# TARGET T0582 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0582.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 396 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.535 0.265 0.127 0.055 0.014 0.003 0.001 2 E 0.429 0.275 0.150 0.092 0.041 0.012 0.001 3 I 0.124 0.105 0.135 0.234 0.259 0.128 0.014 4 N 0.353 0.257 0.179 0.124 0.059 0.025 0.004 5 A 0.397 0.262 0.160 0.108 0.053 0.017 0.003 6 D 0.320 0.290 0.183 0.122 0.061 0.021 0.003 7 F 0.155 0.137 0.190 0.273 0.190 0.051 0.003 8 T 0.365 0.309 0.182 0.101 0.034 0.008 0.001 9 K 0.449 0.338 0.134 0.055 0.019 0.005 0.001 10 P 0.155 0.201 0.237 0.244 0.128 0.034 0.002 11 V 0.082 0.112 0.164 0.256 0.262 0.117 0.007 12 V 0.141 0.168 0.204 0.223 0.176 0.082 0.007 13 I 0.128 0.136 0.168 0.248 0.214 0.100 0.007 14 D 0.195 0.290 0.252 0.176 0.069 0.017 0.001 15 T 0.185 0.205 0.223 0.226 0.127 0.031 0.002 16 D 0.564 0.283 0.102 0.040 0.009 0.002 0.001 17 Q 0.634 0.263 0.073 0.023 0.006 0.001 0.001 18 L 0.225 0.218 0.223 0.211 0.102 0.021 0.001 19 E 0.386 0.375 0.165 0.059 0.013 0.002 0.001 20 W 0.098 0.114 0.168 0.278 0.253 0.083 0.006 21 R 0.118 0.214 0.251 0.243 0.132 0.039 0.003 22 P 0.147 0.186 0.197 0.223 0.162 0.076 0.009 23 S 0.089 0.122 0.152 0.212 0.228 0.168 0.029 24 P 0.142 0.193 0.188 0.211 0.159 0.091 0.016 25 M 0.135 0.151 0.172 0.213 0.190 0.111 0.028 26 K 0.331 0.272 0.167 0.115 0.070 0.037 0.008 27 G 0.258 0.238 0.182 0.160 0.102 0.050 0.011 28 V 0.126 0.151 0.176 0.224 0.182 0.113 0.028 29 E 0.107 0.137 0.158 0.208 0.206 0.156 0.029 30 R 0.072 0.093 0.133 0.199 0.240 0.208 0.054 31 R 0.113 0.152 0.177 0.215 0.183 0.131 0.030 32 M 0.077 0.088 0.122 0.200 0.237 0.228 0.047 33 L 0.051 0.048 0.070 0.152 0.276 0.330 0.073 34 D 0.115 0.188 0.214 0.224 0.167 0.081 0.012 35 R 0.175 0.202 0.215 0.210 0.140 0.051 0.007 36 I 0.437 0.255 0.148 0.104 0.042 0.013 0.002 37 G 0.591 0.247 0.094 0.045 0.016 0.005 0.001 38 G 0.599 0.239 0.097 0.045 0.015 0.004 0.001 39 E 0.528 0.212 0.121 0.081 0.041 0.014 0.002 40 V 0.416 0.267 0.166 0.097 0.040 0.013 0.002 41 A 0.235 0.231 0.192 0.177 0.119 0.040 0.006 42 R 0.093 0.169 0.194 0.253 0.183 0.089 0.019 43 A 0.046 0.080 0.109 0.187 0.245 0.246 0.088 44 T 0.025 0.027 0.046 0.107 0.190 0.348 0.256 45 S 0.017 0.031 0.049 0.099 0.184 0.347 0.272 46 I 0.016 0.019 0.034 0.069 0.140 0.347 0.375 47 V 0.009 0.016 0.028 0.070 0.145 0.345 0.387 48 R 0.021 0.051 0.104 0.176 0.219 0.249 0.181 49 Y 0.027 0.039 0.060 0.119 0.251 0.350 0.153 50 A 0.094 0.166 0.212 0.244 0.170 0.089 0.024 51 P 0.223 0.232 0.191 0.172 0.105 0.061 0.016 52 G 0.322 0.277 0.157 0.118 0.079 0.040 0.007 53 S 0.132 0.172 0.187 0.228 0.180 0.088 0.014 54 R 0.230 0.276 0.215 0.155 0.083 0.035 0.006 55 F 0.136 0.129 0.154 0.235 0.208 0.116 0.022 56 S 0.289 0.270 0.183 0.137 0.081 0.034 0.006 57 A 0.267 0.277 0.209 0.142 0.068 0.030 0.007 58 H 0.152 0.178 0.175 0.204 0.180 0.095 0.017 59 T 0.163 0.250 0.242 0.201 0.102 0.038 0.005 60 H 0.107 0.165 0.193 0.263 0.193 0.070 0.009 61 D 0.340 0.334 0.190 0.096 0.031 0.007 0.001 62 G 0.385 0.324 0.155 0.090 0.034 0.010 0.001 63 G 0.169 0.237 0.221 0.208 0.121 0.040 0.004 64 E 0.076 0.177 0.205 0.255 0.191 0.087 0.009 65 E 0.043 0.155 0.194 0.236 0.205 0.138 0.030 66 F 0.007 0.022 0.059 0.139 0.236 0.386 0.151 67 I 0.002 0.008 0.021 0.063 0.173 0.425 0.308 68 V 0.006 0.026 0.074 0.168 0.245 0.298 0.184 69 L 0.002 0.004 0.009 0.032 0.137 0.489 0.327 70 D 0.010 0.063 0.199 0.338 0.226 0.129 0.035 71 G 0.017 0.062 0.100 0.185 0.266 0.285 0.086 72 V 0.023 0.116 0.213 0.275 0.244 0.115 0.013 73 F 0.021 0.049 0.085 0.226 0.347 0.254 0.019 74 Q 0.107 0.298 0.261 0.192 0.103 0.036 0.002 75 D 0.117 0.214 0.255 0.253 0.119 0.039 0.003 76 E 0.244 0.261 0.206 0.174 0.093 0.021 0.001 77 H 0.525 0.307 0.112 0.043 0.011 0.002 0.001 78 G 0.530 0.269 0.125 0.059 0.014 0.002 0.001 79 D 0.520 0.321 0.107 0.039 0.011 0.002 0.001 80 Y 0.066 0.103 0.191 0.301 0.248 0.084 0.007 81 P 0.134 0.234 0.236 0.220 0.127 0.043 0.004 82 A 0.079 0.111 0.159 0.241 0.226 0.152 0.032 83 G 0.057 0.084 0.112 0.200 0.266 0.223 0.059 84 T 0.038 0.093 0.163 0.214 0.229 0.195 0.069 85 Y 0.024 0.038 0.064 0.123 0.196 0.364 0.192 86 V 0.021 0.032 0.051 0.110 0.236 0.416 0.133 87 R 0.035 0.082 0.145 0.236 0.262 0.199 0.041 88 N 0.070 0.148 0.205 0.273 0.212 0.081 0.012 89 P 0.258 0.314 0.219 0.135 0.053 0.017 0.003 90 P 0.401 0.287 0.152 0.100 0.040 0.015 0.003 91 T 0.411 0.312 0.159 0.076 0.031 0.010 0.001 92 T 0.159 0.201 0.225 0.236 0.134 0.041 0.004 93 S 0.239 0.291 0.206 0.152 0.078 0.030 0.004 94 H 0.046 0.082 0.144 0.257 0.301 0.155 0.016 95 V 0.080 0.195 0.243 0.260 0.156 0.059 0.008 96 P 0.146 0.244 0.223 0.207 0.121 0.051 0.008 97 G 0.136 0.215 0.210 0.228 0.151 0.056 0.005 98 S 0.165 0.212 0.210 0.236 0.142 0.034 0.002 99 A 0.405 0.345 0.161 0.071 0.015 0.002 0.001 100 E 0.582 0.305 0.081 0.025 0.005 0.001 0.001 101 G 0.216 0.382 0.244 0.120 0.032 0.006 0.001 102 C 0.010 0.054 0.126 0.308 0.362 0.133 0.007 103 T 0.003 0.013 0.038 0.130 0.317 0.411 0.088 104 I 0.001 0.002 0.006 0.024 0.097 0.449 0.421 105 F 0.001 0.002 0.005 0.019 0.058 0.295 0.622 106 V 0.001 0.001 0.004 0.012 0.039 0.237 0.706 107 K 0.001 0.004 0.010 0.034 0.094 0.304 0.552 108 L 0.002 0.003 0.007 0.020 0.089 0.393 0.486 109 W 0.004 0.014 0.036 0.104 0.208 0.392 0.242 110 Q 0.018 0.048 0.090 0.164 0.265 0.323 0.092 111 F 0.044 0.078 0.111 0.199 0.275 0.238 0.054 112 D 0.130 0.173 0.183 0.217 0.168 0.108 0.021 113 P 0.243 0.214 0.180 0.165 0.117 0.067 0.014 114 A 0.262 0.223 0.178 0.157 0.112 0.055 0.012 115 D 0.223 0.246 0.193 0.167 0.109 0.053 0.010 116 R 0.121 0.142 0.180 0.226 0.197 0.111 0.023 117 T 0.346 0.269 0.160 0.110 0.065 0.039 0.010 118 Q 0.223 0.233 0.218 0.168 0.098 0.047 0.012 119 F 0.060 0.060 0.089 0.180 0.285 0.266 0.060 120 S 0.090 0.133 0.164 0.212 0.208 0.157 0.037 121 K 0.117 0.148 0.163 0.201 0.182 0.146 0.043 122 N 0.121 0.171 0.194 0.215 0.165 0.108 0.025 123 M 0.066 0.072 0.104 0.185 0.253 0.248 0.072 124 E 0.188 0.186 0.173 0.191 0.153 0.087 0.021 125 A 0.282 0.253 0.188 0.136 0.084 0.047 0.010 126 E 0.229 0.175 0.164 0.178 0.140 0.093 0.020 127 L 0.241 0.206 0.163 0.166 0.127 0.080 0.017 128 G 0.190 0.166 0.176 0.187 0.157 0.103 0.021 129 A 0.191 0.182 0.177 0.200 0.164 0.074 0.011 130 P 0.343 0.269 0.183 0.122 0.058 0.022 0.004 131 V 0.388 0.218 0.158 0.136 0.070 0.026 0.005 132 E 0.558 0.247 0.105 0.054 0.024 0.010 0.002 133 G 0.294 0.229 0.180 0.150 0.093 0.043 0.010 134 I 0.226 0.190 0.177 0.192 0.138 0.066 0.011 135 S 0.219 0.236 0.188 0.165 0.113 0.064 0.015 136 T 0.117 0.110 0.130 0.195 0.216 0.184 0.048 137 S 0.108 0.130 0.156 0.207 0.206 0.153 0.041 138 L 0.183 0.193 0.186 0.184 0.134 0.095 0.025 139 L 0.095 0.096 0.113 0.180 0.245 0.220 0.051 140 H 0.143 0.175 0.189 0.224 0.170 0.085 0.015 141 E 0.287 0.282 0.196 0.137 0.067 0.026 0.005 142 D 0.339 0.267 0.183 0.132 0.058 0.019 0.003 143 E 0.485 0.283 0.121 0.066 0.031 0.012 0.003 144 R 0.290 0.283 0.200 0.137 0.065 0.022 0.004 145 E 0.100 0.144 0.182 0.235 0.210 0.115 0.015 146 T 0.088 0.172 0.212 0.235 0.175 0.101 0.017 147 V 0.062 0.105 0.134 0.207 0.242 0.202 0.048 148 T 0.040 0.077 0.135 0.213 0.264 0.221 0.049 149 H 0.019 0.025 0.045 0.113 0.231 0.423 0.144 150 R 0.051 0.112 0.148 0.223 0.243 0.184 0.039 151 K 0.063 0.151 0.219 0.245 0.185 0.119 0.018 152 L 0.029 0.055 0.106 0.242 0.341 0.203 0.023 153 E 0.184 0.284 0.248 0.178 0.079 0.025 0.003 154 P 0.397 0.292 0.161 0.101 0.037 0.011 0.001 155 G 0.400 0.297 0.163 0.092 0.037 0.010 0.001 156 A 0.291 0.281 0.197 0.143 0.065 0.020 0.002 157 N 0.220 0.294 0.229 0.160 0.073 0.021 0.002 158 L 0.074 0.080 0.132 0.257 0.290 0.149 0.018 159 T 0.198 0.308 0.226 0.162 0.076 0.025 0.004 160 S 0.130 0.167 0.192 0.229 0.178 0.084 0.019 161 E 0.197 0.267 0.202 0.177 0.101 0.047 0.009 162 A 0.163 0.189 0.183 0.199 0.165 0.087 0.014 163 A 0.162 0.191 0.171 0.197 0.173 0.091 0.016 164 G 0.170 0.277 0.241 0.181 0.088 0.039 0.004 165 G 0.037 0.087 0.143 0.242 0.277 0.183 0.031 166 I 0.016 0.077 0.136 0.259 0.273 0.200 0.039 167 E 0.003 0.014 0.036 0.100 0.239 0.402 0.206 168 V 0.001 0.001 0.002 0.011 0.050 0.371 0.565 169 L 0.001 0.001 0.005 0.019 0.065 0.316 0.592 170 V 0.001 0.004 0.017 0.054 0.130 0.353 0.441 171 L 0.001 0.001 0.004 0.019 0.113 0.515 0.348 172 D 0.005 0.051 0.196 0.342 0.259 0.122 0.025 173 G 0.004 0.036 0.083 0.183 0.318 0.319 0.057 174 D 0.013 0.136 0.340 0.315 0.156 0.038 0.002 175 V 0.005 0.022 0.065 0.282 0.455 0.167 0.004 176 T 0.142 0.446 0.288 0.098 0.023 0.003 0.001 177 V 0.226 0.312 0.249 0.167 0.041 0.005 0.001 178 N 0.669 0.245 0.061 0.020 0.004 0.001 0.001 179 D 0.636 0.249 0.081 0.028 0.006 0.001 0.001 180 E 0.654 0.233 0.078 0.028 0.006 0.001 0.001 181 V 0.379 0.373 0.159 0.069 0.018 0.003 0.001 182 L 0.064 0.104 0.195 0.309 0.261 0.065 0.004 183 G 0.245 0.333 0.228 0.136 0.048 0.009 0.001 184 R 0.170 0.265 0.241 0.208 0.090 0.024 0.002 185 N 0.068 0.139 0.181 0.255 0.241 0.104 0.011 186 A 0.030 0.069 0.108 0.206 0.289 0.245 0.053 187 W 0.033 0.049 0.074 0.142 0.206 0.340 0.157 188 L 0.023 0.020 0.033 0.075 0.144 0.387 0.317 189 R 0.031 0.043 0.063 0.110 0.203 0.345 0.205 190 L 0.032 0.056 0.093 0.161 0.242 0.285 0.131 191 P 0.071 0.119 0.142 0.210 0.216 0.182 0.060 192 E 0.128 0.199 0.200 0.224 0.148 0.079 0.021 193 G 0.193 0.239 0.193 0.175 0.129 0.059 0.012 194 E 0.253 0.265 0.215 0.157 0.075 0.029 0.005 195 A 0.350 0.291 0.180 0.111 0.048 0.018 0.003 196 L 0.074 0.121 0.156 0.244 0.259 0.132 0.015 197 S 0.064 0.184 0.254 0.261 0.158 0.071 0.009 198 A 0.034 0.056 0.081 0.167 0.280 0.312 0.069 199 T 0.054 0.173 0.271 0.284 0.155 0.056 0.006 200 A 0.043 0.082 0.135 0.277 0.311 0.141 0.011 201 G 0.230 0.338 0.228 0.146 0.049 0.009 0.001 202 A 0.432 0.359 0.136 0.057 0.014 0.002 0.001 203 R 0.323 0.402 0.181 0.072 0.018 0.003 0.001 204 G 0.059 0.264 0.315 0.249 0.092 0.019 0.001 205 A 0.004 0.017 0.051 0.192 0.404 0.305 0.028 206 K 0.002 0.015 0.051 0.160 0.355 0.339 0.078 207 I 0.001 0.001 0.003 0.013 0.067 0.407 0.508 208 W 0.001 0.003 0.008 0.028 0.082 0.326 0.553 209 M 0.001 0.003 0.008 0.027 0.062 0.247 0.653 210 K 0.002 0.008 0.014 0.039 0.094 0.290 0.552 211 T 0.006 0.017 0.033 0.080 0.192 0.352 0.320 212 G 0.009 0.026 0.058 0.127 0.193 0.337 0.248 213 H 0.019 0.040 0.061 0.128 0.245 0.360 0.148 214 L 0.027 0.033 0.067 0.144 0.293 0.358 0.077 215 R 0.060 0.159 0.224 0.259 0.187 0.098 0.013 216 F 0.100 0.164 0.255 0.253 0.159 0.062 0.007 217 V 0.062 0.081 0.138 0.255 0.293 0.150 0.021 218 R 0.341 0.321 0.187 0.100 0.039 0.011 0.001 219 T 0.356 0.184 0.164 0.139 0.097 0.050 0.009 220 P 0.485 0.221 0.121 0.103 0.048 0.019 0.003 221 E 0.575 0.183 0.112 0.076 0.038 0.014 0.002 222 V 0.579 0.150 0.097 0.075 0.057 0.035 0.007