# TARGET T0586 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0586.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1767 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.703 0.174 0.083 0.030 0.007 0.002 0.001 2 N 0.562 0.221 0.136 0.056 0.018 0.005 0.001 3 A 0.498 0.255 0.178 0.049 0.015 0.005 0.001 4 M 0.149 0.168 0.162 0.241 0.200 0.076 0.005 5 N 0.267 0.302 0.214 0.144 0.056 0.016 0.001 6 P 0.211 0.176 0.181 0.217 0.159 0.054 0.002 7 T 0.432 0.327 0.156 0.063 0.018 0.004 0.001 8 F 0.338 0.221 0.196 0.159 0.072 0.013 0.001 9 H 0.604 0.267 0.083 0.035 0.009 0.002 0.001 10 A 0.598 0.229 0.110 0.046 0.014 0.003 0.001 11 D 0.633 0.234 0.093 0.029 0.008 0.002 0.001 12 K 0.177 0.260 0.240 0.198 0.096 0.027 0.002 13 P 0.044 0.106 0.194 0.235 0.272 0.138 0.011 14 I 0.019 0.047 0.098 0.174 0.252 0.329 0.082 15 Y 0.012 0.031 0.097 0.169 0.289 0.309 0.094 16 S 0.029 0.133 0.229 0.239 0.187 0.137 0.046 17 Q 0.008 0.031 0.125 0.227 0.316 0.240 0.054 18 I 0.003 0.007 0.013 0.044 0.226 0.510 0.196 19 S 0.009 0.056 0.198 0.333 0.259 0.125 0.020 20 D 0.092 0.383 0.333 0.127 0.042 0.020 0.003 21 W 0.013 0.076 0.241 0.376 0.214 0.075 0.006 22 M 0.006 0.010 0.016 0.074 0.365 0.439 0.090 23 K 0.037 0.191 0.316 0.294 0.122 0.037 0.003 24 K 0.183 0.368 0.271 0.126 0.039 0.012 0.001 25 Q 0.046 0.192 0.293 0.283 0.142 0.042 0.002 26 M 0.033 0.050 0.089 0.217 0.375 0.213 0.024 27 I 0.086 0.230 0.244 0.232 0.164 0.042 0.002 28 T 0.291 0.364 0.206 0.111 0.023 0.005 0.001 29 G 0.314 0.323 0.213 0.104 0.038 0.008 0.001 30 E 0.282 0.418 0.208 0.069 0.019 0.004 0.001 31 W 0.071 0.095 0.168 0.362 0.266 0.038 0.001 32 K 0.470 0.374 0.111 0.039 0.006 0.001 0.001 33 G 0.689 0.241 0.050 0.016 0.003 0.001 0.001 34 E 0.785 0.163 0.042 0.008 0.002 0.001 0.001 35 D 0.521 0.303 0.113 0.050 0.011 0.001 0.001 36 K 0.262 0.331 0.230 0.122 0.048 0.007 0.001 37 L 0.074 0.127 0.206 0.329 0.210 0.053 0.001 38 P 0.304 0.285 0.246 0.107 0.043 0.013 0.001 39 S 0.135 0.206 0.246 0.208 0.148 0.053 0.005 40 V 0.097 0.145 0.203 0.233 0.195 0.114 0.013 41 R 0.069 0.157 0.208 0.308 0.167 0.082 0.008 42 E 0.224 0.295 0.300 0.117 0.045 0.017 0.002 43 M 0.047 0.070 0.102 0.236 0.343 0.185 0.017 44 G 0.068 0.116 0.177 0.295 0.235 0.099 0.009 45 V 0.357 0.305 0.217 0.088 0.024 0.009 0.001 46 K 0.313 0.332 0.211 0.096 0.034 0.012 0.002 47 L 0.058 0.090 0.124 0.282 0.285 0.148 0.012 48 A 0.215 0.337 0.245 0.130 0.050 0.021 0.003 49 V 0.078 0.104 0.138 0.237 0.235 0.180 0.027 50 N 0.073 0.142 0.152 0.238 0.222 0.145 0.028 51 P 0.118 0.194 0.243 0.223 0.127 0.077 0.018 52 N 0.133 0.177 0.219 0.207 0.155 0.091 0.018 53 T 0.041 0.105 0.212 0.231 0.232 0.144 0.035 54 V 0.011 0.018 0.035 0.106 0.268 0.475 0.087 55 S 0.081 0.226 0.340 0.221 0.096 0.031 0.005 56 R 0.067 0.273 0.326 0.213 0.082 0.034 0.006 57 A 0.012 0.024 0.054 0.161 0.406 0.309 0.035 58 Y 0.014 0.038 0.123 0.302 0.335 0.173 0.016 59 Q 0.232 0.447 0.250 0.054 0.012 0.004 0.001 60 E 0.061 0.236 0.321 0.263 0.102 0.016 0.001 61 L 0.028 0.033 0.066 0.209 0.456 0.197 0.010 62 E 0.213 0.323 0.274 0.149 0.035 0.006 0.001 63 R 0.698 0.209 0.071 0.017 0.004 0.001 0.001 64 A 0.428 0.283 0.182 0.079 0.021 0.006 0.001 65 G 0.311 0.259 0.243 0.111 0.056 0.019 0.002 66 Y 0.125 0.185 0.203 0.229 0.176 0.077 0.006 67 I 0.148 0.119 0.152 0.198 0.212 0.154 0.016 68 Y 0.189 0.209 0.218 0.198 0.126 0.054 0.006 69 A 0.298 0.243 0.205 0.137 0.077 0.036 0.005 70 K 0.237 0.193 0.190 0.183 0.127 0.061 0.009 71 R 0.300 0.246 0.190 0.150 0.073 0.035 0.006 72 G 0.298 0.260 0.199 0.130 0.070 0.037 0.007 73 M 0.206 0.224 0.207 0.182 0.105 0.062 0.014 74 G 0.082 0.152 0.198 0.249 0.197 0.105 0.017 75 S 0.070 0.128 0.199 0.210 0.199 0.163 0.030 76 F 0.032 0.055 0.119 0.198 0.268 0.286 0.042 77 V 0.027 0.042 0.091 0.186 0.351 0.270 0.033 78 T 0.083 0.167 0.236 0.274 0.178 0.055 0.006 79 S 0.330 0.308 0.214 0.104 0.034 0.009 0.001 80 D 0.500 0.300 0.127 0.052 0.016 0.005 0.001 81 K 0.492 0.263 0.146 0.075 0.021 0.004 0.001 82 A 0.566 0.302 0.094 0.030 0.007 0.001 0.001 83 L 0.239 0.238 0.236 0.185 0.087 0.015 0.001 84 F 0.193 0.207 0.241 0.247 0.095 0.017 0.001 85 D 0.617 0.264 0.091 0.022 0.005 0.001 0.001 86 Q 0.525 0.296 0.111 0.051 0.015 0.002 0.001 87 L 0.271 0.248 0.212 0.175 0.079 0.015 0.001 88 K 0.356 0.319 0.181 0.106 0.030 0.007 0.001 89 K 0.424 0.265 0.184 0.095 0.028 0.004 0.001 90 E 0.554 0.311 0.090 0.036 0.007 0.001 0.001 91 L 0.239 0.245 0.260 0.158 0.084 0.014 0.001 92 A 0.151 0.161 0.211 0.278 0.151 0.046 0.002 93 D 0.528 0.259 0.161 0.043 0.008 0.001 0.001 94 A 0.495 0.353 0.107 0.033 0.009 0.002 0.001 95 I 0.109 0.182 0.282 0.246 0.143 0.036 0.001 96 T 0.063 0.093 0.144 0.272 0.289 0.131 0.008 97 E 0.279 0.365 0.226 0.103 0.023 0.004 0.001 98 R 0.217 0.407 0.225 0.101 0.039 0.010 0.001 99 F 0.026 0.060 0.156 0.309 0.309 0.133 0.006 100 L 0.033 0.071 0.162 0.296 0.297 0.128 0.013 101 E 0.241 0.387 0.238 0.096 0.030 0.007 0.001 102 E 0.143 0.333 0.269 0.168 0.069 0.016 0.001 103 A 0.035 0.052 0.096 0.223 0.339 0.235 0.019 104 K 0.118 0.256 0.261 0.231 0.095 0.036 0.004 105 S 0.178 0.317 0.235 0.169 0.076 0.023 0.002 106 I 0.088 0.169 0.201 0.291 0.174 0.073 0.004 107 G 0.158 0.269 0.269 0.167 0.095 0.039 0.003 108 L 0.056 0.092 0.167 0.342 0.243 0.094 0.005 109 D 0.280 0.367 0.206 0.099 0.036 0.011 0.001 110 D 0.188 0.279 0.248 0.183 0.080 0.021 0.002 111 Q 0.522 0.303 0.116 0.046 0.010 0.002 0.001 112 T 0.126 0.275 0.321 0.187 0.075 0.016 0.001 113 A 0.019 0.033 0.057 0.167 0.357 0.343 0.023 114 I 0.022 0.096 0.275 0.344 0.210 0.049 0.004 115 E 0.141 0.485 0.248 0.095 0.022 0.007 0.001 116 L 0.019 0.062 0.210 0.376 0.258 0.072 0.003 117 L 0.028 0.043 0.079 0.194 0.421 0.221 0.014 118 I 0.144 0.347 0.309 0.151 0.044 0.007 0.001 119 K 0.507 0.371 0.093 0.023 0.005 0.001 0.001 120 R 0.188 0.296 0.247 0.195 0.062 0.012 0.001 121 S 0.464 0.331 0.137 0.055 0.011 0.001 0.001 122 R 0.589 0.283 0.090 0.032 0.006 0.001 0.001 123 N 0.742 0.199 0.043 0.014 0.002 0.001 0.001 124 H 0.709 0.201 0.067 0.019 0.004 0.001 0.001 125 E 0.773 0.166 0.050 0.010 0.002 0.001 0.001