# TARGET T0582 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0582.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1665 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.625 0.227 0.088 0.040 0.015 0.004 0.001 2 E 0.630 0.228 0.084 0.039 0.014 0.004 0.001 3 I 0.279 0.229 0.212 0.187 0.076 0.017 0.001 4 N 0.384 0.297 0.177 0.097 0.035 0.010 0.001 5 A 0.425 0.235 0.158 0.110 0.053 0.016 0.002 6 D 0.422 0.302 0.160 0.077 0.029 0.008 0.001 7 F 0.192 0.164 0.200 0.244 0.151 0.045 0.003 8 T 0.355 0.243 0.187 0.127 0.063 0.022 0.003 9 K 0.368 0.351 0.177 0.075 0.023 0.006 0.001 10 P 0.205 0.221 0.220 0.197 0.117 0.037 0.004 11 V 0.076 0.121 0.183 0.251 0.231 0.124 0.015 12 V 0.062 0.123 0.184 0.236 0.225 0.150 0.021 13 I 0.036 0.069 0.121 0.244 0.306 0.201 0.023 14 D 0.125 0.243 0.253 0.209 0.121 0.045 0.005 15 T 0.126 0.197 0.256 0.248 0.131 0.038 0.003 16 D 0.590 0.275 0.091 0.031 0.010 0.003 0.001 17 Q 0.445 0.311 0.151 0.066 0.021 0.006 0.001 18 L 0.117 0.142 0.231 0.283 0.180 0.046 0.002 19 E 0.391 0.363 0.156 0.062 0.021 0.006 0.001 20 W 0.103 0.136 0.213 0.283 0.193 0.068 0.005 21 R 0.140 0.236 0.255 0.217 0.116 0.034 0.002 22 P 0.271 0.256 0.209 0.162 0.079 0.021 0.002 23 S 0.229 0.204 0.205 0.193 0.124 0.041 0.004 24 P 0.392 0.304 0.169 0.087 0.034 0.012 0.001 25 M 0.167 0.182 0.210 0.246 0.146 0.046 0.004 26 K 0.327 0.324 0.200 0.098 0.037 0.013 0.002 27 G 0.188 0.283 0.228 0.167 0.090 0.038 0.006 28 V 0.028 0.035 0.072 0.197 0.336 0.287 0.046 29 E 0.055 0.176 0.244 0.235 0.161 0.104 0.024 30 R 0.043 0.106 0.174 0.253 0.240 0.154 0.029 31 R 0.037 0.140 0.232 0.264 0.203 0.106 0.018 32 M 0.017 0.051 0.123 0.224 0.289 0.248 0.048 33 L 0.021 0.035 0.069 0.172 0.326 0.323 0.054 34 D 0.106 0.197 0.240 0.229 0.145 0.070 0.013 35 R 0.146 0.209 0.210 0.204 0.132 0.081 0.019 36 I 0.181 0.188 0.182 0.187 0.137 0.100 0.026 37 G 0.356 0.253 0.158 0.114 0.071 0.038 0.010 38 G 0.341 0.214 0.149 0.127 0.094 0.059 0.016 39 E 0.331 0.236 0.153 0.120 0.088 0.055 0.017 40 V 0.168 0.227 0.201 0.179 0.119 0.081 0.024 41 A 0.096 0.158 0.179 0.211 0.186 0.132 0.038 42 R 0.034 0.071 0.124 0.205 0.271 0.220 0.075 43 A 0.010 0.018 0.045 0.111 0.218 0.380 0.217 44 T 0.008 0.013 0.020 0.048 0.127 0.372 0.411 45 S 0.006 0.015 0.029 0.065 0.153 0.352 0.381 46 I 0.003 0.012 0.038 0.105 0.220 0.351 0.272 47 V 0.001 0.004 0.009 0.034 0.142 0.453 0.358 48 R 0.006 0.039 0.101 0.233 0.312 0.252 0.058 49 Y 0.010 0.030 0.063 0.149 0.313 0.365 0.071 50 A 0.066 0.177 0.255 0.269 0.160 0.061 0.012 51 P 0.251 0.315 0.226 0.132 0.052 0.020 0.004 52 G 0.339 0.275 0.172 0.119 0.063 0.027 0.005 53 S 0.172 0.193 0.215 0.215 0.141 0.056 0.008 54 R 0.234 0.320 0.232 0.135 0.057 0.020 0.003 55 F 0.083 0.111 0.187 0.270 0.244 0.093 0.011 56 S 0.218 0.323 0.235 0.138 0.062 0.021 0.003 57 A 0.181 0.301 0.248 0.162 0.077 0.027 0.004 58 H 0.043 0.077 0.148 0.301 0.309 0.115 0.006 59 T 0.105 0.331 0.325 0.168 0.057 0.013 0.001 60 H 0.031 0.069 0.156 0.321 0.297 0.117 0.010 61 D 0.403 0.342 0.157 0.065 0.024 0.007 0.001 62 G 0.264 0.316 0.235 0.129 0.043 0.011 0.002 63 G 0.179 0.210 0.218 0.219 0.119 0.050 0.007 64 E 0.034 0.099 0.200 0.269 0.262 0.123 0.013 65 E 0.047 0.110 0.169 0.233 0.230 0.174 0.038 66 F 0.013 0.028 0.053 0.123 0.257 0.406 0.120 67 I 0.014 0.027 0.058 0.134 0.256 0.386 0.124 68 V 0.023 0.047 0.071 0.125 0.189 0.353 0.193 69 L 0.019 0.036 0.057 0.125 0.220 0.365 0.178 70 D 0.032 0.120 0.157 0.209 0.201 0.186 0.095 71 G 0.030 0.073 0.113 0.205 0.257 0.252 0.071 72 V 0.020 0.145 0.272 0.293 0.182 0.077 0.012 73 F 0.010 0.015 0.036 0.139 0.397 0.369 0.034 74 Q 0.043 0.223 0.342 0.258 0.105 0.026 0.002 75 D 0.133 0.238 0.253 0.226 0.122 0.027 0.002 76 E 0.417 0.341 0.172 0.056 0.011 0.002 0.001 77 H 0.584 0.239 0.106 0.053 0.015 0.002 0.001 78 G 0.520 0.249 0.135 0.067 0.024 0.005 0.001 79 D 0.543 0.294 0.106 0.042 0.012 0.002 0.001 80 Y 0.104 0.113 0.185 0.294 0.227 0.071 0.007 81 P 0.237 0.332 0.239 0.124 0.049 0.016 0.003 82 A 0.171 0.248 0.224 0.197 0.110 0.042 0.009 83 G 0.087 0.126 0.183 0.252 0.212 0.118 0.023 84 T 0.057 0.127 0.182 0.216 0.211 0.165 0.042 85 Y 0.027 0.043 0.083 0.158 0.244 0.322 0.123 86 V 0.023 0.037 0.052 0.109 0.221 0.380 0.178 87 R 0.028 0.055 0.083 0.150 0.232 0.305 0.148 88 N 0.053 0.104 0.156 0.227 0.240 0.178 0.043 89 P 0.121 0.202 0.243 0.216 0.142 0.061 0.015 90 P 0.293 0.256 0.194 0.140 0.075 0.034 0.008 91 T 0.361 0.257 0.162 0.111 0.068 0.034 0.007 92 T 0.110 0.149 0.210 0.248 0.187 0.084 0.011 93 S 0.135 0.248 0.237 0.192 0.120 0.058 0.011 94 H 0.049 0.066 0.113 0.219 0.289 0.226 0.038 95 V 0.066 0.169 0.238 0.266 0.180 0.074 0.008 96 P 0.192 0.303 0.246 0.154 0.073 0.027 0.005 97 G 0.211 0.301 0.238 0.161 0.068 0.019 0.002 98 S 0.206 0.244 0.247 0.194 0.088 0.020 0.001 99 A 0.530 0.273 0.116 0.055 0.020 0.005 0.001 100 E 0.359 0.342 0.185 0.083 0.026 0.006 0.001 101 G 0.114 0.261 0.275 0.204 0.099 0.042 0.006 102 C 0.007 0.030 0.090 0.258 0.386 0.212 0.017 103 T 0.015 0.064 0.184 0.321 0.278 0.123 0.015 104 I 0.006 0.010 0.025 0.068 0.202 0.528 0.162 105 F 0.003 0.009 0.014 0.039 0.143 0.523 0.269 106 V 0.002 0.013 0.054 0.158 0.305 0.347 0.122 107 K 0.004 0.019 0.059 0.173 0.342 0.337 0.066 108 L 0.003 0.013 0.036 0.116 0.311 0.465 0.055 109 W 0.012 0.042 0.113 0.292 0.360 0.173 0.008 110 Q 0.136 0.325 0.278 0.168 0.072 0.019 0.002 111 F 0.210 0.235 0.240 0.198 0.092 0.024 0.002 112 D 0.534 0.292 0.108 0.047 0.015 0.003 0.001 113 P 0.547 0.260 0.121 0.053 0.016 0.003 0.001 114 A 0.770 0.164 0.044 0.016 0.005 0.001 0.001 115 D 0.494 0.264 0.145 0.071 0.022 0.004 0.001 116 R 0.287 0.274 0.221 0.151 0.054 0.012 0.001 117 T 0.316 0.312 0.205 0.111 0.042 0.012 0.001 118 Q 0.188 0.203 0.210 0.205 0.141 0.047 0.005 119 F 0.099 0.123 0.178 0.257 0.219 0.112 0.012 120 S 0.084 0.109 0.171 0.265 0.241 0.118 0.012 121 K 0.173 0.294 0.258 0.166 0.074 0.029 0.005 122 N 0.208 0.265 0.209 0.169 0.102 0.041 0.006 123 M 0.197 0.230 0.229 0.190 0.111 0.039 0.004 124 E 0.383 0.264 0.174 0.110 0.049 0.017 0.002 125 A 0.391 0.274 0.173 0.101 0.044 0.015 0.002 126 E 0.331 0.276 0.192 0.121 0.058 0.020 0.002 127 L 0.189 0.184 0.200 0.218 0.147 0.057 0.006 128 G 0.199 0.188 0.190 0.194 0.144 0.075 0.009 129 A 0.197 0.176 0.182 0.212 0.156 0.069 0.008 130 P 0.326 0.279 0.188 0.124 0.059 0.021 0.003 131 V 0.238 0.229 0.213 0.185 0.101 0.031 0.003 132 E 0.520 0.271 0.124 0.056 0.022 0.007 0.001 133 G 0.396 0.290 0.168 0.092 0.039 0.013 0.002 134 I 0.109 0.134 0.200 0.257 0.204 0.087 0.009 135 S 0.145 0.243 0.239 0.200 0.115 0.052 0.008 136 T 0.045 0.094 0.180 0.272 0.255 0.136 0.018 137 S 0.053 0.119 0.186 0.241 0.238 0.144 0.019 138 L 0.020 0.070 0.176 0.286 0.276 0.155 0.017 139 L 0.009 0.017 0.041 0.143 0.360 0.388 0.041 140 H 0.041 0.161 0.268 0.298 0.170 0.057 0.005 141 E 0.232 0.401 0.222 0.102 0.034 0.009 0.001 142 D 0.274 0.304 0.223 0.137 0.048 0.012 0.001 143 E 0.543 0.236 0.118 0.067 0.028 0.007 0.001 144 R 0.436 0.298 0.166 0.072 0.022 0.005 0.001 145 E 0.269 0.285 0.229 0.143 0.057 0.016 0.001 146 T 0.132 0.244 0.255 0.203 0.115 0.047 0.005 147 V 0.045 0.086 0.158 0.250 0.278 0.164 0.020 148 T 0.036 0.069 0.134 0.242 0.294 0.200 0.024 149 H 0.055 0.092 0.150 0.232 0.257 0.190 0.025 150 R 0.070 0.143 0.203 0.268 0.220 0.088 0.007 151 K 0.116 0.316 0.302 0.176 0.068 0.020 0.002 152 L 0.044 0.080 0.162 0.308 0.307 0.095 0.004 153 E 0.398 0.342 0.165 0.067 0.022 0.005 0.001 154 P 0.536 0.277 0.121 0.050 0.014 0.003 0.001 155 G 0.472 0.264 0.145 0.082 0.030 0.007 0.001 156 A 0.196 0.223 0.243 0.212 0.099 0.026 0.002 157 N 0.212 0.334 0.242 0.136 0.055 0.018 0.002 158 L 0.069 0.078 0.149 0.286 0.297 0.111 0.010 159 T 0.240 0.327 0.229 0.129 0.053 0.019 0.003 160 S 0.203 0.229 0.219 0.199 0.106 0.039 0.004 161 E 0.361 0.314 0.167 0.095 0.043 0.017 0.003 162 A 0.181 0.183 0.207 0.224 0.142 0.057 0.008 163 A 0.232 0.234 0.179 0.160 0.118 0.065 0.011 164 G 0.175 0.248 0.231 0.193 0.105 0.040 0.009 165 G 0.144 0.237 0.209 0.191 0.123 0.074 0.022 166 I 0.017 0.049 0.102 0.210 0.307 0.261 0.054 167 E 0.012 0.042 0.121 0.244 0.286 0.230 0.064 168 V 0.004 0.007 0.014 0.036 0.132 0.486 0.321 169 L 0.004 0.013 0.031 0.104 0.254 0.421 0.173 170 V 0.005 0.011 0.021 0.043 0.113 0.397 0.409 171 L 0.008 0.021 0.037 0.101 0.234 0.386 0.214 172 D 0.032 0.141 0.224 0.250 0.179 0.127 0.048 173 G 0.021 0.061 0.103 0.209 0.304 0.248 0.053 174 D 0.037 0.185 0.288 0.256 0.154 0.071 0.009 175 V 0.012 0.021 0.055 0.180 0.398 0.305 0.029 176 T 0.060 0.252 0.337 0.232 0.090 0.027 0.003 177 V 0.071 0.148 0.218 0.280 0.216 0.062 0.004 178 N 0.367 0.315 0.197 0.089 0.026 0.006 0.001 179 D 0.419 0.312 0.166 0.077 0.022 0.003 0.001 180 E 0.479 0.296 0.146 0.059 0.016 0.004 0.001 181 V 0.282 0.347 0.197 0.118 0.044 0.011 0.001 182 L 0.059 0.090 0.174 0.311 0.277 0.083 0.005 183 G 0.234 0.347 0.238 0.123 0.045 0.012 0.002 184 R 0.240 0.320 0.229 0.139 0.054 0.016 0.002 185 N 0.167 0.258 0.246 0.193 0.095 0.036 0.005 186 A 0.048 0.107 0.187 0.259 0.250 0.134 0.014 187 W 0.014 0.038 0.113 0.232 0.314 0.251 0.039 188 L 0.007 0.011 0.021 0.061 0.216 0.528 0.155 189 R 0.013 0.049 0.095 0.200 0.293 0.284 0.064 190 L 0.013 0.037 0.091 0.224 0.345 0.259 0.030 191 P 0.124 0.275 0.261 0.199 0.101 0.035 0.006 192 E 0.402 0.332 0.160 0.075 0.024 0.006 0.001 193 G 0.285 0.310 0.217 0.123 0.051 0.012 0.001 194 E 0.242 0.301 0.235 0.144 0.060 0.017 0.002 195 A 0.112 0.289 0.284 0.195 0.086 0.030 0.004 196 L 0.039 0.068 0.133 0.259 0.308 0.175 0.017 197 S 0.049 0.203 0.294 0.259 0.129 0.057 0.009 198 A 0.027 0.037 0.066 0.168 0.304 0.336 0.064 199 T 0.060 0.179 0.243 0.256 0.164 0.083 0.015 200 A 0.069 0.119 0.168 0.259 0.231 0.133 0.021 201 G 0.219 0.279 0.234 0.157 0.076 0.029 0.005 202 A 0.417 0.305 0.158 0.080 0.031 0.008 0.001 203 R 0.364 0.346 0.185 0.076 0.021 0.006 0.001 204 G 0.112 0.208 0.211 0.207 0.168 0.083 0.011 205 A 0.019 0.068 0.145 0.247 0.296 0.193 0.033 206 K 0.020 0.087 0.191 0.329 0.252 0.104 0.016 207 I 0.008 0.022 0.043 0.096 0.226 0.470 0.135 208 W 0.003 0.021 0.064 0.187 0.317 0.325 0.082 209 M 0.003 0.005 0.016 0.063 0.202 0.459 0.252 210 K 0.020 0.088 0.193 0.304 0.241 0.126 0.029 211 T 0.043 0.093 0.138 0.204 0.245 0.225 0.052 212 G 0.182 0.261 0.229 0.178 0.097 0.043 0.010 213 H 0.139 0.194 0.221 0.219 0.146 0.070 0.011 214 L 0.103 0.113 0.149 0.210 0.228 0.162 0.035 215 R 0.118 0.180 0.199 0.210 0.172 0.103 0.018 216 F 0.113 0.137 0.161 0.196 0.200 0.156 0.036 217 V 0.104 0.111 0.159 0.252 0.243 0.117 0.015 218 R 0.325 0.303 0.193 0.106 0.049 0.020 0.004 219 T 0.387 0.266 0.171 0.114 0.046 0.014 0.002 220 P 0.518 0.262 0.119 0.062 0.028 0.010 0.001 221 E 0.340 0.251 0.178 0.130 0.069 0.027 0.004 222 V 0.215 0.162 0.179 0.199 0.151 0.081 0.014