.036 0.729 0.130 0.027 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 116 L 0.002 0.005 0.046 0.058 0.084 0.196 0.322 0.154 0.075 0.039 0.018 117 L 0.001 0.003 0.011 0.006 0.006 0.012 0.071 0.111 0.228 0.297 0.254 118 I 0.002 0.005 0.116 0.111 0.181 0.235 0.211 0.073 0.036 0.023 0.007 119 K 0.014 0.020 0.772 0.107 0.050 0.020 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 120 R 0.008 0.018 0.040 0.052 0.082 0.143 0.336 0.157 0.090 0.055 0.019 121 S 0.027 0.027 0.029 0.030 0.030 0.065 0.180 0.179 0.179 0.158 0.097 122 R 0.283 0.154 0.303 0.129 0.062 0.029 0.020 0.011 0.005 0.004 0.001 123 N 0.332 0.234 0.212 0.104 0.044 0.032 0.023 0.010 0.005 0.003 0.001 124 H 0.193 0.117 0.038 0.090 0.099 0.133 0.151 0.079 0.051 0.032 0.016 125 E 0.673 0.140 0.059 0.053 0.026 0.018 0.014 0.008 0.004 0.003 0.001