# TARGET T0586 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0586.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9555 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.499 0.204 0.137 0.067 0.043 0.023 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 2 N 0.358 0.179 0.142 0.118 0.097 0.051 0.026 0.014 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 3 A 0.220 0.137 0.130 0.133 0.136 0.092 0.070 0.041 0.023 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 4 M 0.142 0.085 0.087 0.142 0.154 0.150 0.103 0.066 0.030 0.023 0.013 0.004 0.002 0.001 5 N 0.254 0.176 0.163 0.131 0.106 0.066 0.048 0.026 0.016 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 6 P 0.153 0.065 0.080 0.124 0.153 0.155 0.098 0.072 0.041 0.036 0.015 0.006 0.003 0.001 7 T 0.323 0.196 0.154 0.136 0.090 0.041 0.028 0.015 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 8 F 0.223 0.105 0.128 0.151 0.131 0.116 0.063 0.037 0.024 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 9 H 0.501 0.173 0.119 0.091 0.062 0.028 0.013 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 10 A 0.567 0.182 0.113 0.071 0.034 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.531 0.207 0.104 0.068 0.050 0.023 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 K 0.309 0.192 0.169 0.142 0.098 0.045 0.024 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 P 0.507 0.193 0.111 0.072 0.048 0.034 0.019 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 I 0.121 0.105 0.132 0.159 0.194 0.136 0.076 0.041 0.023 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 15 Y 0.038 0.039 0.067 0.134 0.198 0.204 0.154 0.095 0.042 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 16 S 0.420 0.274 0.143 0.073 0.048 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 Q 0.162 0.211 0.204 0.182 0.117 0.062 0.034 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 18 I 0.007 0.007 0.018 0.061 0.126 0.255 0.240 0.155 0.103 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 19 S 0.016 0.047 0.116 0.266 0.252 0.150 0.085 0.033 0.024 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 20 D 0.681 0.240 0.063 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 W 0.043 0.133 0.210 0.252 0.210 0.084 0.042 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 M 0.004 0.005 0.017 0.052 0.124 0.208 0.304 0.203 0.069 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 23 K 0.078 0.176 0.189 0.282 0.171 0.059 0.027 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.767 0.189 0.036 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 Q 0.052 0.104 0.180 0.226 0.260 0.111 0.042 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 26 M 0.020 0.021 0.050 0.102 0.209 0.211 0.210 0.122 0.041 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 27 I 0.185 0.146 0.138 0.178 0.170 0.100 0.042 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 28 T 0.519 0.189 0.120 0.083 0.042 0.022 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 G 0.280 0.177 0.156 0.149 0.127 0.065 0.022 0.010 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 30 E 0.318 0.198 0.153 0.133 0.101 0.052 0.024 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 31 W 0.198 0.088 0.090 0.158 0.172 0.141 0.081 0.037 0.020 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 32 K 0.415 0.205 0.161 0.106 0.058 0.028 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 G 0.418 0.150 0.144 0.111 0.086 0.049 0.021 0.009 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 34 E 0.605 0.194 0.094 0.054 0.031 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 D 0.618 0.186 0.089 0.053 0.030 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 K 0.310 0.174 0.135 0.141 0.119 0.060 0.033 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 37 L 0.157 0.090 0.149 0.136 0.165 0.137 0.086 0.048 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 38 P 0.398 0.143 0.129 0.110 0.104 0.054 0.028 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 39 S 0.270 0.163 0.137 0.154 0.123 0.072 0.037 0.022 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 40 V 0.082 0.076 0.078 0.164 0.219 0.161 0.087 0.059 0.050 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 41 R 0.180 0.169 0.164 0.186 0.128 0.080 0.044 0.026 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 42 E 0.450 0.234 0.155 0.078 0.042 0.022 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 M 0.041 0.037 0.065 0.162 0.230 0.201 0.118 0.078 0.043 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 44 G 0.067 0.071 0.096 0.183 0.201 0.146 0.108 0.065 0.041 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 45 V 0.539 0.263 0.096 0.055 0.021 0.012 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.324 0.238 0.175 0.107 0.075 0.042 0.021 0.007 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 47 L 0.051 0.038 0.083 0.136 0.208 0.208 0.132 0.079 0.036 0.019 0.008 0.002 0.001 0.001 48 A 0.339 0.180 0.150 0.105 0.097 0.058 0.036 0.019 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 49 V 0.133 0.066 0.071 0.134 0.166 0.159 0.093 0.076 0.047 0.036 0.011 0.005 0.002 0.001 50 N 0.134 0.110 0.102 0.165 0.169 0.123 0.085 0.045 0.038 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 51 P 0.103 0.101 0.144 0.157 0.167 0.139 0.083 0.047 0.030 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 52 N 0.388 0.178 0.121 0.100 0.079 0.058 0.034 0.020 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 53 T 0.064 0.076 0.109 0.164 0.171 0.170 0.130 0.069 0.027 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 54 V 0.011 0.011 0.024 0.053 0.130 0.196 0.227 0.156 0.134 0.040 0.012 0.003 0.001 0.001 55 S 0.169 0.229 0.237 0.171 0.109 0.049 0.021 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 R 0.364 0.354 0.179 0.058 0.027 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 A 0.004 0.008 0.019 0.089 0.169 0.256 0.214 0.178 0.051 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 58 Y 0.004 0.016 0.044 0.212 0.264 0.172 0.140 0.068 0.058 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 59 Q 0.563 0.327 0.088 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 E 0.075 0.205 0.282 0.212 0.141 0.052 0.022 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.010 0.011 0.035 0.107 0.201 0.217 0.251 0.130 0.030 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.197 0.254 0.231 0.159 0.097 0.035 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 R 0.683 0.187 0.072 0.031 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 A 0.092 0.157 0.164 0.224 0.217 0.091 0.028 0.009 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 65 G 0.215 0.124 0.130 0.132 0.131 0.109 0.070 0.040 0.028 0.010 0.008 0.002 0.001 0.001 66 Y 0.048 0.043 0.054 0.113 0.190 0.181 0.115 0.113 0.073 0.036 0.019 0.009 0.005 0.002 67 I 0.038 0.022 0.027 0.060 0.079 0.107 0.123 0.193 0.131 0.092 0.062 0.041 0.020 0.004 68 Y 0.071 0.079 0.090 0.136 0.142 0.118 0.092 0.099 0.074 0.051 0.026 0.015 0.005 0.002 69 A 0.154 0.095 0.100 0.121 0.123 0.113 0.083 0.056 0.065 0.041 0.030 0.014 0.004 0.002 70 K 0.130 0.108 0.134 0.151 0.147 0.112 0.078 0.047 0.047 0.024 0.014 0.005 0.002 0.001 71 R 0.151 0.132 0.142 0.131 0.120 0.105 0.081 0.059 0.037 0.022 0.014 0.004 0.002 0.001 72 G 0.160 0.132 0.142 0.120 0.136 0.104 0.075 0.058 0.036 0.019 0.012 0.004 0.002 0.001 73 M 0.066 0.065 0.080 0.119 0.163 0.131 0.110 0.095 0.067 0.051 0.028 0.013 0.007 0.004 74 G 0.043 0.036 0.046 0.076 0.117 0.120 0.140 0.129 0.109 0.081 0.049 0.032 0.013 0.008 75 S 0.034 0.026 0.033 0.058 0.075 0.105 0.119 0.149 0.121 0.105 0.093 0.044 0.025 0.012 76 F 0.036 0.026 0.037 0.065 0.087 0.117 0.124 0.102 0.108 0.091 0.096 0.064 0.028 0.017 77 V 0.036 0.023 0.031 0.057 0.078 0.107 0.129 0.121 0.126 0.106 0.097 0.056 0.023 0.009 78 T 0.063 0.063 0.078 0.124 0.133 0.151 0.128 0.095 0.073 0.038 0.031 0.013 0.005 0.002 79 S 0.151 0.122 0.117 0.151 0.149 0.103 0.075 0.050 0.040 0.021 0.014 0.005 0.002 0.001 80 D 0.240 0.179 0.156 0.147 0.115 0.064 0.042 0.023 0.018 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 81 K 0.408 0.212 0.157 0.096 0.059 0.031 0.017 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.416 0.165 0.149 0.096 0.078 0.046 0.025 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.296 0.144 0.133 0.141 0.144 0.066 0.036 0.021 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 84 F 0.330 0.149 0.128 0.139 0.117 0.063 0.035 0.021 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 85 D 0.514 0.173 0.111 0.087 0.059 0.027 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 86 Q 0.351 0.135 0.128 0.126 0.106 0.064 0.042 0.026 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 87 L 0.182 0.103 0.124 0.157 0.163 0.124 0.070 0.041 0.018 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 88 K 0.283 0.136 0.144 0.142 0.128 0.074 0.042 0.024 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 89 K 0.432 0.156 0.118 0.110 0.081 0.048 0.025 0.015 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 90 E 0.379 0.203 0.136 0.118 0.081 0.039 0.020 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 91 L 0.100 0.076 0.100 0.160 0.174 0.152 0.106 0.072 0.037 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 92 A 0.152 0.115 0.140 0.169 0.158 0.126 0.072 0.034 0.018 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 93 D 0.558 0.223 0.111 0.054 0.028 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 A 0.226 0.157 0.158 0.157 0.133 0.079 0.048 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 95 I 0.090 0.071 0.104 0.150 0.195 0.160 0.114 0.067 0.031 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 96 T 0.257 0.167 0.148 0.157 0.122 0.069 0.039 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 97 E 0.565 0.183 0.108 0.067 0.039 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 R 0.333 0.182 0.161 0.137 0.105 0.044 0.020 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 99 F 0.197 0.107 0.133 0.161 0.169 0.109 0.060 0.039 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 100 L 0.287 0.138 0.126 0.166 0.142 0.071 0.033 0.019 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 101 E 0.596 0.173 0.096 0.069 0.036 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 E 0.479 0.188 0.122 0.098 0.064 0.027 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 A 0.323 0.157 0.144 0.142 0.113 0.061 0.031 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 104 K 0.417 0.172 0.130 0.112 0.083 0.046 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 105 S 0.446 0.159 0.130 0.105 0.081 0.039 0.020 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 106 I 0.242 0.120 0.116 0.172 0.153 0.092 0.049 0.030 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 107 G 0.373 0.175 0.133 0.114 0.090 0.053 0.029 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 108 L 0.319 0.130 0.126 0.142 0.121 0.073 0.040 0.024 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 109 D 0.447 0.179 0.131 0.100 0.067 0.038 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 110 D 0.298 0.146 0.143 0.139 0.125 0.071 0.034 0.018 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 111 Q 0.305 0.155 0.135 0.141 0.113 0.066 0.041 0.023 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 112 T 0.411 0.200 0.139 0.100 0.066 0.040 0.021 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 113 A 0.135 0.094 0.118 0.145 0.172 0.131 0.091 0.059 0.032 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 114 I 0.073 0.063 0.082 0.141 0.178 0.166 0.121 0.090 0.042 0.028 0.011 0.003 0.001 0.001 115 E 0.350 0.223 0.148 0.109 0.074 0.041 0.025 0.014 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 116 L 0.188 0.136 0.151 0.162 0.137 0.091 0.057 0.038 0.020 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 117 L 0.070 0.055 0.080 0.135 0.180 0.169 0.127 0.098 0.052 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 118 I 0.119 0.099 0.119 0.179 0.170 0.124 0.079 0.055 0.029 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 119 K 0.535 0.195 0.111 0.073 0.043 0.021 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 R 0.342 0.177 0.163 0.134 0.097 0.046 0.021 0.009 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 121 S 0.379 0.144 0.132 0.126 0.103 0.059 0.030 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 122 R 0.528 0.179 0.119 0.081 0.051 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 N 0.563 0.148 0.105 0.079 0.054 0.027 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 124 H 0.475 0.177 0.128 0.094 0.067 0.030 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 125 E 0.470 0.175 0.125 0.089 0.065 0.037 0.020 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001