# TARGET T0581 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0581.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.16805 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.014 0.202 0.021 0.037 0.440 0.003 0.001 0.021 0.075 0.052 0.070 0.048 2 S 0.020 0.008 0.195 0.021 0.040 0.446 0.004 0.003 0.020 0.047 0.065 0.022 0.108 3 R 0.023 0.006 0.069 0.025 0.045 0.609 0.005 0.003 0.017 0.047 0.043 0.071 0.037 4 F 0.041 0.006 0.059 0.009 0.032 0.518 0.010 0.008 0.034 0.036 0.044 0.031 0.172 5 M 0.048 0.009 0.107 0.027 0.028 0.559 0.008 0.007 0.024 0.036 0.045 0.048 0.056 6 A 0.017 0.004 0.115 0.009 0.011 0.714 0.003 0.002 0.019 0.036 0.016 0.020 0.036 7 L 0.004 0.001 0.029 0.006 0.011 0.899 0.001 0.001 0.003 0.015 0.017 0.005 0.009 8 A 0.007 0.001 0.012 0.005 0.028 0.906 0.001 0.001 0.003 0.008 0.016 0.004 0.007 9 L 0.009 0.001 0.006 0.002 0.027 0.920 0.002 0.003 0.003 0.004 0.014 0.002 0.008 10 C 0.006 0.001 0.004 0.002 0.024 0.912 0.001 0.001 0.001 0.003 0.040 0.002 0.002 11 F 0.009 0.001 0.012 0.001 0.026 0.815 0.002 0.001 0.003 0.009 0.111 0.005 0.004 12 V 0.009 0.004 0.030 0.003 0.028 0.790 0.002 0.001 0.003 0.030 0.087 0.002 0.012 13 L 0.004 0.007 0.357 0.002 0.006 0.341 0.001 0.001 0.009 0.207 0.039 0.018 0.010 14 P 0.001 0.004 0.449 0.002 0.019 0.301 0.001 0.001 0.006 0.070 0.131 0.002 0.013 15 T 0.001 0.004 0.119 0.002 0.078 0.607 0.001 0.001 0.003 0.058 0.122 0.004 0.002 16 A 0.001 0.002 0.060 0.001 0.108 0.717 0.001 0.001 0.004 0.037 0.062 0.001 0.005 17 A 0.002 0.004 0.038 0.002 0.221 0.638 0.001 0.001 0.004 0.022 0.057 0.003 0.006 18 H 0.004 0.006 0.068 0.004 0.201 0.547 0.001 0.001 0.008 0.033 0.111 0.005 0.011 19 A 0.005 0.009 0.073 0.003 0.214 0.472 0.001 0.001 0.007 0.039 0.159 0.005 0.013 20 A 0.005 0.017 0.190 0.004 0.100 0.375 0.001 0.001 0.013 0.120 0.138 0.018 0.019 21 S 0.002 0.014 0.430 0.002 0.035 0.268 0.001 0.001 0.005 0.131 0.089 0.005 0.019 22 L 0.001 0.003 0.088 0.001 0.041 0.781 0.001 0.001 0.001 0.042 0.039 0.002 0.002 23 K 0.001 0.001 0.025 0.001 0.072 0.804 0.001 0.001 0.001 0.013 0.081 0.001 0.001 24 D 0.001 0.001 0.013 0.001 0.100 0.841 0.001 0.001 0.001 0.006 0.036 0.001 0.001 25 F 0.001 0.001 0.016 0.001 0.022 0.937 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.001 0.001 26 E 0.001 0.003 0.025 0.001 0.039 0.883 0.001 0.001 0.001 0.008 0.036 0.001 0.003 27 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.029 0.941 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.001 0.001 28 S 0.001 0.001 0.004 0.001 0.015 0.961 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.001 0.001 29 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.010 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 30 M 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 33 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 34 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 35 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 36 K 0.001 0.001 0.008 0.001 0.010 0.902 0.001 0.001 0.001 0.004 0.072 0.001 0.001 37 E 0.001 0.002 0.039 0.001 0.016 0.753 0.001 0.001 0.001 0.026 0.157 0.001 0.004 38 S 0.001 0.004 0.202 0.001 0.030 0.346 0.001 0.001 0.003 0.094 0.307 0.005 0.006 39 S 0.001 0.004 0.281 0.001 0.025 0.088 0.001 0.001 0.007 0.154 0.425 0.006 0.007 40 V 0.001 0.006 0.234 0.001 0.026 0.049 0.001 0.001 0.006 0.174 0.494 0.004 0.006 41 G 0.001 0.008 0.176 0.001 0.006 0.016 0.001 0.001 0.004 0.422 0.358 0.004 0.002 42 T 0.001 0.020 0.664 0.001 0.006 0.018 0.001 0.001 0.007 0.238 0.031 0.005 0.009 43 P 0.002 0.024 0.388 0.004 0.095 0.224 0.001 0.001 0.009 0.100 0.122 0.005 0.027 44 R 0.003 0.020 0.147 0.007 0.222 0.292 0.001 0.001 0.009 0.084 0.184 0.020 0.009 45 A 0.007 0.027 0.224 0.004 0.246 0.228 0.002 0.002 0.013 0.066 0.112 0.011 0.057 46 I 0.011 0.051 0.321 0.007 0.117 0.220 0.003 0.001 0.016 0.115 0.071 0.034 0.033 47 N 0.003 0.017 0.551 0.003 0.053 0.143 0.001 0.001 0.006 0.130 0.054 0.009 0.031 48 E 0.001 0.004 0.060 0.002 0.173 0.642 0.001 0.001 0.001 0.039 0.071 0.002 0.004 49 D 0.001 0.004 0.038 0.002 0.243 0.526 0.001 0.001 0.001 0.029 0.146 0.004 0.004 50 I 0.002 0.004 0.062 0.001 0.247 0.557 0.001 0.001 0.002 0.020 0.087 0.002 0.015 51 L 0.003 0.007 0.067 0.007 0.189 0.542 0.001 0.001 0.002 0.030 0.138 0.007 0.006 52 D 0.006 0.008 0.068 0.008 0.206 0.327 0.001 0.001 0.002 0.055 0.299 0.008 0.012 53 Q 0.006 0.005 0.060 0.013 0.161 0.264 0.001 0.001 0.004 0.062 0.398 0.007 0.019 54 G 0.018 0.007 0.211 0.016 0.039 0.104 0.003 0.002 0.016 0.212 0.279 0.033 0.059 55 Y 0.056 0.014 0.334 0.008 0.012 0.053 0.010 0.008 0.051 0.081 0.053 0.218 0.102 56 T 0.128 0.039 0.165 0.011 0.009 0.059 0.030 0.025 0.079 0.045 0.033 0.111 0.266 57 V 0.072 0.024 0.224 0.027 0.013 0.069 0.023 0.026 0.110 0.079 0.043 0.172 0.119 58 E 0.018 0.014 0.190 0.053 0.017 0.056 0.008 0.006 0.039 0.146 0.315 0.038 0.100 59 G 0.013 0.010 0.220 0.022 0.025 0.033 0.004 0.002 0.015 0.241 0.305 0.037 0.074 60 N 0.026 0.009 0.246 0.040 0.046 0.059 0.004 0.004 0.012 0.254 0.142 0.079 0.080 61 Q 0.113 0.018 0.115 0.017 0.078 0.115 0.021 0.014 0.038 0.088 0.090 0.113 0.180 62 L 0.149 0.029 0.091 0.027 0.072 0.123 0.050 0.036 0.053 0.041 0.076 0.045 0.208 63 I 0.173 0.016 0.147 0.104 0.057 0.099 0.037 0.019 0.034 0.060 0.057 0.117 0.080 64 N 0.094 0.010 0.196 0.071 0.042 0.081 0.014 0.007 0.028 0.123 0.088 0.115 0.131 65 H 0.090 0.012 0.133 0.037 0.063 0.158 0.021 0.009 0.033 0.095 0.146 0.048 0.155 66 L 0.091 0.014 0.218 0.030 0.047 0.131 0.027 0.013 0.061 0.097 0.072 0.104 0.097 67 S 0.053 0.018 0.292 0.017 0.034 0.136 0.016 0.012 0.053 0.098 0.055 0.101 0.115 68 V 0.034 0.032 0.262 0.010 0.044 0.197 0.011 0.011 0.051 0.099 0.083 0.055 0.109 69 R 0.011 0.024 0.365 0.010 0.046 0.231 0.003 0.003 0.025 0.128 0.087 0.026 0.041 70 A 0.002 0.011 0.175 0.003 0.055 0.525 0.001 0.001 0.008 0.094 0.099 0.007 0.020 71 S 0.001 0.007 0.155 0.003 0.047 0.513 0.001 0.001 0.003 0.103 0.153 0.007 0.007 72 H 0.001 0.003 0.094 0.001 0.050 0.796 0.001 0.001 0.001 0.023 0.027 0.001 0.004 73 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.032 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 74 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.088 0.882 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 75 R 0.001 0.001 0.007 0.001 0.112 0.809 0.001 0.001 0.001 0.003 0.066 0.001 0.002 76 M 0.001 0.002 0.023 0.001 0.066 0.794 0.001 0.001 0.001 0.012 0.099 0.001 0.002 77 R 0.001 0.004 0.055 0.001 0.057 0.611 0.001 0.001 0.001 0.021 0.246 0.002 0.002 78 S 0.001 0.019 0.081 0.001 0.050 0.476 0.001 0.001 0.001 0.112 0.247 0.003 0.009 79 N 0.001 0.004 0.607 0.001 0.005 0.108 0.001 0.001 0.001 0.239 0.032 0.002 0.003 80 P 0.001 0.001 0.091 0.001 0.055 0.709 0.001 0.001 0.001 0.024 0.118 0.001 0.001 81 D 0.001 0.001 0.017 0.001 0.094 0.715 0.001 0.001 0.001 0.013 0.158 0.001 0.001 82 S 0.001 0.001 0.022 0.001 0.073 0.876 0.001 0.001 0.001 0.009 0.014 0.001 0.002 83 V 0.001 0.002 0.014 0.001 0.023 0.933 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.001 0.004 84 R 0.003 0.004 0.017 0.002 0.034 0.874 0.001 0.001 0.001 0.005 0.049 0.003 0.005 85 S 0.003 0.003 0.017 0.003 0.058 0.818 0.001 0.001 0.001 0.007 0.080 0.003 0.006 86 Q 0.007 0.003 0.028 0.003 0.054 0.762 0.001 0.001 0.003 0.023 0.089 0.008 0.019 87 L 0.009 0.008 0.150 0.007 0.030 0.421 0.001 0.001 0.007 0.074 0.231 0.014 0.047 88 G 0.005 0.006 0.311 0.011 0.020 0.163 0.001 0.001 0.011 0.130 0.287 0.037 0.016 89 D 0.004 0.006 0.248 0.008 0.030 0.184 0.001 0.001 0.011 0.202 0.259 0.016 0.029 90 S 0.010 0.012 0.233 0.007 0.045 0.237 0.002 0.004 0.019 0.174 0.178 0.041 0.037 91 V 0.034 0.029 0.193 0.008 0.054 0.246 0.011 0.014 0.042 0.098 0.111 0.049 0.112 92 C 0.033 0.055 0.291 0.011 0.035 0.154 0.014 0.014 0.041 0.085 0.098 0.074 0.095 93 S 0.014 0.030 0.329 0.012 0.032 0.105 0.004 0.005 0.014 0.134 0.189 0.061 0.071 94 N 0.004 0.011 0.203 0.008 0.026 0.115 0.001 0.001 0.004 0.239 0.332 0.017 0.039 95 T 0.002 0.004 0.132 0.005 0.021 0.182 0.001 0.001 0.001 0.241 0.396 0.007 0.010 96 G 0.003 0.005 0.185 0.002 0.018 0.486 0.001 0.001 0.001 0.151 0.124 0.011 0.013 97 Y 0.002 0.002 0.051 0.001 0.014 0.893 0.001 0.001 0.001 0.014 0.010 0.003 0.010 98 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 99 Q 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 100 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 101 L 0.002 0.001 0.005 0.001 0.019 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.002 102 A 0.009 0.001 0.019 0.003 0.055 0.800 0.001 0.001 0.001 0.015 0.076 0.007 0.016 103 R 0.005 0.001 0.019 0.007 0.039 0.228 0.001 0.001 0.001 0.046 0.631 0.005 0.018 104 G 0.004 0.001 0.089 0.003 0.004 0.021 0.001 0.001 0.002 0.129 0.729 0.009 0.009 105 A 0.041 0.004 0.520 0.009 0.005 0.029 0.002 0.001 0.020 0.119 0.044 0.133 0.072 106 I 0.262 0.005 0.071 0.013 0.004 0.037 0.040 0.017 0.054 0.029 0.015 0.099 0.353 107 L 0.472 0.003 0.024 0.049 0.004 0.036 0.085 0.037 0.033 0.011 0.006 0.142 0.098 108 T 0.532 0.002 0.022 0.055 0.004 0.025 0.081 0.023 0.024 0.004 0.010 0.055 0.162 109 Y 0.455 0.002 0.038 0.025 0.004 0.011 0.053 0.011 0.033 0.008 0.007 0.225 0.130 110 S 0.353 0.004 0.064 0.028 0.005 0.014 0.032 0.005 0.043 0.013 0.013 0.190 0.236 111 F 0.270 0.007 0.127 0.027 0.008 0.018 0.014 0.003 0.035 0.023 0.015 0.144 0.309 112 T 0.133 0.007 0.141 0.111 0.012 0.035 0.010 0.002 0.031 0.060 0.033 0.283 0.144 113 E 0.128 0.011 0.080 0.012 0.025 0.070 0.010 0.002 0.018 0.037 0.051 0.094 0.463 114 Y 0.125 0.020 0.130 0.020 0.045 0.076 0.009 0.003 0.015 0.039 0.059 0.168 0.291 115 K 0.075 0.014 0.173 0.020 0.048 0.068 0.006 0.002 0.016 0.062 0.065 0.260 0.191 116 T 0.018 0.013 0.272 0.019 0.044 0.068 0.003 0.001 0.010 0.127 0.185 0.075 0.166 117 N 0.010 0.013 0.243 0.024 0.030 0.059 0.002 0.001 0.004 0.203 0.316 0.035 0.060 118 Q 0.011 0.016 0.452 0.007 0.012 0.068 0.001 0.001 0.006 0.214 0.058 0.104 0.050 119 P 0.015 0.020 0.462 0.006 0.019 0.138 0.002 0.001 0.006 0.066 0.049 0.032 0.183 120 V 0.024 0.025 0.297 0.019 0.044 0.274 0.004 0.002 0.011 0.059 0.065 0.109 0.069 121 A 0.030 0.017 0.244 0.024 0.060 0.337 0.005 0.001 0.011 0.045 0.055 0.038 0.133 122 T 0.035 0.010 0.127 0.023 0.124 0.444 0.004 0.001 0.008 0.037 0.057 0.052 0.079 123 E 0.031 0.008 0.080 0.014 0.091 0.476 0.003 0.001 0.010 0.040 0.118 0.059 0.068 124 R 0.025 0.013 0.117 0.007 0.073 0.462 0.003 0.001 0.008 0.039 0.130 0.024 0.098 125 F 0.016 0.012 0.197 0.012 0.054 0.426 0.003 0.001 0.010 0.071 0.090 0.060 0.047 126 D 0.011 0.013 0.230 0.008 0.048 0.370 0.001 0.001 0.008 0.085 0.117 0.049 0.058 127 A 0.007 0.011 0.117 0.007 0.092 0.482 0.001 0.001 0.004 0.059 0.169 0.010 0.041 128 G 0.005 0.007 0.141 0.011 0.085 0.411 0.001 0.001 0.005 0.104 0.192 0.023 0.014 129 S 0.007 0.011 0.218 0.007 0.102 0.298 0.001 0.001 0.006 0.105 0.171 0.019 0.052 130 C 0.011 0.022 0.304 0.010 0.112 0.257 0.002 0.001 0.008 0.092 0.095 0.035 0.049 131 R 0.010 0.021 0.297 0.009 0.111 0.257 0.002 0.001 0.009 0.080 0.130 0.033 0.040 132 I 0.006 0.015 0.305 0.006 0.088 0.204 0.001 0.001 0.007 0.086 0.228 0.017 0.035 133 Q 0.002 0.011 0.318 0.007 0.055 0.109 0.001 0.001 0.005 0.113 0.348 0.015 0.015 134 G 0.002 0.015 0.446 0.003 0.021 0.036 0.001 0.001 0.006 0.222 0.216 0.014 0.017 135 K 0.001 0.018 0.781 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.009 0.120 0.021 0.015 0.018 136 K 0.001 0.017 0.824 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 0.014 0.079 0.019 0.010 0.021