# TARGET T0586 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0586.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9555 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.376 0.115 0.181 0.151 0.068 0.025 0.036 0.014 0.016 0.016 0.001 2 N 0.230 0.121 0.150 0.288 0.056 0.033 0.076 0.018 0.018 0.008 0.002 3 A 0.222 0.229 0.232 0.164 0.049 0.032 0.041 0.008 0.018 0.005 0.002 4 M 0.132 0.403 0.281 0.073 0.041 0.028 0.010 0.002 0.026 0.002 0.001 5 N 0.026 0.206 0.552 0.007 0.035 0.035 0.007 0.001 0.127 0.002 0.002 6 P 0.234 0.017 0.654 0.022 0.003 0.037 0.004 0.001 0.005 0.001 0.021 7 T 0.274 0.242 0.267 0.100 0.041 0.029 0.009 0.004 0.028 0.003 0.001 8 F 0.343 0.131 0.252 0.129 0.038 0.056 0.021 0.006 0.019 0.004 0.003 9 H 0.214 0.165 0.203 0.252 0.044 0.035 0.041 0.008 0.027 0.010 0.002 10 A 0.429 0.095 0.195 0.160 0.040 0.027 0.028 0.007 0.008 0.009 0.002 11 D 0.226 0.060 0.138 0.307 0.025 0.085 0.112 0.014 0.025 0.004 0.003 12 K 0.172 0.219 0.377 0.021 0.049 0.017 0.011 0.001 0.130 0.004 0.001 13 P 0.548 0.003 0.414 0.010 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 14 I 0.949 0.009 0.020 0.013 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 Y 0.993 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 S 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 Q 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 W 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 Q 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 M 0.964 0.002 0.008 0.020 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 27 I 0.777 0.004 0.008 0.194 0.001 0.007 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 28 T 0.074 0.015 0.007 0.862 0.009 0.001 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 29 G 0.031 0.007 0.030 0.022 0.064 0.003 0.126 0.657 0.002 0.057 0.001 30 E 0.109 0.238 0.506 0.051 0.018 0.034 0.015 0.001 0.027 0.001 0.001 31 W 0.046 0.135 0.695 0.039 0.009 0.045 0.004 0.001 0.024 0.002 0.001 32 K 0.088 0.381 0.363 0.046 0.069 0.026 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 33 G 0.260 0.024 0.326 0.057 0.071 0.033 0.049 0.079 0.013 0.086 0.002 34 E 0.290 0.045 0.079 0.171 0.065 0.019 0.058 0.183 0.011 0.078 0.001 35 D 0.156 0.140 0.177 0.299 0.036 0.056 0.099 0.007 0.019 0.006 0.005 36 K 0.157 0.211 0.266 0.160 0.028 0.075 0.045 0.009 0.037 0.004 0.009 37 L 0.011 0.091 0.582 0.003 0.014 0.014 0.003 0.001 0.281 0.001 0.001 38 P 0.185 0.001 0.726 0.009 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 39 S 0.553 0.078 0.255 0.029 0.039 0.026 0.003 0.002 0.010 0.004 0.001 40 V 0.963 0.004 0.019 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 R 0.982 0.003 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.978 0.003 0.004 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 M 0.982 0.002 0.001 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 G 0.968 0.003 0.003 0.019 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 45 V 0.960 0.003 0.007 0.025 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.929 0.007 0.006 0.052 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.281 0.016 0.069 0.614 0.002 0.002 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 48 A 0.060 0.021 0.041 0.093 0.022 0.014 0.717 0.025 0.005 0.003 0.001 49 V 0.032 0.485 0.369 0.092 0.006 0.010 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 50 N 0.012 0.084 0.469 0.007 0.037 0.187 0.007 0.001 0.195 0.001 0.001 51 P 0.956 0.001 0.028 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 52 N 0.959 0.002 0.003 0.028 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 53 T 0.982 0.002 0.003 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 R 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 A 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 Y 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 Q 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 R 0.943 0.001 0.001 0.051 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 64 A 0.172 0.002 0.010 0.799 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 65 G 0.016 0.001 0.006 0.023 0.025 0.001 0.254 0.628 0.001 0.046 0.001 66 Y 0.084 0.309 0.481 0.047 0.029 0.018 0.016 0.001 0.014 0.001 0.001 67 I 0.023 0.733 0.190 0.010 0.014 0.020 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 68 Y 0.023 0.767 0.123 0.010 0.039 0.029 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 69 A 0.027 0.642 0.163 0.018 0.083 0.036 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 70 K 0.044 0.583 0.198 0.019 0.071 0.033 0.005 0.001 0.045 0.002 0.001 71 R 0.071 0.101 0.553 0.113 0.031 0.036 0.049 0.004 0.035 0.005 0.002 72 G 0.017 0.009 0.040 0.014 0.079 0.006 0.051 0.527 0.004 0.254 0.001 73 M 0.065 0.293 0.348 0.162 0.090 0.013 0.013 0.001 0.010 0.005 0.001 74 G 0.030 0.087 0.160 0.020 0.284 0.020 0.053 0.163 0.010 0.174 0.001 75 S 0.044 0.559 0.224 0.023 0.115 0.015 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 76 F 0.032 0.546 0.270 0.022 0.044 0.050 0.006 0.001 0.026 0.001 0.002 77 V 0.028 0.532 0.315 0.026 0.014 0.057 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 78 T 0.041 0.516 0.273 0.025 0.070 0.032 0.003 0.001 0.035 0.002 0.001 79 S 0.265 0.148 0.327 0.057 0.099 0.048 0.013 0.005 0.022 0.011 0.004 80 D 0.266 0.090 0.241 0.178 0.042 0.064 0.060 0.012 0.035 0.008 0.003 81 K 0.517 0.086 0.195 0.109 0.026 0.022 0.019 0.006 0.015 0.004 0.002 82 A 0.591 0.068 0.205 0.077 0.015 0.021 0.009 0.003 0.008 0.002 0.002 83 L 0.529 0.102 0.174 0.126 0.016 0.029 0.008 0.002 0.012 0.001 0.001 84 F 0.520 0.115 0.178 0.070 0.035 0.030 0.020 0.002 0.028 0.002 0.001 85 D 0.687 0.028 0.119 0.104 0.009 0.022 0.018 0.004 0.006 0.001 0.002 86 Q 0.524 0.107 0.134 0.108 0.029 0.039 0.024 0.007 0.027 0.002 0.001 87 L 0.534 0.052 0.249 0.086 0.007 0.049 0.005 0.001 0.014 0.001 0.002 88 K 0.763 0.036 0.115 0.041 0.012 0.015 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 89 K 0.935 0.006 0.036 0.013 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 E 0.903 0.009 0.021 0.046 0.003 0.012 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 91 L 0.832 0.030 0.045 0.068 0.004 0.012 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 92 A 0.933 0.009 0.028 0.016 0.003 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 93 D 0.923 0.006 0.019 0.030 0.002 0.011 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 94 A 0.932 0.005 0.011 0.041 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 95 I 0.891 0.016 0.025 0.055 0.003 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 96 T 0.899 0.016 0.029 0.032 0.006 0.009 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 97 E 0.909 0.011 0.019 0.046 0.004 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 98 R 0.780 0.021 0.036 0.127 0.007 0.012 0.010 0.002 0.005 0.001 0.001 99 F 0.572 0.059 0.095 0.170 0.017 0.033 0.032 0.003 0.018 0.001 0.001 100 L 0.665 0.056 0.157 0.069 0.009 0.022 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 101 E 0.770 0.026 0.083 0.080 0.009 0.018 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 102 E 0.681 0.044 0.072 0.140 0.019 0.018 0.013 0.003 0.009 0.002 0.001 103 A 0.614 0.049 0.127 0.138 0.016 0.023 0.016 0.003 0.011 0.002 0.001 104 K 0.594 0.067 0.161 0.105 0.018 0.018 0.019 0.003 0.011 0.003 0.001 105 S 0.528 0.079 0.167 0.136 0.023 0.027 0.017 0.005 0.015 0.004 0.001 106 I 0.366 0.093 0.206 0.262 0.020 0.018 0.020 0.002 0.012 0.001 0.001 107 G 0.117 0.018 0.071 0.045 0.091 0.023 0.131 0.333 0.007 0.165 0.001 108 L 0.350 0.163 0.297 0.117 0.026 0.022 0.007 0.001 0.012 0.003 0.001 109 D 0.296 0.112 0.243 0.127 0.046 0.089 0.042 0.007 0.029 0.008 0.003 110 D 0.577 0.046 0.130 0.122 0.025 0.048 0.028 0.007 0.010 0.004 0.002 111 Q 0.779 0.033 0.066 0.082 0.009 0.014 0.008 0.002 0.006 0.001 0.001 112 T 0.769 0.036 0.068 0.072 0.013 0.024 0.008 0.001 0.009 0.001 0.001 113 A 0.865 0.018 0.037 0.048 0.008 0.016 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 114 I 0.941 0.014 0.021 0.014 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 115 E 0.966 0.005 0.011 0.010 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 L 0.928 0.009 0.014 0.034 0.002 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 117 L 0.767 0.030 0.060 0.111 0.004 0.015 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 118 I 0.762 0.042 0.106 0.047 0.006 0.016 0.007 0.001 0.013 0.001 0.001 119 K 0.826 0.016 0.061 0.067 0.005 0.013 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 120 R 0.638 0.027 0.050 0.234 0.011 0.014 0.015 0.005 0.005 0.001 0.001 121 S 0.477 0.061 0.111 0.254 0.023 0.018 0.033 0.006 0.011 0.005 0.001 122 R 0.459 0.079 0.167 0.161 0.030 0.022 0.049 0.009 0.015 0.008 0.001 123 N 0.317 0.077 0.212 0.225 0.029 0.042 0.056 0.014 0.020 0.007 0.001 124 H 0.304 0.105 0.271 0.161 0.039 0.036 0.039 0.014 0.020 0.009 0.001 125 E 0.415 0.108 0.259 0.113 0.026 0.030 0.022 0.006 0.014 0.005 0.002