# TARGET T0585 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0585.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1016.66 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.023 0.007 0.041 0.009 0.417 0.503 2 N 0.031 0.015 0.068 0.005 0.497 0.384 3 A 0.047 0.011 0.053 0.003 0.518 0.368 4 S 0.151 0.004 0.010 0.001 0.309 0.526 5 F 0.831 0.004 0.001 0.001 0.040 0.123 6 R 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 7 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 9 L 0.955 0.002 0.001 0.001 0.004 0.039 10 D 0.687 0.005 0.001 0.001 0.127 0.179 11 P 0.125 0.010 0.015 0.003 0.619 0.228 12 G 0.043 0.012 0.031 0.005 0.754 0.156 13 H 0.046 0.047 0.046 0.010 0.746 0.106 14 G 0.028 0.018 0.015 0.005 0.569 0.364 15 G 0.032 0.045 0.006 0.003 0.400 0.513 16 I 0.066 0.135 0.007 0.004 0.358 0.429 17 D 0.040 0.051 0.009 0.004 0.784 0.113 18 G 0.018 0.011 0.019 0.007 0.869 0.076 19 G 0.023 0.006 0.038 0.008 0.826 0.099 20 A 0.240 0.060 0.042 0.018 0.520 0.119 21 R 0.347 0.163 0.016 0.026 0.162 0.286 22 G 0.219 0.078 0.020 0.021 0.579 0.084 23 V 0.067 0.008 0.028 0.032 0.789 0.076 24 T 0.022 0.006 0.026 0.075 0.744 0.127 25 G 0.106 0.030 0.009 0.036 0.513 0.306 26 I 0.111 0.030 0.002 0.270 0.045 0.542 27 L 0.191 0.020 0.005 0.613 0.026 0.145 28 E 0.019 0.001 0.005 0.959 0.005 0.011 29 K 0.008 0.001 0.006 0.975 0.004 0.007 30 D 0.003 0.001 0.014 0.977 0.004 0.003 31 V 0.001 0.001 0.004 0.991 0.002 0.002 32 T 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 33 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 35 F 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 37 R 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 38 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.004 39 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 40 R 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 41 D 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 42 E 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 43 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 44 Q 0.001 0.001 0.004 0.971 0.018 0.007 45 K 0.001 0.001 0.013 0.684 0.131 0.171 46 G 0.001 0.002 0.011 0.037 0.389 0.561 47 S 0.003 0.001 0.004 0.001 0.257 0.733 48 H 0.061 0.003 0.002 0.001 0.152 0.783 49 T 0.595 0.006 0.002 0.001 0.080 0.318 50 I 0.917 0.005 0.001 0.001 0.017 0.061 51 V 0.920 0.003 0.001 0.001 0.015 0.060 52 A 0.837 0.003 0.002 0.001 0.031 0.127 53 L 0.609 0.009 0.003 0.001 0.056 0.322 54 T 0.366 0.015 0.008 0.002 0.127 0.481 55 R 0.288 0.023 0.028 0.006 0.342 0.312 56 D 0.136 0.016 0.050 0.010 0.523 0.265 57 S 0.101 0.010 0.058 0.020 0.605 0.207 58 D 0.089 0.007 0.046 0.016 0.592 0.250 59 I 0.181 0.019 0.038 0.024 0.392 0.346 60 F 0.321 0.044 0.026 0.020 0.212 0.377 61 L 0.250 0.065 0.009 0.017 0.135 0.523 62 R 0.073 0.014 0.002 0.015 0.073 0.823 63 L 0.003 0.001 0.026 0.940 0.012 0.019 64 S 0.002 0.001 0.017 0.970 0.007 0.003 65 E 0.004 0.001 0.037 0.934 0.021 0.004 66 R 0.007 0.002 0.009 0.960 0.010 0.012 67 V 0.003 0.001 0.004 0.986 0.003 0.004 68 K 0.001 0.001 0.004 0.989 0.003 0.003 69 K 0.001 0.001 0.004 0.984 0.006 0.005 70 A 0.001 0.001 0.004 0.982 0.007 0.005 71 Q 0.001 0.001 0.008 0.942 0.029 0.019 72 E 0.002 0.001 0.013 0.714 0.110 0.160 73 F 0.004 0.003 0.023 0.539 0.186 0.244 74 D 0.011 0.005 0.005 0.008 0.288 0.683 75 A 0.030 0.003 0.007 0.002 0.407 0.550 76 D 0.330 0.003 0.005 0.001 0.260 0.400 77 L 0.969 0.002 0.001 0.001 0.010 0.019 78 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 S 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 81 I 0.883 0.001 0.001 0.001 0.012 0.103 82 H 0.686 0.004 0.002 0.002 0.079 0.228 83 A 0.471 0.015 0.010 0.004 0.177 0.323 84 D 0.268 0.022 0.014 0.009 0.389 0.298 85 T 0.183 0.032 0.024 0.013 0.490 0.258 86 I 0.078 0.023 0.041 0.012 0.551 0.295 87 D 0.044 0.021 0.044 0.020 0.663 0.208 88 V 0.023 0.016 0.080 0.024 0.686 0.172 89 H 0.047 0.021 0.087 0.021 0.609 0.214 90 S 0.081 0.017 0.114 0.017 0.537 0.233 91 L 0.144 0.027 0.075 0.011 0.409 0.334 92 R 0.248 0.016 0.030 0.004 0.309 0.393 93 G 0.398 0.007 0.007 0.001 0.185 0.402 94 A 0.787 0.004 0.001 0.001 0.053 0.154 95 T 0.956 0.001 0.001 0.001 0.011 0.032 96 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 97 Y 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 98 T 0.946 0.001 0.001 0.001 0.011 0.041 99 I 0.640 0.010 0.001 0.001 0.051 0.297 100 S 0.176 0.013 0.003 0.003 0.248 0.556 101 D 0.037 0.009 0.016 0.018 0.420 0.499 102 E 0.014 0.007 0.045 0.054 0.584 0.297 103 A 0.021 0.020 0.049 0.125 0.532 0.253 104 S 0.018 0.013 0.009 0.227 0.213 0.521 105 D 0.003 0.002 0.004 0.884 0.043 0.063 106 A 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.003 107 I 0.001 0.001 0.003 0.987 0.006 0.003 108 A 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.003 109 K 0.001 0.001 0.002 0.991 0.002 0.003 110 S 0.001 0.001 0.002 0.987 0.003 0.005 111 L 0.001 0.001 0.003 0.983 0.005 0.008 112 A 0.001 0.001 0.003 0.986 0.005 0.005 113 E 0.001 0.001 0.006 0.975 0.011 0.007 114 S 0.001 0.001 0.010 0.929 0.030 0.029 115 E 0.001 0.001 0.010 0.911 0.033 0.044 116 N 0.005 0.004 0.015 0.755 0.071 0.150 117 K 0.005 0.002 0.031 0.729 0.084 0.149 118 V 0.018 0.005 0.081 0.567 0.152 0.176 119 D 0.019 0.012 0.099 0.578 0.185 0.107 120 L 0.016 0.009 0.127 0.617 0.157 0.075 121 L 0.009 0.006 0.100 0.629 0.178 0.078 122 D 0.010 0.005 0.104 0.439 0.308 0.134 123 G 0.012 0.008 0.045 0.107 0.397 0.430 124 L 0.027 0.046 0.021 0.049 0.314 0.544 125 P 0.031 0.031 0.021 0.030 0.413 0.473 126 K 0.010 0.010 0.148 0.110 0.486 0.236 127 E 0.009 0.010 0.207 0.142 0.484 0.148 128 E 0.012 0.012 0.196 0.257 0.395 0.128 129 S 0.012 0.011 0.046 0.337 0.306 0.288 130 L 0.010 0.006 0.026 0.667 0.158 0.133 131 E 0.013 0.007 0.019 0.832 0.060 0.068 132 L 0.013 0.003 0.014 0.914 0.033 0.022 133 T 0.023 0.003 0.020 0.875 0.039 0.041 134 D 0.016 0.002 0.018 0.911 0.025 0.027 135 I 0.016 0.002 0.013 0.930 0.018 0.020 136 L 0.009 0.001 0.012 0.935 0.021 0.023 137 L 0.009 0.002 0.013 0.930 0.020 0.027 138 D 0.007 0.001 0.015 0.914 0.031 0.031 139 L 0.005 0.001 0.018 0.927 0.029 0.020 140 T 0.004 0.001 0.021 0.900 0.043 0.031 141 R 0.007 0.003 0.030 0.825 0.087 0.049 142 R 0.005 0.001 0.035 0.777 0.121 0.061 143 E 0.008 0.004 0.037 0.653 0.174 0.123 144 T 0.007 0.006 0.021 0.587 0.169 0.212 145 H 0.009 0.004 0.012 0.548 0.170 0.256 146 A 0.007 0.003 0.016 0.772 0.084 0.118 147 F 0.007 0.003 0.019 0.836 0.071 0.065 148 S 0.012 0.003 0.013 0.822 0.047 0.102 149 I 0.002 0.001 0.006 0.974 0.007 0.010 150 N 0.001 0.001 0.006 0.981 0.005 0.007 151 F 0.001 0.001 0.005 0.992 0.002 0.002 152 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 153 N 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 154 N 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 155 V 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 156 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 157 S 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 158 N 0.001 0.001 0.003 0.991 0.002 0.003 159 L 0.001 0.001 0.006 0.977 0.006 0.010 160 S 0.001 0.001 0.023 0.937 0.025 0.013 161 K 0.002 0.001 0.024 0.916 0.036 0.022 162 S 0.003 0.002 0.020 0.837 0.053 0.085 163 H 0.009 0.011 0.035 0.403 0.244 0.299 164 I 0.013 0.011 0.072 0.201 0.382 0.322 165 N 0.026 0.012 0.086 0.070 0.538 0.268 166 L 0.034 0.025 0.102 0.066 0.628 0.145 167 I 0.046 0.033 0.085 0.074 0.519 0.242 168 N 0.042 0.027 0.053 0.068 0.572 0.239 169 N 0.035 0.010 0.029 0.038 0.594 0.294 170 P 0.071 0.012 0.035 0.039 0.425 0.418 171 H 0.268 0.085 0.044 0.045 0.279 0.278 172 R 0.386 0.044 0.032 0.038 0.261 0.239 173 Y 0.387 0.039 0.032 0.033 0.312 0.198 174 A 0.273 0.014 0.027 0.024 0.432 0.230 175 D 0.272 0.008 0.024 0.021 0.397 0.277 176 F 0.670 0.012 0.011 0.013 0.140 0.155 177 Q 0.873 0.008 0.006 0.010 0.040 0.063 178 V 0.928 0.010 0.004 0.007 0.019 0.032 179 L 0.840 0.012 0.005 0.009 0.037 0.097 180 K 0.468 0.013 0.009 0.020 0.211 0.278 181 A 0.078 0.008 0.017 0.009 0.640 0.248 182 P 0.028 0.008 0.018 0.015 0.684 0.246 183 D 0.033 0.024 0.019 0.010 0.615 0.298 184 V 0.069 0.020 0.005 0.004 0.420 0.481 185 P 0.130 0.005 0.004 0.002 0.213 0.646 186 S 0.817 0.006 0.002 0.001 0.047 0.127 187 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 188 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 189 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 190 E 0.911 0.001 0.001 0.003 0.014 0.072 191 I 0.605 0.003 0.003 0.005 0.076 0.308 192 G 0.440 0.007 0.016 0.005 0.162 0.370 193 Y 0.465 0.021 0.027 0.011 0.198 0.278 194 L 0.257 0.027 0.023 0.013 0.266 0.414 195 S 0.088 0.018 0.004 0.014 0.235 0.640 196 N 0.010 0.003 0.005 0.091 0.212 0.679 197 K 0.001 0.001 0.016 0.978 0.004 0.002 198 E 0.001 0.001 0.032 0.954 0.011 0.002 199 D 0.001 0.001 0.019 0.971 0.007 0.002 200 E 0.001 0.001 0.007 0.986 0.004 0.002 201 K 0.001 0.001 0.016 0.973 0.006 0.003 202 L 0.001 0.001 0.034 0.932 0.026 0.008 203 L 0.002 0.004 0.028 0.821 0.085 0.061 204 N 0.001 0.008 0.011 0.582 0.116 0.281 205 N 0.001 0.002 0.001 0.026 0.119 0.853 206 P 0.001 0.001 0.017 0.952 0.019 0.012 207 Q 0.001 0.001 0.018 0.971 0.009 0.001 208 W 0.001 0.001 0.010 0.987 0.003 0.001 209 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 210 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 211 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 212 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 213 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 214 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 215 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 216 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 217 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 218 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 219 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 220 I 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 221 R 0.001 0.001 0.007 0.988 0.003 0.002 222 Q 0.001 0.001 0.005 0.983 0.006 0.006 223 F 0.001 0.001 0.003 0.919 0.009 0.067 224 A 0.001 0.001 0.006 0.955 0.009 0.028 225 E 0.002 0.001 0.011 0.947 0.022 0.018 226 Y 0.006 0.001 0.016 0.890 0.049 0.038 227 R 0.009 0.001 0.020 0.897 0.035 0.038 228 Q 0.008 0.002 0.026 0.891 0.028 0.047 229 K 0.004 0.001 0.018 0.874 0.028 0.075 230 I 0.007 0.002 0.038 0.574 0.083 0.296 231 M 0.016 0.010 0.012 0.122 0.092 0.750 232 Q 0.015 0.010 0.007 0.074 0.069 0.825 233 P 0.006 0.006 0.001 0.011 0.027 0.950 234 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.988