# TARGET T0586 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0586.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1767 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.358 0.183 0.136 0.101 0.076 0.056 0.046 0.016 0.015 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 2 N 0.172 0.130 0.138 0.140 0.122 0.113 0.080 0.046 0.029 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 3 A 0.127 0.113 0.105 0.138 0.162 0.126 0.087 0.054 0.044 0.025 0.010 0.004 0.002 0.001 4 M 0.030 0.021 0.030 0.049 0.074 0.114 0.127 0.157 0.132 0.113 0.081 0.046 0.023 0.005 5 N 0.076 0.094 0.113 0.147 0.160 0.127 0.100 0.079 0.050 0.023 0.020 0.006 0.002 0.003 6 P 0.052 0.033 0.042 0.070 0.081 0.104 0.101 0.122 0.132 0.107 0.068 0.055 0.027 0.006 7 T 0.151 0.141 0.128 0.164 0.145 0.096 0.079 0.048 0.026 0.012 0.008 0.002 0.001 0.001 8 F 0.114 0.100 0.119 0.159 0.178 0.128 0.077 0.060 0.034 0.016 0.008 0.005 0.002 0.001 9 H 0.311 0.196 0.152 0.116 0.088 0.054 0.044 0.018 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 10 A 0.478 0.192 0.111 0.083 0.048 0.043 0.029 0.006 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.363 0.170 0.177 0.093 0.071 0.060 0.039 0.010 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 12 K 0.203 0.159 0.170 0.155 0.133 0.091 0.043 0.024 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 13 P 0.200 0.127 0.110 0.140 0.140 0.103 0.084 0.053 0.023 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 14 I 0.057 0.040 0.056 0.108 0.160 0.159 0.161 0.123 0.076 0.034 0.015 0.007 0.003 0.001 15 Y 0.041 0.041 0.058 0.116 0.161 0.170 0.153 0.133 0.065 0.034 0.017 0.006 0.003 0.001 16 S 0.273 0.221 0.132 0.142 0.097 0.060 0.034 0.019 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 17 Q 0.111 0.136 0.154 0.163 0.176 0.113 0.066 0.053 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 18 I 0.008 0.010 0.016 0.049 0.100 0.179 0.255 0.197 0.125 0.033 0.019 0.004 0.003 0.001 19 S 0.020 0.069 0.100 0.231 0.267 0.184 0.076 0.031 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 20 D 0.629 0.235 0.113 0.014 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 W 0.048 0.102 0.195 0.284 0.212 0.102 0.034 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 M 0.009 0.012 0.017 0.070 0.133 0.197 0.304 0.169 0.071 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 23 K 0.073 0.185 0.241 0.228 0.161 0.077 0.022 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.723 0.201 0.051 0.012 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 Q 0.052 0.094 0.163 0.261 0.221 0.148 0.041 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 M 0.041 0.036 0.052 0.111 0.190 0.181 0.192 0.139 0.040 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 27 I 0.182 0.175 0.143 0.189 0.168 0.080 0.036 0.017 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 T 0.522 0.183 0.120 0.069 0.043 0.035 0.014 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 G 0.188 0.118 0.153 0.153 0.154 0.127 0.063 0.021 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 30 E 0.263 0.160 0.199 0.137 0.106 0.072 0.036 0.012 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 31 W 0.267 0.112 0.073 0.132 0.158 0.107 0.072 0.049 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 32 K 0.325 0.176 0.136 0.140 0.104 0.054 0.033 0.017 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 33 G 0.312 0.146 0.126 0.139 0.113 0.074 0.048 0.021 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 34 E 0.585 0.150 0.117 0.056 0.037 0.021 0.021 0.005 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 35 D 0.528 0.192 0.104 0.066 0.041 0.037 0.019 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 36 K 0.229 0.132 0.106 0.149 0.153 0.115 0.064 0.026 0.014 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 37 L 0.125 0.076 0.086 0.138 0.192 0.139 0.103 0.071 0.037 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 38 P 0.300 0.137 0.130 0.129 0.112 0.074 0.047 0.034 0.019 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 39 S 0.303 0.140 0.117 0.119 0.109 0.082 0.057 0.030 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 40 V 0.052 0.053 0.076 0.137 0.177 0.174 0.142 0.097 0.053 0.023 0.011 0.004 0.002 0.001 41 R 0.155 0.129 0.136 0.167 0.168 0.107 0.066 0.034 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 42 E 0.403 0.231 0.171 0.083 0.048 0.036 0.013 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 43 M 0.055 0.047 0.054 0.121 0.177 0.184 0.145 0.115 0.055 0.022 0.014 0.006 0.004 0.001 44 G 0.040 0.067 0.088 0.167 0.205 0.168 0.126 0.079 0.040 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 45 V 0.397 0.207 0.157 0.103 0.058 0.046 0.016 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.253 0.199 0.171 0.141 0.094 0.084 0.032 0.011 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.065 0.042 0.060 0.104 0.180 0.197 0.167 0.101 0.041 0.019 0.015 0.006 0.004 0.001 48 A 0.191 0.181 0.165 0.156 0.124 0.091 0.047 0.025 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 49 V 0.199 0.067 0.062 0.093 0.120 0.115 0.126 0.105 0.053 0.030 0.017 0.008 0.005 0.001 50 N 0.098 0.074 0.089 0.146 0.173 0.166 0.113 0.063 0.048 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 51 P 0.132 0.086 0.131 0.158 0.159 0.126 0.086 0.058 0.030 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 52 N 0.286 0.192 0.106 0.118 0.120 0.070 0.054 0.030 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 53 T 0.066 0.065 0.086 0.111 0.150 0.165 0.136 0.109 0.064 0.030 0.010 0.004 0.002 0.001 54 V 0.015 0.018 0.024 0.061 0.115 0.185 0.234 0.199 0.084 0.035 0.021 0.004 0.003 0.001 55 S 0.193 0.234 0.191 0.186 0.098 0.056 0.022 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 56 R 0.265 0.236 0.260 0.130 0.065 0.028 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 A 0.015 0.021 0.034 0.103 0.163 0.206 0.206 0.151 0.073 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 58 Y 0.016 0.046 0.064 0.176 0.254 0.211 0.136 0.061 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 59 Q 0.627 0.256 0.090 0.015 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 E 0.148 0.178 0.268 0.200 0.112 0.071 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.025 0.030 0.043 0.137 0.212 0.220 0.189 0.097 0.033 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 62 E 0.222 0.211 0.206 0.159 0.102 0.062 0.027 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 R 0.698 0.133 0.093 0.033 0.018 0.014 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 A 0.084 0.081 0.100 0.173 0.215 0.167 0.100 0.038 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 65 G 0.074 0.055 0.090 0.115 0.177 0.168 0.135 0.081 0.051 0.030 0.014 0.006 0.003 0.001 66 Y 0.107 0.058 0.051 0.091 0.140 0.124 0.141 0.132 0.064 0.043 0.027 0.012 0.007 0.003 67 I 0.063 0.030 0.032 0.053 0.080 0.101 0.113 0.137 0.118 0.099 0.080 0.060 0.026 0.009 68 Y 0.084 0.069 0.076 0.110 0.128 0.128 0.117 0.107 0.068 0.052 0.032 0.018 0.007 0.005 69 A 0.095 0.070 0.081 0.105 0.134 0.125 0.117 0.096 0.067 0.045 0.041 0.013 0.006 0.004 70 K 0.102 0.095 0.108 0.149 0.157 0.131 0.090 0.075 0.044 0.024 0.015 0.005 0.003 0.002 71 R 0.123 0.111 0.118 0.155 0.143 0.118 0.084 0.060 0.042 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 72 G 0.132 0.113 0.114 0.139 0.136 0.116 0.088 0.063 0.048 0.028 0.013 0.006 0.002 0.001 73 M 0.099 0.086 0.101 0.115 0.137 0.128 0.111 0.081 0.064 0.039 0.024 0.009 0.003 0.002 74 G 0.042 0.037 0.052 0.076 0.115 0.129 0.135 0.135 0.108 0.081 0.047 0.026 0.012 0.006 75 S 0.042 0.034 0.043 0.069 0.102 0.110 0.140 0.143 0.115 0.091 0.056 0.033 0.016 0.008 76 F 0.043 0.030 0.040 0.060 0.083 0.101 0.127 0.135 0.123 0.101 0.079 0.048 0.020 0.010 77 V 0.043 0.042 0.048 0.079 0.127 0.127 0.148 0.138 0.095 0.061 0.052 0.021 0.010 0.007 78 T 0.073 0.076 0.080 0.120 0.150 0.134 0.118 0.100 0.065 0.039 0.025 0.010 0.005 0.003 79 S 0.192 0.152 0.134 0.165 0.126 0.091 0.066 0.037 0.018 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 80 D 0.367 0.168 0.147 0.098 0.080 0.057 0.045 0.013 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 81 K 0.363 0.176 0.162 0.108 0.080 0.055 0.031 0.012 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.566 0.167 0.104 0.070 0.045 0.022 0.016 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.213 0.149 0.116 0.155 0.161 0.093 0.065 0.025 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 84 F 0.222 0.155 0.136 0.150 0.162 0.081 0.050 0.021 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 85 D 0.635 0.189 0.067 0.037 0.025 0.025 0.013 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 86 Q 0.475 0.184 0.106 0.089 0.065 0.044 0.024 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 87 L 0.197 0.138 0.116 0.170 0.181 0.107 0.053 0.022 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 88 K 0.341 0.168 0.157 0.113 0.093 0.066 0.036 0.009 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 89 K 0.488 0.182 0.133 0.076 0.051 0.038 0.020 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 90 E 0.623 0.160 0.117 0.046 0.027 0.015 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 L 0.126 0.146 0.155 0.195 0.179 0.108 0.049 0.024 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 92 A 0.059 0.056 0.066 0.155 0.244 0.173 0.121 0.065 0.045 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 93 D 0.426 0.245 0.166 0.070 0.039 0.032 0.013 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 A 0.707 0.171 0.068 0.027 0.013 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 I 0.064 0.111 0.136 0.205 0.218 0.157 0.068 0.024 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 96 T 0.024 0.032 0.046 0.134 0.233 0.228 0.152 0.090 0.045 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 97 E 0.458 0.253 0.168 0.060 0.029 0.021 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 R 0.543 0.222 0.146 0.050 0.021 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 F 0.023 0.045 0.066 0.186 0.252 0.209 0.123 0.060 0.025 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 100 L 0.027 0.049 0.071 0.175 0.247 0.187 0.129 0.071 0.034 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 101 E 0.621 0.207 0.103 0.033 0.016 0.013 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 E 0.288 0.237 0.204 0.113 0.068 0.062 0.015 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 A 0.043 0.046 0.066 0.153 0.226 0.197 0.144 0.077 0.030 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 104 K 0.207 0.182 0.179 0.169 0.121 0.079 0.038 0.014 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 105 S 0.442 0.179 0.110 0.095 0.071 0.052 0.028 0.010 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 106 I 0.136 0.102 0.102 0.171 0.204 0.145 0.072 0.039 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 107 G 0.328 0.212 0.184 0.107 0.070 0.058 0.022 0.007 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 108 L 0.238 0.146 0.098 0.162 0.162 0.099 0.048 0.031 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 109 D 0.490 0.176 0.161 0.068 0.046 0.027 0.018 0.005 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 110 D 0.258 0.163 0.194 0.141 0.094 0.082 0.044 0.010 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 111 Q 0.696 0.135 0.097 0.036 0.019 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 T 0.303 0.282 0.250 0.084 0.041 0.027 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 A 0.020 0.025 0.030 0.107 0.178 0.210 0.197 0.136 0.068 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 114 I 0.028 0.078 0.116 0.230 0.271 0.133 0.077 0.034 0.027 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 115 E 0.579 0.263 0.096 0.026 0.011 0.018 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 L 0.033 0.056 0.088 0.235 0.248 0.181 0.084 0.046 0.018 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 117 L 0.024 0.029 0.046 0.112 0.201 0.179 0.204 0.128 0.052 0.012 0.008 0.002 0.001 0.001 118 I 0.211 0.212 0.177 0.168 0.119 0.067 0.026 0.010 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 K 0.644 0.178 0.092 0.035 0.020 0.018 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 R 0.263 0.164 0.161 0.161 0.123 0.077 0.035 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 121 S 0.485 0.159 0.123 0.090 0.070 0.035 0.027 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 122 R 0.627 0.165 0.089 0.053 0.034 0.017 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 N 0.696 0.131 0.070 0.042 0.029 0.013 0.014 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 124 H 0.529 0.166 0.108 0.072 0.052 0.035 0.025 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 125 E 0.575 0.152 0.107 0.060 0.045 0.027 0.020 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001