# TARGET T0585 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0585.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1109 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.018 0.013 0.098 0.106 0.101 0.216 0.449 2 N 0.014 0.018 0.173 0.107 0.073 0.137 0.478 3 A 0.019 0.007 0.254 0.099 0.068 0.407 0.145 4 S 0.037 0.007 0.169 0.044 0.156 0.351 0.236 5 F 0.115 0.016 0.030 0.015 0.113 0.052 0.659 6 R 0.399 0.007 0.003 0.006 0.088 0.013 0.484 7 V 0.877 0.006 0.001 0.003 0.051 0.004 0.058 8 V 0.959 0.003 0.001 0.002 0.003 0.002 0.030 9 L 0.940 0.009 0.002 0.004 0.003 0.002 0.039 10 D 0.547 0.006 0.003 0.003 0.022 0.005 0.415 11 P 0.081 0.001 0.019 0.004 0.158 0.184 0.553 12 G 0.056 0.017 0.015 0.004 0.401 0.175 0.332 13 H 0.057 0.012 0.058 0.009 0.390 0.105 0.370 14 G 0.068 0.023 0.060 0.018 0.373 0.118 0.341 15 G 0.211 0.049 0.095 0.024 0.129 0.083 0.409 16 I 0.204 0.044 0.166 0.042 0.148 0.171 0.224 17 D 0.174 0.028 0.160 0.051 0.141 0.165 0.280 18 G 0.044 0.006 0.153 0.028 0.059 0.660 0.050 19 G 0.039 0.006 0.057 0.022 0.059 0.765 0.052 20 A 0.325 0.035 0.044 0.020 0.105 0.201 0.270 21 R 0.515 0.084 0.010 0.016 0.086 0.074 0.214 22 G 0.310 0.035 0.011 0.008 0.137 0.092 0.408 23 V 0.064 0.008 0.027 0.005 0.157 0.617 0.122 24 T 0.013 0.003 0.021 0.003 0.096 0.836 0.029 25 G 0.069 0.006 0.036 0.016 0.307 0.343 0.224 26 I 0.276 0.020 0.012 0.041 0.114 0.055 0.482 27 L 0.494 0.047 0.008 0.085 0.061 0.027 0.279 28 E 0.217 0.011 0.015 0.332 0.042 0.029 0.355 29 K 0.076 0.004 0.020 0.519 0.094 0.031 0.256 30 D 0.049 0.004 0.013 0.721 0.059 0.020 0.134 31 V 0.014 0.002 0.006 0.909 0.009 0.007 0.052 32 T 0.004 0.001 0.001 0.980 0.004 0.002 0.009 33 L 0.004 0.001 0.001 0.986 0.003 0.001 0.005 34 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.002 35 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 37 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 38 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 39 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.002 40 R 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.008 0.001 41 D 0.001 0.001 0.002 0.977 0.002 0.015 0.003 42 E 0.001 0.001 0.005 0.959 0.004 0.022 0.009 43 L 0.002 0.002 0.010 0.920 0.008 0.040 0.018 44 Q 0.005 0.001 0.027 0.746 0.016 0.185 0.020 45 K 0.003 0.002 0.026 0.507 0.028 0.401 0.033 46 G 0.006 0.005 0.034 0.103 0.200 0.165 0.486 47 S 0.003 0.003 0.029 0.019 0.194 0.686 0.066 48 H 0.011 0.001 0.013 0.001 0.104 0.775 0.093 49 T 0.229 0.005 0.001 0.001 0.063 0.004 0.697 50 I 0.862 0.002 0.001 0.001 0.034 0.001 0.101 51 V 0.979 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 52 A 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 53 L 0.969 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 54 T 0.766 0.007 0.001 0.001 0.013 0.002 0.211 55 R 0.307 0.014 0.006 0.002 0.137 0.033 0.500 56 D 0.053 0.007 0.042 0.007 0.351 0.251 0.288 57 S 0.011 0.009 0.082 0.012 0.414 0.294 0.177 58 D 0.017 0.015 0.083 0.017 0.240 0.175 0.453 59 I 0.052 0.026 0.073 0.024 0.319 0.227 0.278 60 F 0.082 0.037 0.030 0.028 0.267 0.160 0.397 61 L 0.028 0.027 0.006 0.016 0.322 0.020 0.581 62 R 0.019 0.033 0.001 0.018 0.059 0.007 0.863 63 L 0.001 0.001 0.032 0.905 0.011 0.032 0.020 64 S 0.001 0.001 0.021 0.942 0.006 0.027 0.005 65 E 0.001 0.001 0.018 0.962 0.003 0.013 0.004 66 R 0.001 0.001 0.003 0.987 0.002 0.005 0.003 67 V 0.001 0.001 0.002 0.983 0.002 0.007 0.005 68 K 0.002 0.001 0.003 0.971 0.003 0.017 0.004 69 K 0.001 0.001 0.003 0.971 0.004 0.015 0.005 70 A 0.001 0.001 0.008 0.961 0.004 0.020 0.006 71 Q 0.001 0.001 0.022 0.880 0.005 0.086 0.006 72 E 0.001 0.001 0.051 0.782 0.015 0.120 0.030 73 F 0.001 0.001 0.038 0.412 0.053 0.481 0.014 74 D 0.001 0.003 0.010 0.030 0.021 0.895 0.039 75 A 0.004 0.001 0.001 0.001 0.044 0.003 0.949 76 D 0.075 0.001 0.001 0.001 0.782 0.004 0.139 77 L 0.981 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 78 F 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 79 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 80 S 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 81 I 0.806 0.004 0.007 0.002 0.036 0.003 0.142 82 H 0.535 0.005 0.016 0.008 0.095 0.007 0.333 83 A 0.324 0.070 0.041 0.013 0.075 0.022 0.455 84 D 0.372 0.053 0.042 0.021 0.113 0.067 0.333 85 T 0.241 0.019 0.064 0.019 0.162 0.199 0.296 86 I 0.068 0.016 0.071 0.026 0.259 0.331 0.228 87 D 0.055 0.014 0.054 0.018 0.357 0.236 0.268 88 V 0.059 0.012 0.055 0.010 0.270 0.141 0.453 89 H 0.105 0.017 0.097 0.023 0.231 0.336 0.190 90 S 0.132 0.031 0.101 0.016 0.152 0.278 0.290 91 L 0.181 0.033 0.088 0.008 0.187 0.168 0.335 92 R 0.151 0.018 0.048 0.006 0.188 0.438 0.152 93 G 0.291 0.005 0.021 0.002 0.215 0.264 0.202 94 A 0.796 0.005 0.001 0.001 0.016 0.003 0.177 95 T 0.970 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.022 96 V 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 97 Y 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 98 T 0.922 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.063 99 I 0.669 0.012 0.002 0.002 0.050 0.010 0.255 100 S 0.200 0.011 0.005 0.005 0.237 0.052 0.490 101 D 0.024 0.007 0.056 0.041 0.410 0.242 0.221 102 E 0.009 0.010 0.098 0.100 0.339 0.232 0.211 103 A 0.006 0.006 0.143 0.253 0.190 0.202 0.201 104 S 0.005 0.004 0.072 0.411 0.117 0.139 0.253 105 D 0.003 0.003 0.041 0.668 0.067 0.117 0.100 106 A 0.003 0.002 0.017 0.832 0.042 0.045 0.059 107 I 0.002 0.002 0.007 0.909 0.021 0.021 0.038 108 A 0.002 0.001 0.002 0.955 0.010 0.013 0.018 109 K 0.002 0.001 0.001 0.968 0.006 0.011 0.011 110 S 0.001 0.001 0.001 0.973 0.005 0.009 0.010 111 L 0.001 0.001 0.001 0.974 0.006 0.009 0.009 112 A 0.001 0.001 0.001 0.966 0.006 0.018 0.008 113 E 0.001 0.001 0.002 0.939 0.007 0.040 0.011 114 S 0.001 0.001 0.002 0.885 0.010 0.075 0.026 115 E 0.001 0.002 0.004 0.812 0.026 0.098 0.057 116 N 0.003 0.003 0.009 0.698 0.058 0.104 0.125 117 K 0.005 0.005 0.015 0.717 0.053 0.077 0.127 118 V 0.007 0.004 0.016 0.701 0.063 0.060 0.149 119 D 0.012 0.004 0.030 0.707 0.058 0.095 0.095 120 L 0.012 0.005 0.037 0.710 0.053 0.091 0.092 121 L 0.012 0.007 0.036 0.713 0.044 0.102 0.086 122 D 0.008 0.002 0.024 0.387 0.046 0.478 0.054 123 G 0.010 0.005 0.022 0.128 0.074 0.625 0.136 124 L 0.025 0.034 0.020 0.067 0.156 0.043 0.655 125 P 0.065 0.050 0.054 0.088 0.110 0.114 0.520 126 K 0.042 0.017 0.107 0.113 0.139 0.341 0.240 127 E 0.026 0.015 0.105 0.104 0.197 0.290 0.262 128 E 0.038 0.010 0.063 0.119 0.261 0.231 0.277 129 S 0.031 0.011 0.037 0.191 0.232 0.196 0.302 130 L 0.017 0.012 0.014 0.241 0.220 0.069 0.427 131 E 0.008 0.005 0.018 0.726 0.072 0.054 0.118 132 L 0.005 0.004 0.015 0.899 0.015 0.034 0.028 133 T 0.003 0.001 0.013 0.947 0.006 0.016 0.013 134 D 0.005 0.001 0.009 0.957 0.006 0.010 0.012 135 I 0.008 0.001 0.007 0.957 0.006 0.011 0.011 136 L 0.008 0.001 0.008 0.948 0.006 0.018 0.011 137 L 0.007 0.002 0.007 0.929 0.010 0.030 0.014 138 D 0.008 0.001 0.010 0.878 0.013 0.066 0.023 139 L 0.010 0.003 0.016 0.804 0.027 0.087 0.053 140 T 0.013 0.005 0.021 0.753 0.045 0.088 0.074 141 R 0.016 0.008 0.027 0.653 0.068 0.123 0.105 142 R 0.017 0.006 0.031 0.547 0.086 0.144 0.169 143 E 0.019 0.008 0.030 0.544 0.089 0.170 0.139 144 T 0.014 0.006 0.028 0.500 0.124 0.171 0.157 145 H 0.009 0.006 0.022 0.491 0.116 0.140 0.215 146 A 0.005 0.002 0.020 0.707 0.075 0.057 0.135 147 F 0.003 0.002 0.031 0.789 0.035 0.089 0.051 148 S 0.002 0.002 0.029 0.801 0.030 0.101 0.036 149 I 0.002 0.001 0.013 0.894 0.020 0.034 0.037 150 N 0.001 0.001 0.005 0.960 0.009 0.013 0.012 151 F 0.001 0.001 0.004 0.967 0.004 0.014 0.009 152 A 0.001 0.001 0.003 0.974 0.003 0.012 0.006 153 N 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.005 0.003 154 N 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.002 155 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 156 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 157 S 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.008 0.001 158 N 0.001 0.001 0.001 0.977 0.002 0.017 0.002 159 L 0.001 0.001 0.002 0.963 0.003 0.028 0.004 160 S 0.001 0.001 0.003 0.946 0.009 0.026 0.013 161 K 0.002 0.001 0.018 0.902 0.013 0.046 0.018 162 S 0.003 0.001 0.020 0.842 0.020 0.098 0.016 163 H 0.003 0.002 0.022 0.786 0.027 0.129 0.031 164 I 0.008 0.008 0.021 0.394 0.125 0.329 0.114 165 N 0.013 0.009 0.021 0.078 0.149 0.361 0.369 166 L 0.031 0.022 0.035 0.070 0.209 0.116 0.517 167 I 0.056 0.018 0.051 0.068 0.210 0.156 0.442 168 N 0.039 0.015 0.092 0.099 0.220 0.231 0.303 169 N 0.061 0.014 0.087 0.114 0.262 0.169 0.294 170 P 0.103 0.012 0.080 0.109 0.169 0.174 0.352 171 H 0.238 0.028 0.075 0.119 0.113 0.080 0.346 172 R 0.318 0.029 0.055 0.121 0.101 0.072 0.305 173 Y 0.313 0.036 0.055 0.112 0.116 0.099 0.269 174 A 0.247 0.016 0.037 0.059 0.180 0.110 0.351 175 D 0.200 0.004 0.023 0.018 0.253 0.125 0.376 176 F 0.760 0.012 0.011 0.021 0.028 0.017 0.152 177 Q 0.940 0.005 0.003 0.009 0.005 0.004 0.035 178 V 0.951 0.003 0.003 0.011 0.004 0.003 0.024 179 L 0.920 0.006 0.004 0.012 0.010 0.005 0.043 180 K 0.646 0.019 0.010 0.021 0.067 0.021 0.216 181 A 0.218 0.007 0.022 0.016 0.182 0.084 0.470 182 P 0.093 0.012 0.020 0.014 0.275 0.233 0.353 183 D 0.057 0.009 0.010 0.007 0.447 0.198 0.271 184 V 0.079 0.009 0.002 0.015 0.556 0.016 0.323 185 P 0.132 0.015 0.003 0.034 0.127 0.013 0.675 186 S 0.741 0.012 0.004 0.039 0.035 0.009 0.160 187 V 0.901 0.005 0.005 0.039 0.014 0.004 0.032 188 L 0.923 0.004 0.005 0.030 0.003 0.003 0.032 189 I 0.895 0.003 0.010 0.030 0.008 0.010 0.044 190 E 0.835 0.006 0.014 0.031 0.023 0.013 0.077 191 I 0.522 0.007 0.050 0.059 0.073 0.051 0.238 192 G 0.365 0.021 0.051 0.067 0.200 0.102 0.194 193 Y 0.372 0.039 0.046 0.072 0.119 0.082 0.269 194 L 0.236 0.052 0.037 0.084 0.198 0.112 0.281 195 S 0.106 0.035 0.013 0.071 0.263 0.144 0.368 196 N 0.012 0.006 0.005 0.090 0.249 0.049 0.589 197 K 0.001 0.001 0.041 0.783 0.042 0.094 0.039 198 E 0.001 0.001 0.051 0.840 0.019 0.076 0.012 199 D 0.001 0.001 0.056 0.876 0.013 0.040 0.014 200 E 0.001 0.001 0.075 0.858 0.012 0.031 0.022 201 K 0.002 0.001 0.111 0.752 0.019 0.096 0.019 202 L 0.002 0.005 0.187 0.560 0.020 0.208 0.018 203 L 0.003 0.006 0.122 0.300 0.106 0.408 0.056 204 N 0.002 0.009 0.043 0.197 0.207 0.385 0.157 205 N 0.001 0.002 0.002 0.035 0.205 0.013 0.742 206 P 0.001 0.001 0.052 0.856 0.017 0.057 0.018 207 Q 0.001 0.001 0.027 0.909 0.012 0.044 0.008 208 W 0.001 0.001 0.020 0.940 0.007 0.022 0.011 209 R 0.001 0.001 0.001 0.984 0.003 0.005 0.005 210 K 0.001 0.001 0.001 0.986 0.004 0.006 0.004 211 Q 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.006 0.003 212 M 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.002 213 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 214 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 215 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 216 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 217 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 218 Y 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 219 S 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 220 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 221 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 222 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 223 F 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 224 A 0.001 0.001 0.003 0.978 0.001 0.017 0.001 225 E 0.001 0.001 0.007 0.873 0.003 0.115 0.002 226 Y 0.001 0.001 0.012 0.625 0.036 0.303 0.022 227 R 0.003 0.010 0.009 0.124 0.330 0.090 0.434 228 Q 0.005 0.007 0.017 0.022 0.150 0.061 0.740 229 K 0.012 0.005 0.074 0.034 0.193 0.160 0.522 230 I 0.057 0.009 0.127 0.044 0.205 0.145 0.414 231 M 0.132 0.020 0.053 0.038 0.170 0.047 0.540 232 Q 0.166 0.029 0.020 0.033 0.163 0.040 0.549 233 P 0.074 0.031 0.006 0.011 0.006 0.038 0.835 234 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999