# TARGET T0581 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0581.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.16805 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.036 0.297 0.007 0.027 0.026 0.047 0.083 0.007 0.002 0.092 0.374 2 S 0.031 0.409 0.003 0.030 0.029 0.049 0.065 0.007 0.001 0.054 0.322 3 R 0.037 0.321 0.004 0.036 0.044 0.062 0.068 0.004 0.001 0.098 0.324 4 F 0.025 0.320 0.008 0.054 0.075 0.080 0.071 0.004 0.001 0.082 0.279 5 M 0.046 0.449 0.008 0.045 0.044 0.066 0.054 0.010 0.002 0.052 0.224 6 A 0.132 0.355 0.015 0.031 0.040 0.041 0.058 0.017 0.004 0.087 0.219 7 L 0.127 0.266 0.011 0.047 0.051 0.069 0.076 0.013 0.003 0.085 0.253 8 A 0.102 0.143 0.013 0.063 0.025 0.064 0.094 0.012 0.003 0.098 0.384 9 L 0.077 0.085 0.013 0.105 0.053 0.110 0.083 0.014 0.003 0.090 0.366 10 C 0.073 0.026 0.003 0.065 0.041 0.058 0.084 0.004 0.001 0.118 0.527 11 F 0.013 0.023 0.003 0.121 0.075 0.085 0.104 0.001 0.001 0.071 0.503 12 V 0.013 0.113 0.002 0.068 0.029 0.046 0.088 0.003 0.001 0.077 0.559 13 L 0.072 0.409 0.004 0.015 0.023 0.018 0.071 0.016 0.001 0.069 0.305 14 P 0.059 0.634 0.002 0.011 0.010 0.009 0.044 0.010 0.001 0.056 0.163 15 T 0.033 0.787 0.004 0.009 0.006 0.012 0.021 0.006 0.001 0.030 0.093 16 A 0.067 0.776 0.003 0.008 0.006 0.012 0.018 0.012 0.001 0.020 0.077 17 A 0.065 0.348 0.015 0.024 0.014 0.035 0.045 0.009 0.004 0.272 0.169 18 H 0.086 0.328 0.010 0.029 0.024 0.031 0.063 0.007 0.002 0.140 0.280 19 A 0.108 0.277 0.007 0.016 0.015 0.021 0.076 0.009 0.001 0.041 0.429 20 A 0.028 0.219 0.011 0.032 0.018 0.024 0.087 0.005 0.003 0.034 0.539 21 S 0.086 0.657 0.003 0.009 0.004 0.009 0.036 0.010 0.001 0.017 0.169 22 L 0.097 0.613 0.005 0.005 0.005 0.004 0.036 0.009 0.001 0.029 0.197 23 K 0.048 0.803 0.004 0.004 0.004 0.004 0.015 0.006 0.001 0.014 0.099 24 D 0.076 0.439 0.002 0.009 0.002 0.008 0.043 0.005 0.001 0.213 0.203 25 F 0.013 0.689 0.006 0.013 0.010 0.010 0.038 0.002 0.001 0.068 0.150 26 E 0.026 0.830 0.002 0.004 0.004 0.003 0.010 0.004 0.001 0.020 0.097 27 L 0.013 0.929 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.012 0.031 28 S 0.013 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.024 0.025 29 K 0.008 0.912 0.003 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.028 0.039 30 M 0.006 0.916 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.042 0.023 31 L 0.010 0.941 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.023 0.010 32 E 0.009 0.935 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.018 0.024 33 K 0.024 0.851 0.007 0.003 0.004 0.006 0.010 0.004 0.001 0.027 0.062 34 V 0.075 0.361 0.027 0.009 0.006 0.010 0.062 0.020 0.005 0.308 0.118 35 A 0.026 0.056 0.065 0.021 0.009 0.020 0.121 0.014 0.044 0.491 0.132 36 K 0.154 0.030 0.004 0.008 0.010 0.015 0.080 0.007 0.003 0.047 0.645 37 E 0.033 0.010 0.007 0.008 0.006 0.010 0.096 0.004 0.002 0.033 0.789 38 S 0.066 0.005 0.003 0.013 0.007 0.012 0.150 0.004 0.001 0.027 0.712 39 S 0.165 0.004 0.001 0.007 0.003 0.010 0.092 0.003 0.001 0.048 0.665 40 V 0.003 0.002 0.001 0.007 0.005 0.007 0.091 0.001 0.001 0.006 0.878 41 G 0.015 0.014 0.001 0.031 0.013 0.018 0.117 0.001 0.001 0.021 0.769 42 T 0.113 0.137 0.002 0.026 0.048 0.027 0.124 0.012 0.001 0.068 0.443 43 P 0.078 0.117 0.002 0.035 0.012 0.023 0.113 0.010 0.001 0.121 0.488 44 R 0.062 0.138 0.003 0.034 0.036 0.059 0.083 0.004 0.001 0.088 0.492 45 A 0.033 0.079 0.004 0.039 0.052 0.090 0.125 0.003 0.001 0.062 0.513 46 I 0.011 0.221 0.005 0.037 0.037 0.023 0.089 0.004 0.001 0.059 0.514 47 N 0.067 0.863 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.024 0.001 0.015 0.020 48 E 0.070 0.737 0.003 0.002 0.004 0.003 0.027 0.011 0.001 0.050 0.093 49 D 0.047 0.667 0.020 0.004 0.007 0.007 0.023 0.007 0.004 0.079 0.134 50 I 0.203 0.159 0.120 0.013 0.009 0.016 0.067 0.029 0.024 0.176 0.185 51 L 0.461 0.064 0.018 0.016 0.010 0.017 0.093 0.025 0.008 0.103 0.186 52 D 0.069 0.018 0.002 0.012 0.006 0.016 0.070 0.004 0.001 0.033 0.768 53 Q 0.019 0.018 0.002 0.054 0.012 0.032 0.173 0.001 0.001 0.020 0.669 54 G 0.023 0.018 0.002 0.037 0.035 0.106 0.152 0.006 0.001 0.087 0.534 55 Y 0.011 0.014 0.001 0.093 0.130 0.156 0.120 0.002 0.001 0.044 0.429 56 T 0.034 0.035 0.002 0.156 0.049 0.090 0.089 0.002 0.001 0.116 0.428 57 V 0.051 0.048 0.002 0.146 0.048 0.069 0.133 0.004 0.001 0.060 0.439 58 E 0.087 0.126 0.002 0.054 0.023 0.025 0.084 0.007 0.001 0.063 0.527 59 G 0.103 0.331 0.001 0.015 0.009 0.027 0.078 0.015 0.001 0.027 0.393 60 N 0.040 0.147 0.002 0.021 0.041 0.062 0.092 0.003 0.001 0.265 0.325 61 Q 0.033 0.174 0.008 0.035 0.116 0.154 0.069 0.003 0.002 0.144 0.263 62 L 0.091 0.165 0.006 0.028 0.074 0.095 0.089 0.021 0.001 0.060 0.370 63 I 0.059 0.071 0.013 0.040 0.079 0.125 0.101 0.005 0.004 0.117 0.386 64 N 0.039 0.103 0.004 0.071 0.083 0.209 0.098 0.003 0.001 0.064 0.324 65 H 0.043 0.099 0.003 0.053 0.039 0.113 0.126 0.007 0.001 0.104 0.412 66 L 0.018 0.093 0.004 0.127 0.159 0.225 0.078 0.005 0.001 0.058 0.231 67 S 0.018 0.088 0.003 0.065 0.080 0.155 0.083 0.002 0.001 0.199 0.305 68 V 0.014 0.149 0.005 0.056 0.072 0.060 0.086 0.004 0.001 0.210 0.344 69 R 0.107 0.585 0.003 0.018 0.014 0.015 0.031 0.017 0.001 0.045 0.165 70 A 0.066 0.510 0.002 0.011 0.006 0.015 0.050 0.005 0.001 0.025 0.310 71 S 0.014 0.562 0.006 0.016 0.011 0.010 0.042 0.003 0.001 0.023 0.311 72 H 0.044 0.882 0.002 0.002 0.002 0.003 0.006 0.013 0.001 0.016 0.030 73 A 0.084 0.863 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.001 0.009 0.017 74 E 0.085 0.324 0.013 0.003 0.005 0.005 0.021 0.004 0.002 0.380 0.157 75 R 0.075 0.175 0.040 0.008 0.006 0.015 0.066 0.015 0.007 0.332 0.261 76 M 0.464 0.044 0.006 0.006 0.006 0.007 0.056 0.018 0.001 0.049 0.344 77 R 0.027 0.018 0.003 0.009 0.008 0.015 0.099 0.001 0.001 0.019 0.800 78 S 0.002 0.021 0.001 0.009 0.002 0.003 0.084 0.001 0.001 0.005 0.872 79 N 0.245 0.497 0.003 0.002 0.002 0.002 0.037 0.033 0.001 0.090 0.089 80 P 0.076 0.771 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.019 0.001 0.016 0.092 81 D 0.023 0.266 0.003 0.005 0.003 0.007 0.040 0.001 0.001 0.447 0.204 82 S 0.029 0.481 0.003 0.022 0.011 0.028 0.053 0.005 0.001 0.205 0.162 83 V 0.084 0.582 0.010 0.016 0.015 0.012 0.040 0.026 0.002 0.042 0.170 84 R 0.097 0.277 0.016 0.048 0.022 0.051 0.040 0.010 0.008 0.088 0.342 85 S 0.099 0.123 0.005 0.021 0.023 0.035 0.095 0.004 0.002 0.074 0.520 86 Q 0.077 0.077 0.011 0.057 0.027 0.056 0.126 0.008 0.002 0.133 0.426 87 L 0.058 0.074 0.009 0.039 0.021 0.037 0.164 0.009 0.002 0.120 0.467 88 G 0.072 0.101 0.004 0.025 0.023 0.039 0.135 0.012 0.001 0.064 0.522 89 D 0.060 0.062 0.003 0.035 0.048 0.064 0.126 0.007 0.001 0.102 0.491 90 S 0.031 0.037 0.004 0.070 0.051 0.137 0.125 0.006 0.002 0.164 0.374 91 V 0.049 0.027 0.003 0.064 0.046 0.078 0.148 0.004 0.002 0.147 0.433 92 C 0.035 0.044 0.007 0.090 0.051 0.081 0.157 0.004 0.003 0.116 0.410 93 S 0.067 0.128 0.002 0.022 0.016 0.026 0.096 0.006 0.001 0.074 0.561 94 N 0.124 0.412 0.001 0.007 0.005 0.010 0.064 0.008 0.001 0.055 0.314 95 T 0.019 0.451 0.002 0.011 0.012 0.016 0.080 0.002 0.001 0.094 0.312 96 G 0.007 0.838 0.001 0.005 0.007 0.015 0.017 0.002 0.001 0.027 0.080 97 Y 0.028 0.880 0.001 0.002 0.009 0.006 0.010 0.007 0.001 0.015 0.042 98 R 0.023 0.773 0.004 0.012 0.016 0.028 0.018 0.003 0.001 0.049 0.074 99 Q 0.042 0.670 0.005 0.010 0.013 0.028 0.026 0.003 0.002 0.093 0.107 100 L 0.066 0.175 0.219 0.025 0.029 0.032 0.059 0.014 0.049 0.180 0.151 101 L 0.400 0.077 0.014 0.019 0.029 0.047 0.067 0.014 0.006 0.092 0.234 102 A 0.131 0.029 0.004 0.011 0.014 0.021 0.072 0.004 0.001 0.029 0.684 103 R 0.011 0.019 0.003 0.050 0.033 0.078 0.145 0.002 0.001 0.022 0.637 104 G 0.011 0.010 0.002 0.046 0.033 0.198 0.126 0.003 0.001 0.110 0.460 105 A 0.003 0.004 0.001 0.051 0.372 0.312 0.045 0.001 0.001 0.034 0.176 106 I 0.006 0.004 0.001 0.226 0.141 0.201 0.034 0.001 0.001 0.089 0.297 107 L 0.003 0.003 0.001 0.111 0.334 0.355 0.020 0.001 0.001 0.047 0.126 108 T 0.005 0.004 0.001 0.144 0.195 0.315 0.027 0.001 0.001 0.106 0.202 109 Y 0.004 0.004 0.001 0.092 0.333 0.311 0.029 0.001 0.001 0.047 0.179 110 S 0.009 0.006 0.001 0.076 0.289 0.314 0.034 0.002 0.001 0.063 0.205 111 F 0.022 0.010 0.002 0.064 0.232 0.271 0.061 0.004 0.001 0.053 0.281 112 T 0.040 0.009 0.002 0.066 0.121 0.184 0.086 0.004 0.001 0.164 0.323 113 E 0.019 0.010 0.004 0.034 0.066 0.154 0.109 0.003 0.002 0.122 0.476 114 Y 0.097 0.009 0.002 0.031 0.035 0.050 0.100 0.005 0.001 0.064 0.606 115 K 0.079 0.009 0.002 0.037 0.053 0.074 0.128 0.003 0.001 0.063 0.551 116 T 0.004 0.020 0.001 0.024 0.018 0.032 0.099 0.001 0.001 0.018 0.782 117 N 0.127 0.270 0.002 0.013 0.024 0.036 0.061 0.019 0.001 0.078 0.371 118 Q 0.055 0.119 0.002 0.013 0.048 0.022 0.102 0.006 0.001 0.385 0.248 119 P 0.029 0.263 0.005 0.024 0.023 0.045 0.104 0.003 0.001 0.119 0.384 120 V 0.069 0.269 0.006 0.021 0.042 0.049 0.093 0.009 0.001 0.078 0.363 121 A 0.084 0.468 0.010 0.025 0.023 0.048 0.063 0.016 0.003 0.052 0.208 122 T 0.121 0.427 0.004 0.011 0.020 0.030 0.048 0.014 0.001 0.056 0.268 123 E 0.060 0.377 0.008 0.022 0.028 0.039 0.059 0.007 0.001 0.038 0.362 124 R 0.074 0.325 0.009 0.034 0.032 0.061 0.077 0.012 0.002 0.059 0.315 125 F 0.076 0.073 0.032 0.035 0.033 0.042 0.135 0.008 0.012 0.146 0.407 126 D 0.182 0.090 0.007 0.030 0.043 0.056 0.095 0.015 0.004 0.058 0.420 127 A 0.160 0.060 0.003 0.015 0.012 0.024 0.069 0.007 0.001 0.041 0.610 128 G 0.066 0.064 0.005 0.036 0.046 0.066 0.121 0.006 0.001 0.044 0.543 129 S 0.038 0.043 0.001 0.023 0.018 0.055 0.098 0.005 0.001 0.044 0.673 130 C 0.026 0.014 0.017 0.040 0.113 0.091 0.095 0.005 0.011 0.063 0.525 131 R 0.183 0.012 0.002 0.041 0.037 0.052 0.078 0.006 0.002 0.046 0.540 132 I 0.315 0.005 0.001 0.016 0.010 0.013 0.064 0.005 0.001 0.040 0.531 133 Q 0.052 0.003 0.001 0.032 0.006 0.012 0.097 0.001 0.001 0.022 0.775 134 G 0.014 0.002 0.001 0.010 0.003 0.011 0.078 0.001 0.001 0.021 0.860 135 K 0.020 0.003 0.001 0.015 0.038 0.017 0.115 0.001 0.001 0.024 0.766 136 K 0.039 0.008 0.001 0.058 0.036 0.031 0.120 0.002 0.001 0.048 0.657