# TARGET T0582 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0582.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1685 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.734 0.143 0.090 0.024 0.007 0.002 0.001 2 E 0.637 0.213 0.108 0.031 0.008 0.002 0.001 3 I 0.368 0.209 0.173 0.161 0.069 0.019 0.001 4 N 0.587 0.242 0.118 0.037 0.011 0.004 0.001 5 A 0.440 0.234 0.151 0.118 0.044 0.012 0.001 6 D 0.493 0.261 0.146 0.064 0.027 0.008 0.001 7 F 0.227 0.189 0.200 0.203 0.126 0.050 0.005 8 T 0.360 0.252 0.186 0.122 0.053 0.023 0.004 9 K 0.305 0.298 0.213 0.117 0.046 0.019 0.003 10 P 0.117 0.166 0.204 0.249 0.180 0.074 0.011 11 V 0.064 0.108 0.174 0.230 0.252 0.156 0.015 12 V 0.054 0.083 0.141 0.211 0.283 0.205 0.024 13 I 0.068 0.123 0.214 0.292 0.201 0.094 0.008 14 D 0.160 0.293 0.271 0.162 0.085 0.027 0.002 15 T 0.163 0.196 0.225 0.269 0.112 0.033 0.002 16 D 0.644 0.244 0.085 0.020 0.005 0.001 0.001 17 Q 0.443 0.390 0.106 0.045 0.012 0.003 0.001 18 L 0.121 0.140 0.212 0.341 0.160 0.026 0.001 19 E 0.404 0.388 0.153 0.043 0.008 0.002 0.001 20 W 0.082 0.136 0.212 0.323 0.201 0.045 0.002 21 R 0.152 0.229 0.234 0.218 0.132 0.034 0.002 22 P 0.325 0.398 0.146 0.097 0.026 0.007 0.001 23 S 0.334 0.196 0.220 0.157 0.074 0.018 0.001 24 P 0.327 0.312 0.203 0.102 0.040 0.014 0.001 25 M 0.226 0.238 0.245 0.193 0.077 0.019 0.002 26 K 0.516 0.314 0.113 0.041 0.012 0.004 0.001 27 G 0.132 0.270 0.270 0.187 0.103 0.035 0.003 28 V 0.018 0.035 0.086 0.208 0.371 0.255 0.028 29 E 0.035 0.135 0.213 0.273 0.202 0.116 0.025 30 R 0.023 0.060 0.123 0.202 0.295 0.235 0.063 31 R 0.030 0.107 0.174 0.246 0.227 0.170 0.046 32 M 0.025 0.059 0.123 0.222 0.285 0.222 0.065 33 L 0.026 0.037 0.057 0.129 0.291 0.363 0.098 34 D 0.096 0.194 0.242 0.238 0.142 0.074 0.013 35 R 0.199 0.273 0.225 0.162 0.089 0.044 0.008 36 I 0.193 0.190 0.211 0.220 0.121 0.058 0.008 37 G 0.405 0.280 0.151 0.096 0.046 0.019 0.003 38 G 0.400 0.257 0.157 0.109 0.056 0.019 0.002 39 E 0.453 0.265 0.146 0.083 0.036 0.015 0.003 40 V 0.176 0.224 0.203 0.199 0.125 0.060 0.013 41 A 0.092 0.157 0.183 0.230 0.188 0.124 0.026 42 R 0.033 0.065 0.113 0.191 0.271 0.256 0.071 43 A 0.011 0.024 0.045 0.096 0.196 0.370 0.258 44 T 0.005 0.010 0.023 0.039 0.092 0.344 0.488 45 S 0.003 0.008 0.014 0.038 0.096 0.345 0.497 46 I 0.005 0.011 0.033 0.085 0.189 0.293 0.384 47 V 0.003 0.007 0.015 0.032 0.110 0.415 0.418 48 R 0.012 0.050 0.147 0.258 0.268 0.198 0.067 49 Y 0.013 0.020 0.043 0.128 0.349 0.358 0.088 50 A 0.088 0.199 0.267 0.233 0.134 0.066 0.013 51 P 0.326 0.294 0.193 0.106 0.050 0.027 0.005 52 G 0.255 0.266 0.205 0.156 0.081 0.033 0.005 53 S 0.272 0.242 0.175 0.159 0.097 0.048 0.007 54 R 0.231 0.272 0.194 0.159 0.096 0.041 0.006 55 F 0.159 0.127 0.166 0.224 0.195 0.111 0.017 56 S 0.247 0.280 0.194 0.157 0.081 0.034 0.006 57 A 0.229 0.237 0.209 0.184 0.096 0.040 0.006 58 H 0.157 0.121 0.155 0.213 0.211 0.126 0.017 59 T 0.221 0.260 0.221 0.158 0.087 0.046 0.008 60 H 0.149 0.166 0.198 0.233 0.180 0.064 0.010 61 D 0.459 0.339 0.115 0.059 0.017 0.009 0.002 62 G 0.133 0.196 0.204 0.194 0.173 0.084 0.016 63 G 0.058 0.128 0.197 0.231 0.199 0.148 0.039 64 E 0.014 0.040 0.080 0.178 0.290 0.301 0.097 65 E 0.010 0.030 0.070 0.141 0.230 0.335 0.183 66 F 0.003 0.005 0.014 0.029 0.103 0.445 0.400 67 I 0.004 0.010 0.020 0.053 0.123 0.363 0.427 68 V 0.004 0.006 0.014 0.036 0.105 0.365 0.470 69 L 0.004 0.011 0.021 0.073 0.199 0.395 0.297 70 D 0.038 0.122 0.234 0.257 0.154 0.130 0.065 71 G 0.035 0.100 0.123 0.212 0.261 0.222 0.046 72 V 0.067 0.189 0.238 0.246 0.155 0.092 0.014 73 F 0.044 0.064 0.096 0.238 0.337 0.202 0.019 74 Q 0.191 0.307 0.244 0.165 0.069 0.023 0.002 75 D 0.224 0.214 0.206 0.204 0.114 0.036 0.003 76 E 0.470 0.294 0.144 0.067 0.019 0.005 0.001 77 H 0.512 0.265 0.129 0.066 0.023 0.006 0.001 78 G 0.422 0.265 0.152 0.115 0.036 0.010 0.001 79 D 0.411 0.297 0.204 0.060 0.022 0.007 0.001 80 Y 0.080 0.114 0.183 0.340 0.215 0.065 0.003 81 P 0.285 0.345 0.208 0.111 0.038 0.012 0.001 82 A 0.234 0.309 0.190 0.156 0.075 0.031 0.005 83 G 0.112 0.148 0.199 0.264 0.190 0.077 0.010 84 T 0.095 0.206 0.254 0.232 0.135 0.066 0.012 85 Y 0.038 0.067 0.113 0.205 0.267 0.253 0.058 86 V 0.035 0.055 0.079 0.143 0.236 0.343 0.109 87 R 0.083 0.142 0.169 0.225 0.189 0.146 0.047 88 N 0.121 0.150 0.177 0.228 0.174 0.114 0.035 89 P 0.169 0.174 0.172 0.171 0.152 0.123 0.039 90 P 0.237 0.223 0.174 0.169 0.102 0.070 0.025 91 T 0.285 0.254 0.187 0.131 0.081 0.048 0.014 92 T 0.176 0.170 0.164 0.210 0.160 0.098 0.022 93 S 0.226 0.217 0.198 0.172 0.110 0.062 0.015 94 H 0.135 0.124 0.136 0.172 0.201 0.193 0.040 95 V 0.119 0.129 0.177 0.232 0.202 0.124 0.017 96 P 0.174 0.274 0.206 0.179 0.102 0.055 0.008 97 G 0.155 0.231 0.242 0.216 0.103 0.047 0.005 98 S 0.097 0.120 0.174 0.241 0.264 0.094 0.010 99 A 0.321 0.365 0.162 0.119 0.025 0.008 0.001 100 E 0.413 0.289 0.193 0.066 0.031 0.008 0.001 101 G 0.083 0.260 0.307 0.221 0.082 0.041 0.006 102 C 0.003 0.011 0.036 0.140 0.416 0.358 0.036 103 T 0.015 0.099 0.221 0.308 0.226 0.105 0.024 104 I 0.002 0.007 0.015 0.035 0.104 0.479 0.357 105 F 0.002 0.005 0.013 0.039 0.117 0.430 0.394 106 V 0.005 0.016 0.035 0.104 0.208 0.314 0.317 107 K 0.013 0.054 0.121 0.194 0.244 0.243 0.132 108 L 0.009 0.020 0.053 0.124 0.287 0.416 0.092 109 W 0.027 0.086 0.155 0.276 0.257 0.177 0.021 110 Q 0.197 0.308 0.268 0.127 0.067 0.030 0.003 111 F 0.121 0.161 0.219 0.297 0.151 0.048 0.003 112 D 0.462 0.316 0.136 0.063 0.017 0.006 0.001 113 P 0.549 0.246 0.120 0.060 0.021 0.004 0.001 114 A 0.685 0.213 0.071 0.025 0.005 0.001 0.001 115 D 0.439 0.262 0.173 0.082 0.034 0.009 0.001 116 R 0.271 0.252 0.200 0.184 0.072 0.020 0.001 117 T 0.385 0.284 0.193 0.094 0.032 0.010 0.001 118 Q 0.189 0.220 0.216 0.198 0.126 0.047 0.004 119 F 0.091 0.124 0.192 0.247 0.232 0.107 0.007 120 S 0.117 0.163 0.203 0.241 0.188 0.080 0.007 121 K 0.298 0.291 0.211 0.132 0.051 0.016 0.002 122 N 0.301 0.289 0.193 0.128 0.066 0.021 0.002 123 M 0.237 0.190 0.198 0.221 0.112 0.038 0.004 124 E 0.567 0.247 0.124 0.046 0.012 0.004 0.001 125 A 0.402 0.309 0.159 0.084 0.034 0.010 0.001 126 E 0.210 0.211 0.205 0.207 0.118 0.045 0.004 127 L 0.160 0.197 0.199 0.211 0.153 0.073 0.006 128 G 0.182 0.213 0.221 0.203 0.122 0.055 0.005 129 A 0.169 0.170 0.196 0.223 0.164 0.070 0.007 130 P 0.246 0.265 0.226 0.157 0.076 0.026 0.003 131 V 0.259 0.209 0.201 0.201 0.098 0.030 0.003 132 E 0.627 0.237 0.094 0.031 0.008 0.003 0.001 133 G 0.438 0.332 0.139 0.060 0.023 0.007 0.001 134 I 0.099 0.141 0.205 0.275 0.203 0.073 0.005 135 S 0.177 0.317 0.213 0.180 0.075 0.034 0.004 136 T 0.099 0.166 0.212 0.265 0.188 0.063 0.007 137 S 0.117 0.224 0.231 0.231 0.134 0.057 0.006 138 L 0.050 0.108 0.215 0.260 0.246 0.109 0.011 139 L 0.041 0.050 0.094 0.183 0.321 0.286 0.026 140 H 0.107 0.235 0.272 0.245 0.109 0.030 0.002 141 E 0.291 0.381 0.189 0.097 0.032 0.009 0.001 142 D 0.335 0.266 0.211 0.126 0.050 0.011 0.001 143 E 0.481 0.310 0.116 0.072 0.017 0.004 0.001 144 R 0.588 0.258 0.099 0.041 0.011 0.002 0.001 145 E 0.441 0.253 0.188 0.079 0.030 0.008 0.001 146 T 0.161 0.284 0.280 0.178 0.073 0.022 0.002 147 V 0.043 0.095 0.176 0.253 0.276 0.144 0.014 148 T 0.041 0.090 0.143 0.220 0.255 0.221 0.031 149 H 0.033 0.059 0.119 0.200 0.302 0.244 0.044 150 R 0.077 0.183 0.216 0.239 0.164 0.103 0.019 151 K 0.084 0.199 0.288 0.235 0.138 0.051 0.006 152 L 0.051 0.058 0.106 0.272 0.344 0.157 0.012 153 E 0.321 0.328 0.221 0.096 0.027 0.007 0.001 154 P 0.510 0.324 0.114 0.038 0.012 0.003 0.001 155 G 0.410 0.324 0.149 0.086 0.025 0.005 0.001 156 A 0.394 0.323 0.148 0.095 0.032 0.007 0.001 157 N 0.292 0.346 0.194 0.116 0.041 0.009 0.001 158 L 0.085 0.092 0.171 0.286 0.274 0.087 0.004 159 T 0.180 0.294 0.245 0.184 0.072 0.023 0.002 160 S 0.203 0.206 0.207 0.200 0.137 0.042 0.004 161 E 0.362 0.329 0.172 0.095 0.030 0.011 0.001 162 A 0.150 0.150 0.190 0.225 0.199 0.080 0.007 163 A 0.250 0.280 0.209 0.164 0.069 0.025 0.003 164 G 0.343 0.309 0.184 0.100 0.045 0.016 0.002 165 G 0.170 0.296 0.235 0.164 0.085 0.042 0.008 166 I 0.021 0.062 0.116 0.245 0.326 0.202 0.028 167 E 0.021 0.100 0.208 0.333 0.204 0.109 0.025 168 V 0.004 0.009 0.027 0.059 0.209 0.536 0.157 169 L 0.004 0.017 0.040 0.110 0.222 0.446 0.162 170 V 0.003 0.007 0.020 0.054 0.156 0.472 0.287 171 L 0.004 0.015 0.036 0.125 0.280 0.390 0.150 172 D 0.050 0.196 0.295 0.259 0.104 0.073 0.023 173 G 0.030 0.105 0.148 0.265 0.279 0.156 0.016 174 D 0.128 0.349 0.266 0.172 0.056 0.026 0.002 175 V 0.021 0.052 0.091 0.280 0.385 0.164 0.006 176 T 0.151 0.327 0.287 0.165 0.057 0.013 0.001 177 V 0.117 0.162 0.227 0.310 0.153 0.030 0.001 178 N 0.541 0.314 0.103 0.033 0.007 0.001 0.001 179 D 0.500 0.251 0.158 0.066 0.021 0.004 0.001 180 E 0.589 0.277 0.094 0.032 0.006 0.001 0.001 181 V 0.277 0.322 0.231 0.114 0.047 0.009 0.001 182 L 0.082 0.111 0.196 0.331 0.224 0.055 0.002 183 G 0.253 0.356 0.230 0.114 0.036 0.010 0.001 184 R 0.226 0.307 0.222 0.150 0.071 0.021 0.003 185 N 0.128 0.230 0.248 0.226 0.116 0.046 0.005 186 A 0.040 0.121 0.192 0.273 0.248 0.113 0.014 187 W 0.017 0.038 0.098 0.184 0.301 0.294 0.067 188 L 0.009 0.017 0.032 0.061 0.150 0.531 0.199 189 R 0.021 0.080 0.169 0.294 0.248 0.156 0.032 190 L 0.024 0.042 0.085 0.194 0.334 0.266 0.054 191 P 0.100 0.218 0.243 0.232 0.132 0.064 0.011 192 E 0.281 0.327 0.195 0.120 0.053 0.022 0.003 193 G 0.221 0.273 0.224 0.171 0.082 0.027 0.002 194 E 0.295 0.303 0.190 0.135 0.054 0.020 0.002 195 A 0.215 0.328 0.232 0.147 0.058 0.018 0.002 196 L 0.056 0.079 0.130 0.263 0.302 0.156 0.013 197 S 0.100 0.222 0.282 0.241 0.112 0.039 0.004 198 A 0.054 0.068 0.103 0.179 0.303 0.262 0.031 199 T 0.121 0.216 0.243 0.233 0.125 0.055 0.007 200 A 0.110 0.164 0.221 0.240 0.174 0.082 0.009 201 G 0.181 0.237 0.231 0.205 0.104 0.037 0.004 202 A 0.369 0.292 0.188 0.099 0.038 0.013 0.002 203 R 0.368 0.360 0.168 0.071 0.024 0.008 0.001 204 G 0.073 0.200 0.264 0.230 0.151 0.073 0.010 205 A 0.010 0.048 0.100 0.270 0.354 0.199 0.019 206 K 0.010 0.042 0.125 0.256 0.326 0.197 0.044 207 I 0.002 0.005 0.012 0.026 0.105 0.578 0.270 208 W 0.003 0.007 0.018 0.064 0.139 0.404 0.365 209 M 0.001 0.003 0.007 0.023 0.095 0.401 0.469 210 K 0.011 0.058 0.124 0.243 0.224 0.184 0.156 211 T 0.008 0.029 0.059 0.127 0.218 0.363 0.196 212 G 0.030 0.113 0.155 0.208 0.189 0.209 0.096 213 H 0.023 0.074 0.120 0.219 0.258 0.224 0.081 214 L 0.020 0.041 0.082 0.153 0.292 0.311 0.100 215 R 0.042 0.092 0.156 0.200 0.219 0.225 0.068 216 F 0.046 0.066 0.116 0.175 0.258 0.275 0.063 217 V 0.055 0.073 0.120 0.215 0.294 0.201 0.040 218 R 0.167 0.298 0.243 0.172 0.079 0.036 0.006 219 T 0.285 0.275 0.202 0.146 0.069 0.022 0.003 220 P 0.453 0.293 0.128 0.087 0.030 0.008 0.001 221 E 0.574 0.298 0.079 0.037 0.010 0.003 0.001 222 V 0.182 0.147 0.200 0.226 0.193 0.050 0.002