# TARGET T0585 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0585.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1553 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.009 0.003 0.005 0.005 0.171 0.807 2 N 0.045 0.051 0.038 0.018 0.432 0.418 3 A 0.083 0.032 0.041 0.009 0.555 0.280 4 S 0.095 0.007 0.024 0.003 0.555 0.316 5 F 0.375 0.004 0.006 0.002 0.307 0.305 6 R 0.887 0.017 0.001 0.001 0.026 0.068 7 V 0.950 0.007 0.001 0.001 0.008 0.033 8 V 0.966 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 9 L 0.917 0.009 0.001 0.001 0.012 0.060 10 D 0.423 0.016 0.006 0.003 0.179 0.373 11 P 0.079 0.006 0.080 0.007 0.555 0.273 12 G 0.008 0.007 0.155 0.004 0.709 0.117 13 H 0.012 0.027 0.186 0.008 0.674 0.093 14 G 0.016 0.022 0.083 0.010 0.611 0.258 15 G 0.029 0.015 0.054 0.011 0.593 0.298 16 I 0.035 0.052 0.071 0.019 0.591 0.232 17 D 0.028 0.038 0.077 0.021 0.658 0.178 18 G 0.035 0.013 0.191 0.022 0.597 0.142 19 G 0.073 0.015 0.168 0.016 0.532 0.196 20 A 0.186 0.049 0.088 0.012 0.445 0.220 21 R 0.194 0.266 0.020 0.008 0.219 0.293 22 G 0.082 0.040 0.010 0.006 0.731 0.131 23 V 0.023 0.008 0.023 0.012 0.863 0.070 24 T 0.017 0.004 0.018 0.016 0.858 0.088 25 G 0.068 0.012 0.011 0.033 0.724 0.151 26 I 0.249 0.019 0.003 0.072 0.113 0.544 27 L 0.428 0.146 0.004 0.121 0.047 0.255 28 E 0.140 0.011 0.014 0.716 0.045 0.074 29 K 0.044 0.002 0.019 0.864 0.038 0.033 30 D 0.026 0.005 0.015 0.862 0.037 0.055 31 V 0.007 0.002 0.005 0.970 0.007 0.009 32 T 0.004 0.001 0.002 0.986 0.003 0.005 33 L 0.002 0.001 0.001 0.992 0.002 0.002 34 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 35 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 37 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 38 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 39 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 40 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 41 D 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 42 E 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.001 43 L 0.001 0.001 0.011 0.984 0.003 0.002 44 Q 0.001 0.001 0.028 0.957 0.009 0.004 45 K 0.001 0.001 0.016 0.776 0.088 0.118 46 G 0.004 0.006 0.023 0.139 0.692 0.136 47 S 0.008 0.007 0.007 0.014 0.796 0.167 48 H 0.012 0.001 0.010 0.002 0.879 0.096 49 T 0.415 0.011 0.005 0.002 0.472 0.095 50 I 0.918 0.010 0.001 0.001 0.027 0.044 51 V 0.985 0.002 0.001 0.001 0.003 0.011 52 A 0.978 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 53 L 0.951 0.007 0.001 0.001 0.005 0.036 54 T 0.763 0.002 0.003 0.002 0.055 0.175 55 R 0.410 0.014 0.006 0.003 0.205 0.362 56 D 0.086 0.018 0.010 0.005 0.690 0.191 57 S 0.034 0.012 0.022 0.007 0.780 0.144 58 D 0.031 0.008 0.015 0.006 0.793 0.147 59 I 0.125 0.031 0.024 0.013 0.613 0.194 60 F 0.119 0.031 0.007 0.007 0.255 0.582 61 L 0.064 0.096 0.004 0.013 0.198 0.625 62 R 0.021 0.006 0.002 0.013 0.085 0.874 63 L 0.001 0.001 0.028 0.930 0.027 0.013 64 S 0.001 0.001 0.015 0.969 0.013 0.003 65 E 0.001 0.001 0.009 0.981 0.007 0.002 66 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 67 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.003 68 K 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.003 69 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.003 70 A 0.001 0.001 0.002 0.987 0.007 0.003 71 Q 0.001 0.001 0.005 0.983 0.007 0.004 72 E 0.001 0.001 0.011 0.941 0.030 0.016 73 F 0.002 0.001 0.020 0.835 0.056 0.085 74 D 0.005 0.003 0.011 0.032 0.282 0.668 75 A 0.011 0.003 0.006 0.002 0.354 0.624 76 D 0.079 0.002 0.005 0.001 0.307 0.606 77 L 0.944 0.004 0.001 0.001 0.019 0.033 78 F 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 79 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 80 S 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 81 I 0.905 0.002 0.001 0.001 0.011 0.082 82 H 0.773 0.006 0.002 0.001 0.104 0.115 83 A 0.454 0.019 0.005 0.001 0.273 0.248 84 D 0.121 0.017 0.011 0.002 0.627 0.222 85 T 0.051 0.035 0.021 0.003 0.756 0.134 86 I 0.066 0.034 0.027 0.008 0.635 0.229 87 D 0.034 0.036 0.042 0.017 0.662 0.208 88 V 0.029 0.026 0.041 0.013 0.746 0.145 89 H 0.049 0.026 0.089 0.014 0.713 0.110 90 S 0.063 0.018 0.064 0.008 0.680 0.168 91 L 0.161 0.036 0.038 0.007 0.625 0.133 92 R 0.291 0.019 0.017 0.006 0.417 0.251 93 G 0.469 0.015 0.014 0.004 0.316 0.182 94 A 0.775 0.008 0.004 0.004 0.114 0.094 95 T 0.930 0.003 0.001 0.002 0.021 0.042 96 V 0.956 0.003 0.001 0.002 0.011 0.028 97 Y 0.935 0.003 0.001 0.004 0.018 0.039 98 T 0.887 0.009 0.002 0.003 0.030 0.068 99 I 0.533 0.014 0.006 0.006 0.151 0.291 100 S 0.117 0.015 0.012 0.009 0.501 0.346 101 D 0.019 0.007 0.034 0.028 0.659 0.253 102 E 0.014 0.011 0.063 0.072 0.648 0.191 103 A 0.018 0.018 0.053 0.147 0.520 0.243 104 S 0.016 0.010 0.029 0.238 0.320 0.388 105 D 0.011 0.007 0.019 0.384 0.228 0.353 106 A 0.006 0.005 0.022 0.719 0.134 0.114 107 I 0.008 0.004 0.023 0.773 0.111 0.081 108 A 0.009 0.003 0.012 0.829 0.080 0.067 109 K 0.007 0.001 0.006 0.879 0.062 0.045 110 S 0.004 0.001 0.004 0.908 0.049 0.034 111 L 0.002 0.002 0.005 0.908 0.044 0.040 112 A 0.002 0.001 0.008 0.864 0.059 0.067 113 E 0.002 0.001 0.009 0.847 0.074 0.067 114 S 0.001 0.001 0.007 0.864 0.056 0.070 115 E 0.002 0.001 0.006 0.742 0.068 0.180 116 N 0.003 0.002 0.009 0.609 0.089 0.288 117 K 0.005 0.002 0.014 0.677 0.105 0.197 118 V 0.006 0.003 0.022 0.703 0.128 0.138 119 D 0.009 0.003 0.033 0.683 0.142 0.130 120 L 0.010 0.002 0.054 0.664 0.153 0.115 121 L 0.009 0.003 0.060 0.679 0.154 0.094 122 D 0.007 0.003 0.054 0.694 0.127 0.113 123 G 0.017 0.009 0.033 0.204 0.284 0.454 124 L 0.034 0.015 0.045 0.168 0.308 0.430 125 P 0.035 0.023 0.061 0.122 0.422 0.337 126 K 0.020 0.012 0.079 0.148 0.511 0.230 127 E 0.025 0.015 0.082 0.141 0.455 0.281 128 E 0.022 0.013 0.050 0.151 0.419 0.346 129 S 0.017 0.015 0.036 0.200 0.312 0.420 130 L 0.011 0.010 0.019 0.221 0.198 0.541 131 E 0.005 0.003 0.024 0.666 0.128 0.174 132 L 0.005 0.004 0.037 0.809 0.079 0.066 133 T 0.007 0.002 0.028 0.859 0.065 0.039 134 D 0.006 0.001 0.019 0.876 0.059 0.039 135 I 0.006 0.002 0.015 0.873 0.057 0.047 136 L 0.003 0.002 0.016 0.915 0.038 0.026 137 L 0.002 0.002 0.019 0.891 0.042 0.044 138 D 0.002 0.002 0.049 0.819 0.065 0.064 139 L 0.001 0.001 0.039 0.851 0.061 0.047 140 T 0.001 0.001 0.024 0.889 0.046 0.039 141 R 0.003 0.003 0.029 0.801 0.086 0.078 142 R 0.004 0.002 0.026 0.800 0.086 0.083 143 E 0.006 0.001 0.023 0.725 0.122 0.121 144 T 0.006 0.002 0.022 0.710 0.140 0.121 145 H 0.009 0.005 0.016 0.630 0.133 0.207 146 A 0.008 0.002 0.017 0.704 0.116 0.152 147 F 0.005 0.002 0.016 0.823 0.071 0.083 148 S 0.004 0.003 0.016 0.879 0.043 0.055 149 I 0.005 0.002 0.009 0.889 0.025 0.070 150 N 0.002 0.001 0.004 0.967 0.009 0.017 151 F 0.002 0.001 0.006 0.977 0.007 0.008 152 A 0.002 0.001 0.005 0.981 0.005 0.006 153 N 0.002 0.001 0.004 0.979 0.006 0.008 154 N 0.001 0.001 0.002 0.978 0.007 0.011 155 V 0.001 0.001 0.003 0.984 0.006 0.006 156 V 0.001 0.001 0.003 0.982 0.006 0.009 157 S 0.001 0.001 0.010 0.962 0.013 0.013 158 N 0.001 0.001 0.007 0.959 0.018 0.015 159 L 0.001 0.001 0.009 0.955 0.019 0.016 160 S 0.003 0.002 0.012 0.932 0.031 0.021 161 K 0.005 0.001 0.046 0.863 0.055 0.030 162 S 0.006 0.001 0.055 0.815 0.076 0.046 163 H 0.009 0.001 0.046 0.750 0.096 0.097 164 I 0.028 0.009 0.023 0.317 0.198 0.425 165 N 0.055 0.015 0.023 0.080 0.263 0.563 166 L 0.099 0.024 0.068 0.050 0.440 0.318 167 I 0.071 0.010 0.094 0.038 0.539 0.248 168 N 0.078 0.009 0.091 0.031 0.569 0.222 169 N 0.133 0.015 0.040 0.034 0.477 0.301 170 P 0.217 0.023 0.030 0.047 0.344 0.339 171 H 0.417 0.044 0.027 0.048 0.241 0.223 172 R 0.411 0.021 0.031 0.064 0.222 0.250 173 Y 0.363 0.021 0.049 0.064 0.322 0.182 174 A 0.230 0.009 0.038 0.037 0.463 0.225 175 D 0.213 0.003 0.021 0.016 0.391 0.355 176 F 0.641 0.008 0.014 0.014 0.162 0.160 177 Q 0.873 0.010 0.005 0.009 0.039 0.065 178 V 0.887 0.008 0.011 0.015 0.047 0.032 179 L 0.805 0.006 0.015 0.016 0.091 0.068 180 K 0.550 0.012 0.035 0.038 0.233 0.131 181 A 0.235 0.005 0.044 0.019 0.571 0.126 182 P 0.052 0.005 0.023 0.007 0.736 0.178 183 D 0.035 0.006 0.013 0.002 0.600 0.344 184 V 0.087 0.005 0.001 0.001 0.362 0.545 185 P 0.148 0.004 0.001 0.001 0.085 0.762 186 S 0.918 0.005 0.001 0.001 0.014 0.063 187 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 188 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 189 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 190 E 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 191 I 0.936 0.002 0.002 0.002 0.018 0.040 192 G 0.834 0.006 0.009 0.003 0.067 0.082 193 Y 0.702 0.013 0.019 0.003 0.127 0.136 194 L 0.440 0.047 0.021 0.010 0.202 0.280 195 S 0.129 0.033 0.007 0.012 0.245 0.575 196 N 0.013 0.004 0.001 0.016 0.099 0.868 197 K 0.001 0.001 0.015 0.935 0.032 0.017 198 E 0.001 0.001 0.014 0.953 0.028 0.004 199 D 0.001 0.001 0.022 0.955 0.021 0.001 200 E 0.001 0.001 0.028 0.948 0.020 0.003 201 K 0.001 0.001 0.052 0.912 0.030 0.005 202 L 0.001 0.001 0.082 0.843 0.060 0.014 203 L 0.001 0.001 0.032 0.760 0.110 0.096 204 N 0.001 0.005 0.017 0.514 0.170 0.292 205 N 0.001 0.001 0.001 0.068 0.036 0.894 206 P 0.001 0.001 0.002 0.930 0.014 0.053 207 Q 0.001 0.001 0.003 0.975 0.012 0.008 208 W 0.001 0.001 0.005 0.986 0.005 0.003 209 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 210 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 211 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 212 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 213 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 214 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 215 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 216 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 217 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 218 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 219 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 220 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 221 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 222 Q 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.003 223 F 0.001 0.001 0.001 0.990 0.005 0.004 224 A 0.001 0.001 0.005 0.972 0.012 0.010 225 E 0.001 0.001 0.011 0.900 0.044 0.043 226 Y 0.001 0.002 0.022 0.727 0.089 0.158 227 R 0.002 0.004 0.011 0.084 0.283 0.617 228 Q 0.003 0.006 0.034 0.029 0.488 0.440 229 K 0.007 0.011 0.080 0.024 0.599 0.280 230 I 0.018 0.012 0.071 0.018 0.533 0.348 231 M 0.037 0.026 0.031 0.014 0.257 0.635 232 Q 0.052 0.030 0.016 0.013 0.164 0.725 233 P 0.041 0.037 0.010 0.019 0.117 0.776 234 L 0.001 0.004 0.001 0.003 0.025 0.965