# TARGET T0586 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0586.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1767 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.066 0.008 0.003 0.024 0.021 0.025 0.074 0.001 0.001 0.003 0.775 2 N 0.056 0.008 0.002 0.030 0.033 0.038 0.053 0.001 0.001 0.003 0.775 3 A 0.111 0.010 0.006 0.074 0.045 0.078 0.114 0.002 0.001 0.006 0.554 4 M 0.130 0.021 0.009 0.137 0.049 0.098 0.114 0.002 0.001 0.006 0.434 5 N 0.022 0.008 0.003 0.129 0.160 0.105 0.137 0.001 0.001 0.003 0.432 6 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.969 7 T 0.004 0.003 0.001 0.068 0.057 0.222 0.357 0.001 0.001 0.006 0.282 8 F 0.173 0.004 0.002 0.020 0.021 0.036 0.110 0.001 0.001 0.024 0.610 9 H 0.060 0.043 0.009 0.040 0.033 0.043 0.237 0.001 0.001 0.012 0.521 10 A 0.086 0.011 0.007 0.012 0.010 0.014 0.189 0.001 0.001 0.011 0.659 11 D 0.076 0.007 0.004 0.010 0.004 0.007 0.140 0.001 0.001 0.011 0.741 12 K 0.348 0.011 0.009 0.013 0.023 0.013 0.160 0.001 0.001 0.006 0.415 13 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.989 14 I 0.012 0.018 0.003 0.015 0.029 0.073 0.186 0.001 0.001 0.001 0.663 15 Y 0.029 0.095 0.001 0.017 0.014 0.050 0.205 0.001 0.001 0.002 0.587 16 S 0.027 0.333 0.001 0.010 0.018 0.048 0.139 0.001 0.001 0.001 0.422 17 Q 0.017 0.712 0.002 0.004 0.002 0.005 0.074 0.001 0.001 0.001 0.183 18 I 0.005 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.032 19 S 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 20 D 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 21 W 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.013 22 M 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 23 K 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 24 K 0.006 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.017 25 Q 0.019 0.948 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.005 26 M 0.008 0.955 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.002 27 I 0.012 0.928 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.015 28 T 0.164 0.642 0.015 0.008 0.002 0.002 0.004 0.078 0.001 0.001 0.085 29 G 0.460 0.187 0.055 0.014 0.010 0.010 0.010 0.092 0.001 0.007 0.155 30 E 0.139 0.035 0.327 0.021 0.014 0.014 0.081 0.016 0.001 0.005 0.348 31 W 0.012 0.008 0.030 0.066 0.025 0.062 0.067 0.002 0.001 0.001 0.726 32 K 0.011 0.010 0.005 0.055 0.092 0.143 0.143 0.001 0.001 0.004 0.537 33 G 0.009 0.002 0.001 0.011 0.005 0.013 0.013 0.001 0.001 0.001 0.946 34 E 0.061 0.004 0.001 0.042 0.013 0.051 0.099 0.001 0.001 0.008 0.719 35 D 0.566 0.005 0.004 0.013 0.005 0.006 0.137 0.001 0.001 0.011 0.254 36 K 0.224 0.022 0.007 0.027 0.007 0.013 0.125 0.002 0.001 0.005 0.568 37 L 0.152 0.026 0.019 0.032 0.045 0.064 0.096 0.002 0.001 0.005 0.560 38 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.984 39 S 0.030 0.010 0.001 0.019 0.012 0.028 0.091 0.001 0.001 0.001 0.808 40 V 0.096 0.126 0.005 0.027 0.009 0.023 0.116 0.001 0.001 0.003 0.595 41 R 0.025 0.251 0.001 0.015 0.015 0.052 0.167 0.001 0.001 0.002 0.472 42 E 0.035 0.336 0.003 0.016 0.004 0.009 0.125 0.002 0.001 0.001 0.469 43 M 0.028 0.892 0.001 0.004 0.002 0.003 0.011 0.002 0.001 0.001 0.056 44 G 0.010 0.935 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.037 45 V 0.009 0.953 0.003 0.004 0.002 0.003 0.002 0.009 0.001 0.001 0.015 46 K 0.043 0.866 0.004 0.003 0.004 0.004 0.002 0.020 0.001 0.001 0.053 47 L 0.116 0.713 0.021 0.008 0.012 0.013 0.005 0.047 0.001 0.001 0.063 48 A 0.151 0.303 0.078 0.031 0.041 0.059 0.019 0.084 0.001 0.002 0.233 49 V 0.086 0.138 0.273 0.075 0.025 0.044 0.056 0.034 0.001 0.003 0.265 50 N 0.046 0.081 0.037 0.070 0.108 0.050 0.218 0.012 0.001 0.004 0.373 51 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 52 N 0.002 0.009 0.001 0.014 0.005 0.030 0.598 0.001 0.001 0.003 0.339 53 T 0.186 0.029 0.001 0.004 0.002 0.004 0.473 0.001 0.001 0.012 0.289 54 V 0.014 0.892 0.003 0.002 0.002 0.002 0.034 0.001 0.001 0.001 0.050 55 S 0.004 0.901 0.002 0.001 0.003 0.005 0.018 0.001 0.001 0.001 0.065 56 R 0.006 0.874 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.103 57 A 0.006 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.020 58 Y 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 59 Q 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 60 E 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 61 L 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.002 62 E 0.001 0.989 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 63 R 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.003 64 A 0.071 0.857 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 0.016 65 G 0.367 0.370 0.028 0.004 0.010 0.009 0.007 0.113 0.001 0.001 0.094 66 Y 0.017 0.055 0.831 0.014 0.010 0.008 0.012 0.007 0.001 0.001 0.045 67 I 0.011 0.041 0.038 0.158 0.257 0.271 0.024 0.007 0.001 0.001 0.193 68 Y 0.008 0.025 0.009 0.095 0.247 0.227 0.028 0.003 0.001 0.002 0.356 69 A 0.008 0.013 0.004 0.202 0.211 0.384 0.017 0.001 0.001 0.002 0.157 70 K 0.010 0.006 0.004 0.088 0.176 0.361 0.054 0.001 0.001 0.003 0.296 71 R 0.015 0.005 0.004 0.142 0.107 0.201 0.068 0.001 0.001 0.006 0.452 72 G 0.060 0.002 0.003 0.087 0.081 0.115 0.115 0.001 0.001 0.020 0.517 73 M 0.152 0.003 0.008 0.055 0.054 0.047 0.137 0.001 0.001 0.014 0.529 74 G 0.027 0.003 0.002 0.054 0.184 0.216 0.098 0.001 0.001 0.005 0.412 75 S 0.021 0.002 0.002 0.062 0.221 0.373 0.068 0.001 0.001 0.003 0.248 76 F 0.007 0.003 0.001 0.111 0.353 0.384 0.024 0.001 0.001 0.001 0.117 77 V 0.003 0.002 0.001 0.040 0.312 0.469 0.021 0.001 0.001 0.001 0.151 78 T 0.005 0.004 0.002 0.095 0.266 0.486 0.032 0.001 0.001 0.002 0.107 79 S 0.008 0.003 0.001 0.039 0.105 0.214 0.095 0.001 0.001 0.002 0.534 80 D 0.013 0.002 0.001 0.025 0.029 0.067 0.182 0.001 0.001 0.003 0.678 81 K 0.141 0.009 0.002 0.014 0.014 0.026 0.187 0.001 0.001 0.010 0.596 82 A 0.019 0.014 0.001 0.004 0.003 0.005 0.465 0.001 0.001 0.004 0.486 83 L 0.128 0.086 0.004 0.005 0.009 0.016 0.357 0.001 0.001 0.008 0.387 84 F 0.084 0.507 0.007 0.006 0.011 0.022 0.105 0.003 0.001 0.004 0.251 85 D 0.033 0.604 0.003 0.003 0.009 0.013 0.055 0.004 0.001 0.001 0.275 86 Q 0.062 0.661 0.003 0.002 0.004 0.008 0.031 0.006 0.001 0.001 0.222 87 L 0.078 0.735 0.005 0.002 0.003 0.006 0.036 0.009 0.001 0.001 0.124 88 K 0.058 0.767 0.009 0.001 0.002 0.004 0.039 0.011 0.001 0.001 0.108 89 K 0.059 0.728 0.018 0.002 0.002 0.004 0.017 0.011 0.001 0.001 0.158 90 E 0.055 0.643 0.009 0.002 0.002 0.003 0.029 0.008 0.001 0.001 0.248 91 L 0.065 0.645 0.009 0.002 0.001 0.002 0.065 0.008 0.001 0.001 0.202 92 A 0.039 0.783 0.010 0.001 0.001 0.003 0.028 0.007 0.001 0.001 0.128 93 D 0.030 0.792 0.007 0.001 0.001 0.003 0.019 0.006 0.001 0.001 0.139 94 A 0.037 0.742 0.004 0.001 0.001 0.001 0.019 0.005 0.001 0.001 0.191 95 I 0.047 0.852 0.003 0.001 0.001 0.001 0.018 0.005 0.001 0.001 0.073 96 T 0.026 0.911 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.043 97 E 0.012 0.920 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.052 98 R 0.018 0.878 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.087 99 F 0.029 0.912 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.043 100 L 0.014 0.944 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.030 101 E 0.009 0.923 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.052 102 E 0.034 0.899 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.001 0.001 0.047 103 A 0.059 0.894 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.024 104 K 0.022 0.908 0.016 0.002 0.001 0.002 0.003 0.022 0.001 0.001 0.024 105 S 0.100 0.772 0.015 0.003 0.001 0.002 0.004 0.033 0.001 0.001 0.068 106 I 0.268 0.527 0.021 0.018 0.005 0.007 0.011 0.045 0.001 0.002 0.096 107 G 0.440 0.095 0.034 0.010 0.011 0.014 0.030 0.105 0.001 0.005 0.255 108 L 0.134 0.046 0.624 0.036 0.004 0.007 0.041 0.009 0.001 0.003 0.095 109 D 0.006 0.006 0.001 0.041 0.004 0.004 0.288 0.001 0.001 0.001 0.649 110 D 0.008 0.008 0.002 0.007 0.002 0.002 0.037 0.001 0.001 0.001 0.933 111 Q 0.009 0.033 0.002 0.011 0.003 0.013 0.439 0.001 0.001 0.041 0.448 112 T 0.082 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.825 0.001 0.001 0.007 0.070 113 A 0.048 0.822 0.004 0.002 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.074 114 I 0.004 0.951 0.002 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.028 115 E 0.005 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.060 116 L 0.022 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.042 117 L 0.028 0.939 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.017 118 I 0.020 0.921 0.012 0.001 0.001 0.002 0.003 0.016 0.001 0.001 0.025 119 K 0.075 0.812 0.017 0.001 0.002 0.003 0.004 0.038 0.001 0.001 0.048 120 R 0.226 0.596 0.018 0.002 0.004 0.005 0.006 0.050 0.001 0.001 0.093 121 S 0.129 0.256 0.030 0.006 0.007 0.010 0.027 0.036 0.001 0.001 0.498 122 R 0.091 0.132 0.063 0.013 0.011 0.020 0.096 0.017 0.001 0.004 0.554 123 N 0.124 0.088 0.021 0.017 0.010 0.014 0.155 0.009 0.001 0.012 0.550 124 H 0.216 0.060 0.024 0.013 0.009 0.011 0.088 0.005 0.001 0.010 0.565 125 E 0.071 0.032 0.011 0.022 0.010 0.015 0.212 0.002 0.001 0.007 0.616