# TARGET T0581 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0581.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.21195 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.011 0.162 0.013 0.028 0.565 0.002 0.001 0.012 0.060 0.040 0.054 0.041 2 S 0.011 0.005 0.113 0.012 0.021 0.681 0.002 0.001 0.008 0.028 0.042 0.013 0.061 3 R 0.013 0.003 0.034 0.015 0.022 0.792 0.002 0.001 0.006 0.026 0.032 0.035 0.019 4 F 0.033 0.002 0.028 0.006 0.019 0.719 0.005 0.004 0.011 0.015 0.023 0.013 0.122 5 M 0.052 0.002 0.031 0.026 0.017 0.744 0.004 0.003 0.006 0.015 0.020 0.049 0.030 6 A 0.040 0.001 0.016 0.005 0.008 0.849 0.004 0.002 0.008 0.008 0.009 0.010 0.041 7 L 0.012 0.001 0.007 0.007 0.005 0.941 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.006 0.007 8 A 0.016 0.001 0.006 0.004 0.009 0.932 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.005 0.009 9 L 0.016 0.001 0.006 0.002 0.010 0.934 0.002 0.002 0.002 0.003 0.012 0.004 0.009 10 C 0.010 0.001 0.002 0.003 0.012 0.943 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.002 0.003 11 F 0.014 0.001 0.009 0.001 0.013 0.861 0.001 0.001 0.002 0.009 0.077 0.006 0.005 12 V 0.012 0.003 0.020 0.002 0.018 0.837 0.001 0.001 0.002 0.019 0.071 0.002 0.013 13 L 0.006 0.006 0.275 0.002 0.005 0.463 0.001 0.001 0.007 0.162 0.035 0.023 0.014 14 P 0.001 0.004 0.330 0.002 0.017 0.427 0.001 0.001 0.005 0.065 0.128 0.003 0.016 15 T 0.001 0.003 0.061 0.002 0.063 0.724 0.001 0.001 0.002 0.037 0.104 0.003 0.002 16 A 0.001 0.001 0.033 0.001 0.085 0.797 0.001 0.001 0.002 0.026 0.048 0.001 0.003 17 A 0.002 0.003 0.027 0.002 0.195 0.686 0.001 0.001 0.003 0.018 0.056 0.003 0.005 18 H 0.004 0.005 0.057 0.003 0.190 0.573 0.001 0.001 0.006 0.030 0.116 0.004 0.009 19 A 0.005 0.008 0.067 0.003 0.204 0.489 0.001 0.001 0.005 0.038 0.163 0.004 0.012 20 A 0.005 0.016 0.180 0.004 0.097 0.391 0.001 0.001 0.011 0.119 0.141 0.016 0.017 21 S 0.001 0.013 0.422 0.002 0.034 0.277 0.001 0.001 0.005 0.132 0.090 0.005 0.017 22 L 0.001 0.003 0.085 0.001 0.041 0.786 0.001 0.001 0.001 0.041 0.039 0.002 0.002 23 K 0.001 0.001 0.024 0.001 0.072 0.805 0.001 0.001 0.001 0.013 0.082 0.001 0.001 24 D 0.001 0.001 0.012 0.001 0.101 0.842 0.001 0.001 0.001 0.005 0.036 0.001 0.001 25 F 0.001 0.001 0.016 0.001 0.022 0.938 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.001 0.001 26 E 0.001 0.003 0.024 0.001 0.039 0.883 0.001 0.001 0.001 0.008 0.036 0.001 0.003 27 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.029 0.941 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.001 0.001 28 S 0.001 0.001 0.004 0.001 0.015 0.961 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 29 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.010 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 30 M 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 33 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 34 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 35 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 36 K 0.001 0.001 0.008 0.001 0.010 0.902 0.001 0.001 0.001 0.004 0.072 0.001 0.001 37 E 0.001 0.002 0.039 0.001 0.016 0.753 0.001 0.001 0.001 0.026 0.157 0.001 0.004 38 S 0.001 0.004 0.204 0.001 0.030 0.345 0.001 0.001 0.003 0.095 0.306 0.005 0.006 39 S 0.001 0.004 0.282 0.001 0.025 0.088 0.001 0.001 0.007 0.154 0.424 0.006 0.007 40 V 0.001 0.006 0.235 0.001 0.026 0.049 0.001 0.001 0.006 0.174 0.492 0.004 0.006 41 G 0.001 0.008 0.177 0.001 0.006 0.017 0.001 0.001 0.004 0.423 0.356 0.004 0.002 42 T 0.001 0.020 0.663 0.001 0.006 0.019 0.001 0.001 0.007 0.238 0.031 0.005 0.009 43 P 0.002 0.024 0.384 0.004 0.095 0.227 0.001 0.001 0.009 0.100 0.122 0.005 0.026 44 R 0.003 0.020 0.146 0.007 0.223 0.293 0.001 0.001 0.009 0.083 0.185 0.020 0.009 45 A 0.007 0.027 0.223 0.004 0.248 0.228 0.002 0.002 0.013 0.066 0.113 0.010 0.057 46 I 0.011 0.051 0.321 0.007 0.118 0.220 0.003 0.001 0.016 0.115 0.071 0.034 0.033 47 N 0.003 0.017 0.552 0.003 0.053 0.141 0.001 0.001 0.006 0.130 0.054 0.009 0.030 48 E 0.001 0.004 0.060 0.002 0.174 0.641 0.001 0.001 0.001 0.040 0.071 0.002 0.004 49 D 0.001 0.004 0.038 0.002 0.245 0.525 0.001 0.001 0.001 0.030 0.146 0.004 0.004 50 I 0.002 0.004 0.062 0.001 0.249 0.555 0.001 0.001 0.002 0.020 0.087 0.002 0.015 51 L 0.003 0.007 0.067 0.007 0.191 0.541 0.001 0.001 0.002 0.030 0.138 0.007 0.006 52 D 0.006 0.008 0.067 0.008 0.208 0.327 0.001 0.001 0.002 0.054 0.299 0.008 0.012 53 Q 0.006 0.005 0.060 0.013 0.162 0.265 0.001 0.001 0.004 0.062 0.397 0.007 0.019 54 G 0.018 0.007 0.211 0.016 0.039 0.105 0.003 0.002 0.016 0.212 0.278 0.033 0.059 55 Y 0.056 0.014 0.335 0.008 0.013 0.053 0.010 0.008 0.051 0.081 0.053 0.218 0.102 56 T 0.128 0.038 0.165 0.011 0.009 0.060 0.030 0.025 0.079 0.045 0.033 0.111 0.265 57 V 0.072 0.024 0.223 0.027 0.013 0.070 0.023 0.026 0.110 0.080 0.043 0.171 0.119 58 E 0.018 0.014 0.190 0.053 0.017 0.057 0.008 0.006 0.039 0.146 0.314 0.038 0.101 59 G 0.013 0.010 0.222 0.022 0.025 0.033 0.004 0.003 0.015 0.240 0.303 0.037 0.074 60 N 0.026 0.009 0.245 0.040 0.046 0.059 0.004 0.004 0.012 0.253 0.142 0.079 0.080 61 Q 0.114 0.018 0.115 0.017 0.078 0.116 0.021 0.014 0.038 0.088 0.091 0.112 0.179 62 L 0.150 0.029 0.091 0.027 0.072 0.123 0.050 0.036 0.054 0.041 0.077 0.045 0.206 63 I 0.173 0.016 0.148 0.102 0.057 0.099 0.038 0.019 0.034 0.061 0.057 0.116 0.080 64 N 0.093 0.010 0.198 0.070 0.042 0.081 0.013 0.007 0.029 0.124 0.088 0.114 0.130 65 H 0.089 0.012 0.133 0.037 0.063 0.160 0.021 0.009 0.033 0.096 0.147 0.047 0.154 66 L 0.090 0.015 0.218 0.030 0.047 0.132 0.026 0.013 0.061 0.098 0.072 0.102 0.096 67 S 0.052 0.018 0.293 0.017 0.034 0.137 0.015 0.012 0.053 0.099 0.056 0.100 0.114 68 V 0.034 0.032 0.263 0.010 0.044 0.198 0.011 0.011 0.051 0.099 0.084 0.054 0.108 69 R 0.010 0.024 0.365 0.010 0.046 0.232 0.003 0.003 0.025 0.128 0.087 0.026 0.040 70 A 0.002 0.011 0.174 0.003 0.054 0.529 0.001 0.001 0.008 0.093 0.098 0.007 0.020 71 S 0.001 0.007 0.154 0.003 0.047 0.517 0.001 0.001 0.003 0.102 0.152 0.007 0.007 72 H 0.001 0.003 0.092 0.001 0.049 0.799 0.001 0.001 0.001 0.022 0.027 0.001 0.004 73 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.031 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 74 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.088 0.883 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 75 R 0.001 0.001 0.006 0.001 0.111 0.811 0.001 0.001 0.001 0.003 0.065 0.001 0.002 76 M 0.001 0.002 0.023 0.001 0.066 0.796 0.001 0.001 0.001 0.012 0.098 0.001 0.002 77 R 0.001 0.004 0.054 0.001 0.057 0.613 0.001 0.001 0.001 0.021 0.245 0.002 0.002 78 S 0.001 0.018 0.080 0.001 0.050 0.480 0.001 0.001 0.001 0.112 0.246 0.003 0.009 79 N 0.001 0.004 0.606 0.001 0.005 0.109 0.001 0.001 0.001 0.238 0.032 0.002 0.003 80 P 0.001 0.001 0.089 0.001 0.054 0.714 0.001 0.001 0.001 0.024 0.116 0.001 0.001 81 D 0.001 0.001 0.017 0.001 0.094 0.719 0.001 0.001 0.001 0.013 0.155 0.001 0.001 82 S 0.001 0.001 0.022 0.001 0.072 0.878 0.001 0.001 0.001 0.009 0.014 0.001 0.002 83 V 0.001 0.002 0.014 0.001 0.023 0.934 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.001 0.004 84 R 0.003 0.004 0.017 0.002 0.033 0.876 0.001 0.001 0.001 0.005 0.049 0.003 0.005 85 S 0.003 0.003 0.017 0.003 0.057 0.821 0.001 0.001 0.001 0.007 0.079 0.003 0.006 86 Q 0.006 0.003 0.028 0.003 0.053 0.765 0.001 0.001 0.003 0.023 0.088 0.008 0.019 87 L 0.009 0.008 0.150 0.007 0.030 0.421 0.001 0.001 0.007 0.073 0.232 0.014 0.047 88 G 0.005 0.006 0.311 0.011 0.019 0.161 0.001 0.001 0.011 0.130 0.290 0.037 0.016 89 D 0.004 0.006 0.249 0.008 0.030 0.183 0.001 0.001 0.011 0.203 0.260 0.016 0.029 90 S 0.010 0.012 0.234 0.007 0.044 0.236 0.002 0.004 0.019 0.175 0.179 0.041 0.037 91 V 0.034 0.029 0.193 0.008 0.054 0.246 0.011 0.014 0.042 0.098 0.111 0.048 0.111 92 C 0.033 0.055 0.290 0.011 0.035 0.154 0.014 0.014 0.041 0.086 0.099 0.074 0.094 93 S 0.014 0.030 0.330 0.012 0.032 0.105 0.004 0.005 0.014 0.134 0.188 0.060 0.071 94 N 0.004 0.011 0.203 0.008 0.026 0.117 0.001 0.001 0.004 0.239 0.331 0.017 0.039 95 T 0.002 0.004 0.132 0.005 0.021 0.185 0.001 0.001 0.001 0.240 0.393 0.007 0.010 96 G 0.003 0.005 0.183 0.002 0.018 0.494 0.001 0.001 0.001 0.148 0.122 0.010 0.013 97 Y 0.002 0.002 0.049 0.001 0.014 0.896 0.001 0.001 0.001 0.013 0.010 0.003 0.009 98 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 99 Q 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 100 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 101 L 0.002 0.001 0.005 0.001 0.018 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.002 102 A 0.008 0.001 0.018 0.002 0.055 0.802 0.001 0.001 0.001 0.015 0.075 0.007 0.016 103 R 0.005 0.001 0.019 0.007 0.039 0.227 0.001 0.001 0.001 0.046 0.633 0.005 0.018 104 G 0.004 0.001 0.089 0.003 0.004 0.021 0.001 0.001 0.002 0.128 0.731 0.009 0.009 105 A 0.041 0.004 0.521 0.009 0.005 0.029 0.002 0.001 0.020 0.119 0.044 0.133 0.071 106 I 0.262 0.005 0.071 0.013 0.004 0.037 0.040 0.017 0.054 0.030 0.015 0.099 0.353 107 L 0.473 0.003 0.024 0.049 0.004 0.036 0.085 0.037 0.033 0.011 0.006 0.142 0.099 108 T 0.532 0.002 0.021 0.055 0.004 0.025 0.081 0.023 0.024 0.004 0.010 0.055 0.162 109 Y 0.456 0.002 0.038 0.025 0.004 0.010 0.053 0.011 0.032 0.007 0.007 0.225 0.130 110 S 0.354 0.004 0.064 0.028 0.005 0.014 0.033 0.005 0.043 0.013 0.013 0.189 0.236 111 F 0.271 0.007 0.127 0.027 0.008 0.018 0.014 0.003 0.035 0.023 0.015 0.144 0.308 112 T 0.133 0.006 0.141 0.111 0.011 0.034 0.010 0.002 0.031 0.060 0.033 0.282 0.144 113 E 0.129 0.011 0.079 0.012 0.025 0.070 0.010 0.002 0.018 0.036 0.050 0.095 0.464 114 Y 0.126 0.020 0.129 0.020 0.045 0.075 0.010 0.003 0.015 0.039 0.058 0.167 0.293 115 K 0.076 0.014 0.171 0.020 0.048 0.067 0.006 0.002 0.016 0.062 0.064 0.264 0.191 116 T 0.018 0.013 0.271 0.019 0.044 0.068 0.003 0.001 0.010 0.126 0.183 0.075 0.169 117 N 0.010 0.013 0.244 0.025 0.030 0.060 0.002 0.001 0.004 0.201 0.314 0.036 0.061 118 Q 0.012 0.016 0.451 0.007 0.012 0.069 0.001 0.001 0.006 0.213 0.058 0.104 0.050 119 P 0.016 0.020 0.461 0.006 0.020 0.139 0.002 0.001 0.006 0.066 0.049 0.032 0.183 120 V 0.024 0.025 0.296 0.019 0.044 0.276 0.004 0.002 0.011 0.059 0.065 0.108 0.068 121 A 0.029 0.017 0.243 0.023 0.060 0.340 0.005 0.001 0.011 0.045 0.055 0.038 0.132 122 T 0.035 0.010 0.127 0.023 0.124 0.445 0.004 0.001 0.008 0.037 0.057 0.051 0.079 123 E 0.031 0.008 0.080 0.014 0.090 0.476 0.003 0.001 0.010 0.040 0.119 0.058 0.068 124 R 0.026 0.013 0.118 0.007 0.074 0.459 0.003 0.001 0.008 0.039 0.131 0.024 0.099 125 F 0.017 0.013 0.198 0.013 0.055 0.422 0.003 0.001 0.011 0.071 0.090 0.061 0.047 126 D 0.012 0.013 0.230 0.008 0.049 0.367 0.001 0.001 0.008 0.085 0.117 0.050 0.058 127 A 0.007 0.011 0.118 0.007 0.096 0.469 0.001 0.001 0.005 0.060 0.172 0.011 0.043 128 G 0.005 0.007 0.146 0.012 0.091 0.387 0.001 0.001 0.005 0.106 0.200 0.025 0.015 129 S 0.008 0.012 0.223 0.008 0.108 0.273 0.001 0.001 0.006 0.108 0.178 0.020 0.054 130 C 0.012 0.024 0.313 0.010 0.111 0.231 0.002 0.001 0.008 0.098 0.102 0.037 0.051 131 R 0.010 0.024 0.327 0.009 0.104 0.221 0.002 0.001 0.010 0.087 0.129 0.033 0.042 132 I 0.005 0.017 0.349 0.006 0.081 0.170 0.001 0.001 0.008 0.096 0.212 0.018 0.035 133 Q 0.002 0.011 0.331 0.007 0.053 0.091 0.001 0.001 0.005 0.120 0.352 0.014 0.015 134 G 0.001 0.015 0.430 0.003 0.021 0.031 0.001 0.001 0.006 0.234 0.230 0.014 0.015 135 K 0.001 0.020 0.773 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 0.009 0.124 0.023 0.015 0.019 136 K 0.001 0.019 0.814 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 0.014 0.083 0.019 0.011 0.022