# TARGET T0586 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0586.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9967 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.069 0.123 0.063 0.036 0.114 0.039 0.054 0.214 0.153 0.101 0.035 2 N 0.072 0.105 0.060 0.025 0.150 0.029 0.052 0.181 0.115 0.158 0.052 3 A 0.121 0.137 0.045 0.012 0.205 0.012 0.041 0.167 0.097 0.117 0.046 4 M 0.091 0.221 0.089 0.022 0.217 0.027 0.036 0.087 0.063 0.098 0.049 5 N 0.153 0.248 0.114 0.011 0.341 0.007 0.009 0.042 0.020 0.025 0.028 6 P 0.045 0.154 0.050 0.013 0.106 0.025 0.050 0.253 0.218 0.059 0.026 7 T 0.103 0.156 0.091 0.018 0.213 0.022 0.051 0.172 0.081 0.067 0.027 8 F 0.059 0.117 0.028 0.009 0.107 0.014 0.047 0.288 0.213 0.085 0.033 9 H 0.048 0.059 0.055 0.030 0.063 0.034 0.054 0.225 0.127 0.245 0.061 10 A 0.030 0.281 0.112 0.020 0.125 0.019 0.043 0.213 0.085 0.056 0.015 11 D 0.029 0.054 0.036 0.018 0.041 0.020 0.039 0.142 0.134 0.438 0.049 12 K 0.029 0.410 0.225 0.010 0.106 0.005 0.009 0.131 0.038 0.025 0.013 13 P 0.028 0.174 0.045 0.004 0.067 0.006 0.021 0.546 0.073 0.019 0.016 14 I 0.016 0.060 0.018 0.002 0.018 0.004 0.011 0.726 0.103 0.033 0.009 15 Y 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.905 0.078 0.005 0.001 16 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.043 0.001 0.001 17 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.012 0.001 0.001 18 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.022 0.002 0.001 19 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.044 0.001 0.001 20 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.013 0.001 0.001 21 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.010 0.001 0.001 22 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.020 0.001 0.001 23 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.035 0.001 0.001 24 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.018 0.001 0.001 25 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.965 0.020 0.002 0.001 26 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.820 0.161 0.009 0.001 27 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.093 0.736 0.101 0.042 0.010 28 T 0.003 0.668 0.160 0.009 0.017 0.007 0.093 0.027 0.009 0.005 0.002 29 G 0.017 0.009 0.025 0.026 0.009 0.011 0.010 0.016 0.018 0.520 0.340 30 E 0.054 0.476 0.085 0.006 0.245 0.002 0.011 0.031 0.023 0.043 0.025 31 W 0.142 0.225 0.077 0.027 0.191 0.029 0.025 0.036 0.033 0.068 0.145 32 K 0.023 0.091 0.395 0.264 0.038 0.079 0.034 0.037 0.022 0.009 0.008 33 G 0.010 0.106 0.068 0.073 0.026 0.029 0.091 0.273 0.269 0.040 0.015 34 E 0.018 0.030 0.043 0.033 0.020 0.018 0.019 0.081 0.113 0.557 0.069 35 D 0.030 0.395 0.148 0.007 0.179 0.005 0.016 0.056 0.054 0.084 0.026 36 K 0.086 0.176 0.084 0.013 0.160 0.019 0.036 0.090 0.109 0.148 0.079 37 L 0.049 0.375 0.241 0.031 0.124 0.013 0.019 0.067 0.033 0.025 0.021 38 P 0.030 0.315 0.174 0.018 0.075 0.014 0.029 0.224 0.062 0.037 0.022 39 S 0.031 0.280 0.102 0.003 0.058 0.003 0.007 0.420 0.063 0.021 0.010 40 V 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.877 0.105 0.006 0.001 41 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.041 0.001 0.001 42 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.020 0.002 0.001 43 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.964 0.030 0.001 0.001 44 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.916 0.077 0.001 0.001 45 V 0.002 0.009 0.002 0.001 0.004 0.002 0.048 0.842 0.084 0.006 0.001 46 K 0.024 0.012 0.011 0.003 0.021 0.007 0.109 0.499 0.099 0.146 0.071 47 L 0.021 0.592 0.148 0.004 0.110 0.010 0.030 0.036 0.015 0.021 0.013 48 A 0.157 0.055 0.017 0.009 0.082 0.017 0.025 0.046 0.027 0.317 0.247 49 V 0.053 0.357 0.120 0.037 0.160 0.027 0.026 0.085 0.034 0.059 0.043 50 N 0.084 0.388 0.175 0.005 0.282 0.004 0.002 0.033 0.006 0.008 0.013 51 P 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.696 0.283 0.008 0.001 52 N 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.921 0.060 0.005 0.001 53 T 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.960 0.021 0.008 0.001 54 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.022 0.001 0.001 55 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.050 0.001 0.001 56 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.006 0.001 0.001 57 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.008 0.001 0.001 58 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.026 0.001 0.001 59 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.018 0.001 0.001 60 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.013 0.001 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.959 0.031 0.001 0.001 62 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.830 0.155 0.004 0.001 63 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.111 0.668 0.088 0.109 0.014 64 A 0.011 0.643 0.201 0.004 0.049 0.005 0.060 0.015 0.005 0.005 0.003 65 G 0.056 0.020 0.011 0.023 0.026 0.036 0.027 0.015 0.013 0.360 0.416 66 Y 0.234 0.156 0.017 0.009 0.458 0.004 0.012 0.021 0.017 0.028 0.044 67 I 0.205 0.096 0.008 0.002 0.636 0.004 0.004 0.012 0.005 0.004 0.023 68 Y 0.219 0.115 0.017 0.004 0.587 0.007 0.010 0.009 0.004 0.005 0.024 69 A 0.256 0.146 0.048 0.009 0.392 0.009 0.012 0.016 0.009 0.021 0.081 70 K 0.180 0.129 0.122 0.075 0.230 0.045 0.043 0.040 0.020 0.052 0.065 71 R 0.049 0.166 0.128 0.205 0.077 0.106 0.104 0.053 0.051 0.042 0.019 72 G 0.042 0.037 0.106 0.321 0.043 0.091 0.038 0.029 0.035 0.205 0.054 73 M 0.074 0.159 0.091 0.099 0.126 0.045 0.072 0.066 0.084 0.133 0.051 74 G 0.101 0.155 0.088 0.057 0.131 0.041 0.033 0.042 0.061 0.168 0.123 75 S 0.126 0.267 0.056 0.013 0.381 0.011 0.022 0.025 0.032 0.030 0.039 76 F 0.256 0.119 0.016 0.004 0.520 0.005 0.010 0.015 0.012 0.011 0.033 77 V 0.230 0.160 0.031 0.013 0.347 0.020 0.023 0.027 0.018 0.031 0.100 78 T 0.147 0.210 0.132 0.037 0.220 0.027 0.029 0.030 0.021 0.069 0.077 79 S 0.062 0.275 0.220 0.048 0.143 0.024 0.027 0.071 0.049 0.053 0.028 80 D 0.059 0.209 0.089 0.024 0.144 0.020 0.041 0.161 0.138 0.087 0.029 81 K 0.046 0.116 0.051 0.013 0.093 0.017 0.041 0.294 0.207 0.094 0.027 82 A 0.034 0.074 0.030 0.007 0.064 0.010 0.035 0.453 0.178 0.089 0.026 83 L 0.040 0.067 0.026 0.007 0.063 0.010 0.029 0.480 0.158 0.095 0.026 84 F 0.040 0.102 0.038 0.008 0.079 0.012 0.027 0.489 0.129 0.057 0.019 85 D 0.024 0.050 0.019 0.005 0.048 0.008 0.025 0.607 0.151 0.052 0.013 86 Q 0.017 0.029 0.012 0.003 0.032 0.006 0.025 0.664 0.154 0.048 0.010 87 L 0.019 0.066 0.025 0.005 0.044 0.008 0.034 0.641 0.102 0.043 0.012 88 K 0.029 0.059 0.021 0.005 0.042 0.005 0.019 0.608 0.114 0.078 0.021 89 K 0.014 0.026 0.008 0.002 0.027 0.004 0.010 0.715 0.160 0.027 0.008 90 E 0.008 0.022 0.009 0.002 0.016 0.006 0.026 0.796 0.094 0.017 0.005 91 L 0.014 0.020 0.007 0.002 0.018 0.003 0.017 0.781 0.080 0.049 0.009 92 A 0.011 0.013 0.003 0.002 0.015 0.002 0.006 0.770 0.142 0.029 0.006 93 D 0.003 0.005 0.002 0.001 0.006 0.002 0.005 0.849 0.118 0.007 0.001 94 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.890 0.080 0.009 0.001 95 I 0.004 0.007 0.002 0.001 0.005 0.001 0.013 0.862 0.073 0.028 0.003 96 T 0.005 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.819 0.136 0.020 0.003 97 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.871 0.108 0.005 0.001 98 R 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.021 0.907 0.053 0.009 0.001 99 F 0.005 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.010 0.846 0.066 0.052 0.005 100 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.881 0.104 0.007 0.001 101 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.934 0.060 0.001 0.001 102 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.926 0.053 0.008 0.001 103 A 0.005 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.012 0.884 0.076 0.012 0.002 104 K 0.002 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.010 0.801 0.160 0.013 0.002 105 S 0.010 0.005 0.004 0.001 0.010 0.005 0.053 0.691 0.121 0.079 0.020 106 I 0.007 0.617 0.161 0.007 0.049 0.012 0.064 0.050 0.018 0.011 0.004 107 G 0.057 0.019 0.018 0.017 0.029 0.014 0.017 0.045 0.022 0.444 0.318 108 L 0.038 0.381 0.124 0.023 0.137 0.012 0.021 0.089 0.053 0.091 0.031 109 D 0.047 0.466 0.234 0.010 0.133 0.007 0.006 0.048 0.011 0.016 0.022 110 D 0.004 0.010 0.004 0.001 0.008 0.003 0.007 0.646 0.303 0.013 0.003 111 Q 0.001 0.006 0.003 0.001 0.003 0.002 0.009 0.844 0.120 0.010 0.001 112 T 0.002 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.904 0.047 0.028 0.003 113 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.931 0.049 0.010 0.001 114 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.057 0.001 0.001 115 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.025 0.001 0.001 116 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.977 0.018 0.001 0.001 117 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.933 0.059 0.004 0.001 118 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.892 0.101 0.002 0.001 119 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.049 0.871 0.064 0.006 0.001 120 R 0.012 0.013 0.007 0.002 0.012 0.003 0.088 0.638 0.122 0.090 0.012 121 S 0.034 0.040 0.017 0.009 0.048 0.012 0.029 0.407 0.215 0.150 0.039 122 R 0.011 0.046 0.021 0.020 0.018 0.034 0.133 0.462 0.175 0.069 0.013 123 N 0.031 0.038 0.034 0.017 0.046 0.011 0.051 0.146 0.089 0.478 0.060 124 H 0.080 0.287 0.118 0.011 0.220 0.009 0.016 0.085 0.058 0.078 0.039 125 E 0.069 0.180 0.090 0.019 0.130 0.033 0.057 0.195 0.102 0.079 0.046