# TARGET T0582 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0582.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 133.033 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.638 0.194 0.083 0.050 0.027 0.008 0.001 2 E 0.516 0.268 0.134 0.060 0.016 0.005 0.001 3 I 0.247 0.155 0.196 0.214 0.136 0.047 0.004 4 N 0.422 0.265 0.166 0.094 0.040 0.013 0.001 5 A 0.551 0.256 0.105 0.058 0.023 0.006 0.001 6 D 0.474 0.309 0.125 0.061 0.023 0.007 0.001 7 F 0.163 0.124 0.163 0.242 0.202 0.094 0.012 8 T 0.248 0.266 0.222 0.152 0.081 0.027 0.003 9 K 0.249 0.312 0.230 0.141 0.050 0.017 0.002 10 P 0.106 0.181 0.235 0.258 0.155 0.058 0.007 11 V 0.033 0.060 0.082 0.174 0.318 0.299 0.034 12 V 0.046 0.092 0.166 0.263 0.246 0.164 0.024 13 I 0.059 0.105 0.175 0.236 0.241 0.163 0.021 14 D 0.103 0.226 0.298 0.229 0.108 0.033 0.002 15 T 0.181 0.183 0.216 0.247 0.130 0.040 0.002 16 D 0.570 0.327 0.064 0.025 0.011 0.002 0.001 17 Q 0.510 0.328 0.102 0.046 0.011 0.003 0.001 18 L 0.164 0.147 0.280 0.264 0.125 0.021 0.001 19 E 0.476 0.396 0.097 0.024 0.005 0.001 0.001 20 W 0.119 0.121 0.208 0.297 0.198 0.054 0.003 21 R 0.224 0.280 0.226 0.169 0.082 0.020 0.001 22 P 0.406 0.323 0.160 0.077 0.027 0.007 0.001 23 S 0.376 0.265 0.171 0.121 0.054 0.013 0.001 24 P 0.293 0.259 0.190 0.150 0.081 0.026 0.002 25 M 0.305 0.225 0.222 0.158 0.068 0.020 0.002 26 K 0.537 0.317 0.099 0.034 0.010 0.003 0.001 27 G 0.294 0.264 0.189 0.153 0.072 0.025 0.003 28 V 0.106 0.114 0.171 0.232 0.251 0.111 0.014 29 E 0.135 0.275 0.219 0.189 0.116 0.058 0.007 30 R 0.081 0.134 0.204 0.254 0.202 0.110 0.015 31 R 0.078 0.157 0.225 0.262 0.175 0.092 0.012 32 M 0.073 0.111 0.147 0.218 0.248 0.179 0.025 33 L 0.073 0.091 0.141 0.221 0.260 0.185 0.029 34 D 0.189 0.296 0.235 0.166 0.080 0.030 0.003 35 R 0.158 0.182 0.232 0.230 0.141 0.053 0.004 36 I 0.362 0.241 0.172 0.137 0.065 0.021 0.002 37 G 0.627 0.245 0.076 0.034 0.014 0.004 0.001 38 G 0.564 0.258 0.100 0.055 0.018 0.005 0.001 39 E 0.335 0.246 0.183 0.132 0.077 0.026 0.003 40 V 0.203 0.238 0.228 0.186 0.098 0.042 0.005 41 A 0.170 0.198 0.220 0.193 0.142 0.067 0.010 42 R 0.086 0.155 0.200 0.234 0.191 0.112 0.022 43 A 0.032 0.059 0.100 0.182 0.249 0.285 0.093 44 T 0.020 0.028 0.049 0.111 0.207 0.372 0.212 45 S 0.017 0.039 0.069 0.121 0.203 0.340 0.211 46 I 0.012 0.020 0.035 0.082 0.160 0.345 0.345 47 V 0.010 0.018 0.029 0.068 0.165 0.417 0.292 48 R 0.031 0.085 0.147 0.216 0.230 0.208 0.084 49 Y 0.028 0.053 0.091 0.196 0.267 0.280 0.085 50 A 0.088 0.156 0.195 0.224 0.192 0.122 0.023 51 P 0.172 0.207 0.198 0.195 0.139 0.077 0.012 52 G 0.304 0.268 0.166 0.131 0.081 0.042 0.008 53 S 0.205 0.150 0.169 0.203 0.168 0.091 0.015 54 R 0.228 0.288 0.212 0.148 0.081 0.038 0.006 55 F 0.144 0.123 0.145 0.197 0.219 0.144 0.027 56 S 0.257 0.249 0.168 0.156 0.112 0.052 0.007 57 A 0.366 0.296 0.178 0.100 0.040 0.017 0.002 58 H 0.210 0.149 0.187 0.235 0.147 0.064 0.008 59 T 0.297 0.306 0.182 0.119 0.063 0.029 0.003 60 H 0.173 0.130 0.182 0.251 0.175 0.079 0.011 61 D 0.593 0.286 0.077 0.029 0.011 0.004 0.001 62 G 0.414 0.262 0.151 0.103 0.045 0.021 0.004 63 G 0.193 0.154 0.149 0.188 0.170 0.109 0.036 64 E 0.070 0.109 0.155 0.205 0.220 0.181 0.060 65 E 0.047 0.095 0.146 0.189 0.211 0.214 0.097 66 F 0.023 0.031 0.052 0.097 0.209 0.360 0.226 67 I 0.015 0.021 0.035 0.077 0.153 0.361 0.338 68 V 0.016 0.022 0.041 0.100 0.135 0.285 0.402 69 L 0.011 0.016 0.025 0.058 0.141 0.373 0.376 70 D 0.055 0.122 0.178 0.224 0.192 0.159 0.070 71 G 0.063 0.107 0.121 0.194 0.230 0.218 0.067 72 V 0.070 0.122 0.142 0.208 0.240 0.178 0.039 73 F 0.058 0.079 0.117 0.188 0.299 0.223 0.036 74 Q 0.151 0.264 0.233 0.183 0.114 0.049 0.006 75 D 0.177 0.189 0.216 0.224 0.137 0.053 0.005 76 E 0.376 0.257 0.155 0.122 0.066 0.021 0.002 77 H 0.572 0.260 0.100 0.048 0.015 0.004 0.001 78 G 0.537 0.232 0.130 0.074 0.022 0.005 0.001 79 D 0.429 0.329 0.146 0.067 0.021 0.006 0.001 80 Y 0.141 0.112 0.181 0.264 0.216 0.078 0.007 81 P 0.349 0.327 0.171 0.093 0.044 0.015 0.001 82 A 0.262 0.294 0.210 0.139 0.062 0.028 0.005 83 G 0.097 0.115 0.156 0.233 0.226 0.141 0.031 84 T 0.067 0.124 0.145 0.200 0.230 0.193 0.042 85 Y 0.037 0.053 0.077 0.127 0.219 0.337 0.150 86 V 0.039 0.059 0.086 0.165 0.240 0.296 0.115 87 R 0.061 0.115 0.175 0.211 0.221 0.174 0.043 88 N 0.080 0.145 0.193 0.252 0.202 0.110 0.018 89 P 0.239 0.255 0.192 0.159 0.103 0.045 0.006 90 P 0.323 0.247 0.174 0.140 0.079 0.033 0.004 91 T 0.453 0.276 0.138 0.079 0.034 0.017 0.003 92 T 0.225 0.164 0.187 0.208 0.137 0.069 0.011 93 S 0.289 0.267 0.191 0.138 0.072 0.038 0.007 94 H 0.150 0.121 0.118 0.168 0.217 0.186 0.038 95 V 0.195 0.220 0.187 0.172 0.136 0.077 0.012 96 P 0.192 0.212 0.207 0.185 0.127 0.067 0.010 97 G 0.192 0.214 0.210 0.190 0.126 0.058 0.009 98 S 0.171 0.169 0.193 0.218 0.165 0.076 0.009 99 A 0.352 0.285 0.181 0.112 0.052 0.017 0.002 100 E 0.464 0.326 0.127 0.055 0.020 0.006 0.001 101 G 0.203 0.297 0.209 0.164 0.085 0.036 0.007 102 C 0.014 0.038 0.091 0.229 0.351 0.245 0.032 103 T 0.013 0.055 0.140 0.257 0.266 0.231 0.038 104 I 0.002 0.006 0.015 0.032 0.137 0.485 0.324 105 F 0.001 0.004 0.010 0.030 0.080 0.306 0.568 106 V 0.001 0.002 0.005 0.016 0.058 0.289 0.629 107 K 0.003 0.012 0.035 0.084 0.168 0.326 0.373 108 L 0.002 0.006 0.011 0.032 0.125 0.456 0.369 109 W 0.007 0.023 0.048 0.118 0.233 0.395 0.178 110 Q 0.023 0.066 0.109 0.204 0.271 0.263 0.065 111 F 0.045 0.095 0.161 0.250 0.270 0.157 0.021 112 D 0.221 0.277 0.211 0.159 0.090 0.038 0.003 113 P 0.425 0.280 0.143 0.091 0.045 0.015 0.001 114 A 0.515 0.249 0.121 0.073 0.032 0.009 0.001 115 D 0.374 0.270 0.178 0.112 0.047 0.017 0.002 116 R 0.209 0.205 0.220 0.201 0.117 0.043 0.004 117 T 0.275 0.288 0.203 0.141 0.070 0.022 0.002 118 Q 0.168 0.263 0.244 0.189 0.100 0.033 0.003 119 F 0.058 0.078 0.108 0.203 0.314 0.212 0.027 120 S 0.066 0.150 0.228 0.271 0.186 0.092 0.008 121 K 0.146 0.232 0.255 0.211 0.108 0.044 0.004 122 N 0.149 0.235 0.263 0.212 0.101 0.036 0.004 123 M 0.070 0.066 0.099 0.205 0.310 0.220 0.029 124 E 0.188 0.240 0.242 0.181 0.102 0.041 0.005 125 A 0.315 0.300 0.187 0.125 0.050 0.021 0.002 126 E 0.315 0.261 0.179 0.139 0.074 0.029 0.004 127 L 0.179 0.176 0.181 0.212 0.163 0.080 0.008 128 G 0.212 0.226 0.215 0.174 0.114 0.052 0.006 129 A 0.197 0.190 0.196 0.198 0.146 0.065 0.008 130 P 0.270 0.300 0.185 0.135 0.076 0.032 0.003 131 V 0.204 0.177 0.216 0.226 0.121 0.051 0.005 132 E 0.491 0.293 0.124 0.059 0.024 0.009 0.001 133 G 0.346 0.284 0.168 0.116 0.056 0.025 0.005 134 I 0.094 0.095 0.159 0.253 0.252 0.126 0.021 135 S 0.135 0.267 0.225 0.184 0.113 0.067 0.009 136 T 0.072 0.108 0.135 0.212 0.243 0.195 0.035 137 S 0.094 0.130 0.156 0.191 0.226 0.176 0.026 138 L 0.095 0.166 0.195 0.220 0.190 0.118 0.016 139 L 0.066 0.095 0.184 0.255 0.238 0.143 0.019 140 H 0.133 0.169 0.231 0.261 0.154 0.048 0.003 141 E 0.578 0.309 0.072 0.027 0.011 0.003 0.001 142 D 0.635 0.247 0.072 0.035 0.009 0.002 0.001 143 E 0.652 0.235 0.072 0.030 0.009 0.002 0.001 144 R 0.449 0.332 0.143 0.057 0.014 0.004 0.001 145 E 0.131 0.145 0.205 0.247 0.210 0.059 0.004 146 T 0.128 0.276 0.268 0.199 0.094 0.032 0.002 147 V 0.065 0.093 0.163 0.251 0.262 0.149 0.018 148 T 0.057 0.146 0.202 0.225 0.223 0.132 0.016 149 H 0.045 0.092 0.155 0.250 0.281 0.158 0.018 150 R 0.104 0.249 0.276 0.203 0.126 0.039 0.003 151 K 0.068 0.200 0.280 0.281 0.128 0.042 0.002 152 L 0.048 0.059 0.151 0.312 0.317 0.108 0.005 153 E 0.395 0.358 0.153 0.068 0.022 0.004 0.001 154 P 0.542 0.316 0.091 0.037 0.011 0.003 0.001 155 G 0.416 0.298 0.157 0.096 0.027 0.006 0.001 156 A 0.259 0.249 0.224 0.173 0.075 0.019 0.001 157 N 0.227 0.286 0.248 0.159 0.059 0.018 0.002 158 L 0.139 0.113 0.144 0.213 0.251 0.127 0.014 159 T 0.193 0.265 0.225 0.183 0.091 0.039 0.004 160 S 0.201 0.181 0.196 0.197 0.145 0.071 0.009 161 E 0.277 0.307 0.197 0.128 0.062 0.026 0.004 162 A 0.174 0.163 0.172 0.214 0.177 0.087 0.014 163 A 0.297 0.230 0.180 0.135 0.099 0.049 0.010 164 G 0.312 0.275 0.185 0.120 0.061 0.037 0.010 165 G 0.080 0.094 0.125 0.194 0.225 0.202 0.079 166 I 0.031 0.060 0.111 0.188 0.259 0.252 0.100 167 E 0.006 0.014 0.026 0.047 0.152 0.436 0.319 168 V 0.006 0.009 0.019 0.045 0.116 0.341 0.465 169 L 0.003 0.006 0.014 0.039 0.105 0.371 0.463 170 V 0.006 0.013 0.033 0.077 0.147 0.324 0.400 171 L 0.003 0.008 0.016 0.039 0.137 0.460 0.338 172 D 0.034 0.113 0.196 0.271 0.204 0.143 0.038 173 G 0.079 0.153 0.169 0.234 0.233 0.121 0.011 174 D 0.137 0.314 0.253 0.169 0.094 0.031 0.002 175 V 0.037 0.056 0.125 0.273 0.354 0.150 0.006 176 T 0.194 0.340 0.264 0.134 0.057 0.011 0.001 177 V 0.361 0.279 0.197 0.123 0.034 0.006 0.001 178 N 0.636 0.254 0.072 0.028 0.009 0.001 0.001 179 D 0.593 0.242 0.098 0.052 0.012 0.002 0.001 180 E 0.637 0.265 0.068 0.023 0.006 0.001 0.001 181 V 0.302 0.338 0.208 0.114 0.031 0.007 0.001 182 L 0.139 0.124 0.207 0.258 0.212 0.057 0.003 183 G 0.343 0.326 0.186 0.095 0.039 0.011 0.001 184 R 0.325 0.289 0.201 0.118 0.049 0.016 0.002 185 N 0.170 0.224 0.234 0.211 0.108 0.046 0.008 186 A 0.050 0.083 0.106 0.180 0.269 0.256 0.056 187 W 0.031 0.058 0.096 0.170 0.244 0.290 0.112 188 L 0.024 0.031 0.044 0.082 0.174 0.404 0.242 189 R 0.029 0.059 0.102 0.155 0.233 0.283 0.139 190 L 0.035 0.060 0.093 0.177 0.252 0.267 0.116 191 P 0.073 0.121 0.157 0.199 0.233 0.172 0.044 192 E 0.177 0.248 0.207 0.183 0.108 0.064 0.013 193 G 0.229 0.210 0.191 0.176 0.118 0.063 0.014 194 E 0.212 0.234 0.220 0.183 0.096 0.047 0.007 195 A 0.166 0.217 0.217 0.197 0.119 0.069 0.015 196 L 0.069 0.075 0.100 0.186 0.292 0.230 0.047 197 S 0.109 0.216 0.215 0.218 0.146 0.083 0.013 198 A 0.048 0.088 0.137 0.190 0.280 0.225 0.032 199 T 0.059 0.170 0.266 0.289 0.151 0.058 0.007 200 A 0.038 0.064 0.139 0.231 0.326 0.185 0.018 201 G 0.199 0.292 0.222 0.178 0.081 0.027 0.003 202 A 0.347 0.382 0.159 0.072 0.029 0.010 0.001 203 R 0.206 0.328 0.257 0.163 0.036 0.009 0.001 204 G 0.059 0.212 0.309 0.226 0.143 0.045 0.006 205 A 0.003 0.007 0.013 0.062 0.299 0.490 0.126 206 K 0.002 0.027 0.121 0.393 0.271 0.174 0.012 207 I 0.001 0.002 0.005 0.014 0.087 0.595 0.296 208 W 0.001 0.002 0.009 0.023 0.101 0.375 0.491 209 M 0.001 0.001 0.002 0.008 0.037 0.234 0.718 210 K 0.001 0.003 0.010 0.028 0.088 0.330 0.541 211 T 0.006 0.021 0.052 0.130 0.233 0.357 0.201 212 G 0.008 0.030 0.068 0.124 0.251 0.369 0.150 213 H 0.008 0.025 0.040 0.076 0.191 0.428 0.232 214 L 0.021 0.034 0.066 0.135 0.284 0.337 0.124 215 R 0.113 0.264 0.238 0.184 0.122 0.069 0.010 216 F 0.060 0.107 0.184 0.254 0.233 0.143 0.018 217 V 0.084 0.076 0.132 0.234 0.249 0.202 0.022 218 R 0.407 0.332 0.152 0.074 0.028 0.007 0.001 219 T 0.621 0.244 0.077 0.040 0.015 0.004 0.001 220 P 0.668 0.223 0.064 0.032 0.010 0.002 0.001 221 E 0.758 0.190 0.035 0.013 0.004 0.001 0.001 222 V 0.590 0.200 0.113 0.067 0.024 0.006 0.001