# TARGET T0585 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0585.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1016.66 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.005 0.002 0.005 0.006 0.016 0.030 0.937 2 N 0.020 0.010 0.035 0.014 0.031 0.095 0.795 3 A 0.027 0.007 0.106 0.020 0.255 0.307 0.278 4 S 0.071 0.002 0.037 0.001 0.236 0.253 0.399 5 F 0.464 0.006 0.003 0.001 0.063 0.008 0.456 6 R 0.908 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.080 7 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 8 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 9 L 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 10 D 0.350 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.635 11 P 0.041 0.002 0.016 0.001 0.179 0.518 0.242 12 G 0.015 0.008 0.026 0.002 0.270 0.525 0.154 13 H 0.025 0.053 0.052 0.004 0.393 0.086 0.388 14 G 0.026 0.062 0.023 0.007 0.295 0.227 0.360 15 G 0.030 0.039 0.030 0.006 0.295 0.295 0.304 16 I 0.034 0.117 0.020 0.007 0.352 0.103 0.365 17 D 0.028 0.055 0.015 0.011 0.305 0.069 0.518 18 G 0.020 0.014 0.059 0.016 0.168 0.532 0.191 19 G 0.040 0.035 0.073 0.021 0.171 0.423 0.237 20 A 0.134 0.068 0.048 0.021 0.181 0.150 0.397 21 R 0.165 0.170 0.027 0.022 0.142 0.157 0.317 22 G 0.112 0.031 0.021 0.009 0.153 0.070 0.604 23 V 0.061 0.018 0.046 0.027 0.164 0.511 0.173 24 T 0.024 0.005 0.024 0.018 0.131 0.740 0.058 25 G 0.093 0.005 0.016 0.030 0.415 0.207 0.234 26 I 0.259 0.029 0.005 0.121 0.136 0.023 0.427 27 L 0.514 0.065 0.004 0.257 0.040 0.012 0.107 28 E 0.210 0.004 0.005 0.712 0.006 0.011 0.051 29 K 0.108 0.001 0.003 0.840 0.012 0.009 0.026 30 D 0.046 0.001 0.004 0.919 0.009 0.005 0.017 31 V 0.015 0.001 0.003 0.965 0.003 0.005 0.008 32 T 0.002 0.001 0.001 0.988 0.002 0.004 0.003 33 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 35 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 37 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 38 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.005 0.001 39 L 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.012 0.001 40 R 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 41 D 0.001 0.001 0.005 0.978 0.001 0.016 0.001 42 E 0.001 0.001 0.005 0.960 0.001 0.031 0.002 43 L 0.001 0.002 0.015 0.866 0.022 0.078 0.016 44 Q 0.001 0.002 0.026 0.622 0.011 0.311 0.027 45 K 0.005 0.001 0.040 0.234 0.107 0.522 0.091 46 G 0.004 0.001 0.014 0.023 0.206 0.586 0.166 47 S 0.046 0.004 0.014 0.002 0.139 0.594 0.202 48 H 0.306 0.006 0.001 0.001 0.024 0.003 0.659 49 T 0.859 0.002 0.001 0.001 0.027 0.001 0.109 50 I 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 51 V 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 52 A 0.863 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.129 53 L 0.229 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.757 54 T 0.304 0.016 0.001 0.001 0.043 0.007 0.629 55 R 0.137 0.025 0.003 0.001 0.186 0.030 0.618 56 D 0.057 0.010 0.036 0.009 0.212 0.372 0.304 57 S 0.037 0.006 0.044 0.015 0.204 0.572 0.122 58 D 0.061 0.028 0.049 0.020 0.328 0.172 0.343 59 I 0.233 0.073 0.039 0.025 0.218 0.120 0.293 60 F 0.298 0.086 0.025 0.024 0.102 0.062 0.402 61 L 0.255 0.098 0.005 0.020 0.196 0.016 0.410 62 R 0.096 0.052 0.004 0.020 0.048 0.005 0.775 63 L 0.001 0.001 0.034 0.953 0.001 0.009 0.003 64 S 0.001 0.001 0.015 0.982 0.001 0.003 0.001 65 E 0.001 0.001 0.011 0.988 0.001 0.001 0.001 66 R 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 68 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 69 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 70 A 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.008 0.001 71 Q 0.001 0.001 0.005 0.941 0.002 0.049 0.002 72 E 0.002 0.001 0.015 0.774 0.017 0.176 0.015 73 F 0.002 0.002 0.012 0.348 0.069 0.524 0.043 74 D 0.005 0.004 0.006 0.009 0.052 0.669 0.255 75 A 0.030 0.003 0.006 0.001 0.059 0.023 0.878 76 D 0.125 0.002 0.007 0.001 0.633 0.020 0.212 77 L 0.963 0.001 0.003 0.001 0.006 0.003 0.024 78 F 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 79 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 S 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 81 I 0.911 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.076 82 H 0.671 0.012 0.005 0.004 0.060 0.010 0.238 83 A 0.399 0.016 0.041 0.017 0.152 0.058 0.317 84 D 0.249 0.022 0.056 0.015 0.149 0.148 0.361 85 T 0.105 0.038 0.081 0.024 0.201 0.171 0.379 86 I 0.070 0.013 0.034 0.011 0.476 0.142 0.254 87 D 0.078 0.033 0.037 0.007 0.333 0.140 0.372 88 V 0.048 0.019 0.164 0.022 0.262 0.190 0.295 89 H 0.051 0.009 0.235 0.022 0.185 0.329 0.171 90 S 0.080 0.019 0.295 0.013 0.142 0.265 0.188 91 L 0.317 0.050 0.099 0.006 0.080 0.065 0.382 92 R 0.235 0.010 0.036 0.002 0.265 0.159 0.293 93 G 0.651 0.007 0.014 0.001 0.080 0.114 0.133 94 A 0.815 0.004 0.002 0.001 0.014 0.005 0.161 95 T 0.974 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.016 96 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 97 Y 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 98 T 0.976 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 99 I 0.693 0.014 0.001 0.001 0.028 0.010 0.252 100 S 0.143 0.006 0.003 0.001 0.233 0.039 0.575 101 D 0.021 0.005 0.053 0.019 0.331 0.445 0.126 102 E 0.010 0.010 0.129 0.054 0.171 0.504 0.122 103 A 0.008 0.023 0.114 0.089 0.168 0.215 0.384 104 S 0.005 0.010 0.039 0.202 0.108 0.085 0.550 105 D 0.001 0.001 0.021 0.922 0.023 0.015 0.017 106 A 0.001 0.001 0.010 0.981 0.001 0.007 0.001 107 I 0.001 0.001 0.007 0.983 0.001 0.008 0.001 108 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 109 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 110 S 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 112 A 0.001 0.001 0.004 0.980 0.002 0.013 0.001 113 E 0.001 0.001 0.006 0.935 0.001 0.054 0.003 114 S 0.001 0.001 0.006 0.887 0.007 0.085 0.014 115 E 0.001 0.002 0.009 0.656 0.037 0.218 0.078 116 N 0.004 0.004 0.025 0.249 0.063 0.375 0.280 117 K 0.010 0.002 0.062 0.347 0.148 0.240 0.191 118 V 0.028 0.014 0.070 0.432 0.106 0.066 0.284 119 D 0.031 0.012 0.133 0.551 0.060 0.050 0.163 120 L 0.029 0.008 0.133 0.700 0.020 0.066 0.045 121 L 0.034 0.015 0.154 0.563 0.047 0.108 0.078 122 D 0.015 0.005 0.091 0.223 0.055 0.560 0.050 123 G 0.008 0.007 0.036 0.042 0.082 0.655 0.171 124 L 0.006 0.011 0.006 0.003 0.116 0.016 0.841 125 P 0.011 0.014 0.018 0.004 0.039 0.035 0.880 126 K 0.007 0.012 0.167 0.033 0.128 0.396 0.257 127 E 0.004 0.004 0.248 0.044 0.080 0.339 0.281 128 E 0.006 0.013 0.174 0.097 0.134 0.252 0.324 129 S 0.010 0.012 0.056 0.098 0.144 0.172 0.508 130 L 0.007 0.005 0.091 0.451 0.158 0.130 0.159 131 E 0.009 0.010 0.059 0.723 0.033 0.081 0.085 132 L 0.008 0.005 0.030 0.893 0.007 0.022 0.035 133 T 0.017 0.006 0.024 0.878 0.011 0.020 0.045 134 D 0.029 0.003 0.029 0.863 0.019 0.030 0.027 135 I 0.048 0.005 0.023 0.840 0.022 0.035 0.027 136 L 0.038 0.005 0.015 0.866 0.011 0.042 0.023 137 L 0.057 0.005 0.023 0.798 0.019 0.051 0.046 138 D 0.044 0.003 0.028 0.796 0.022 0.045 0.062 139 L 0.015 0.003 0.039 0.822 0.015 0.067 0.040 140 T 0.015 0.004 0.047 0.715 0.020 0.142 0.056 141 R 0.030 0.006 0.047 0.593 0.038 0.171 0.115 142 R 0.039 0.005 0.040 0.506 0.071 0.150 0.190 143 E 0.030 0.007 0.039 0.403 0.096 0.203 0.222 144 T 0.030 0.009 0.039 0.367 0.107 0.221 0.228 145 H 0.038 0.008 0.020 0.485 0.143 0.106 0.200 146 A 0.025 0.004 0.019 0.625 0.072 0.127 0.127 147 F 0.029 0.020 0.014 0.593 0.096 0.080 0.167 148 S 0.007 0.003 0.009 0.801 0.024 0.032 0.125 149 I 0.001 0.001 0.005 0.980 0.003 0.007 0.004 150 N 0.001 0.001 0.005 0.986 0.001 0.004 0.003 151 F 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.003 0.002 152 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 153 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 154 N 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 155 V 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 156 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 157 S 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.009 0.001 158 N 0.001 0.001 0.002 0.968 0.001 0.029 0.001 159 L 0.001 0.001 0.008 0.932 0.004 0.042 0.013 160 S 0.002 0.002 0.031 0.843 0.012 0.087 0.023 161 K 0.004 0.001 0.051 0.704 0.024 0.186 0.029 162 S 0.009 0.003 0.036 0.543 0.053 0.208 0.148 163 H 0.017 0.012 0.026 0.229 0.135 0.106 0.475 164 I 0.036 0.018 0.056 0.200 0.103 0.221 0.367 165 N 0.061 0.012 0.071 0.115 0.157 0.263 0.321 166 L 0.098 0.027 0.081 0.091 0.139 0.134 0.432 167 I 0.115 0.037 0.063 0.067 0.140 0.231 0.348 168 N 0.082 0.024 0.047 0.044 0.246 0.288 0.269 169 N 0.068 0.015 0.042 0.035 0.334 0.142 0.365 170 P 0.081 0.019 0.075 0.060 0.233 0.174 0.358 171 H 0.193 0.027 0.114 0.060 0.163 0.146 0.297 172 R 0.365 0.058 0.081 0.057 0.102 0.077 0.260 173 Y 0.363 0.042 0.076 0.040 0.080 0.082 0.317 174 A 0.376 0.012 0.036 0.015 0.198 0.121 0.241 175 D 0.472 0.007 0.023 0.008 0.140 0.117 0.233 176 F 0.784 0.010 0.011 0.006 0.022 0.019 0.148 177 Q 0.911 0.006 0.007 0.005 0.009 0.006 0.056 178 V 0.944 0.006 0.006 0.005 0.008 0.003 0.028 179 L 0.890 0.008 0.005 0.006 0.023 0.007 0.061 180 K 0.552 0.030 0.007 0.007 0.157 0.020 0.226 181 A 0.065 0.017 0.009 0.001 0.122 0.012 0.773 182 P 0.017 0.005 0.023 0.002 0.165 0.530 0.258 183 D 0.013 0.016 0.026 0.002 0.256 0.527 0.160 184 V 0.029 0.004 0.007 0.003 0.657 0.013 0.287 185 P 0.056 0.004 0.010 0.003 0.181 0.030 0.716 186 S 0.705 0.018 0.037 0.007 0.087 0.050 0.095 187 V 0.947 0.006 0.006 0.008 0.004 0.002 0.027 188 L 0.977 0.002 0.002 0.009 0.002 0.001 0.008 189 I 0.972 0.001 0.002 0.007 0.001 0.002 0.015 190 E 0.949 0.002 0.001 0.007 0.005 0.003 0.034 191 I 0.838 0.005 0.006 0.020 0.020 0.014 0.097 192 G 0.426 0.008 0.027 0.035 0.183 0.118 0.203 193 Y 0.420 0.014 0.059 0.062 0.084 0.222 0.138 194 L 0.224 0.051 0.035 0.040 0.127 0.172 0.352 195 S 0.077 0.023 0.006 0.015 0.450 0.091 0.337 196 N 0.012 0.009 0.001 0.006 0.530 0.003 0.440 197 K 0.001 0.001 0.011 0.971 0.001 0.015 0.002 198 E 0.001 0.001 0.011 0.970 0.001 0.018 0.001 199 D 0.001 0.001 0.010 0.981 0.001 0.005 0.003 200 E 0.001 0.001 0.009 0.986 0.001 0.003 0.002 201 K 0.001 0.001 0.011 0.950 0.001 0.037 0.001 202 L 0.001 0.001 0.043 0.740 0.004 0.205 0.006 203 L 0.001 0.003 0.039 0.573 0.018 0.333 0.033 204 N 0.001 0.016 0.011 0.160 0.164 0.551 0.097 205 N 0.001 0.001 0.001 0.003 0.604 0.002 0.389 206 P 0.001 0.001 0.009 0.956 0.002 0.029 0.004 207 Q 0.001 0.001 0.006 0.979 0.001 0.013 0.001 208 W 0.001 0.001 0.006 0.988 0.001 0.004 0.001 209 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 210 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 211 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 212 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 213 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 214 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 215 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 216 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 217 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 218 Y 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.005 0.001 219 S 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.011 0.001 220 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 221 R 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.005 0.001 222 Q 0.001 0.001 0.004 0.982 0.001 0.013 0.001 223 F 0.001 0.001 0.006 0.974 0.001 0.015 0.004 224 A 0.001 0.001 0.005 0.980 0.001 0.011 0.002 225 E 0.001 0.001 0.012 0.954 0.001 0.028 0.005 226 Y 0.001 0.001 0.008 0.950 0.003 0.024 0.014 227 R 0.002 0.001 0.009 0.945 0.006 0.025 0.012 228 Q 0.004 0.002 0.025 0.883 0.018 0.045 0.024 229 K 0.003 0.001 0.017 0.807 0.026 0.111 0.036 230 I 0.009 0.003 0.011 0.693 0.049 0.144 0.091 231 M 0.021 0.015 0.028 0.391 0.093 0.105 0.347 232 Q 0.024 0.006 0.031 0.144 0.216 0.169 0.410 233 P 0.007 0.007 0.002 0.020 0.021 0.015 0.928 234 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997