# TARGET T0582 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0582.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2410 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.539 0.240 0.116 0.065 0.033 0.007 0.001 2 E 0.578 0.264 0.112 0.036 0.007 0.001 0.001 3 I 0.319 0.185 0.245 0.181 0.058 0.011 0.001 4 N 0.622 0.239 0.093 0.034 0.009 0.002 0.001 5 A 0.597 0.225 0.101 0.055 0.018 0.004 0.001 6 D 0.588 0.284 0.088 0.030 0.008 0.002 0.001 7 F 0.251 0.184 0.214 0.216 0.104 0.028 0.002 8 T 0.470 0.292 0.139 0.063 0.028 0.007 0.001 9 K 0.352 0.318 0.180 0.101 0.037 0.011 0.001 10 P 0.187 0.223 0.213 0.201 0.129 0.044 0.004 11 V 0.065 0.162 0.205 0.255 0.215 0.092 0.006 12 V 0.052 0.111 0.193 0.258 0.245 0.129 0.011 13 I 0.060 0.111 0.212 0.284 0.227 0.098 0.008 14 D 0.187 0.300 0.268 0.157 0.068 0.019 0.001 15 T 0.229 0.215 0.236 0.220 0.080 0.019 0.001 16 D 0.572 0.318 0.071 0.027 0.011 0.002 0.001 17 Q 0.413 0.367 0.134 0.065 0.016 0.004 0.001 18 L 0.095 0.097 0.234 0.311 0.218 0.043 0.002 19 E 0.333 0.460 0.147 0.045 0.012 0.002 0.001 20 W 0.100 0.134 0.218 0.282 0.199 0.063 0.003 21 R 0.130 0.232 0.267 0.229 0.115 0.027 0.001 22 P 0.267 0.316 0.239 0.123 0.044 0.010 0.001 23 S 0.255 0.225 0.231 0.182 0.091 0.016 0.001 24 P 0.494 0.345 0.100 0.043 0.015 0.003 0.001 25 M 0.306 0.243 0.237 0.156 0.045 0.012 0.001 26 K 0.518 0.315 0.119 0.039 0.008 0.002 0.001 27 G 0.259 0.383 0.218 0.099 0.032 0.007 0.001 28 V 0.037 0.055 0.107 0.255 0.392 0.138 0.016 29 E 0.029 0.196 0.236 0.299 0.162 0.074 0.005 30 R 0.015 0.068 0.135 0.263 0.287 0.213 0.020 31 R 0.015 0.076 0.208 0.338 0.237 0.113 0.013 32 M 0.010 0.028 0.054 0.131 0.316 0.382 0.079 33 L 0.019 0.039 0.073 0.161 0.266 0.319 0.123 34 D 0.063 0.155 0.222 0.259 0.181 0.100 0.020 35 R 0.110 0.198 0.253 0.230 0.133 0.066 0.010 36 I 0.195 0.199 0.190 0.199 0.136 0.071 0.010 37 G 0.356 0.240 0.166 0.122 0.074 0.036 0.006 38 G 0.410 0.243 0.157 0.108 0.050 0.025 0.006 39 E 0.284 0.224 0.184 0.148 0.099 0.048 0.012 40 V 0.154 0.195 0.193 0.197 0.150 0.088 0.022 41 A 0.110 0.151 0.156 0.190 0.202 0.153 0.038 42 R 0.055 0.095 0.134 0.197 0.226 0.221 0.071 43 A 0.021 0.029 0.044 0.088 0.171 0.386 0.259 44 T 0.014 0.016 0.028 0.063 0.123 0.322 0.435 45 S 0.008 0.020 0.033 0.061 0.137 0.350 0.390 46 I 0.016 0.039 0.070 0.124 0.203 0.276 0.272 47 V 0.010 0.021 0.030 0.068 0.176 0.427 0.267 48 R 0.028 0.104 0.162 0.235 0.235 0.183 0.053 49 Y 0.024 0.042 0.081 0.194 0.295 0.295 0.069 50 A 0.102 0.209 0.233 0.220 0.155 0.072 0.009 51 P 0.205 0.229 0.201 0.185 0.117 0.056 0.007 52 G 0.350 0.262 0.164 0.128 0.066 0.025 0.004 53 S 0.379 0.256 0.172 0.116 0.054 0.021 0.002 54 R 0.275 0.270 0.207 0.146 0.070 0.029 0.004 55 F 0.181 0.140 0.163 0.204 0.199 0.098 0.015 56 S 0.306 0.274 0.172 0.135 0.075 0.034 0.004 57 A 0.404 0.281 0.163 0.093 0.039 0.017 0.002 58 H 0.222 0.165 0.195 0.217 0.135 0.060 0.007 59 T 0.294 0.294 0.182 0.124 0.069 0.032 0.004 60 H 0.184 0.134 0.192 0.245 0.156 0.075 0.013 61 D 0.570 0.282 0.096 0.035 0.012 0.004 0.001 62 G 0.384 0.262 0.167 0.113 0.048 0.022 0.004 63 G 0.200 0.198 0.170 0.185 0.145 0.079 0.024 64 E 0.060 0.100 0.146 0.228 0.247 0.172 0.047 65 E 0.041 0.115 0.196 0.241 0.201 0.156 0.050 66 F 0.024 0.031 0.054 0.124 0.229 0.373 0.165 67 I 0.020 0.040 0.072 0.149 0.232 0.320 0.167 68 V 0.017 0.025 0.044 0.112 0.162 0.324 0.317 69 L 0.014 0.029 0.050 0.113 0.208 0.347 0.239 70 D 0.064 0.146 0.196 0.244 0.176 0.125 0.050 71 G 0.078 0.122 0.138 0.205 0.232 0.183 0.042 72 V 0.123 0.215 0.197 0.213 0.148 0.088 0.016 73 F 0.069 0.071 0.121 0.211 0.298 0.203 0.028 74 Q 0.201 0.315 0.223 0.146 0.080 0.032 0.003 75 D 0.208 0.182 0.211 0.215 0.129 0.049 0.005 76 E 0.497 0.277 0.118 0.068 0.030 0.009 0.001 77 H 0.604 0.253 0.089 0.038 0.012 0.004 0.001 78 G 0.431 0.202 0.165 0.132 0.055 0.014 0.001 79 D 0.419 0.352 0.142 0.059 0.021 0.006 0.001 80 Y 0.154 0.131 0.192 0.268 0.187 0.062 0.006 81 P 0.440 0.320 0.131 0.063 0.035 0.010 0.001 82 A 0.336 0.317 0.172 0.110 0.044 0.018 0.003 83 G 0.132 0.146 0.222 0.243 0.166 0.076 0.016 84 T 0.104 0.188 0.227 0.238 0.144 0.083 0.017 85 Y 0.041 0.051 0.077 0.139 0.241 0.327 0.124 86 V 0.039 0.040 0.053 0.122 0.186 0.362 0.197 87 R 0.041 0.072 0.105 0.156 0.200 0.281 0.144 88 N 0.044 0.081 0.114 0.204 0.262 0.208 0.088 89 P 0.087 0.152 0.169 0.196 0.199 0.147 0.049 90 P 0.186 0.207 0.193 0.183 0.125 0.080 0.026 91 T 0.292 0.237 0.183 0.141 0.076 0.051 0.019 92 T 0.136 0.122 0.164 0.216 0.183 0.141 0.038 93 S 0.170 0.183 0.169 0.186 0.148 0.115 0.030 94 H 0.125 0.112 0.108 0.156 0.217 0.227 0.054 95 V 0.206 0.206 0.174 0.176 0.147 0.079 0.012 96 P 0.253 0.266 0.223 0.145 0.077 0.032 0.004 97 G 0.238 0.223 0.221 0.191 0.092 0.031 0.003 98 S 0.381 0.243 0.168 0.118 0.066 0.023 0.002 99 A 0.551 0.249 0.106 0.061 0.025 0.007 0.001 100 E 0.691 0.234 0.052 0.016 0.005 0.001 0.001 101 G 0.234 0.268 0.250 0.173 0.055 0.017 0.002 102 C 0.078 0.156 0.209 0.254 0.203 0.089 0.010 103 T 0.030 0.079 0.160 0.277 0.262 0.172 0.020 104 I 0.019 0.064 0.155 0.227 0.252 0.237 0.046 105 F 0.007 0.017 0.037 0.083 0.175 0.424 0.257 106 V 0.006 0.012 0.025 0.072 0.173 0.387 0.326 107 K 0.012 0.052 0.117 0.226 0.265 0.228 0.100 108 L 0.008 0.024 0.039 0.092 0.254 0.432 0.152 109 W 0.016 0.054 0.107 0.203 0.297 0.273 0.050 110 Q 0.055 0.144 0.199 0.254 0.210 0.123 0.015 111 F 0.077 0.136 0.246 0.269 0.189 0.076 0.006 112 D 0.248 0.237 0.219 0.184 0.083 0.026 0.001 113 P 0.572 0.262 0.095 0.046 0.020 0.005 0.001 114 A 0.677 0.216 0.065 0.030 0.009 0.002 0.001 115 D 0.608 0.235 0.096 0.044 0.014 0.003 0.001 116 R 0.433 0.258 0.175 0.096 0.030 0.007 0.001 117 T 0.303 0.278 0.210 0.139 0.055 0.014 0.001 118 Q 0.210 0.283 0.226 0.163 0.086 0.030 0.002 119 F 0.099 0.120 0.170 0.268 0.231 0.105 0.007 120 S 0.209 0.261 0.245 0.169 0.084 0.030 0.002 121 K 0.301 0.266 0.219 0.141 0.056 0.016 0.001 122 N 0.408 0.317 0.150 0.080 0.034 0.009 0.001 123 M 0.140 0.132 0.193 0.280 0.185 0.065 0.005 124 E 0.384 0.300 0.166 0.091 0.044 0.014 0.001 125 A 0.367 0.332 0.167 0.089 0.034 0.010 0.001 126 E 0.216 0.198 0.215 0.209 0.126 0.034 0.002 127 L 0.270 0.262 0.221 0.155 0.071 0.021 0.001 128 G 0.333 0.233 0.228 0.140 0.052 0.014 0.001 129 A 0.499 0.250 0.145 0.075 0.026 0.005 0.001 130 P 0.587 0.289 0.078 0.032 0.010 0.003 0.001 131 V 0.209 0.162 0.233 0.245 0.114 0.035 0.003 132 E 0.474 0.312 0.133 0.055 0.020 0.006 0.001 133 G 0.387 0.327 0.157 0.082 0.033 0.011 0.001 134 I 0.084 0.133 0.204 0.271 0.220 0.078 0.010 135 S 0.037 0.136 0.200 0.272 0.212 0.125 0.018 136 T 0.014 0.041 0.080 0.181 0.320 0.315 0.049 137 S 0.019 0.089 0.179 0.265 0.266 0.164 0.018 138 L 0.010 0.032 0.078 0.178 0.316 0.330 0.056 139 L 0.013 0.031 0.066 0.156 0.268 0.368 0.098 140 H 0.030 0.086 0.200 0.330 0.240 0.101 0.013 141 E 0.249 0.361 0.223 0.113 0.042 0.012 0.001 142 D 0.264 0.286 0.219 0.161 0.054 0.016 0.001 143 E 0.384 0.268 0.159 0.113 0.058 0.016 0.001 144 R 0.288 0.320 0.213 0.118 0.043 0.016 0.002 145 E 0.166 0.215 0.222 0.215 0.130 0.047 0.005 146 T 0.075 0.189 0.247 0.254 0.158 0.070 0.007 147 V 0.047 0.070 0.126 0.222 0.274 0.217 0.045 148 T 0.022 0.072 0.125 0.205 0.281 0.254 0.040 149 H 0.041 0.129 0.205 0.265 0.230 0.116 0.014 150 R 0.040 0.137 0.227 0.269 0.226 0.094 0.006 151 K 0.051 0.224 0.302 0.266 0.122 0.033 0.001 152 L 0.021 0.042 0.146 0.359 0.337 0.092 0.003 153 E 0.422 0.413 0.113 0.037 0.013 0.001 0.001 154 P 0.548 0.339 0.076 0.029 0.007 0.001 0.001 155 G 0.500 0.302 0.130 0.055 0.011 0.001 0.001 156 A 0.377 0.331 0.183 0.087 0.019 0.002 0.001 157 N 0.364 0.392 0.171 0.056 0.014 0.002 0.001 158 L 0.078 0.095 0.183 0.311 0.270 0.061 0.002 159 T 0.190 0.333 0.260 0.148 0.056 0.013 0.001 160 S 0.178 0.228 0.273 0.208 0.089 0.024 0.001 161 E 0.294 0.352 0.217 0.098 0.031 0.007 0.001 162 A 0.098 0.111 0.194 0.297 0.217 0.078 0.006 163 A 0.290 0.298 0.221 0.118 0.056 0.016 0.002 164 G 0.290 0.327 0.209 0.116 0.042 0.013 0.001 165 G 0.165 0.299 0.202 0.164 0.121 0.042 0.006 166 I 0.014 0.055 0.121 0.288 0.327 0.175 0.020 167 E 0.008 0.054 0.164 0.293 0.270 0.188 0.023 168 V 0.001 0.005 0.013 0.033 0.151 0.569 0.228 169 L 0.001 0.007 0.030 0.097 0.226 0.426 0.212 170 V 0.001 0.005 0.013 0.040 0.098 0.393 0.451 171 L 0.001 0.007 0.026 0.082 0.210 0.434 0.240 172 D 0.019 0.088 0.183 0.291 0.232 0.152 0.035 173 G 0.029 0.107 0.142 0.225 0.301 0.180 0.015 174 D 0.089 0.306 0.259 0.190 0.112 0.042 0.003 175 V 0.018 0.043 0.125 0.276 0.379 0.153 0.007 176 T 0.130 0.397 0.298 0.121 0.045 0.009 0.001 177 V 0.078 0.120 0.228 0.329 0.197 0.047 0.002 178 N 0.443 0.345 0.130 0.057 0.022 0.004 0.001 179 D 0.580 0.299 0.083 0.031 0.007 0.001 0.001 180 E 0.511 0.342 0.102 0.036 0.008 0.001 0.001 181 V 0.121 0.313 0.306 0.202 0.050 0.008 0.001 182 L 0.054 0.069 0.179 0.312 0.313 0.071 0.003 183 G 0.210 0.390 0.238 0.114 0.040 0.007 0.001 184 R 0.207 0.340 0.239 0.142 0.056 0.014 0.001 185 N 0.068 0.187 0.285 0.293 0.129 0.036 0.003 186 A 0.020 0.087 0.152 0.268 0.292 0.169 0.014 187 W 0.012 0.030 0.078 0.178 0.300 0.336 0.066 188 L 0.007 0.019 0.042 0.080 0.204 0.503 0.145 189 R 0.016 0.077 0.206 0.297 0.245 0.129 0.030 190 L 0.011 0.037 0.084 0.197 0.341 0.284 0.046 191 P 0.085 0.228 0.254 0.234 0.159 0.039 0.002 192 E 0.340 0.397 0.143 0.076 0.032 0.011 0.001 193 G 0.193 0.279 0.279 0.170 0.061 0.016 0.002 194 E 0.126 0.248 0.287 0.240 0.077 0.020 0.001 195 A 0.088 0.278 0.300 0.208 0.093 0.030 0.003 196 L 0.023 0.043 0.078 0.210 0.404 0.224 0.018 197 S 0.033 0.181 0.261 0.309 0.154 0.060 0.003 198 A 0.016 0.046 0.090 0.181 0.335 0.306 0.027 199 T 0.031 0.188 0.342 0.300 0.112 0.026 0.001 200 A 0.025 0.064 0.163 0.285 0.340 0.117 0.006 201 G 0.175 0.336 0.257 0.156 0.061 0.015 0.001 202 A 0.370 0.383 0.148 0.069 0.025 0.005 0.001 203 R 0.266 0.383 0.216 0.103 0.026 0.005 0.001 204 G 0.068 0.275 0.281 0.214 0.126 0.034 0.003 205 A 0.002 0.012 0.036 0.149 0.428 0.341 0.032 206 K 0.003 0.035 0.168 0.407 0.259 0.122 0.006 207 I 0.001 0.002 0.006 0.013 0.096 0.624 0.258 208 W 0.001 0.003 0.012 0.043 0.138 0.377 0.427 209 M 0.001 0.004 0.010 0.034 0.097 0.388 0.467 210 K 0.007 0.039 0.134 0.254 0.261 0.227 0.078 211 T 0.045 0.138 0.192 0.235 0.204 0.157 0.029 212 G 0.019 0.043 0.075 0.182 0.332 0.302 0.047 213 H 0.127 0.228 0.210 0.175 0.155 0.090 0.014 214 L 0.128 0.175 0.204 0.226 0.157 0.094 0.016 215 R 0.282 0.283 0.180 0.129 0.081 0.039 0.007 216 F 0.178 0.133 0.147 0.205 0.183 0.130 0.025 217 V 0.267 0.204 0.171 0.157 0.125 0.065 0.011 218 R 0.362 0.244 0.166 0.122 0.068 0.033 0.005 219 T 0.433 0.217 0.148 0.109 0.061 0.028 0.005 220 P 0.574 0.237 0.096 0.054 0.026 0.012 0.002 221 E 0.504 0.195 0.124 0.095 0.050 0.026 0.006 222 V 0.530 0.186 0.119 0.087 0.048 0.026 0.005