# TARGET T0586 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0586.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9555 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.029 0.006 0.001 0.010 0.012 0.026 0.078 0.001 0.001 0.003 0.833 2 N 0.036 0.008 0.001 0.017 0.020 0.029 0.129 0.002 0.001 0.007 0.751 3 A 0.172 0.017 0.004 0.023 0.024 0.043 0.145 0.002 0.001 0.010 0.558 4 M 0.169 0.043 0.008 0.048 0.034 0.065 0.212 0.003 0.001 0.011 0.408 5 N 0.140 0.048 0.006 0.046 0.052 0.075 0.134 0.004 0.001 0.008 0.486 6 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.984 7 T 0.015 0.007 0.002 0.012 0.018 0.043 0.438 0.001 0.001 0.004 0.461 8 F 0.400 0.014 0.001 0.014 0.008 0.015 0.092 0.001 0.001 0.021 0.433 9 H 0.079 0.077 0.005 0.013 0.014 0.018 0.293 0.002 0.001 0.008 0.490 10 A 0.106 0.050 0.004 0.016 0.010 0.013 0.207 0.002 0.001 0.029 0.563 11 D 0.126 0.045 0.008 0.010 0.005 0.015 0.126 0.004 0.001 0.011 0.650 12 K 0.231 0.028 0.016 0.015 0.007 0.012 0.167 0.001 0.001 0.007 0.515 13 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.984 14 I 0.018 0.111 0.002 0.017 0.017 0.080 0.158 0.001 0.001 0.002 0.595 15 Y 0.034 0.691 0.001 0.014 0.004 0.010 0.020 0.001 0.001 0.001 0.225 16 S 0.014 0.775 0.001 0.002 0.003 0.004 0.020 0.001 0.001 0.001 0.181 17 Q 0.016 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.066 18 I 0.008 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 19 S 0.003 0.985 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 20 D 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 21 W 0.009 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.025 22 M 0.013 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.014 23 K 0.002 0.989 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 24 K 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 25 Q 0.016 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.011 26 M 0.009 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 27 I 0.020 0.950 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.008 28 T 0.052 0.866 0.010 0.002 0.001 0.001 0.004 0.032 0.001 0.001 0.033 29 G 0.335 0.425 0.014 0.008 0.003 0.003 0.003 0.108 0.001 0.005 0.096 30 E 0.123 0.090 0.620 0.011 0.004 0.004 0.058 0.022 0.001 0.001 0.068 31 W 0.105 0.068 0.112 0.106 0.045 0.036 0.129 0.011 0.001 0.005 0.382 32 K 0.041 0.052 0.015 0.058 0.051 0.100 0.121 0.005 0.001 0.002 0.555 33 G 0.004 0.006 0.001 0.010 0.004 0.009 0.043 0.001 0.001 0.001 0.921 34 E 0.052 0.019 0.002 0.023 0.023 0.053 0.189 0.002 0.001 0.010 0.627 35 D 0.503 0.020 0.008 0.012 0.008 0.011 0.158 0.002 0.001 0.013 0.265 36 K 0.191 0.027 0.011 0.015 0.008 0.017 0.132 0.003 0.001 0.007 0.589 37 L 0.218 0.045 0.029 0.058 0.031 0.066 0.123 0.002 0.001 0.004 0.425 38 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.992 39 S 0.004 0.004 0.001 0.004 0.004 0.019 0.162 0.001 0.001 0.001 0.802 40 V 0.150 0.117 0.001 0.021 0.004 0.021 0.063 0.001 0.001 0.003 0.620 41 R 0.023 0.407 0.001 0.005 0.004 0.007 0.154 0.001 0.001 0.004 0.395 42 E 0.058 0.593 0.001 0.001 0.001 0.001 0.172 0.001 0.001 0.002 0.168 43 M 0.035 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.038 44 G 0.008 0.968 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 45 V 0.006 0.971 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 46 K 0.046 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.021 47 L 0.203 0.676 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.085 0.001 0.001 0.029 48 A 0.311 0.349 0.035 0.017 0.006 0.011 0.006 0.142 0.001 0.001 0.122 49 V 0.073 0.095 0.523 0.034 0.007 0.006 0.021 0.031 0.001 0.001 0.209 50 N 0.085 0.057 0.037 0.108 0.023 0.033 0.193 0.005 0.001 0.002 0.457 51 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.989 52 N 0.003 0.007 0.004 0.016 0.003 0.005 0.461 0.001 0.001 0.003 0.497 53 T 0.054 0.017 0.001 0.005 0.001 0.001 0.607 0.001 0.001 0.011 0.304 54 V 0.041 0.746 0.002 0.015 0.001 0.005 0.022 0.001 0.001 0.001 0.167 55 S 0.003 0.911 0.001 0.004 0.002 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.065 56 R 0.007 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.070 57 A 0.012 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 58 Y 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 59 Q 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 60 E 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 61 L 0.011 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.004 62 E 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 63 R 0.022 0.948 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.005 64 A 0.142 0.737 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.084 0.001 0.001 0.020 65 G 0.540 0.225 0.034 0.014 0.014 0.009 0.003 0.105 0.001 0.011 0.045 66 Y 0.021 0.006 0.904 0.009 0.007 0.004 0.017 0.003 0.001 0.001 0.028 67 I 0.015 0.006 0.027 0.426 0.225 0.205 0.035 0.001 0.001 0.002 0.058 68 Y 0.004 0.008 0.002 0.252 0.193 0.401 0.022 0.001 0.001 0.001 0.117 69 A 0.002 0.009 0.001 0.334 0.219 0.295 0.016 0.001 0.001 0.001 0.123 70 K 0.004 0.008 0.001 0.186 0.274 0.326 0.038 0.001 0.001 0.002 0.162 71 R 0.007 0.004 0.001 0.054 0.116 0.224 0.046 0.001 0.001 0.003 0.544 72 G 0.036 0.004 0.002 0.047 0.131 0.238 0.105 0.001 0.001 0.012 0.424 73 M 0.186 0.003 0.004 0.030 0.063 0.095 0.093 0.001 0.001 0.006 0.519 74 G 0.038 0.003 0.002 0.038 0.124 0.151 0.091 0.001 0.001 0.011 0.542 75 S 0.097 0.002 0.005 0.053 0.180 0.271 0.075 0.001 0.001 0.004 0.313 76 F 0.020 0.002 0.001 0.081 0.295 0.351 0.063 0.001 0.001 0.003 0.185 77 V 0.009 0.005 0.001 0.083 0.240 0.412 0.047 0.001 0.001 0.002 0.200 78 T 0.008 0.007 0.001 0.077 0.279 0.471 0.038 0.001 0.001 0.003 0.115 79 S 0.007 0.006 0.001 0.028 0.069 0.148 0.104 0.001 0.001 0.002 0.634 80 D 0.015 0.007 0.001 0.022 0.039 0.115 0.134 0.001 0.001 0.006 0.659 81 K 0.054 0.011 0.002 0.012 0.016 0.039 0.282 0.001 0.001 0.012 0.573 82 A 0.107 0.032 0.003 0.007 0.011 0.018 0.252 0.001 0.001 0.015 0.552 83 L 0.161 0.164 0.006 0.012 0.020 0.044 0.152 0.004 0.001 0.011 0.426 84 F 0.133 0.302 0.009 0.013 0.019 0.036 0.070 0.005 0.001 0.005 0.408 85 D 0.079 0.268 0.007 0.007 0.013 0.023 0.073 0.007 0.001 0.005 0.518 86 Q 0.170 0.269 0.010 0.009 0.009 0.016 0.069 0.009 0.001 0.007 0.431 87 L 0.091 0.253 0.017 0.008 0.004 0.009 0.091 0.007 0.001 0.002 0.517 88 K 0.061 0.433 0.012 0.016 0.010 0.024 0.085 0.004 0.001 0.003 0.352 89 K 0.033 0.496 0.004 0.008 0.006 0.009 0.040 0.004 0.001 0.002 0.398 90 E 0.053 0.546 0.004 0.005 0.005 0.007 0.060 0.006 0.001 0.002 0.313 91 L 0.114 0.700 0.006 0.004 0.003 0.005 0.025 0.007 0.001 0.001 0.135 92 A 0.040 0.848 0.005 0.003 0.003 0.004 0.008 0.004 0.001 0.001 0.084 93 D 0.041 0.780 0.007 0.003 0.003 0.004 0.013 0.008 0.001 0.001 0.140 94 A 0.067 0.790 0.008 0.004 0.002 0.003 0.011 0.010 0.001 0.001 0.106 95 I 0.038 0.853 0.008 0.003 0.003 0.004 0.015 0.007 0.001 0.001 0.069 96 T 0.038 0.827 0.007 0.004 0.003 0.004 0.016 0.008 0.001 0.001 0.094 97 E 0.042 0.833 0.006 0.003 0.002 0.003 0.013 0.008 0.001 0.001 0.087 98 R 0.068 0.756 0.008 0.003 0.002 0.003 0.024 0.014 0.001 0.001 0.122 99 F 0.069 0.762 0.017 0.003 0.002 0.004 0.020 0.011 0.001 0.001 0.112 100 L 0.042 0.795 0.018 0.004 0.002 0.004 0.014 0.007 0.001 0.001 0.112 101 E 0.027 0.752 0.008 0.003 0.003 0.004 0.023 0.008 0.001 0.001 0.171 102 E 0.059 0.742 0.005 0.002 0.002 0.004 0.020 0.014 0.001 0.001 0.153 103 A 0.109 0.741 0.006 0.002 0.002 0.004 0.010 0.021 0.001 0.001 0.105 104 K 0.105 0.727 0.018 0.004 0.004 0.004 0.015 0.020 0.001 0.001 0.102 105 S 0.122 0.648 0.022 0.006 0.004 0.005 0.017 0.030 0.001 0.002 0.145 106 I 0.196 0.449 0.022 0.012 0.005 0.007 0.020 0.042 0.001 0.003 0.244 107 G 0.220 0.263 0.047 0.021 0.007 0.012 0.055 0.044 0.001 0.005 0.327 108 L 0.200 0.160 0.070 0.034 0.010 0.015 0.101 0.015 0.001 0.005 0.391 109 D 0.045 0.091 0.014 0.027 0.009 0.014 0.174 0.008 0.001 0.005 0.613 110 D 0.057 0.080 0.008 0.026 0.006 0.014 0.144 0.004 0.001 0.007 0.655 111 Q 0.066 0.158 0.009 0.022 0.006 0.011 0.256 0.002 0.001 0.008 0.462 112 T 0.067 0.210 0.005 0.008 0.005 0.008 0.381 0.002 0.001 0.008 0.306 113 A 0.056 0.662 0.006 0.007 0.004 0.008 0.053 0.003 0.001 0.003 0.198 114 I 0.013 0.844 0.003 0.004 0.004 0.007 0.020 0.001 0.001 0.001 0.102 115 E 0.013 0.897 0.001 0.001 0.004 0.003 0.018 0.002 0.001 0.001 0.060 116 L 0.024 0.926 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.038 117 L 0.027 0.938 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.021 118 I 0.022 0.930 0.006 0.001 0.002 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.028 119 K 0.025 0.892 0.005 0.001 0.002 0.002 0.003 0.015 0.001 0.001 0.052 120 R 0.101 0.745 0.007 0.002 0.002 0.002 0.008 0.040 0.001 0.001 0.092 121 S 0.202 0.604 0.014 0.004 0.002 0.003 0.012 0.048 0.001 0.001 0.110 122 R 0.225 0.417 0.062 0.009 0.004 0.005 0.032 0.044 0.001 0.003 0.199 123 N 0.168 0.280 0.088 0.017 0.005 0.007 0.078 0.032 0.001 0.005 0.320 124 H 0.160 0.156 0.036 0.022 0.006 0.011 0.065 0.017 0.001 0.010 0.517 125 E 0.075 0.086 0.026 0.017 0.007 0.011 0.165 0.008 0.001 0.005 0.599