# TARGET T0581 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0581.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.16805 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.702 0.070 0.061 0.095 0.031 0.017 0.014 0.002 0.007 0.001 0.001 2 S 0.759 0.056 0.075 0.065 0.015 0.016 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 3 R 0.851 0.062 0.031 0.024 0.017 0.009 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 4 F 0.819 0.042 0.040 0.035 0.008 0.041 0.007 0.001 0.007 0.001 0.001 5 M 0.767 0.069 0.049 0.075 0.007 0.023 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 6 A 0.793 0.052 0.069 0.017 0.011 0.029 0.005 0.001 0.025 0.001 0.001 7 L 0.945 0.004 0.025 0.016 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 A 0.951 0.016 0.008 0.017 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.913 0.031 0.013 0.025 0.006 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 10 C 0.850 0.084 0.012 0.026 0.013 0.009 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 11 F 0.719 0.108 0.030 0.065 0.020 0.045 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 12 V 0.591 0.124 0.068 0.117 0.009 0.065 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 13 L 0.381 0.107 0.147 0.020 0.025 0.068 0.014 0.001 0.237 0.001 0.001 14 P 0.821 0.002 0.131 0.026 0.001 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 15 T 0.909 0.012 0.012 0.049 0.004 0.009 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 16 A 0.917 0.013 0.013 0.031 0.010 0.008 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 17 A 0.879 0.010 0.014 0.068 0.007 0.014 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 18 H 0.872 0.021 0.016 0.067 0.005 0.012 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 19 A 0.769 0.030 0.028 0.129 0.014 0.014 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 20 A 0.527 0.071 0.093 0.237 0.024 0.020 0.016 0.001 0.010 0.001 0.001 21 S 0.415 0.124 0.222 0.101 0.063 0.031 0.017 0.001 0.023 0.003 0.001 22 L 0.900 0.010 0.047 0.029 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 K 0.897 0.015 0.020 0.051 0.004 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 24 D 0.824 0.015 0.016 0.100 0.009 0.011 0.019 0.002 0.004 0.001 0.001 25 F 0.908 0.024 0.025 0.024 0.005 0.006 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 26 E 0.872 0.016 0.025 0.022 0.003 0.054 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 27 L 0.921 0.010 0.012 0.038 0.002 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 28 S 0.970 0.002 0.005 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 K 0.985 0.001 0.003 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 M 0.974 0.002 0.002 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.983 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 E 0.994 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 K 0.983 0.001 0.002 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 V 0.930 0.004 0.009 0.050 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 35 A 0.884 0.011 0.023 0.057 0.004 0.006 0.009 0.001 0.004 0.001 0.001 36 K 0.829 0.027 0.039 0.076 0.007 0.012 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 37 E 0.646 0.047 0.073 0.186 0.005 0.026 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 38 S 0.476 0.068 0.132 0.227 0.039 0.012 0.026 0.005 0.009 0.007 0.001 39 S 0.413 0.087 0.113 0.189 0.052 0.026 0.077 0.017 0.016 0.009 0.001 40 V 0.241 0.101 0.237 0.322 0.020 0.018 0.045 0.002 0.012 0.002 0.001 41 G 0.038 0.006 0.035 0.027 0.064 0.010 0.039 0.562 0.003 0.216 0.001 42 T 0.019 0.209 0.543 0.004 0.061 0.013 0.002 0.001 0.144 0.004 0.001 43 P 0.328 0.003 0.550 0.009 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 44 R 0.563 0.115 0.149 0.094 0.031 0.016 0.009 0.014 0.007 0.001 0.001 45 A 0.415 0.151 0.208 0.122 0.028 0.045 0.008 0.003 0.018 0.001 0.002 46 I 0.376 0.251 0.176 0.125 0.016 0.033 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 47 N 0.205 0.081 0.153 0.212 0.066 0.096 0.118 0.009 0.053 0.006 0.001 48 E 0.781 0.043 0.101 0.033 0.015 0.011 0.006 0.002 0.006 0.001 0.001 49 D 0.781 0.032 0.070 0.051 0.008 0.042 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 50 I 0.795 0.067 0.043 0.061 0.009 0.018 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 51 L 0.831 0.042 0.060 0.039 0.008 0.007 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 52 D 0.710 0.034 0.060 0.129 0.014 0.018 0.020 0.004 0.009 0.001 0.001 53 Q 0.233 0.043 0.089 0.528 0.014 0.007 0.073 0.004 0.007 0.002 0.001 54 G 0.038 0.016 0.055 0.032 0.110 0.004 0.105 0.519 0.003 0.117 0.001 55 Y 0.039 0.419 0.404 0.027 0.052 0.024 0.014 0.001 0.018 0.001 0.001 56 T 0.021 0.521 0.379 0.012 0.020 0.028 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 57 V 0.029 0.695 0.185 0.016 0.034 0.030 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 58 E 0.056 0.491 0.228 0.052 0.112 0.035 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 59 G 0.107 0.023 0.075 0.022 0.185 0.022 0.063 0.178 0.008 0.316 0.001 60 N 0.376 0.076 0.192 0.170 0.045 0.038 0.058 0.009 0.026 0.007 0.002 61 Q 0.390 0.289 0.142 0.047 0.066 0.028 0.018 0.004 0.014 0.001 0.001 62 L 0.540 0.172 0.149 0.056 0.013 0.058 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 63 I 0.482 0.249 0.163 0.030 0.014 0.026 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 64 N 0.689 0.031 0.074 0.123 0.017 0.028 0.025 0.003 0.007 0.001 0.002 65 H 0.247 0.081 0.065 0.287 0.047 0.035 0.195 0.022 0.019 0.003 0.001 66 L 0.256 0.237 0.290 0.123 0.027 0.022 0.023 0.003 0.019 0.001 0.001 67 S 0.187 0.355 0.295 0.034 0.034 0.050 0.014 0.001 0.028 0.001 0.001 68 V 0.158 0.348 0.296 0.056 0.031 0.092 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 69 R 0.205 0.414 0.209 0.032 0.068 0.045 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 70 A 0.719 0.035 0.149 0.033 0.018 0.028 0.004 0.001 0.008 0.002 0.003 71 S 0.801 0.016 0.045 0.079 0.016 0.017 0.013 0.004 0.005 0.002 0.001 72 H 0.570 0.039 0.050 0.256 0.030 0.023 0.015 0.003 0.010 0.003 0.001 73 A 0.952 0.008 0.020 0.011 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 E 0.981 0.002 0.005 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 R 0.886 0.005 0.008 0.093 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 76 M 0.714 0.031 0.077 0.136 0.007 0.008 0.016 0.002 0.008 0.001 0.001 77 R 0.750 0.031 0.107 0.061 0.005 0.019 0.019 0.001 0.006 0.001 0.001 78 S 0.448 0.034 0.060 0.417 0.007 0.016 0.007 0.005 0.005 0.001 0.001 79 N 0.021 0.084 0.313 0.058 0.034 0.050 0.019 0.001 0.418 0.002 0.001 80 P 0.902 0.001 0.077 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 81 D 0.966 0.002 0.006 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 S 0.872 0.013 0.026 0.073 0.003 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 83 V 0.924 0.021 0.027 0.016 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 84 R 0.951 0.013 0.016 0.008 0.002 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 85 S 0.906 0.011 0.019 0.050 0.005 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 86 Q 0.803 0.025 0.029 0.088 0.006 0.022 0.015 0.002 0.009 0.001 0.001 87 L 0.429 0.038 0.113 0.362 0.004 0.018 0.021 0.001 0.014 0.001 0.001 88 G 0.224 0.015 0.063 0.058 0.110 0.008 0.169 0.164 0.005 0.184 0.001 89 D 0.464 0.076 0.220 0.132 0.036 0.036 0.017 0.004 0.013 0.002 0.001 90 S 0.427 0.191 0.179 0.089 0.066 0.024 0.009 0.002 0.010 0.003 0.001 91 V 0.538 0.185 0.118 0.070 0.032 0.041 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 92 C 0.402 0.174 0.213 0.102 0.033 0.045 0.008 0.001 0.019 0.002 0.001 93 S 0.608 0.072 0.073 0.152 0.044 0.017 0.014 0.005 0.007 0.006 0.001 94 N 0.243 0.057 0.114 0.277 0.033 0.054 0.153 0.013 0.049 0.007 0.001 95 T 0.567 0.015 0.109 0.238 0.006 0.012 0.043 0.004 0.004 0.002 0.001 96 G 0.444 0.005 0.028 0.033 0.048 0.008 0.058 0.268 0.001 0.106 0.001 97 Y 0.860 0.024 0.052 0.039 0.008 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 98 R 0.962 0.010 0.013 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 Q 0.965 0.007 0.006 0.009 0.002 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 100 L 0.930 0.008 0.010 0.039 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 101 L 0.883 0.023 0.023 0.055 0.003 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 102 A 0.820 0.031 0.032 0.089 0.007 0.009 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 103 R 0.414 0.028 0.060 0.440 0.010 0.006 0.036 0.001 0.005 0.001 0.001 104 G 0.033 0.002 0.010 0.009 0.046 0.001 0.101 0.669 0.001 0.129 0.001 105 A 0.235 0.208 0.412 0.047 0.046 0.025 0.012 0.001 0.013 0.001 0.001 106 I 0.114 0.615 0.171 0.018 0.025 0.040 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 107 L 0.071 0.603 0.180 0.034 0.030 0.060 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 108 T 0.022 0.805 0.053 0.025 0.069 0.015 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 109 Y 0.015 0.709 0.092 0.014 0.114 0.024 0.005 0.001 0.025 0.001 0.001 110 S 0.042 0.560 0.220 0.017 0.072 0.049 0.006 0.001 0.033 0.001 0.001 111 F 0.068 0.497 0.205 0.043 0.072 0.076 0.008 0.001 0.029 0.001 0.001 112 T 0.082 0.521 0.178 0.035 0.119 0.036 0.005 0.001 0.022 0.001 0.001 113 E 0.251 0.304 0.197 0.064 0.106 0.042 0.010 0.002 0.020 0.002 0.001 114 Y 0.206 0.325 0.231 0.084 0.056 0.048 0.020 0.002 0.026 0.002 0.001 115 K 0.270 0.284 0.166 0.146 0.049 0.044 0.012 0.004 0.022 0.003 0.001 116 T 0.228 0.283 0.137 0.211 0.072 0.017 0.035 0.003 0.008 0.005 0.001 117 N 0.051 0.047 0.058 0.231 0.070 0.062 0.368 0.078 0.021 0.013 0.001 118 Q 0.023 0.414 0.331 0.008 0.054 0.014 0.016 0.001 0.136 0.002 0.001 119 P 0.130 0.014 0.756 0.012 0.002 0.055 0.002 0.001 0.003 0.001 0.026 120 V 0.197 0.482 0.200 0.038 0.038 0.027 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 121 A 0.370 0.221 0.215 0.055 0.077 0.036 0.003 0.001 0.019 0.002 0.001 122 T 0.416 0.204 0.166 0.069 0.088 0.030 0.010 0.001 0.013 0.002 0.001 123 E 0.588 0.138 0.102 0.060 0.035 0.048 0.012 0.002 0.011 0.002 0.001 124 R 0.391 0.232 0.127 0.162 0.032 0.030 0.008 0.001 0.015 0.001 0.001 125 F 0.257 0.287 0.165 0.071 0.097 0.035 0.032 0.004 0.047 0.004 0.001 126 D 0.367 0.083 0.258 0.094 0.023 0.103 0.033 0.003 0.031 0.002 0.001 127 A 0.580 0.048 0.109 0.201 0.018 0.021 0.011 0.003 0.007 0.003 0.001 128 G 0.527 0.034 0.078 0.098 0.098 0.009 0.031 0.033 0.005 0.087 0.001 129 S 0.360 0.071 0.144 0.249 0.055 0.026 0.059 0.008 0.019 0.007 0.002 130 C 0.232 0.223 0.246 0.128 0.069 0.024 0.042 0.009 0.017 0.008 0.001 131 R 0.299 0.158 0.334 0.085 0.033 0.049 0.015 0.007 0.015 0.003 0.001 132 I 0.207 0.364 0.271 0.077 0.026 0.024 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 133 Q 0.204 0.092 0.300 0.245 0.035 0.033 0.057 0.004 0.022 0.004 0.004 134 G 0.036 0.012 0.052 0.022 0.068 0.011 0.124 0.526 0.007 0.141 0.001 135 K 0.131 0.218 0.476 0.080 0.037 0.023 0.010 0.002 0.017 0.003 0.001 136 K 0.139 0.204 0.442 0.076 0.041 0.043 0.016 0.005 0.021 0.006 0.004