# TARGET T0582 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0582.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1665 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.004 0.002 0.002 0.075 0.904 2 E 0.063 0.021 0.007 0.008 0.097 0.805 3 I 0.057 0.045 0.011 0.010 0.123 0.754 4 N 0.053 0.033 0.028 0.012 0.268 0.606 5 A 0.042 0.008 0.119 0.021 0.367 0.444 6 D 0.063 0.009 0.116 0.020 0.364 0.427 7 F 0.092 0.022 0.086 0.022 0.400 0.378 8 T 0.076 0.013 0.019 0.009 0.226 0.658 9 K 0.109 0.013 0.010 0.005 0.202 0.661 10 P 0.162 0.005 0.010 0.004 0.238 0.581 11 V 0.632 0.011 0.007 0.003 0.077 0.270 12 V 0.928 0.011 0.001 0.001 0.014 0.045 13 I 0.929 0.012 0.001 0.001 0.009 0.048 14 D 0.829 0.008 0.003 0.001 0.064 0.096 15 T 0.074 0.002 0.590 0.015 0.287 0.033 16 D 0.025 0.001 0.593 0.007 0.347 0.027 17 Q 0.026 0.004 0.584 0.008 0.353 0.024 18 L 0.131 0.060 0.053 0.014 0.395 0.348 19 E 0.246 0.032 0.024 0.014 0.253 0.430 20 W 0.405 0.067 0.026 0.017 0.219 0.266 21 R 0.458 0.062 0.016 0.009 0.202 0.252 22 P 0.298 0.076 0.018 0.008 0.232 0.368 23 S 0.103 0.017 0.015 0.005 0.362 0.499 24 P 0.050 0.017 0.033 0.011 0.430 0.458 25 M 0.026 0.014 0.088 0.029 0.731 0.112 26 K 0.016 0.006 0.051 0.056 0.768 0.103 27 G 0.017 0.003 0.026 0.029 0.709 0.216 28 V 0.309 0.060 0.012 0.057 0.336 0.226 29 E 0.584 0.026 0.008 0.050 0.074 0.259 30 R 0.774 0.012 0.016 0.048 0.048 0.101 31 R 0.751 0.007 0.022 0.048 0.055 0.117 32 M 0.686 0.012 0.035 0.055 0.071 0.142 33 L 0.489 0.013 0.041 0.098 0.143 0.216 34 D 0.330 0.012 0.063 0.101 0.194 0.299 35 R 0.196 0.019 0.055 0.111 0.298 0.322 36 I 0.102 0.020 0.040 0.117 0.408 0.313 37 G 0.051 0.011 0.027 0.083 0.467 0.361 38 G 0.065 0.012 0.041 0.099 0.451 0.331 39 E 0.142 0.019 0.068 0.157 0.355 0.260 40 V 0.224 0.019 0.072 0.156 0.284 0.246 41 A 0.352 0.018 0.049 0.074 0.237 0.271 42 R 0.593 0.006 0.031 0.031 0.151 0.187 43 A 0.801 0.006 0.010 0.020 0.062 0.102 44 T 0.917 0.002 0.003 0.011 0.024 0.043 45 S 0.954 0.001 0.001 0.008 0.011 0.025 46 I 0.975 0.001 0.001 0.008 0.005 0.011 47 V 0.978 0.001 0.001 0.006 0.004 0.011 48 R 0.963 0.001 0.001 0.003 0.008 0.024 49 Y 0.772 0.017 0.001 0.002 0.040 0.168 50 A 0.249 0.017 0.005 0.003 0.658 0.069 51 P 0.030 0.004 0.019 0.004 0.899 0.043 52 G 0.009 0.003 0.031 0.003 0.917 0.036 53 S 0.121 0.059 0.028 0.002 0.734 0.056 54 R 0.213 0.072 0.014 0.005 0.226 0.470 55 F 0.228 0.097 0.015 0.005 0.248 0.406 56 S 0.143 0.029 0.017 0.006 0.371 0.435 57 A 0.129 0.029 0.026 0.007 0.412 0.397 58 H 0.195 0.032 0.033 0.006 0.385 0.349 59 T 0.225 0.066 0.023 0.006 0.285 0.395 60 H 0.100 0.037 0.018 0.005 0.744 0.096 61 D 0.032 0.009 0.010 0.002 0.865 0.081 62 G 0.012 0.002 0.010 0.002 0.897 0.077 63 G 0.219 0.035 0.006 0.001 0.622 0.117 64 E 0.744 0.012 0.001 0.001 0.069 0.173 65 E 0.947 0.003 0.001 0.001 0.013 0.037 66 F 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 67 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 68 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 69 L 0.927 0.001 0.001 0.001 0.007 0.065 70 D 0.844 0.001 0.001 0.001 0.023 0.132 71 G 0.872 0.001 0.001 0.001 0.029 0.096 72 V 0.920 0.003 0.001 0.001 0.024 0.051 73 F 0.902 0.004 0.002 0.002 0.030 0.060 74 Q 0.747 0.010 0.002 0.004 0.075 0.161 75 D 0.491 0.019 0.007 0.007 0.203 0.273 76 E 0.254 0.033 0.014 0.011 0.387 0.301 77 H 0.146 0.041 0.025 0.012 0.547 0.230 78 G 0.079 0.013 0.016 0.009 0.655 0.227 79 D 0.051 0.010 0.009 0.003 0.429 0.498 80 Y 0.122 0.075 0.007 0.003 0.270 0.524 81 P 0.152 0.044 0.011 0.005 0.348 0.440 82 A 0.205 0.036 0.027 0.030 0.385 0.317 83 G 0.267 0.015 0.032 0.026 0.339 0.320 84 T 0.608 0.012 0.041 0.043 0.178 0.120 85 Y 0.707 0.020 0.028 0.067 0.087 0.091 86 V 0.747 0.021 0.013 0.070 0.077 0.073 87 R 0.829 0.015 0.006 0.032 0.051 0.067 88 N 0.452 0.034 0.007 0.021 0.186 0.300 89 P 0.066 0.023 0.010 0.005 0.840 0.056 90 P 0.014 0.007 0.014 0.003 0.907 0.055 91 T 0.003 0.001 0.010 0.001 0.910 0.074 92 T 0.084 0.066 0.009 0.001 0.749 0.090 93 S 0.181 0.077 0.006 0.002 0.196 0.537 94 H 0.308 0.118 0.021 0.004 0.247 0.303 95 V 0.174 0.020 0.019 0.003 0.360 0.425 96 P 0.144 0.023 0.038 0.006 0.345 0.443 97 G 0.119 0.034 0.022 0.007 0.393 0.426 98 S 0.057 0.031 0.007 0.004 0.353 0.547 99 A 0.050 0.022 0.017 0.025 0.660 0.227 100 E 0.059 0.015 0.032 0.141 0.638 0.116 101 G 0.065 0.005 0.027 0.086 0.695 0.122 102 C 0.528 0.016 0.011 0.098 0.224 0.123 103 T 0.869 0.005 0.002 0.063 0.021 0.042 104 I 0.922 0.001 0.001 0.057 0.009 0.010 105 F 0.904 0.001 0.001 0.085 0.004 0.005 106 V 0.893 0.001 0.001 0.096 0.005 0.006 107 K 0.874 0.001 0.001 0.106 0.008 0.011 108 L 0.790 0.002 0.004 0.109 0.033 0.061 109 W 0.381 0.011 0.009 0.071 0.089 0.439 110 Q 0.083 0.015 0.011 0.032 0.184 0.675 111 F 0.039 0.024 0.007 0.008 0.213 0.708 112 D 0.018 0.013 0.006 0.003 0.411 0.549 113 P 0.006 0.005 0.335 0.024 0.510 0.120 114 A 0.006 0.003 0.375 0.026 0.512 0.078 115 D 0.013 0.007 0.425 0.037 0.448 0.071 116 R 0.043 0.018 0.099 0.079 0.323 0.440 117 T 0.104 0.021 0.053 0.105 0.271 0.447 118 Q 0.188 0.015 0.051 0.165 0.266 0.316 119 F 0.371 0.023 0.026 0.141 0.163 0.276 120 S 0.471 0.031 0.018 0.165 0.129 0.187 121 K 0.370 0.019 0.017 0.165 0.137 0.293 122 N 0.215 0.012 0.018 0.104 0.230 0.421 123 M 0.130 0.011 0.099 0.188 0.309 0.263 124 E 0.142 0.010 0.193 0.168 0.266 0.220 125 A 0.090 0.010 0.333 0.207 0.229 0.131 126 E 0.107 0.020 0.199 0.239 0.216 0.219 127 L 0.119 0.029 0.113 0.195 0.239 0.306 128 G 0.094 0.033 0.037 0.068 0.232 0.536 129 A 0.073 0.030 0.022 0.027 0.238 0.610 130 P 0.056 0.037 0.031 0.018 0.279 0.579 131 V 0.035 0.023 0.043 0.012 0.652 0.235 132 E 0.022 0.007 0.033 0.015 0.745 0.178 133 G 0.024 0.006 0.018 0.007 0.644 0.301 134 I 0.151 0.035 0.009 0.010 0.484 0.312 135 S 0.250 0.017 0.006 0.009 0.164 0.554 136 T 0.691 0.035 0.012 0.014 0.064 0.184 137 S 0.820 0.008 0.014 0.015 0.042 0.100 138 L 0.837 0.008 0.023 0.017 0.033 0.081 139 L 0.751 0.012 0.020 0.027 0.075 0.115 140 H 0.491 0.013 0.028 0.038 0.183 0.247 141 E 0.206 0.011 0.047 0.046 0.359 0.331 142 D 0.088 0.012 0.050 0.031 0.539 0.280 143 E 0.042 0.008 0.122 0.104 0.525 0.199 144 R 0.067 0.010 0.094 0.079 0.526 0.224 145 E 0.168 0.008 0.085 0.079 0.459 0.201 146 T 0.493 0.013 0.030 0.068 0.180 0.215 147 V 0.754 0.011 0.015 0.055 0.066 0.099 148 T 0.799 0.005 0.010 0.052 0.040 0.094 149 H 0.777 0.006 0.013 0.047 0.045 0.113 150 R 0.775 0.011 0.007 0.033 0.044 0.129 151 K 0.734 0.012 0.006 0.013 0.071 0.164 152 L 0.432 0.046 0.003 0.006 0.110 0.403 153 E 0.114 0.014 0.006 0.003 0.803 0.059 154 P 0.021 0.004 0.018 0.005 0.918 0.035 155 G 0.007 0.002 0.029 0.005 0.923 0.034 156 A 0.166 0.044 0.031 0.006 0.696 0.057 157 N 0.372 0.048 0.014 0.013 0.121 0.432 158 L 0.419 0.098 0.016 0.017 0.139 0.311 159 T 0.326 0.025 0.022 0.019 0.206 0.402 160 S 0.244 0.013 0.120 0.044 0.277 0.302 161 E 0.187 0.019 0.190 0.046 0.338 0.220 162 A 0.098 0.021 0.286 0.051 0.453 0.091 163 A 0.078 0.019 0.165 0.028 0.581 0.130 164 G 0.047 0.005 0.089 0.013 0.688 0.158 165 G 0.158 0.010 0.028 0.003 0.530 0.271 166 I 0.608 0.010 0.004 0.001 0.131 0.247 167 E 0.903 0.003 0.001 0.001 0.023 0.069 168 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 169 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 170 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 171 L 0.944 0.001 0.001 0.001 0.006 0.049 172 D 0.845 0.001 0.001 0.001 0.022 0.132 173 G 0.857 0.001 0.001 0.001 0.030 0.111 174 D 0.944 0.001 0.001 0.001 0.016 0.037 175 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 176 T 0.965 0.004 0.001 0.001 0.016 0.014 177 V 0.792 0.005 0.001 0.001 0.192 0.009 178 N 0.209 0.002 0.001 0.002 0.764 0.022 179 D 0.091 0.002 0.003 0.003 0.884 0.017 180 E 0.731 0.025 0.001 0.003 0.219 0.022 181 V 0.911 0.020 0.001 0.003 0.023 0.043 182 L 0.845 0.044 0.001 0.001 0.041 0.068 183 G 0.367 0.006 0.012 0.003 0.574 0.038 184 R 0.161 0.005 0.013 0.003 0.776 0.042 185 N 0.034 0.001 0.011 0.001 0.914 0.039 186 A 0.560 0.015 0.005 0.001 0.370 0.049 187 W 0.931 0.020 0.001 0.001 0.011 0.037 188 L 0.979 0.005 0.001 0.001 0.005 0.010 189 R 0.976 0.002 0.001 0.001 0.004 0.017 190 L 0.823 0.012 0.002 0.001 0.022 0.140 191 P 0.337 0.006 0.008 0.001 0.473 0.174 192 E 0.059 0.004 0.105 0.008 0.724 0.101 193 G 0.022 0.003 0.170 0.009 0.741 0.055 194 E 0.129 0.014 0.143 0.018 0.646 0.049 195 A 0.286 0.021 0.058 0.035 0.254 0.346 196 L 0.464 0.052 0.033 0.052 0.166 0.232 197 S 0.565 0.012 0.022 0.038 0.122 0.241 198 A 0.707 0.009 0.033 0.037 0.075 0.139 199 T 0.693 0.016 0.033 0.046 0.110 0.102 200 A 0.575 0.027 0.045 0.070 0.146 0.136 201 G 0.294 0.016 0.039 0.037 0.423 0.190 202 A 0.138 0.008 0.132 0.041 0.562 0.119 203 R 0.129 0.010 0.121 0.052 0.560 0.129 204 G 0.212 0.009 0.044 0.012 0.528 0.196 205 A 0.476 0.007 0.009 0.007 0.196 0.304 206 K 0.807 0.005 0.004 0.006 0.053 0.125 207 I 0.956 0.003 0.001 0.004 0.013 0.024 208 W 0.982 0.001 0.001 0.003 0.004 0.011 209 M 0.969 0.002 0.001 0.003 0.003 0.022 210 K 0.881 0.004 0.001 0.009 0.063 0.042 211 T 0.327 0.006 0.010 0.040 0.450 0.166 212 G 0.045 0.005 0.040 0.035 0.749 0.126 213 H 0.148 0.055 0.076 0.031 0.568 0.122 214 L 0.256 0.058 0.142 0.129 0.183 0.232 215 R 0.277 0.021 0.266 0.137 0.177 0.122 216 F 0.287 0.046 0.193 0.177 0.156 0.141 217 V 0.254 0.065 0.044 0.180 0.202 0.255 218 R 0.111 0.013 0.056 0.197 0.315 0.307 219 T 0.022 0.005 0.034 0.044 0.296 0.598 220 P 0.022 0.014 0.115 0.097 0.310 0.443 221 E 0.024 0.035 0.174 0.114 0.251 0.402 222 V 0.018 0.018 0.027 0.018 0.217 0.703