# TARGET T0586 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0586.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1767 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.041 0.008 0.001 0.033 0.035 0.060 0.100 0.003 0.001 0.049 0.669 2 N 0.023 0.006 0.001 0.131 0.088 0.135 0.133 0.002 0.001 0.063 0.417 3 A 0.004 0.002 0.001 0.128 0.094 0.166 0.118 0.001 0.001 0.041 0.444 4 M 0.009 0.004 0.001 0.157 0.131 0.117 0.098 0.002 0.001 0.033 0.448 5 N 0.139 0.013 0.001 0.145 0.082 0.121 0.102 0.006 0.001 0.064 0.327 6 P 0.040 0.012 0.001 0.047 0.032 0.027 0.085 0.002 0.001 0.026 0.727 7 T 0.150 0.019 0.002 0.047 0.024 0.042 0.138 0.006 0.001 0.065 0.505 8 F 0.183 0.031 0.001 0.007 0.006 0.010 0.085 0.004 0.001 0.031 0.642 9 H 0.167 0.024 0.001 0.011 0.008 0.009 0.081 0.003 0.001 0.065 0.632 10 A 0.013 0.051 0.001 0.009 0.007 0.011 0.068 0.001 0.001 0.028 0.812 11 D 0.007 0.588 0.001 0.003 0.006 0.005 0.040 0.001 0.001 0.022 0.327 12 K 0.016 0.323 0.001 0.004 0.012 0.012 0.037 0.002 0.001 0.479 0.114 13 P 0.003 0.840 0.001 0.002 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.113 0.030 14 I 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 15 Y 0.008 0.678 0.001 0.001 0.003 0.005 0.002 0.002 0.001 0.283 0.018 16 S 0.001 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.004 17 Q 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 18 I 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 19 S 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 20 D 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 21 W 0.003 0.959 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.004 22 M 0.005 0.969 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.004 23 K 0.015 0.949 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.016 24 K 0.010 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.003 0.898 0.052 25 Q 0.039 0.083 0.111 0.009 0.002 0.002 0.091 0.004 0.052 0.509 0.099 26 M 0.499 0.024 0.015 0.011 0.002 0.003 0.038 0.008 0.011 0.074 0.317 27 I 0.165 0.008 0.003 0.013 0.003 0.004 0.067 0.007 0.002 0.023 0.704 28 T 0.015 0.002 0.001 0.009 0.002 0.007 0.092 0.001 0.001 0.012 0.859 29 G 0.012 0.003 0.001 0.044 0.015 0.017 0.206 0.001 0.001 0.041 0.660 30 E 0.010 0.005 0.001 0.085 0.015 0.019 0.400 0.002 0.001 0.025 0.436 31 W 0.034 0.015 0.002 0.030 0.013 0.018 0.093 0.005 0.001 0.031 0.758 32 K 0.696 0.029 0.002 0.022 0.010 0.008 0.032 0.012 0.001 0.021 0.166 33 G 0.264 0.067 0.001 0.011 0.005 0.011 0.038 0.005 0.001 0.013 0.584 34 E 0.093 0.030 0.001 0.014 0.008 0.014 0.069 0.003 0.001 0.039 0.728 35 D 0.033 0.040 0.002 0.026 0.031 0.061 0.110 0.006 0.001 0.047 0.643 36 K 0.017 0.094 0.001 0.008 0.025 0.023 0.083 0.005 0.001 0.030 0.714 37 L 0.050 0.427 0.002 0.013 0.053 0.029 0.075 0.007 0.001 0.056 0.286 38 P 0.016 0.615 0.002 0.011 0.019 0.020 0.033 0.003 0.001 0.048 0.233 39 S 0.009 0.901 0.002 0.003 0.004 0.005 0.006 0.002 0.001 0.015 0.052 40 V 0.020 0.909 0.003 0.002 0.002 0.003 0.004 0.004 0.001 0.019 0.033 41 R 0.027 0.799 0.007 0.004 0.003 0.004 0.010 0.006 0.004 0.098 0.039 42 E 0.022 0.798 0.010 0.004 0.004 0.004 0.016 0.004 0.004 0.074 0.062 43 M 0.077 0.557 0.038 0.009 0.007 0.007 0.025 0.011 0.013 0.157 0.097 44 G 0.180 0.209 0.081 0.017 0.013 0.024 0.038 0.017 0.028 0.149 0.244 45 V 0.216 0.072 0.011 0.013 0.011 0.023 0.099 0.013 0.006 0.076 0.459 46 K 0.051 0.014 0.003 0.029 0.021 0.028 0.076 0.008 0.002 0.105 0.664 47 L 0.009 0.008 0.001 0.047 0.020 0.011 0.156 0.001 0.001 0.061 0.684 48 A 0.006 0.039 0.002 0.065 0.013 0.028 0.180 0.002 0.001 0.048 0.617 49 V 0.006 0.102 0.001 0.011 0.005 0.003 0.066 0.004 0.001 0.055 0.746 50 N 0.020 0.945 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 0.012 51 P 0.008 0.889 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.058 0.037 52 N 0.002 0.757 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.208 0.023 53 T 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 54 V 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 55 S 0.003 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.048 0.010 56 R 0.002 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.003 57 A 0.003 0.982 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 58 Y 0.008 0.961 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.011 0.008 59 Q 0.007 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.009 60 E 0.011 0.792 0.043 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.011 0.097 0.033 61 L 0.084 0.112 0.319 0.003 0.002 0.005 0.034 0.015 0.111 0.256 0.059 62 E 0.602 0.037 0.029 0.002 0.001 0.003 0.033 0.010 0.022 0.045 0.214 63 R 0.116 0.024 0.003 0.009 0.004 0.003 0.052 0.003 0.002 0.017 0.768 64 A 0.006 0.013 0.001 0.012 0.007 0.013 0.122 0.001 0.001 0.023 0.801 65 G 0.015 0.008 0.001 0.041 0.027 0.122 0.153 0.004 0.001 0.109 0.521 66 Y 0.012 0.014 0.001 0.108 0.122 0.091 0.100 0.002 0.001 0.051 0.500 67 I 0.006 0.010 0.001 0.167 0.143 0.159 0.095 0.001 0.001 0.055 0.364 68 Y 0.008 0.006 0.002 0.210 0.123 0.220 0.067 0.001 0.001 0.071 0.289 69 A 0.064 0.011 0.003 0.143 0.112 0.175 0.059 0.003 0.001 0.087 0.341 70 K 0.133 0.012 0.002 0.049 0.052 0.076 0.082 0.003 0.001 0.059 0.531 71 R 0.020 0.007 0.001 0.030 0.022 0.038 0.109 0.001 0.001 0.038 0.733 72 G 0.020 0.009 0.001 0.044 0.042 0.164 0.135 0.002 0.001 0.075 0.509 73 M 0.007 0.012 0.001 0.061 0.136 0.168 0.118 0.001 0.001 0.054 0.442 74 G 0.005 0.003 0.001 0.072 0.211 0.398 0.050 0.001 0.001 0.114 0.146 75 S 0.002 0.002 0.001 0.148 0.272 0.306 0.041 0.001 0.001 0.088 0.140 76 F 0.002 0.003 0.001 0.171 0.292 0.326 0.042 0.001 0.001 0.054 0.109 77 V 0.022 0.010 0.001 0.099 0.256 0.306 0.050 0.002 0.001 0.054 0.200 78 T 0.126 0.033 0.002 0.079 0.123 0.155 0.080 0.004 0.001 0.066 0.331 79 S 0.053 0.084 0.002 0.023 0.034 0.046 0.132 0.004 0.001 0.027 0.594 80 D 0.136 0.439 0.002 0.008 0.010 0.016 0.051 0.009 0.001 0.023 0.305 81 K 0.179 0.464 0.002 0.006 0.009 0.010 0.036 0.011 0.001 0.045 0.237 82 A 0.034 0.620 0.003 0.004 0.008 0.008 0.037 0.004 0.001 0.040 0.241 83 L 0.030 0.840 0.003 0.001 0.003 0.003 0.011 0.004 0.001 0.018 0.085 84 F 0.076 0.794 0.005 0.001 0.004 0.003 0.009 0.009 0.003 0.029 0.066 85 D 0.043 0.840 0.003 0.001 0.003 0.003 0.008 0.004 0.002 0.021 0.071 86 Q 0.034 0.772 0.004 0.001 0.003 0.003 0.014 0.004 0.002 0.036 0.126 87 L 0.037 0.685 0.015 0.004 0.004 0.004 0.027 0.010 0.007 0.070 0.137 88 K 0.055 0.819 0.004 0.001 0.001 0.001 0.018 0.005 0.003 0.021 0.071 89 K 0.060 0.730 0.003 0.002 0.001 0.002 0.016 0.009 0.002 0.042 0.133 90 E 0.022 0.830 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.003 0.027 0.098 91 L 0.018 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.011 0.028 92 A 0.075 0.341 0.002 0.002 0.001 0.001 0.016 0.015 0.003 0.417 0.127 93 D 0.009 0.911 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.037 0.029 94 A 0.015 0.925 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.016 0.034 95 I 0.010 0.923 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.020 0.032 96 T 0.013 0.955 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.008 0.015 97 E 0.015 0.941 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.015 0.019 98 R 0.008 0.938 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.020 0.024 99 F 0.013 0.921 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.022 0.026 100 L 0.028 0.912 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.018 0.021 101 E 0.078 0.480 0.008 0.003 0.002 0.003 0.025 0.010 0.007 0.218 0.167 102 E 0.056 0.305 0.036 0.008 0.003 0.003 0.049 0.009 0.018 0.342 0.172 103 A 0.298 0.071 0.110 0.021 0.006 0.008 0.056 0.017 0.046 0.168 0.200 104 K 0.432 0.023 0.007 0.006 0.002 0.004 0.108 0.009 0.004 0.022 0.383 105 S 0.076 0.004 0.001 0.009 0.002 0.006 0.060 0.004 0.001 0.019 0.819 106 I 0.012 0.002 0.001 0.022 0.007 0.005 0.128 0.001 0.001 0.017 0.806 107 G 0.012 0.006 0.001 0.063 0.009 0.017 0.135 0.002 0.001 0.027 0.728 108 L 0.009 0.002 0.001 0.013 0.004 0.004 0.216 0.002 0.001 0.071 0.677 109 D 0.079 0.538 0.002 0.024 0.006 0.003 0.049 0.009 0.001 0.039 0.250 110 D 0.156 0.749 0.001 0.005 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.009 0.069 111 Q 0.017 0.870 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.023 0.075 112 T 0.015 0.904 0.002 0.002 0.001 0.002 0.007 0.003 0.001 0.027 0.036 113 A 0.011 0.955 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.008 0.015 114 I 0.035 0.907 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.006 0.002 0.015 0.025 115 E 0.035 0.772 0.007 0.002 0.004 0.004 0.011 0.006 0.004 0.055 0.098 116 L 0.070 0.549 0.022 0.004 0.006 0.006 0.027 0.011 0.011 0.113 0.180 117 L 0.228 0.192 0.025 0.008 0.007 0.011 0.055 0.020 0.018 0.153 0.283 118 I 0.148 0.102 0.011 0.011 0.007 0.010 0.080 0.009 0.008 0.068 0.546 119 K 0.074 0.037 0.004 0.011 0.009 0.011 0.079 0.007 0.003 0.053 0.712 120 R 0.147 0.025 0.004 0.011 0.008 0.011 0.112 0.009 0.003 0.070 0.600 121 S 0.183 0.011 0.002 0.010 0.005 0.008 0.094 0.004 0.001 0.044 0.637 122 R 0.067 0.004 0.001 0.008 0.005 0.007 0.083 0.002 0.001 0.020 0.803 123 N 0.040 0.005 0.001 0.009 0.006 0.011 0.081 0.001 0.001 0.018 0.829 124 H 0.031 0.005 0.001 0.010 0.012 0.018 0.108 0.001 0.001 0.027 0.788 125 E 0.022 0.010 0.001 0.016 0.023 0.033 0.127 0.001 0.001 0.034 0.733