# TARGET T0581 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0581.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.16805 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.115 0.090 0.030 0.011 0.143 0.012 0.024 0.357 0.098 0.078 0.041 2 S 0.088 0.092 0.019 0.006 0.168 0.013 0.022 0.421 0.115 0.031 0.025 3 R 0.086 0.089 0.020 0.006 0.177 0.018 0.044 0.430 0.082 0.027 0.021 4 F 0.105 0.067 0.016 0.006 0.168 0.012 0.042 0.452 0.067 0.037 0.029 5 M 0.076 0.076 0.026 0.011 0.112 0.013 0.025 0.451 0.109 0.072 0.029 6 A 0.055 0.085 0.034 0.009 0.096 0.010 0.016 0.569 0.094 0.018 0.014 7 L 0.029 0.053 0.019 0.005 0.054 0.012 0.036 0.649 0.116 0.018 0.009 8 A 0.041 0.030 0.008 0.003 0.049 0.007 0.036 0.642 0.138 0.032 0.014 9 L 0.059 0.035 0.006 0.002 0.083 0.006 0.023 0.581 0.161 0.023 0.021 10 C 0.045 0.045 0.009 0.003 0.096 0.012 0.051 0.529 0.161 0.033 0.015 11 F 0.070 0.067 0.014 0.004 0.136 0.009 0.068 0.466 0.094 0.045 0.029 12 V 0.076 0.108 0.046 0.014 0.117 0.017 0.060 0.242 0.107 0.167 0.047 13 L 0.043 0.359 0.208 0.012 0.134 0.007 0.011 0.157 0.036 0.018 0.015 14 P 0.027 0.100 0.029 0.005 0.053 0.008 0.027 0.565 0.156 0.019 0.011 15 T 0.008 0.016 0.006 0.002 0.012 0.004 0.029 0.691 0.198 0.029 0.005 16 A 0.014 0.012 0.003 0.001 0.014 0.003 0.012 0.751 0.136 0.043 0.013 17 A 0.010 0.009 0.002 0.001 0.016 0.003 0.012 0.758 0.164 0.020 0.005 18 H 0.009 0.011 0.004 0.002 0.015 0.007 0.034 0.731 0.148 0.033 0.005 19 A 0.020 0.018 0.007 0.003 0.026 0.005 0.035 0.645 0.150 0.076 0.015 20 A 0.029 0.082 0.035 0.012 0.062 0.020 0.081 0.375 0.148 0.139 0.019 21 S 0.067 0.288 0.126 0.007 0.152 0.006 0.017 0.207 0.047 0.052 0.032 22 L 0.013 0.033 0.009 0.003 0.024 0.007 0.025 0.608 0.230 0.038 0.011 23 K 0.007 0.054 0.023 0.005 0.017 0.010 0.047 0.669 0.129 0.033 0.006 24 D 0.015 0.009 0.003 0.002 0.014 0.002 0.007 0.673 0.141 0.111 0.023 25 F 0.012 0.024 0.007 0.001 0.023 0.004 0.011 0.774 0.114 0.022 0.007 26 E 0.010 0.017 0.006 0.001 0.015 0.004 0.015 0.859 0.045 0.021 0.006 27 L 0.011 0.017 0.004 0.002 0.013 0.002 0.009 0.800 0.105 0.032 0.005 28 S 0.002 0.003 0.002 0.001 0.005 0.002 0.002 0.878 0.101 0.005 0.001 29 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.929 0.058 0.003 0.001 30 M 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.008 0.922 0.038 0.018 0.002 31 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.875 0.108 0.009 0.001 32 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.872 0.122 0.001 0.001 33 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.916 0.060 0.008 0.001 34 V 0.011 0.005 0.002 0.001 0.009 0.002 0.043 0.805 0.089 0.029 0.005 35 A 0.014 0.013 0.006 0.003 0.020 0.005 0.012 0.626 0.236 0.055 0.010 36 K 0.007 0.031 0.009 0.003 0.015 0.011 0.095 0.630 0.163 0.028 0.006 37 E 0.022 0.040 0.029 0.008 0.040 0.018 0.137 0.260 0.145 0.274 0.028 38 S 0.061 0.306 0.142 0.013 0.149 0.012 0.029 0.097 0.066 0.087 0.039 39 S 0.067 0.075 0.052 0.017 0.083 0.029 0.060 0.185 0.135 0.203 0.094 40 V 0.045 0.244 0.095 0.034 0.094 0.026 0.093 0.135 0.103 0.102 0.029 41 G 0.036 0.127 0.142 0.077 0.068 0.040 0.040 0.069 0.069 0.272 0.062 42 T 0.050 0.399 0.234 0.021 0.132 0.006 0.008 0.063 0.030 0.032 0.025 43 P 0.073 0.113 0.026 0.007 0.112 0.011 0.019 0.321 0.236 0.049 0.033 44 R 0.017 0.045 0.020 0.007 0.039 0.026 0.064 0.538 0.200 0.034 0.011 45 A 0.074 0.058 0.022 0.005 0.106 0.007 0.027 0.444 0.095 0.128 0.034 46 I 0.055 0.180 0.061 0.013 0.093 0.016 0.023 0.354 0.082 0.092 0.031 47 N 0.069 0.093 0.054 0.009 0.120 0.009 0.008 0.497 0.085 0.036 0.021 48 E 0.002 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.007 0.756 0.212 0.009 0.001 49 D 0.003 0.004 0.002 0.001 0.006 0.002 0.014 0.854 0.097 0.016 0.002 50 I 0.010 0.005 0.001 0.001 0.012 0.002 0.014 0.807 0.118 0.025 0.004 51 L 0.018 0.046 0.013 0.005 0.028 0.010 0.041 0.633 0.159 0.038 0.009 52 D 0.041 0.033 0.030 0.013 0.044 0.030 0.080 0.450 0.112 0.124 0.043 53 Q 0.030 0.284 0.122 0.021 0.099 0.036 0.160 0.108 0.065 0.062 0.012 54 G 0.109 0.083 0.052 0.041 0.079 0.029 0.041 0.044 0.039 0.225 0.257 55 Y 0.116 0.314 0.082 0.013 0.346 0.007 0.012 0.018 0.013 0.039 0.041 56 T 0.178 0.236 0.035 0.005 0.458 0.005 0.007 0.016 0.006 0.009 0.046 57 V 0.239 0.132 0.073 0.042 0.167 0.051 0.038 0.057 0.025 0.026 0.151 58 E 0.022 0.062 0.078 0.188 0.036 0.200 0.188 0.124 0.045 0.041 0.017 59 G 0.037 0.050 0.077 0.205 0.035 0.043 0.013 0.112 0.080 0.302 0.046 60 N 0.045 0.089 0.045 0.031 0.085 0.027 0.023 0.322 0.164 0.136 0.034 61 Q 0.073 0.111 0.034 0.006 0.169 0.011 0.027 0.374 0.119 0.051 0.024 62 L 0.156 0.064 0.013 0.007 0.142 0.013 0.038 0.377 0.105 0.040 0.046 63 I 0.094 0.068 0.022 0.020 0.133 0.042 0.042 0.367 0.156 0.031 0.025 64 N 0.043 0.073 0.049 0.028 0.065 0.068 0.112 0.336 0.110 0.091 0.025 65 H 0.124 0.077 0.033 0.011 0.133 0.008 0.040 0.227 0.099 0.185 0.064 66 L 0.100 0.233 0.060 0.009 0.252 0.014 0.023 0.131 0.084 0.054 0.038 67 S 0.136 0.212 0.049 0.009 0.292 0.017 0.042 0.136 0.035 0.026 0.047 68 V 0.155 0.158 0.034 0.013 0.191 0.018 0.039 0.195 0.069 0.061 0.068 69 R 0.081 0.182 0.081 0.030 0.152 0.031 0.036 0.251 0.050 0.063 0.042 70 A 0.027 0.041 0.016 0.006 0.048 0.013 0.016 0.571 0.204 0.043 0.015 71 S 0.007 0.020 0.012 0.005 0.011 0.013 0.042 0.718 0.120 0.047 0.006 72 H 0.018 0.035 0.009 0.003 0.023 0.002 0.008 0.672 0.092 0.123 0.016 73 A 0.007 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.794 0.167 0.012 0.004 74 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.849 0.136 0.003 0.001 75 R 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.023 0.792 0.142 0.029 0.001 76 M 0.018 0.011 0.006 0.003 0.017 0.004 0.039 0.589 0.190 0.105 0.017 77 R 0.016 0.044 0.018 0.003 0.034 0.007 0.036 0.621 0.145 0.062 0.012 78 S 0.020 0.081 0.036 0.009 0.040 0.029 0.184 0.204 0.106 0.264 0.026 79 N 0.063 0.401 0.289 0.005 0.176 0.003 0.004 0.022 0.006 0.015 0.016 80 P 0.004 0.007 0.001 0.001 0.007 0.003 0.009 0.609 0.331 0.026 0.002 81 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.813 0.154 0.014 0.001 82 S 0.003 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.853 0.081 0.045 0.004 83 V 0.009 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.009 0.851 0.089 0.020 0.005 84 R 0.003 0.004 0.001 0.001 0.005 0.004 0.005 0.788 0.174 0.014 0.002 85 S 0.005 0.016 0.006 0.001 0.013 0.005 0.048 0.774 0.109 0.022 0.002 86 Q 0.030 0.019 0.017 0.004 0.032 0.009 0.135 0.575 0.089 0.072 0.016 87 L 0.062 0.158 0.062 0.038 0.118 0.026 0.055 0.234 0.088 0.120 0.037 88 G 0.044 0.056 0.043 0.079 0.045 0.050 0.061 0.313 0.129 0.129 0.051 89 D 0.030 0.060 0.042 0.026 0.053 0.020 0.058 0.326 0.173 0.179 0.033 90 S 0.083 0.155 0.057 0.011 0.182 0.012 0.033 0.233 0.103 0.093 0.038 91 V 0.116 0.103 0.028 0.010 0.162 0.017 0.034 0.237 0.118 0.101 0.076 92 C 0.127 0.124 0.056 0.021 0.185 0.032 0.050 0.216 0.090 0.057 0.042 93 S 0.053 0.089 0.050 0.038 0.057 0.077 0.124 0.242 0.102 0.126 0.042 94 N 0.089 0.117 0.146 0.055 0.167 0.028 0.030 0.121 0.050 0.141 0.058 95 T 0.018 0.122 0.072 0.034 0.044 0.051 0.080 0.353 0.132 0.079 0.014 96 G 0.026 0.105 0.079 0.022 0.029 0.012 0.020 0.326 0.075 0.270 0.036 97 Y 0.022 0.013 0.002 0.001 0.023 0.001 0.002 0.785 0.121 0.020 0.009 98 R 0.003 0.003 0.001 0.001 0.006 0.002 0.003 0.864 0.114 0.002 0.001 99 Q 0.006 0.004 0.001 0.001 0.012 0.002 0.006 0.905 0.057 0.005 0.002 100 L 0.011 0.006 0.002 0.001 0.013 0.003 0.037 0.871 0.044 0.009 0.003 101 L 0.012 0.012 0.006 0.002 0.011 0.003 0.010 0.733 0.183 0.023 0.006 102 A 0.008 0.010 0.009 0.005 0.012 0.017 0.088 0.706 0.117 0.021 0.007 103 R 0.013 0.232 0.106 0.033 0.030 0.047 0.313 0.152 0.047 0.022 0.005 104 G 0.050 0.016 0.014 0.028 0.022 0.014 0.014 0.044 0.028 0.478 0.291 105 A 0.135 0.212 0.023 0.005 0.420 0.006 0.029 0.077 0.032 0.028 0.032 106 I 0.335 0.070 0.005 0.002 0.479 0.007 0.013 0.030 0.015 0.005 0.038 107 L 0.168 0.153 0.021 0.007 0.558 0.017 0.028 0.018 0.007 0.006 0.018 108 T 0.361 0.051 0.005 0.002 0.510 0.003 0.007 0.009 0.004 0.005 0.042 109 Y 0.227 0.195 0.036 0.007 0.401 0.008 0.006 0.012 0.006 0.015 0.088 110 S 0.235 0.153 0.025 0.008 0.444 0.012 0.027 0.019 0.007 0.019 0.051 111 F 0.237 0.181 0.043 0.020 0.265 0.011 0.011 0.045 0.042 0.049 0.096 112 T 0.102 0.208 0.090 0.035 0.267 0.040 0.043 0.116 0.047 0.021 0.030 113 E 0.092 0.145 0.043 0.013 0.158 0.025 0.060 0.256 0.132 0.048 0.028 114 Y 0.115 0.130 0.039 0.013 0.172 0.017 0.047 0.240 0.106 0.066 0.052 115 K 0.094 0.072 0.051 0.025 0.126 0.045 0.056 0.258 0.121 0.094 0.057 116 T 0.054 0.241 0.079 0.034 0.116 0.043 0.123 0.179 0.073 0.038 0.021 117 N 0.065 0.042 0.040 0.044 0.057 0.031 0.036 0.070 0.060 0.416 0.139 118 Q 0.041 0.434 0.226 0.020 0.159 0.009 0.012 0.041 0.022 0.023 0.013 119 P 0.169 0.209 0.048 0.011 0.284 0.017 0.028 0.090 0.041 0.035 0.067 120 V 0.172 0.161 0.049 0.022 0.219 0.026 0.043 0.127 0.061 0.053 0.066 121 A 0.107 0.188 0.068 0.023 0.178 0.033 0.034 0.175 0.067 0.074 0.053 122 T 0.096 0.127 0.054 0.016 0.183 0.018 0.019 0.276 0.133 0.052 0.027 123 E 0.044 0.061 0.027 0.008 0.100 0.017 0.042 0.453 0.181 0.048 0.018 124 R 0.086 0.073 0.027 0.009 0.118 0.013 0.050 0.366 0.109 0.111 0.035 125 F 0.131 0.158 0.044 0.021 0.204 0.023 0.037 0.187 0.070 0.076 0.049 126 D 0.063 0.160 0.117 0.039 0.103 0.043 0.062 0.249 0.075 0.059 0.029 127 A 0.039 0.038 0.024 0.022 0.053 0.024 0.068 0.394 0.199 0.102 0.036 128 G 0.033 0.172 0.111 0.057 0.085 0.058 0.087 0.178 0.099 0.099 0.021 129 S 0.092 0.084 0.048 0.034 0.104 0.017 0.023 0.087 0.057 0.301 0.154 130 C 0.146 0.218 0.065 0.010 0.306 0.010 0.016 0.083 0.050 0.054 0.043 131 R 0.132 0.149 0.062 0.013 0.178 0.030 0.063 0.199 0.084 0.045 0.045 132 I 0.117 0.073 0.052 0.069 0.124 0.061 0.084 0.169 0.094 0.089 0.068 133 Q 0.016 0.173 0.105 0.302 0.039 0.117 0.103 0.070 0.037 0.027 0.010 134 G 0.040 0.025 0.050 0.104 0.035 0.017 0.012 0.030 0.028 0.488 0.170 135 K 0.063 0.411 0.153 0.010 0.256 0.005 0.008 0.026 0.020 0.029 0.019 136 K 0.156 0.273 0.090 0.014 0.279 0.024 0.022 0.040 0.026 0.024 0.051