# TARGET T0585 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0585.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1553 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.404 0.284 0.170 0.099 0.036 0.006 0.001 2 N 0.239 0.215 0.211 0.222 0.098 0.014 0.001 3 A 0.367 0.349 0.166 0.090 0.025 0.003 0.001 4 S 0.226 0.513 0.194 0.057 0.009 0.001 0.001 5 F 0.001 0.019 0.096 0.368 0.405 0.109 0.003 6 R 0.001 0.001 0.003 0.037 0.274 0.602 0.083 7 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.039 0.414 0.544 8 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.086 0.912 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.980 10 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.971 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.106 0.887 12 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.208 0.762 13 H 0.001 0.001 0.002 0.011 0.066 0.326 0.594 14 G 0.001 0.009 0.026 0.073 0.191 0.408 0.291 15 G 0.012 0.032 0.070 0.166 0.256 0.308 0.156 16 I 0.056 0.148 0.210 0.213 0.172 0.146 0.055 17 D 0.052 0.082 0.129 0.211 0.235 0.214 0.077 18 G 0.057 0.071 0.103 0.150 0.201 0.266 0.153 19 G 0.081 0.123 0.152 0.196 0.184 0.171 0.093 20 A 0.064 0.067 0.093 0.144 0.224 0.276 0.132 21 R 0.089 0.165 0.186 0.215 0.189 0.125 0.031 22 G 0.090 0.175 0.232 0.250 0.166 0.072 0.016 23 V 0.285 0.271 0.194 0.146 0.073 0.027 0.005 24 T 0.460 0.280 0.143 0.078 0.030 0.010 0.001 25 G 0.296 0.296 0.190 0.135 0.062 0.018 0.002 26 I 0.063 0.131 0.193 0.282 0.230 0.091 0.009 27 L 0.089 0.194 0.222 0.240 0.174 0.074 0.008 28 E 0.012 0.030 0.065 0.154 0.283 0.366 0.090 29 K 0.011 0.050 0.101 0.215 0.311 0.264 0.049 30 D 0.018 0.087 0.176 0.274 0.277 0.147 0.020 31 V 0.002 0.013 0.041 0.155 0.317 0.376 0.096 32 T 0.002 0.006 0.010 0.032 0.132 0.539 0.279 33 L 0.002 0.022 0.100 0.270 0.351 0.230 0.025 34 A 0.003 0.059 0.217 0.385 0.241 0.088 0.007 35 F 0.001 0.001 0.003 0.030 0.221 0.607 0.138 36 A 0.001 0.001 0.002 0.018 0.141 0.622 0.217 37 R 0.003 0.116 0.406 0.344 0.104 0.025 0.002 38 A 0.002 0.035 0.171 0.441 0.285 0.064 0.004 39 L 0.001 0.001 0.001 0.009 0.127 0.732 0.130 40 R 0.001 0.017 0.112 0.409 0.371 0.087 0.003 41 D 0.022 0.491 0.354 0.104 0.026 0.003 0.001 42 E 0.001 0.020 0.205 0.560 0.196 0.018 0.001 43 L 0.001 0.012 0.046 0.269 0.550 0.121 0.001 44 Q 0.186 0.546 0.203 0.055 0.009 0.001 0.001 45 K 0.601 0.348 0.044 0.007 0.001 0.001 0.001 46 G 0.152 0.363 0.322 0.139 0.023 0.001 0.001 47 S 0.533 0.370 0.083 0.013 0.001 0.001 0.001 48 H 0.296 0.503 0.151 0.043 0.005 0.001 0.001 49 T 0.003 0.029 0.125 0.367 0.395 0.079 0.001 50 I 0.004 0.080 0.266 0.400 0.210 0.039 0.001 51 V 0.001 0.001 0.003 0.019 0.146 0.623 0.208 52 A 0.001 0.006 0.036 0.139 0.267 0.439 0.113 53 L 0.001 0.002 0.006 0.029 0.117 0.507 0.339 54 T 0.001 0.012 0.047 0.120 0.276 0.442 0.102 55 R 0.004 0.032 0.093 0.279 0.388 0.186 0.017 56 D 0.121 0.348 0.281 0.160 0.066 0.021 0.004 57 S 0.319 0.387 0.180 0.079 0.027 0.007 0.001 58 D 0.188 0.236 0.217 0.210 0.111 0.034 0.003 59 I 0.180 0.262 0.253 0.191 0.086 0.026 0.001 60 F 0.182 0.227 0.233 0.199 0.116 0.039 0.002 61 L 0.064 0.120 0.169 0.257 0.266 0.116 0.008 62 R 0.157 0.340 0.277 0.158 0.056 0.012 0.001 63 L 0.034 0.111 0.210 0.311 0.244 0.082 0.008 64 S 0.280 0.405 0.203 0.083 0.022 0.006 0.001 65 E 0.146 0.387 0.275 0.130 0.048 0.012 0.001 66 R 0.016 0.047 0.119 0.261 0.373 0.175 0.010 67 V 0.034 0.119 0.197 0.314 0.238 0.091 0.007 68 K 0.198 0.451 0.215 0.097 0.030 0.008 0.001 69 K 0.035 0.131 0.263 0.352 0.177 0.041 0.001 70 A 0.025 0.044 0.077 0.223 0.392 0.224 0.015 71 Q 0.166 0.293 0.279 0.186 0.063 0.013 0.001 72 E 0.339 0.419 0.158 0.061 0.019 0.004 0.001 73 F 0.047 0.189 0.265 0.315 0.154 0.029 0.001 74 D 0.053 0.347 0.332 0.183 0.069 0.016 0.001 75 A 0.002 0.009 0.039 0.167 0.408 0.351 0.025 76 D 0.001 0.008 0.041 0.191 0.449 0.281 0.029 77 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.053 0.455 0.485 78 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.156 0.832 79 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.055 0.942 80 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.070 0.923 81 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.124 0.860 82 H 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 0.207 0.760 83 A 0.001 0.002 0.005 0.025 0.096 0.354 0.518 84 D 0.002 0.008 0.017 0.045 0.149 0.425 0.354 85 T 0.005 0.016 0.044 0.125 0.236 0.413 0.161 86 I 0.016 0.064 0.122 0.231 0.327 0.203 0.037 87 D 0.115 0.265 0.274 0.227 0.090 0.025 0.004 88 V 0.316 0.345 0.198 0.098 0.033 0.007 0.001 89 H 0.335 0.341 0.193 0.095 0.029 0.007 0.001 90 S 0.281 0.351 0.212 0.108 0.037 0.009 0.001 91 L 0.031 0.061 0.128 0.256 0.339 0.166 0.019 92 R 0.037 0.153 0.239 0.278 0.188 0.090 0.015 93 G 0.008 0.027 0.059 0.149 0.245 0.354 0.158 94 A 0.004 0.012 0.031 0.094 0.219 0.407 0.234 95 T 0.005 0.016 0.044 0.101 0.206 0.366 0.262 96 V 0.002 0.004 0.013 0.036 0.093 0.383 0.468 97 Y 0.002 0.006 0.017 0.058 0.157 0.450 0.309 98 T 0.002 0.006 0.020 0.065 0.199 0.453 0.255 99 I 0.005 0.026 0.073 0.185 0.352 0.292 0.067 100 S 0.029 0.124 0.246 0.279 0.214 0.092 0.014 101 D 0.155 0.249 0.239 0.212 0.099 0.040 0.005 102 E 0.363 0.265 0.162 0.116 0.066 0.026 0.002 103 A 0.380 0.245 0.166 0.113 0.063 0.029 0.004 104 S 0.471 0.244 0.135 0.088 0.042 0.016 0.003 105 D 0.463 0.257 0.144 0.080 0.038 0.015 0.003 106 A 0.516 0.265 0.122 0.063 0.024 0.008 0.002 107 I 0.265 0.284 0.199 0.144 0.075 0.028 0.006 108 A 0.132 0.158 0.200 0.229 0.180 0.088 0.013 109 K 0.227 0.252 0.206 0.162 0.098 0.048 0.006 110 S 0.249 0.291 0.205 0.137 0.075 0.038 0.005 111 L 0.084 0.124 0.173 0.257 0.233 0.117 0.011 112 A 0.109 0.137 0.191 0.240 0.203 0.109 0.012 113 E 0.289 0.295 0.198 0.125 0.063 0.027 0.004 114 S 0.372 0.285 0.170 0.108 0.047 0.016 0.002 115 E 0.413 0.230 0.151 0.109 0.064 0.030 0.004 116 N 0.352 0.242 0.168 0.129 0.075 0.031 0.004 117 K 0.357 0.264 0.168 0.121 0.065 0.023 0.002 118 V 0.297 0.241 0.178 0.150 0.091 0.038 0.004 119 D 0.297 0.216 0.175 0.158 0.103 0.046 0.005 120 L 0.305 0.214 0.167 0.152 0.106 0.050 0.005 121 L 0.285 0.191 0.173 0.173 0.116 0.055 0.006 122 D 0.355 0.204 0.152 0.137 0.098 0.050 0.006 123 G 0.344 0.241 0.167 0.125 0.078 0.040 0.005 124 L 0.307 0.187 0.160 0.169 0.119 0.053 0.006 125 P 0.433 0.226 0.152 0.109 0.057 0.021 0.002 126 K 0.428 0.220 0.149 0.122 0.061 0.019 0.002 127 E 0.539 0.217 0.112 0.080 0.039 0.011 0.001 128 E 0.565 0.209 0.111 0.070 0.033 0.011 0.002 129 S 0.567 0.197 0.104 0.077 0.039 0.014 0.002 130 L 0.488 0.231 0.120 0.088 0.048 0.021 0.004 131 E 0.355 0.223 0.163 0.134 0.082 0.035 0.008 132 L 0.220 0.200 0.171 0.174 0.136 0.077 0.023 133 T 0.120 0.112 0.127 0.177 0.212 0.185 0.067 134 D 0.101 0.112 0.140 0.190 0.205 0.181 0.071 135 I 0.110 0.127 0.141 0.173 0.183 0.188 0.078 136 L 0.047 0.062 0.085 0.154 0.229 0.280 0.143 137 L 0.046 0.050 0.061 0.103 0.189 0.336 0.216 138 D 0.076 0.088 0.099 0.154 0.200 0.248 0.134 139 L 0.118 0.150 0.145 0.169 0.167 0.176 0.074 140 T 0.099 0.104 0.123 0.175 0.217 0.211 0.072 141 R 0.136 0.132 0.147 0.192 0.192 0.158 0.044 142 R 0.200 0.182 0.154 0.176 0.153 0.108 0.027 143 E 0.340 0.243 0.154 0.119 0.078 0.051 0.016 144 T 0.406 0.244 0.145 0.102 0.060 0.031 0.011 145 H 0.274 0.202 0.173 0.153 0.113 0.067 0.018 146 A 0.176 0.203 0.187 0.204 0.152 0.066 0.012 147 F 0.230 0.290 0.217 0.157 0.075 0.026 0.004 148 S 0.087 0.120 0.166 0.230 0.236 0.137 0.025 149 I 0.021 0.039 0.052 0.116 0.245 0.398 0.129 150 N 0.033 0.110 0.188 0.288 0.252 0.112 0.016 151 F 0.024 0.103 0.232 0.310 0.222 0.099 0.009 152 A 0.002 0.007 0.013 0.051 0.207 0.577 0.143 153 N 0.001 0.004 0.015 0.065 0.238 0.536 0.141 154 N 0.017 0.139 0.300 0.287 0.171 0.081 0.006 155 V 0.004 0.039 0.159 0.377 0.307 0.108 0.008 156 V 0.001 0.002 0.004 0.025 0.186 0.633 0.150 157 S 0.004 0.027 0.104 0.279 0.362 0.207 0.016 158 N 0.068 0.431 0.287 0.142 0.054 0.016 0.001 159 L 0.021 0.101 0.251 0.387 0.189 0.048 0.004 160 S 0.009 0.024 0.059 0.188 0.404 0.299 0.017 161 K 0.161 0.287 0.238 0.187 0.096 0.028 0.002 162 S 0.462 0.352 0.120 0.047 0.014 0.004 0.001 163 H 0.200 0.261 0.258 0.187 0.073 0.020 0.002 164 I 0.157 0.176 0.193 0.216 0.188 0.065 0.005 165 N 0.365 0.286 0.175 0.113 0.046 0.013 0.001 166 L 0.213 0.178 0.185 0.223 0.147 0.050 0.004 167 I 0.327 0.269 0.177 0.134 0.068 0.023 0.002 168 N 0.294 0.234 0.188 0.150 0.093 0.036 0.005 169 N 0.286 0.248 0.188 0.159 0.083 0.032 0.004 170 P 0.333 0.237 0.154 0.138 0.093 0.039 0.005 171 H 0.161 0.188 0.200 0.221 0.157 0.062 0.011 172 R 0.209 0.238 0.215 0.187 0.106 0.040 0.005 173 Y 0.173 0.243 0.215 0.197 0.118 0.046 0.007 174 A 0.156 0.195 0.182 0.209 0.172 0.078 0.010 175 D 0.090 0.204 0.236 0.243 0.145 0.072 0.010 176 F 0.026 0.031 0.057 0.138 0.277 0.371 0.101 177 Q 0.033 0.078 0.130 0.228 0.254 0.220 0.057 178 V 0.021 0.041 0.079 0.160 0.246 0.369 0.084 179 L 0.008 0.011 0.024 0.079 0.255 0.469 0.155 180 K 0.035 0.142 0.236 0.289 0.198 0.084 0.015 181 A 0.083 0.197 0.245 0.248 0.157 0.062 0.009 182 P 0.087 0.191 0.204 0.240 0.190 0.078 0.010 183 D 0.095 0.267 0.246 0.214 0.119 0.054 0.006 184 V 0.009 0.020 0.047 0.138 0.318 0.396 0.071 185 P 0.010 0.034 0.074 0.180 0.287 0.335 0.080 186 S 0.002 0.006 0.017 0.057 0.174 0.447 0.296 187 V 0.001 0.001 0.004 0.015 0.065 0.329 0.586 188 L 0.001 0.001 0.003 0.012 0.048 0.236 0.700 189 I 0.001 0.001 0.002 0.009 0.030 0.182 0.776 190 E 0.001 0.003 0.009 0.028 0.083 0.315 0.560 191 I 0.001 0.004 0.010 0.032 0.090 0.355 0.508 192 G 0.002 0.005 0.013 0.047 0.147 0.469 0.319 193 Y 0.005 0.013 0.032 0.091 0.254 0.456 0.150 194 L 0.004 0.011 0.030 0.077 0.195 0.455 0.229 195 S 0.021 0.082 0.158 0.263 0.303 0.157 0.015 196 N 0.030 0.127 0.279 0.343 0.174 0.044 0.003 197 K 0.494 0.349 0.114 0.034 0.008 0.001 0.001 198 E 0.450 0.351 0.150 0.041 0.008 0.001 0.001 199 D 0.092 0.102 0.168 0.296 0.268 0.069 0.003 200 E 0.140 0.252 0.293 0.209 0.089 0.016 0.001 201 K 0.465 0.394 0.105 0.028 0.006 0.001 0.001 202 L 0.076 0.260 0.320 0.260 0.073 0.012 0.001 203 L 0.007 0.023 0.090 0.296 0.444 0.137 0.003 204 N 0.236 0.447 0.218 0.081 0.017 0.002 0.001 205 N 0.354 0.459 0.151 0.032 0.003 0.001 0.001 206 P 0.329 0.413 0.187 0.060 0.009 0.001 0.001 207 Q 0.471 0.458 0.063 0.007 0.001 0.001 0.001 208 W 0.004 0.030 0.166 0.396 0.342 0.059 0.003 209 R 0.001 0.016 0.069 0.240 0.491 0.176 0.006 210 K 0.004 0.175 0.366 0.323 0.117 0.015 0.001 211 Q 0.001 0.032 0.201 0.475 0.230 0.059 0.002 212 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.058 0.607 0.333 213 A 0.001 0.001 0.001 0.022 0.217 0.581 0.178 214 A 0.001 0.010 0.105 0.396 0.371 0.113 0.005 215 S 0.001 0.001 0.006 0.061 0.276 0.564 0.092 216 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.224 0.771 217 A 0.001 0.001 0.007 0.080 0.296 0.551 0.066 218 Y 0.001 0.006 0.060 0.329 0.448 0.153 0.004 219 S 0.001 0.001 0.003 0.033 0.251 0.573 0.140 220 I 0.001 0.001 0.001 0.007 0.086 0.667 0.239 221 R 0.001 0.031 0.163 0.446 0.305 0.053 0.001 222 Q 0.006 0.096 0.276 0.408 0.186 0.028 0.001 223 F 0.004 0.021 0.071 0.232 0.423 0.240 0.009 224 A 0.024 0.068 0.179 0.355 0.303 0.069 0.002 225 E 0.435 0.446 0.097 0.018 0.002 0.001 0.001 226 Y 0.345 0.324 0.217 0.097 0.016 0.001 0.001 227 R 0.503 0.296 0.142 0.050 0.008 0.001 0.001 228 Q 0.769 0.169 0.048 0.012 0.002 0.001 0.001 229 K 0.761 0.164 0.049 0.021 0.005 0.001 0.001 230 I 0.510 0.231 0.131 0.085 0.036 0.007 0.001 231 M 0.506 0.217 0.152 0.084 0.032 0.007 0.001 232 Q 0.726 0.174 0.060 0.028 0.009 0.003 0.001 233 P 0.736 0.158 0.064 0.032 0.008 0.002 0.001 234 L 0.715 0.139 0.069 0.048 0.023 0.006 0.001