# TARGET T0581 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0581.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.4265 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.600 0.198 0.100 0.063 0.027 0.011 0.002 2 S 0.501 0.208 0.127 0.091 0.048 0.021 0.004 3 R 0.288 0.221 0.196 0.157 0.079 0.048 0.011 4 F 0.168 0.137 0.161 0.197 0.175 0.125 0.035 5 M 0.154 0.164 0.160 0.184 0.162 0.128 0.047 6 A 0.091 0.108 0.134 0.188 0.189 0.187 0.103 7 L 0.037 0.038 0.055 0.109 0.198 0.328 0.235 8 A 0.032 0.056 0.092 0.160 0.189 0.256 0.216 9 L 0.012 0.015 0.024 0.064 0.117 0.319 0.448 10 C 0.009 0.016 0.026 0.066 0.141 0.357 0.384 11 F 0.015 0.029 0.052 0.123 0.195 0.314 0.272 12 V 0.018 0.029 0.048 0.118 0.171 0.322 0.296 13 L 0.020 0.038 0.058 0.124 0.194 0.338 0.228 14 P 0.055 0.093 0.142 0.210 0.220 0.196 0.083 15 T 0.080 0.149 0.187 0.211 0.180 0.144 0.050 16 A 0.060 0.081 0.106 0.187 0.213 0.246 0.107 17 A 0.058 0.060 0.088 0.161 0.247 0.281 0.106 18 H 0.096 0.184 0.203 0.212 0.171 0.111 0.023 19 A 0.073 0.106 0.146 0.197 0.241 0.196 0.040 20 A 0.079 0.111 0.158 0.251 0.229 0.148 0.024 21 S 0.154 0.231 0.202 0.186 0.151 0.069 0.006 22 L 0.174 0.197 0.264 0.230 0.103 0.029 0.002 23 K 0.469 0.344 0.108 0.053 0.021 0.005 0.001 24 D 0.380 0.337 0.156 0.084 0.033 0.010 0.001 25 F 0.139 0.129 0.259 0.295 0.151 0.027 0.001 26 E 0.438 0.402 0.119 0.031 0.008 0.002 0.001 27 L 0.111 0.117 0.194 0.301 0.211 0.064 0.003 28 S 0.325 0.336 0.189 0.098 0.044 0.008 0.001 29 K 0.489 0.364 0.100 0.037 0.008 0.002 0.001 30 M 0.225 0.273 0.244 0.171 0.071 0.015 0.001 31 L 0.064 0.091 0.166 0.274 0.287 0.112 0.006 32 E 0.243 0.356 0.232 0.114 0.046 0.009 0.001 33 K 0.251 0.403 0.217 0.098 0.025 0.005 0.001 34 V 0.043 0.076 0.135 0.269 0.313 0.154 0.008 35 A 0.057 0.105 0.235 0.318 0.224 0.060 0.002 36 K 0.328 0.386 0.191 0.073 0.019 0.004 0.001 37 E 0.381 0.317 0.167 0.092 0.035 0.007 0.001 38 S 0.274 0.187 0.177 0.215 0.115 0.032 0.002 39 S 0.554 0.272 0.110 0.044 0.016 0.004 0.001 40 V 0.556 0.254 0.119 0.056 0.012 0.003 0.001 41 G 0.550 0.251 0.109 0.056 0.026 0.007 0.001 42 T 0.268 0.225 0.191 0.173 0.097 0.041 0.006 43 P 0.230 0.166 0.166 0.171 0.162 0.089 0.017 44 R 0.220 0.240 0.199 0.159 0.117 0.056 0.008 45 A 0.258 0.246 0.207 0.153 0.086 0.041 0.009 46 I 0.111 0.097 0.130 0.200 0.227 0.185 0.050 47 N 0.184 0.221 0.168 0.165 0.138 0.098 0.026 48 E 0.149 0.142 0.181 0.219 0.182 0.106 0.019 49 D 0.280 0.331 0.195 0.116 0.054 0.021 0.002 50 I 0.110 0.120 0.180 0.242 0.205 0.125 0.017 51 L 0.124 0.112 0.149 0.251 0.231 0.117 0.017 52 D 0.384 0.314 0.165 0.082 0.040 0.014 0.002 53 Q 0.313 0.301 0.184 0.133 0.050 0.017 0.002 54 G 0.379 0.341 0.149 0.082 0.037 0.012 0.001 55 Y 0.060 0.087 0.154 0.270 0.293 0.126 0.010 56 T 0.099 0.234 0.271 0.215 0.136 0.042 0.003 57 V 0.057 0.086 0.179 0.310 0.265 0.097 0.006 58 E 0.303 0.391 0.180 0.084 0.035 0.007 0.001 59 G 0.283 0.302 0.194 0.146 0.057 0.017 0.001 60 N 0.278 0.274 0.255 0.147 0.037 0.008 0.001 61 Q 0.182 0.332 0.264 0.161 0.048 0.013 0.001 62 L 0.029 0.043 0.088 0.193 0.322 0.280 0.045 63 I 0.038 0.072 0.146 0.254 0.272 0.190 0.027 64 N 0.125 0.282 0.239 0.180 0.106 0.059 0.009 65 H 0.035 0.071 0.129 0.221 0.278 0.215 0.051 66 L 0.012 0.024 0.042 0.078 0.241 0.482 0.120 67 S 0.059 0.182 0.259 0.261 0.156 0.072 0.012 68 V 0.036 0.074 0.141 0.272 0.288 0.169 0.020 69 R 0.156 0.268 0.235 0.178 0.128 0.035 0.001 70 A 0.428 0.348 0.135 0.063 0.021 0.005 0.001 71 S 0.490 0.344 0.108 0.044 0.012 0.002 0.001 72 H 0.216 0.304 0.248 0.166 0.053 0.012 0.001 73 A 0.085 0.105 0.232 0.310 0.220 0.047 0.001 74 E 0.518 0.373 0.080 0.022 0.007 0.001 0.001 75 R 0.292 0.335 0.221 0.119 0.027 0.005 0.001 76 M 0.091 0.081 0.142 0.227 0.324 0.129 0.006 77 R 0.262 0.329 0.258 0.114 0.033 0.005 0.001 78 S 0.466 0.344 0.119 0.054 0.015 0.003 0.001 79 N 0.312 0.280 0.205 0.136 0.054 0.012 0.001 80 P 0.322 0.219 0.197 0.168 0.075 0.018 0.001 81 D 0.653 0.268 0.058 0.015 0.005 0.001 0.001 82 S 0.235 0.301 0.247 0.161 0.043 0.011 0.001 83 V 0.073 0.080 0.115 0.201 0.317 0.192 0.022 84 R 0.063 0.169 0.247 0.286 0.158 0.072 0.005 85 S 0.173 0.246 0.202 0.173 0.131 0.067 0.008 86 Q 0.055 0.097 0.161 0.257 0.254 0.149 0.027 87 L 0.048 0.070 0.101 0.173 0.274 0.263 0.070 88 G 0.129 0.217 0.258 0.206 0.124 0.056 0.011 89 D 0.229 0.287 0.235 0.167 0.056 0.023 0.004 90 S 0.115 0.118 0.138 0.211 0.250 0.150 0.018 91 V 0.098 0.127 0.154 0.210 0.226 0.164 0.021 92 C 0.133 0.186 0.244 0.227 0.145 0.058 0.006 93 S 0.246 0.303 0.218 0.149 0.061 0.022 0.002 94 N 0.234 0.199 0.218 0.195 0.110 0.041 0.004 95 T 0.608 0.264 0.080 0.034 0.011 0.003 0.001 96 G 0.352 0.337 0.167 0.096 0.036 0.011 0.001 97 Y 0.065 0.090 0.110 0.204 0.289 0.203 0.038 98 R 0.032 0.102 0.200 0.302 0.236 0.117 0.010 99 Q 0.095 0.243 0.282 0.237 0.098 0.041 0.004 100 L 0.029 0.052 0.122 0.214 0.331 0.215 0.036 101 L 0.029 0.045 0.060 0.157 0.245 0.342 0.122 102 A 0.047 0.112 0.218 0.256 0.204 0.129 0.032 103 R 0.073 0.189 0.312 0.278 0.089 0.049 0.010 104 G 0.114 0.172 0.175 0.185 0.193 0.133 0.028 105 A 0.022 0.032 0.055 0.168 0.277 0.335 0.110 106 I 0.033 0.075 0.136 0.211 0.245 0.223 0.076 107 L 0.018 0.041 0.064 0.126 0.225 0.372 0.155 108 T 0.045 0.145 0.231 0.272 0.183 0.097 0.028 109 Y 0.018 0.041 0.073 0.165 0.293 0.336 0.074 110 S 0.054 0.174 0.230 0.256 0.182 0.090 0.014 111 F 0.029 0.037 0.068 0.187 0.297 0.322 0.059 112 T 0.152 0.248 0.205 0.175 0.142 0.069 0.010 113 E 0.168 0.230 0.216 0.202 0.116 0.060 0.008 114 Y 0.147 0.166 0.230 0.232 0.148 0.068 0.009 115 K 0.280 0.244 0.214 0.161 0.070 0.027 0.003 116 T 0.416 0.252 0.130 0.099 0.066 0.032 0.006 117 N 0.183 0.154 0.177 0.209 0.176 0.087 0.014 118 Q 0.262 0.297 0.192 0.127 0.081 0.038 0.004 119 P 0.197 0.261 0.225 0.169 0.103 0.041 0.005 120 V 0.086 0.108 0.171 0.250 0.243 0.123 0.018 121 A 0.092 0.146 0.199 0.227 0.218 0.108 0.009 122 T 0.232 0.293 0.245 0.159 0.056 0.014 0.001 123 E 0.494 0.360 0.093 0.039 0.012 0.002 0.001 124 R 0.168 0.327 0.260 0.177 0.056 0.012 0.001 125 F 0.068 0.068 0.183 0.324 0.288 0.067 0.002 126 D 0.451 0.420 0.093 0.026 0.008 0.001 0.001 127 A 0.526 0.320 0.108 0.038 0.007 0.001 0.001 128 G 0.334 0.263 0.195 0.146 0.055 0.008 0.001 129 S 0.430 0.371 0.137 0.048 0.012 0.002 0.001 130 C 0.166 0.139 0.254 0.277 0.140 0.022 0.001 131 R 0.419 0.367 0.157 0.044 0.011 0.002 0.001 132 I 0.331 0.217 0.219 0.172 0.053 0.008 0.001 133 Q 0.796 0.176 0.021 0.005 0.001 0.001 0.001 134 G 0.755 0.179 0.044 0.018 0.003 0.001 0.001 135 K 0.804 0.143 0.038 0.012 0.003 0.001 0.001 136 K 0.780 0.178 0.031 0.009 0.002 0.001 0.001