# TARGET T0586 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0586.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9555 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.773 0.164 0.042 0.015 0.005 0.001 0.001 2 N 0.685 0.212 0.068 0.027 0.006 0.001 0.001 3 A 0.430 0.261 0.187 0.091 0.025 0.006 0.001 4 M 0.233 0.186 0.220 0.217 0.113 0.028 0.001 5 N 0.438 0.320 0.150 0.062 0.023 0.006 0.001 6 P 0.290 0.194 0.200 0.195 0.094 0.025 0.001 7 T 0.567 0.299 0.095 0.027 0.010 0.002 0.001 8 F 0.309 0.209 0.228 0.183 0.059 0.012 0.001 9 H 0.670 0.223 0.072 0.024 0.009 0.002 0.001 10 A 0.625 0.231 0.089 0.042 0.010 0.002 0.001 11 D 0.678 0.225 0.065 0.022 0.008 0.002 0.001 12 K 0.370 0.307 0.188 0.100 0.028 0.006 0.001 13 P 0.266 0.345 0.192 0.118 0.064 0.014 0.001 14 I 0.042 0.111 0.203 0.294 0.224 0.116 0.010 15 Y 0.019 0.053 0.120 0.215 0.338 0.240 0.016 16 S 0.096 0.290 0.289 0.182 0.102 0.038 0.003 17 Q 0.020 0.079 0.242 0.354 0.237 0.059 0.010 18 I 0.002 0.007 0.013 0.029 0.171 0.606 0.171 19 S 0.008 0.056 0.196 0.439 0.221 0.075 0.004 20 D 0.249 0.560 0.126 0.043 0.016 0.005 0.001 21 W 0.009 0.057 0.231 0.464 0.199 0.039 0.002 22 M 0.006 0.012 0.029 0.083 0.388 0.444 0.037 23 K 0.031 0.197 0.343 0.313 0.099 0.017 0.001 24 K 0.393 0.496 0.077 0.024 0.009 0.002 0.001 25 Q 0.027 0.140 0.292 0.388 0.131 0.022 0.001 26 M 0.027 0.046 0.113 0.208 0.395 0.202 0.009 27 I 0.090 0.236 0.336 0.239 0.085 0.013 0.001 28 T 0.512 0.340 0.108 0.032 0.008 0.001 0.001 29 G 0.371 0.309 0.167 0.113 0.034 0.005 0.001 30 E 0.467 0.383 0.101 0.035 0.012 0.002 0.001 31 W 0.104 0.109 0.271 0.328 0.160 0.027 0.001 32 K 0.550 0.312 0.103 0.027 0.007 0.001 0.001 33 G 0.560 0.259 0.110 0.053 0.015 0.003 0.001 34 E 0.648 0.229 0.075 0.034 0.012 0.002 0.001 35 D 0.587 0.278 0.086 0.035 0.011 0.002 0.001 36 K 0.320 0.318 0.201 0.106 0.042 0.012 0.001 37 L 0.106 0.118 0.200 0.254 0.227 0.087 0.007 38 P 0.181 0.217 0.245 0.189 0.121 0.042 0.004 39 S 0.233 0.248 0.210 0.155 0.098 0.049 0.007 40 V 0.134 0.170 0.194 0.215 0.183 0.092 0.012 41 R 0.167 0.248 0.257 0.193 0.100 0.033 0.003 42 E 0.243 0.333 0.211 0.131 0.061 0.019 0.002 43 M 0.049 0.062 0.113 0.238 0.299 0.215 0.025 44 G 0.096 0.117 0.225 0.307 0.182 0.068 0.006 45 V 0.414 0.389 0.128 0.049 0.016 0.005 0.001 46 K 0.328 0.334 0.183 0.109 0.036 0.010 0.001 47 L 0.069 0.085 0.163 0.289 0.283 0.105 0.007 48 A 0.298 0.404 0.188 0.071 0.029 0.009 0.001 49 V 0.090 0.099 0.186 0.310 0.215 0.088 0.012 50 N 0.188 0.229 0.183 0.158 0.160 0.073 0.008 51 P 0.133 0.222 0.258 0.222 0.116 0.045 0.004 52 N 0.366 0.372 0.149 0.070 0.033 0.009 0.001 53 T 0.066 0.162 0.249 0.274 0.178 0.063 0.009 54 V 0.016 0.027 0.052 0.115 0.342 0.383 0.064 55 S 0.038 0.185 0.340 0.281 0.123 0.030 0.001 56 R 0.157 0.406 0.252 0.136 0.041 0.008 0.001 57 A 0.007 0.030 0.080 0.195 0.381 0.289 0.018 58 Y 0.013 0.044 0.129 0.329 0.348 0.133 0.004 59 Q 0.275 0.549 0.135 0.030 0.009 0.002 0.001 60 E 0.072 0.277 0.371 0.237 0.039 0.004 0.001 61 L 0.026 0.032 0.109 0.259 0.431 0.139 0.004 62 E 0.247 0.405 0.213 0.103 0.028 0.003 0.001 63 R 0.568 0.355 0.057 0.015 0.004 0.001 0.001 64 A 0.262 0.332 0.229 0.143 0.030 0.005 0.001 65 G 0.232 0.335 0.211 0.138 0.068 0.015 0.001 66 Y 0.056 0.094 0.193 0.293 0.257 0.098 0.009 67 I 0.074 0.104 0.169 0.225 0.260 0.149 0.017 68 Y 0.099 0.214 0.278 0.228 0.126 0.050 0.005 69 A 0.135 0.216 0.238 0.220 0.138 0.049 0.005 70 K 0.202 0.242 0.217 0.187 0.115 0.035 0.003 71 R 0.338 0.274 0.167 0.121 0.071 0.027 0.003 72 G 0.290 0.262 0.210 0.141 0.068 0.025 0.004 73 M 0.212 0.281 0.236 0.164 0.074 0.029 0.004 74 G 0.079 0.140 0.170 0.238 0.241 0.120 0.012 75 S 0.036 0.084 0.140 0.224 0.283 0.211 0.021 76 F 0.024 0.052 0.109 0.192 0.269 0.304 0.051 77 V 0.025 0.057 0.123 0.225 0.276 0.255 0.040 78 T 0.083 0.165 0.274 0.282 0.152 0.042 0.003 79 S 0.331 0.341 0.179 0.102 0.036 0.009 0.001 80 D 0.446 0.275 0.150 0.088 0.034 0.007 0.001 81 K 0.625 0.254 0.077 0.031 0.010 0.002 0.001 82 A 0.545 0.291 0.101 0.046 0.015 0.003 0.001 83 L 0.425 0.272 0.173 0.090 0.032 0.008 0.001 84 F 0.326 0.257 0.210 0.133 0.059 0.015 0.001 85 D 0.402 0.324 0.150 0.073 0.040 0.010 0.001 86 Q 0.175 0.193 0.227 0.222 0.134 0.046 0.004 87 L 0.157 0.169 0.221 0.209 0.166 0.071 0.007 88 K 0.222 0.248 0.248 0.179 0.077 0.024 0.002 89 K 0.448 0.306 0.140 0.069 0.029 0.007 0.001 90 E 0.281 0.322 0.187 0.134 0.058 0.017 0.001 91 L 0.088 0.107 0.166 0.255 0.252 0.120 0.011 92 A 0.135 0.188 0.265 0.253 0.120 0.037 0.002 93 D 0.406 0.364 0.150 0.056 0.019 0.005 0.001 94 A 0.139 0.186 0.223 0.265 0.141 0.044 0.003 95 I 0.113 0.122 0.180 0.243 0.239 0.097 0.007 96 T 0.245 0.270 0.237 0.160 0.066 0.020 0.001 97 E 0.482 0.305 0.127 0.058 0.023 0.005 0.001 98 R 0.336 0.303 0.183 0.120 0.046 0.011 0.001 99 F 0.171 0.187 0.232 0.229 0.138 0.040 0.002 100 L 0.230 0.214 0.247 0.194 0.091 0.023 0.001 101 E 0.537 0.279 0.117 0.048 0.016 0.003 0.001 102 E 0.539 0.260 0.118 0.060 0.019 0.004 0.001 103 A 0.435 0.231 0.170 0.111 0.043 0.010 0.001 104 K 0.472 0.270 0.146 0.078 0.028 0.007 0.001 105 S 0.456 0.274 0.147 0.082 0.032 0.009 0.001 106 I 0.309 0.233 0.205 0.158 0.072 0.022 0.001 107 G 0.322 0.254 0.197 0.134 0.068 0.024 0.002 108 L 0.298 0.217 0.215 0.161 0.080 0.027 0.002 109 D 0.415 0.265 0.164 0.095 0.044 0.016 0.002 110 D 0.327 0.237 0.182 0.146 0.073 0.031 0.004 111 Q 0.333 0.247 0.193 0.136 0.064 0.025 0.003 112 T 0.301 0.290 0.194 0.129 0.058 0.024 0.003 113 A 0.104 0.142 0.174 0.238 0.210 0.115 0.017 114 I 0.075 0.117 0.151 0.239 0.244 0.156 0.017 115 E 0.145 0.257 0.237 0.190 0.113 0.053 0.005 116 L 0.099 0.178 0.228 0.251 0.168 0.069 0.007 117 L 0.055 0.093 0.142 0.231 0.295 0.170 0.014 118 I 0.093 0.147 0.244 0.274 0.176 0.063 0.004 119 K 0.445 0.317 0.143 0.066 0.023 0.006 0.001 120 R 0.515 0.264 0.127 0.068 0.021 0.005 0.001 121 S 0.491 0.215 0.152 0.097 0.037 0.008 0.001 122 R 0.685 0.223 0.062 0.021 0.006 0.001 0.001 123 N 0.693 0.204 0.066 0.028 0.008 0.002 0.001 124 H 0.638 0.197 0.098 0.048 0.015 0.004 0.001 125 E 0.704 0.195 0.064 0.025 0.008 0.003 0.001