# TARGET T0581 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0581.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.21195 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.027 0.548 0.008 0.011 0.020 0.026 0.031 0.007 0.002 0.072 0.248 2 S 0.015 0.560 0.008 0.015 0.032 0.042 0.045 0.005 0.003 0.097 0.178 3 R 0.009 0.662 0.009 0.019 0.029 0.040 0.031 0.003 0.002 0.087 0.109 4 F 0.009 0.703 0.013 0.019 0.027 0.024 0.022 0.004 0.003 0.097 0.078 5 M 0.016 0.665 0.019 0.026 0.033 0.034 0.019 0.006 0.006 0.114 0.062 6 A 0.020 0.610 0.024 0.031 0.027 0.038 0.026 0.006 0.007 0.127 0.084 7 L 0.038 0.427 0.031 0.054 0.055 0.061 0.040 0.008 0.008 0.151 0.127 8 A 0.039 0.177 0.039 0.077 0.069 0.122 0.055 0.017 0.014 0.167 0.226 9 L 0.060 0.162 0.021 0.092 0.095 0.127 0.060 0.015 0.008 0.068 0.294 10 C 0.030 0.038 0.006 0.096 0.101 0.143 0.065 0.012 0.003 0.073 0.433 11 F 0.013 0.030 0.005 0.101 0.096 0.108 0.105 0.007 0.003 0.083 0.448 12 V 0.017 0.145 0.007 0.075 0.067 0.054 0.085 0.007 0.004 0.050 0.490 13 L 0.077 0.319 0.007 0.035 0.042 0.035 0.092 0.016 0.004 0.070 0.303 14 P 0.081 0.368 0.006 0.017 0.012 0.018 0.058 0.014 0.003 0.118 0.305 15 T 0.090 0.620 0.007 0.011 0.007 0.008 0.024 0.009 0.004 0.053 0.167 16 A 0.060 0.629 0.008 0.012 0.006 0.008 0.027 0.009 0.004 0.045 0.192 17 A 0.073 0.154 0.010 0.017 0.009 0.015 0.051 0.018 0.006 0.371 0.276 18 H 0.067 0.263 0.018 0.019 0.016 0.014 0.079 0.015 0.008 0.195 0.305 19 A 0.107 0.351 0.017 0.034 0.018 0.013 0.059 0.011 0.007 0.088 0.295 20 A 0.076 0.210 0.013 0.022 0.013 0.016 0.100 0.013 0.005 0.074 0.458 21 S 0.084 0.395 0.005 0.008 0.006 0.010 0.062 0.013 0.004 0.053 0.360 22 L 0.115 0.516 0.004 0.006 0.004 0.004 0.035 0.012 0.003 0.052 0.248 23 K 0.033 0.766 0.002 0.005 0.003 0.002 0.017 0.004 0.001 0.025 0.141 24 D 0.037 0.275 0.003 0.007 0.004 0.008 0.045 0.011 0.002 0.322 0.287 25 F 0.025 0.611 0.012 0.007 0.006 0.004 0.038 0.005 0.005 0.143 0.145 26 E 0.023 0.900 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.012 0.047 27 L 0.022 0.898 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.002 0.010 0.056 28 S 0.011 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.011 0.035 29 K 0.014 0.896 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.002 0.037 0.037 30 M 0.010 0.932 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.018 0.025 31 L 0.013 0.955 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.008 0.015 32 E 0.017 0.913 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.017 0.038 33 K 0.022 0.850 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.003 0.058 0.051 34 V 0.054 0.104 0.015 0.006 0.003 0.003 0.030 0.010 0.008 0.649 0.118 35 A 0.094 0.086 0.038 0.018 0.004 0.006 0.084 0.009 0.023 0.366 0.272 36 K 0.154 0.027 0.008 0.020 0.004 0.006 0.065 0.007 0.008 0.099 0.603 37 E 0.041 0.011 0.006 0.018 0.006 0.006 0.078 0.007 0.004 0.042 0.781 38 S 0.098 0.010 0.001 0.012 0.004 0.008 0.106 0.007 0.002 0.046 0.709 39 S 0.121 0.010 0.001 0.024 0.005 0.007 0.161 0.005 0.001 0.058 0.605 40 V 0.009 0.019 0.001 0.033 0.005 0.006 0.217 0.001 0.001 0.016 0.694 41 G 0.025 0.136 0.002 0.020 0.007 0.011 0.095 0.006 0.001 0.028 0.671 42 T 0.309 0.283 0.005 0.016 0.011 0.011 0.060 0.022 0.002 0.065 0.216 43 P 0.210 0.150 0.004 0.020 0.010 0.015 0.079 0.013 0.002 0.121 0.375 44 R 0.145 0.138 0.005 0.045 0.015 0.021 0.064 0.010 0.002 0.097 0.458 45 A 0.036 0.107 0.008 0.055 0.021 0.024 0.095 0.008 0.003 0.061 0.583 46 I 0.026 0.287 0.008 0.020 0.014 0.014 0.073 0.013 0.003 0.047 0.495 47 N 0.075 0.764 0.003 0.005 0.006 0.007 0.017 0.020 0.002 0.024 0.077 48 E 0.062 0.782 0.003 0.005 0.007 0.005 0.020 0.005 0.001 0.033 0.077 49 D 0.048 0.509 0.021 0.018 0.013 0.017 0.033 0.009 0.005 0.168 0.159 50 I 0.152 0.111 0.115 0.021 0.016 0.029 0.066 0.025 0.035 0.211 0.218 51 L 0.331 0.076 0.053 0.020 0.025 0.038 0.071 0.015 0.019 0.046 0.306 52 D 0.113 0.009 0.002 0.018 0.025 0.036 0.058 0.007 0.001 0.040 0.691 53 Q 0.011 0.014 0.001 0.038 0.049 0.044 0.127 0.002 0.001 0.031 0.684 54 G 0.005 0.014 0.001 0.057 0.057 0.111 0.150 0.001 0.001 0.049 0.555 55 Y 0.005 0.021 0.003 0.114 0.144 0.154 0.121 0.002 0.001 0.049 0.386 56 T 0.026 0.036 0.002 0.120 0.121 0.215 0.098 0.004 0.001 0.085 0.293 57 V 0.042 0.036 0.003 0.125 0.132 0.123 0.053 0.003 0.001 0.115 0.366 58 E 0.037 0.095 0.003 0.141 0.069 0.077 0.065 0.004 0.002 0.048 0.459 59 G 0.033 0.215 0.001 0.056 0.044 0.106 0.041 0.004 0.001 0.038 0.462 60 N 0.020 0.045 0.001 0.042 0.086 0.138 0.087 0.003 0.001 0.262 0.315 61 Q 0.012 0.081 0.011 0.064 0.142 0.222 0.079 0.004 0.002 0.158 0.225 62 L 0.093 0.136 0.009 0.044 0.128 0.152 0.059 0.007 0.002 0.083 0.286 63 I 0.142 0.047 0.006 0.040 0.134 0.135 0.047 0.007 0.002 0.083 0.357 64 N 0.037 0.046 0.001 0.025 0.068 0.183 0.130 0.002 0.001 0.050 0.456 65 H 0.022 0.094 0.002 0.030 0.088 0.172 0.099 0.003 0.001 0.047 0.443 66 L 0.019 0.125 0.002 0.043 0.209 0.141 0.072 0.003 0.001 0.047 0.338 67 S 0.021 0.084 0.004 0.054 0.098 0.198 0.090 0.004 0.001 0.150 0.297 68 V 0.022 0.104 0.009 0.040 0.063 0.054 0.103 0.006 0.002 0.145 0.452 69 R 0.097 0.690 0.004 0.020 0.019 0.016 0.023 0.009 0.003 0.023 0.097 70 A 0.104 0.684 0.001 0.008 0.006 0.009 0.015 0.006 0.001 0.024 0.141 71 S 0.008 0.869 0.001 0.003 0.003 0.003 0.008 0.002 0.001 0.016 0.086 72 H 0.023 0.914 0.003 0.001 0.001 0.003 0.006 0.006 0.001 0.019 0.024 73 A 0.072 0.822 0.007 0.002 0.003 0.003 0.008 0.006 0.003 0.030 0.044 74 E 0.108 0.458 0.007 0.004 0.008 0.009 0.033 0.010 0.004 0.142 0.216 75 R 0.097 0.221 0.019 0.007 0.018 0.019 0.038 0.017 0.011 0.214 0.340 76 M 0.195 0.082 0.010 0.013 0.018 0.020 0.061 0.010 0.011 0.107 0.473 77 R 0.031 0.050 0.003 0.012 0.009 0.013 0.086 0.003 0.002 0.036 0.755 78 S 0.006 0.052 0.001 0.003 0.003 0.003 0.100 0.002 0.001 0.049 0.780 79 N 0.039 0.817 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 0.002 0.039 0.080 80 P 0.022 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 0.022 81 D 0.013 0.605 0.001 0.003 0.001 0.002 0.011 0.002 0.001 0.281 0.079 82 S 0.016 0.650 0.016 0.006 0.002 0.004 0.019 0.003 0.005 0.230 0.049 83 V 0.058 0.716 0.031 0.009 0.004 0.005 0.017 0.006 0.010 0.073 0.071 84 R 0.129 0.370 0.036 0.018 0.013 0.013 0.032 0.019 0.018 0.095 0.256 85 S 0.097 0.169 0.013 0.013 0.015 0.021 0.075 0.013 0.012 0.100 0.472 86 Q 0.074 0.066 0.012 0.013 0.010 0.012 0.099 0.012 0.008 0.136 0.557 87 L 0.094 0.108 0.012 0.023 0.010 0.011 0.169 0.012 0.007 0.100 0.455 88 G 0.087 0.122 0.004 0.024 0.012 0.022 0.109 0.012 0.002 0.061 0.544 89 D 0.066 0.089 0.004 0.051 0.033 0.042 0.103 0.010 0.002 0.114 0.487 90 S 0.041 0.065 0.005 0.079 0.049 0.082 0.103 0.006 0.002 0.170 0.400 91 V 0.032 0.024 0.005 0.083 0.033 0.032 0.102 0.004 0.002 0.180 0.504 92 C 0.043 0.018 0.008 0.084 0.035 0.037 0.116 0.005 0.004 0.186 0.463 93 S 0.040 0.070 0.002 0.015 0.012 0.009 0.090 0.004 0.001 0.028 0.729 94 N 0.132 0.354 0.001 0.010 0.011 0.014 0.037 0.014 0.001 0.043 0.380 95 T 0.038 0.584 0.001 0.006 0.009 0.011 0.039 0.004 0.001 0.035 0.272 96 G 0.004 0.938 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.008 0.037 97 Y 0.005 0.945 0.002 0.001 0.003 0.003 0.004 0.003 0.001 0.013 0.021 98 R 0.003 0.972 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 0.007 99 Q 0.011 0.789 0.017 0.004 0.009 0.008 0.006 0.002 0.003 0.119 0.030 100 L 0.035 0.178 0.303 0.012 0.024 0.027 0.024 0.011 0.065 0.272 0.050 101 L 0.481 0.169 0.052 0.008 0.008 0.027 0.032 0.015 0.033 0.061 0.113 102 A 0.115 0.065 0.007 0.015 0.011 0.012 0.049 0.008 0.004 0.034 0.680 103 R 0.012 0.057 0.004 0.047 0.038 0.044 0.132 0.002 0.002 0.056 0.606 104 G 0.024 0.009 0.002 0.035 0.025 0.132 0.133 0.005 0.001 0.282 0.352 105 A 0.008 0.025 0.004 0.086 0.099 0.044 0.165 0.002 0.001 0.122 0.446 106 I 0.008 0.015 0.001 0.183 0.109 0.124 0.084 0.001 0.001 0.152 0.324 107 L 0.005 0.012 0.001 0.198 0.142 0.231 0.044 0.001 0.001 0.113 0.253 108 T 0.007 0.008 0.001 0.201 0.141 0.217 0.047 0.001 0.001 0.110 0.267 109 Y 0.012 0.018 0.002 0.175 0.182 0.250 0.046 0.002 0.001 0.097 0.215 110 S 0.014 0.033 0.001 0.136 0.118 0.181 0.080 0.002 0.001 0.050 0.383 111 F 0.023 0.062 0.002 0.076 0.110 0.171 0.071 0.003 0.001 0.070 0.413 112 T 0.045 0.035 0.002 0.051 0.113 0.166 0.096 0.003 0.001 0.157 0.331 113 E 0.030 0.034 0.007 0.043 0.110 0.143 0.103 0.003 0.002 0.095 0.429 114 Y 0.129 0.032 0.003 0.028 0.062 0.106 0.102 0.005 0.001 0.071 0.461 115 K 0.079 0.016 0.002 0.029 0.059 0.088 0.082 0.004 0.001 0.059 0.581 116 T 0.016 0.017 0.001 0.020 0.033 0.054 0.113 0.002 0.001 0.028 0.716 117 N 0.028 0.135 0.001 0.019 0.042 0.055 0.087 0.003 0.001 0.044 0.584 118 Q 0.057 0.082 0.002 0.022 0.067 0.054 0.130 0.007 0.001 0.181 0.398 119 P 0.046 0.169 0.005 0.028 0.038 0.060 0.090 0.005 0.002 0.183 0.373 120 V 0.089 0.276 0.010 0.036 0.044 0.042 0.060 0.006 0.003 0.075 0.359 121 A 0.069 0.308 0.008 0.032 0.038 0.058 0.075 0.011 0.003 0.061 0.337 122 T 0.096 0.332 0.006 0.027 0.028 0.063 0.057 0.012 0.003 0.088 0.289 123 E 0.065 0.325 0.009 0.034 0.057 0.049 0.075 0.009 0.003 0.074 0.301 124 R 0.055 0.249 0.015 0.037 0.039 0.052 0.085 0.011 0.004 0.099 0.353 125 F 0.118 0.053 0.021 0.036 0.037 0.051 0.104 0.015 0.009 0.176 0.380 126 D 0.169 0.069 0.013 0.035 0.041 0.053 0.099 0.014 0.006 0.059 0.443 127 A 0.106 0.047 0.002 0.025 0.028 0.030 0.065 0.008 0.001 0.029 0.659 128 G 0.061 0.037 0.002 0.046 0.061 0.090 0.093 0.006 0.001 0.037 0.567 129 S 0.025 0.031 0.001 0.036 0.046 0.104 0.104 0.003 0.001 0.039 0.610 130 C 0.037 0.023 0.003 0.041 0.124 0.164 0.102 0.004 0.001 0.051 0.449 131 R 0.141 0.014 0.002 0.029 0.085 0.119 0.097 0.004 0.001 0.059 0.449 132 I 0.158 0.004 0.001 0.015 0.042 0.074 0.049 0.002 0.001 0.034 0.621 133 Q 0.041 0.001 0.001 0.008 0.019 0.028 0.070 0.001 0.001 0.014 0.819 134 G 0.015 0.001 0.001 0.008 0.019 0.049 0.072 0.001 0.001 0.013 0.824 135 K 0.006 0.001 0.001 0.005 0.024 0.038 0.125 0.001 0.001 0.015 0.786 136 K 0.012 0.004 0.001 0.020 0.060 0.096 0.124 0.001 0.001 0.026 0.657