# TARGET T0581 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0581.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.16805 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.168 0.070 0.048 0.105 0.104 0.103 0.143 0.099 0.081 0.049 0.031 2 S 0.049 0.050 0.056 0.119 0.130 0.121 0.156 0.103 0.103 0.071 0.041 3 R 0.020 0.033 0.058 0.112 0.107 0.132 0.193 0.122 0.112 0.067 0.045 4 F 0.012 0.018 0.041 0.063 0.072 0.101 0.190 0.150 0.155 0.115 0.082 5 M 0.007 0.014 0.035 0.056 0.061 0.089 0.161 0.142 0.179 0.143 0.114 6 A 0.004 0.006 0.020 0.024 0.030 0.052 0.125 0.157 0.218 0.192 0.173 7 L 0.004 0.008 0.031 0.045 0.057 0.107 0.193 0.163 0.167 0.139 0.086 8 A 0.003 0.007 0.028 0.035 0.044 0.078 0.153 0.174 0.193 0.167 0.117 9 L 0.001 0.002 0.010 0.011 0.013 0.026 0.081 0.152 0.230 0.250 0.225 10 C 0.002 0.004 0.017 0.016 0.018 0.033 0.092 0.132 0.224 0.236 0.226 11 F 0.002 0.005 0.020 0.018 0.021 0.053 0.132 0.169 0.214 0.200 0.165 12 V 0.005 0.009 0.032 0.034 0.037 0.072 0.160 0.164 0.183 0.178 0.127 13 L 0.003 0.004 0.011 0.013 0.016 0.031 0.096 0.170 0.217 0.242 0.197 14 P 0.033 0.051 0.071 0.120 0.121 0.127 0.154 0.107 0.093 0.081 0.041 15 T 0.031 0.035 0.057 0.077 0.084 0.115 0.179 0.129 0.123 0.108 0.062 16 A 0.023 0.030 0.045 0.079 0.079 0.092 0.145 0.124 0.149 0.137 0.097 17 A 0.010 0.012 0.026 0.037 0.038 0.065 0.128 0.136 0.197 0.204 0.147 18 H 0.027 0.057 0.114 0.181 0.169 0.125 0.134 0.073 0.056 0.042 0.020 19 A 0.011 0.021 0.054 0.068 0.062 0.087 0.172 0.133 0.165 0.135 0.091 20 A 0.019 0.023 0.058 0.070 0.079 0.087 0.180 0.149 0.146 0.119 0.071 21 S 0.037 0.100 0.167 0.160 0.137 0.098 0.136 0.067 0.046 0.038 0.013 22 L 0.043 0.052 0.093 0.122 0.120 0.157 0.183 0.101 0.063 0.046 0.020 23 K 0.404 0.198 0.175 0.118 0.046 0.022 0.019 0.009 0.005 0.003 0.001 24 D 0.240 0.185 0.095 0.188 0.122 0.074 0.059 0.020 0.010 0.005 0.002 25 F 0.121 0.043 0.070 0.081 0.103 0.153 0.191 0.099 0.067 0.044 0.027 26 E 0.185 0.188 0.312 0.202 0.071 0.023 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 27 L 0.002 0.008 0.039 0.025 0.028 0.080 0.189 0.188 0.206 0.142 0.091 28 S 0.035 0.047 0.185 0.224 0.225 0.105 0.102 0.035 0.021 0.015 0.004 29 K 0.105 0.063 0.502 0.161 0.087 0.041 0.027 0.007 0.004 0.002 0.001 30 M 0.012 0.052 0.195 0.149 0.123 0.169 0.182 0.052 0.038 0.021 0.008 31 L 0.001 0.002 0.007 0.007 0.010 0.038 0.187 0.197 0.247 0.174 0.130 32 E 0.045 0.034 0.428 0.244 0.139 0.058 0.032 0.011 0.005 0.003 0.001 33 K 0.023 0.040 0.503 0.233 0.129 0.045 0.020 0.004 0.002 0.001 0.001 34 V 0.002 0.003 0.011 0.009 0.011 0.036 0.144 0.143 0.236 0.209 0.196 35 A 0.003 0.006 0.031 0.036 0.050 0.103 0.251 0.164 0.164 0.116 0.076 36 K 0.010 0.024 0.691 0.144 0.094 0.018 0.010 0.005 0.002 0.002 0.001 37 E 0.026 0.047 0.192 0.152 0.172 0.165 0.165 0.046 0.020 0.010 0.004 38 S 0.059 0.032 0.032 0.042 0.040 0.076 0.197 0.153 0.169 0.130 0.069 39 S 0.330 0.223 0.092 0.109 0.071 0.057 0.056 0.027 0.018 0.011 0.005 40 V 0.290 0.164 0.140 0.144 0.096 0.060 0.048 0.027 0.017 0.010 0.006 41 G 0.509 0.158 0.048 0.072 0.054 0.043 0.046 0.027 0.021 0.014 0.008 42 T 0.166 0.173 0.046 0.143 0.126 0.095 0.109 0.060 0.042 0.026 0.014 43 P 0.187 0.091 0.057 0.100 0.099 0.100 0.118 0.087 0.077 0.049 0.035 44 R 0.105 0.097 0.086 0.154 0.148 0.159 0.118 0.052 0.041 0.028 0.013 45 A 0.080 0.097 0.103 0.202 0.143 0.121 0.116 0.056 0.041 0.026 0.014 46 I 0.017 0.015 0.018 0.028 0.042 0.054 0.131 0.218 0.190 0.165 0.122 47 N 0.063 0.146 0.125 0.177 0.155 0.092 0.093 0.059 0.042 0.035 0.013 48 E 0.058 0.044 0.093 0.142 0.129 0.142 0.151 0.087 0.073 0.056 0.025 49 D 0.218 0.100 0.136 0.190 0.129 0.081 0.070 0.030 0.025 0.014 0.006 50 I 0.040 0.049 0.049 0.091 0.095 0.108 0.177 0.124 0.123 0.089 0.055 51 L 0.015 0.018 0.030 0.053 0.055 0.082 0.154 0.146 0.178 0.152 0.116 52 D 0.062 0.098 0.196 0.218 0.198 0.081 0.067 0.033 0.024 0.016 0.007 53 Q 0.075 0.090 0.122 0.174 0.155 0.135 0.127 0.056 0.036 0.020 0.009 54 G 0.194 0.089 0.061 0.132 0.097 0.106 0.126 0.062 0.068 0.043 0.022 55 Y 0.018 0.024 0.020 0.039 0.054 0.083 0.167 0.207 0.187 0.125 0.076 56 T 0.064 0.100 0.104 0.186 0.161 0.101 0.114 0.067 0.048 0.038 0.017 57 V 0.034 0.029 0.036 0.048 0.057 0.067 0.131 0.139 0.161 0.165 0.133 58 E 0.119 0.341 0.080 0.189 0.129 0.054 0.041 0.019 0.014 0.009 0.004 59 G 0.278 0.103 0.033 0.102 0.094 0.071 0.105 0.074 0.064 0.044 0.032 60 N 0.177 0.125 0.051 0.175 0.183 0.110 0.081 0.038 0.030 0.020 0.010 61 Q 0.080 0.136 0.063 0.266 0.202 0.108 0.087 0.032 0.017 0.006 0.003 62 L 0.003 0.004 0.008 0.017 0.016 0.029 0.096 0.121 0.225 0.242 0.238 63 I 0.004 0.008 0.019 0.047 0.058 0.090 0.165 0.149 0.195 0.146 0.120 64 N 0.014 0.072 0.188 0.248 0.188 0.116 0.085 0.039 0.027 0.017 0.007 65 H 0.012 0.025 0.044 0.105 0.105 0.165 0.221 0.121 0.100 0.065 0.038 66 L 0.008 0.006 0.011 0.013 0.019 0.026 0.091 0.182 0.226 0.246 0.171 67 S 0.070 0.146 0.135 0.252 0.192 0.067 0.065 0.036 0.019 0.014 0.004 68 V 0.008 0.016 0.037 0.038 0.034 0.068 0.138 0.129 0.187 0.205 0.141 69 R 0.062 0.262 0.104 0.199 0.152 0.070 0.081 0.029 0.022 0.015 0.005 70 A 0.234 0.154 0.075 0.155 0.118 0.095 0.096 0.043 0.018 0.008 0.004 71 S 0.747 0.070 0.088 0.054 0.017 0.010 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 72 H 0.035 0.116 0.079 0.179 0.135 0.152 0.188 0.056 0.036 0.018 0.006 73 A 0.003 0.006 0.017 0.029 0.042 0.094 0.222 0.190 0.189 0.119 0.090 74 E 0.099 0.041 0.519 0.199 0.082 0.034 0.016 0.005 0.002 0.002 0.001 75 R 0.008 0.031 0.357 0.224 0.187 0.100 0.064 0.016 0.008 0.003 0.001 76 M 0.003 0.006 0.014 0.010 0.015 0.039 0.155 0.155 0.229 0.211 0.165 77 R 0.019 0.023 0.133 0.154 0.200 0.164 0.191 0.062 0.030 0.018 0.006 78 S 0.062 0.054 0.678 0.106 0.055 0.017 0.013 0.008 0.004 0.003 0.001 79 N 0.059 0.195 0.104 0.120 0.103 0.139 0.177 0.050 0.031 0.016 0.006 80 P 0.128 0.063 0.024 0.060 0.073 0.127 0.222 0.148 0.086 0.044 0.025 81 D 0.761 0.095 0.084 0.040 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 82 S 0.046 0.091 0.105 0.248 0.195 0.169 0.092 0.032 0.014 0.006 0.002 83 V 0.008 0.008 0.012 0.016 0.019 0.032 0.105 0.127 0.230 0.222 0.223 84 R 0.010 0.027 0.063 0.153 0.229 0.222 0.168 0.064 0.038 0.017 0.008 85 S 0.022 0.051 0.452 0.154 0.102 0.069 0.057 0.031 0.031 0.022 0.009 86 Q 0.013 0.022 0.048 0.082 0.099 0.134 0.235 0.151 0.109 0.070 0.036 87 L 0.011 0.012 0.019 0.025 0.025 0.045 0.112 0.183 0.219 0.207 0.142 88 G 0.069 0.084 0.120 0.190 0.149 0.116 0.104 0.059 0.049 0.044 0.017 89 D 0.083 0.102 0.123 0.188 0.155 0.112 0.102 0.052 0.044 0.028 0.012 90 S 0.083 0.061 0.041 0.095 0.112 0.110 0.169 0.126 0.104 0.067 0.032 91 V 0.054 0.055 0.045 0.101 0.088 0.093 0.155 0.106 0.131 0.107 0.066 92 C 0.021 0.027 0.040 0.059 0.064 0.086 0.163 0.156 0.166 0.124 0.095 93 S 0.059 0.182 0.131 0.228 0.171 0.080 0.073 0.033 0.022 0.015 0.006 94 N 0.036 0.041 0.028 0.077 0.090 0.138 0.208 0.145 0.115 0.073 0.049 95 T 0.559 0.173 0.068 0.105 0.048 0.018 0.013 0.007 0.005 0.003 0.001 96 G 0.228 0.153 0.072 0.194 0.131 0.087 0.077 0.029 0.016 0.008 0.003 97 Y 0.015 0.026 0.029 0.063 0.071 0.080 0.150 0.124 0.193 0.146 0.103 98 R 0.005 0.010 0.025 0.065 0.096 0.216 0.286 0.121 0.097 0.052 0.027 99 Q 0.025 0.057 0.371 0.306 0.146 0.050 0.027 0.010 0.005 0.003 0.001 100 L 0.002 0.006 0.027 0.026 0.035 0.076 0.191 0.220 0.181 0.132 0.102 101 L 0.005 0.009 0.033 0.037 0.036 0.043 0.136 0.162 0.201 0.207 0.131 102 A 0.006 0.015 0.160 0.113 0.122 0.136 0.162 0.091 0.087 0.077 0.032 103 R 0.013 0.037 0.243 0.220 0.230 0.111 0.093 0.026 0.015 0.008 0.003 104 G 0.078 0.055 0.091 0.118 0.110 0.135 0.191 0.079 0.077 0.047 0.019 105 A 0.015 0.015 0.024 0.038 0.045 0.074 0.174 0.161 0.194 0.148 0.112 106 I 0.018 0.053 0.111 0.143 0.118 0.103 0.136 0.101 0.104 0.067 0.045 107 L 0.004 0.010 0.039 0.032 0.033 0.063 0.134 0.149 0.206 0.186 0.144 108 T 0.019 0.050 0.111 0.235 0.229 0.113 0.114 0.052 0.041 0.025 0.011 109 Y 0.008 0.011 0.025 0.027 0.034 0.064 0.136 0.172 0.207 0.189 0.127 110 S 0.069 0.133 0.145 0.261 0.193 0.076 0.061 0.026 0.017 0.013 0.004 111 F 0.021 0.021 0.030 0.042 0.038 0.068 0.154 0.176 0.187 0.157 0.107 112 T 0.156 0.149 0.116 0.205 0.145 0.072 0.063 0.036 0.028 0.021 0.008 113 E 0.259 0.198 0.111 0.163 0.105 0.057 0.052 0.024 0.017 0.010 0.004 114 Y 0.111 0.063 0.057 0.130 0.116 0.137 0.141 0.075 0.079 0.055 0.037 115 K 0.141 0.126 0.085 0.164 0.149 0.096 0.110 0.053 0.040 0.023 0.012 116 T 0.112 0.155 0.122 0.176 0.124 0.085 0.096 0.055 0.039 0.023 0.012 117 N 0.062 0.052 0.055 0.105 0.108 0.130 0.177 0.114 0.096 0.064 0.035 118 Q 0.182 0.135 0.102 0.187 0.134 0.089 0.084 0.036 0.027 0.016 0.007 119 P 0.139 0.093 0.087 0.176 0.145 0.114 0.119 0.054 0.038 0.023 0.011 120 V 0.027 0.030 0.036 0.052 0.053 0.075 0.145 0.139 0.165 0.170 0.107 121 A 0.019 0.058 0.051 0.088 0.090 0.114 0.196 0.142 0.112 0.081 0.049 122 T 0.077 0.120 0.142 0.239 0.167 0.099 0.077 0.038 0.021 0.013 0.006 123 E 0.439 0.091 0.126 0.119 0.080 0.049 0.045 0.020 0.014 0.010 0.005 124 R 0.087 0.159 0.067 0.225 0.184 0.106 0.096 0.035 0.024 0.013 0.006 125 F 0.005 0.005 0.009 0.016 0.016 0.041 0.097 0.130 0.227 0.231 0.224 126 D 0.113 0.156 0.252 0.264 0.134 0.043 0.023 0.008 0.004 0.002 0.001 127 A 0.090 0.206 0.198 0.248 0.129 0.064 0.036 0.013 0.008 0.005 0.002 128 G 0.094 0.037 0.025 0.050 0.069 0.110 0.194 0.135 0.123 0.092 0.072 129 S 0.161 0.279 0.087 0.229 0.129 0.053 0.037 0.012 0.008 0.004 0.001 130 C 0.023 0.021 0.051 0.053 0.052 0.072 0.133 0.135 0.182 0.151 0.126 131 R 0.193 0.252 0.119 0.235 0.140 0.028 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 132 I 0.028 0.049 0.033 0.071 0.061 0.117 0.178 0.128 0.150 0.105 0.079 133 Q 0.315 0.242 0.092 0.169 0.093 0.036 0.024 0.013 0.008 0.005 0.002 134 G 0.540 0.178 0.067 0.084 0.047 0.032 0.028 0.014 0.007 0.004 0.001 135 K 0.201 0.145 0.082 0.168 0.140 0.097 0.071 0.040 0.028 0.020 0.008 136 K 0.189 0.119 0.069 0.124 0.108 0.122 0.136 0.062 0.041 0.022 0.010