# TARGET T0581 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0581.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.21195 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.127 0.154 0.013 0.028 0.030 0.043 0.119 0.003 0.001 0.004 0.478 2 S 0.044 0.222 0.007 0.032 0.041 0.070 0.100 0.003 0.001 0.003 0.478 3 R 0.060 0.229 0.006 0.040 0.039 0.067 0.126 0.003 0.001 0.003 0.427 4 F 0.051 0.417 0.006 0.035 0.031 0.051 0.088 0.004 0.001 0.002 0.316 5 M 0.032 0.520 0.010 0.041 0.039 0.067 0.067 0.004 0.001 0.001 0.218 6 A 0.017 0.669 0.008 0.036 0.030 0.048 0.038 0.004 0.001 0.001 0.148 7 L 0.015 0.734 0.004 0.021 0.025 0.040 0.022 0.004 0.001 0.001 0.133 8 A 0.022 0.797 0.005 0.015 0.015 0.029 0.023 0.005 0.001 0.001 0.090 9 L 0.027 0.801 0.005 0.014 0.017 0.028 0.016 0.007 0.001 0.001 0.085 10 C 0.031 0.794 0.009 0.013 0.016 0.028 0.010 0.011 0.001 0.001 0.089 11 F 0.041 0.781 0.014 0.015 0.015 0.022 0.014 0.018 0.001 0.001 0.081 12 V 0.074 0.654 0.035 0.014 0.009 0.017 0.019 0.036 0.001 0.001 0.142 13 L 0.084 0.586 0.046 0.013 0.021 0.032 0.023 0.022 0.001 0.001 0.171 14 P 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.981 15 T 0.050 0.083 0.008 0.015 0.008 0.021 0.106 0.003 0.001 0.001 0.704 16 A 0.186 0.361 0.010 0.013 0.004 0.008 0.060 0.005 0.001 0.004 0.349 17 A 0.089 0.592 0.007 0.021 0.008 0.016 0.035 0.005 0.001 0.002 0.225 18 H 0.096 0.620 0.015 0.020 0.009 0.012 0.033 0.010 0.001 0.002 0.183 19 A 0.132 0.690 0.006 0.011 0.005 0.010 0.010 0.011 0.001 0.001 0.125 20 A 0.100 0.679 0.008 0.024 0.009 0.017 0.016 0.017 0.001 0.001 0.130 21 S 0.173 0.365 0.008 0.018 0.009 0.014 0.044 0.028 0.001 0.001 0.340 22 L 0.179 0.297 0.040 0.019 0.006 0.013 0.032 0.015 0.001 0.002 0.397 23 K 0.037 0.197 0.015 0.013 0.007 0.013 0.244 0.006 0.001 0.003 0.466 24 D 0.128 0.133 0.012 0.008 0.004 0.008 0.253 0.005 0.001 0.005 0.444 25 F 0.150 0.453 0.017 0.012 0.005 0.009 0.055 0.005 0.001 0.003 0.290 26 E 0.032 0.448 0.007 0.007 0.004 0.006 0.129 0.004 0.001 0.001 0.362 27 L 0.038 0.703 0.005 0.005 0.002 0.005 0.066 0.004 0.001 0.001 0.169 28 S 0.036 0.781 0.004 0.004 0.003 0.009 0.027 0.005 0.001 0.001 0.130 29 K 0.021 0.760 0.004 0.001 0.001 0.002 0.027 0.003 0.001 0.001 0.180 30 M 0.027 0.806 0.003 0.001 0.001 0.001 0.034 0.003 0.001 0.001 0.123 31 L 0.025 0.895 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.001 0.001 0.058 32 E 0.009 0.937 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.040 33 K 0.014 0.911 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.061 34 V 0.029 0.935 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.023 35 A 0.015 0.946 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.001 0.001 0.016 36 K 0.025 0.892 0.014 0.001 0.002 0.004 0.002 0.027 0.001 0.001 0.030 37 E 0.112 0.723 0.014 0.005 0.003 0.006 0.005 0.053 0.001 0.001 0.079 38 S 0.266 0.382 0.044 0.010 0.014 0.015 0.018 0.061 0.001 0.002 0.188 39 S 0.119 0.086 0.051 0.012 0.013 0.015 0.051 0.028 0.001 0.003 0.623 40 V 0.055 0.057 0.103 0.039 0.009 0.016 0.150 0.007 0.001 0.009 0.556 41 G 0.178 0.030 0.043 0.029 0.014 0.026 0.196 0.007 0.001 0.033 0.443 42 T 0.236 0.037 0.025 0.017 0.022 0.008 0.180 0.003 0.001 0.010 0.463 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 44 R 0.011 0.006 0.001 0.059 0.036 0.182 0.253 0.001 0.001 0.001 0.451 45 A 0.385 0.038 0.001 0.030 0.007 0.013 0.111 0.001 0.001 0.007 0.407 46 I 0.247 0.366 0.004 0.033 0.013 0.020 0.073 0.003 0.001 0.002 0.239 47 N 0.160 0.349 0.011 0.025 0.012 0.026 0.083 0.007 0.001 0.002 0.326 48 E 0.039 0.169 0.001 0.012 0.004 0.010 0.032 0.002 0.001 0.001 0.730 49 D 0.034 0.142 0.001 0.010 0.004 0.009 0.292 0.003 0.001 0.002 0.504 50 I 0.220 0.425 0.012 0.009 0.005 0.007 0.134 0.015 0.001 0.003 0.170 51 L 0.022 0.884 0.026 0.005 0.005 0.006 0.008 0.011 0.001 0.001 0.032 52 D 0.046 0.785 0.010 0.007 0.008 0.011 0.006 0.026 0.001 0.001 0.102 53 Q 0.183 0.592 0.015 0.021 0.015 0.018 0.009 0.039 0.001 0.002 0.105 54 G 0.333 0.129 0.019 0.033 0.047 0.075 0.029 0.053 0.001 0.006 0.278 55 Y 0.114 0.049 0.311 0.095 0.080 0.055 0.058 0.017 0.001 0.006 0.215 56 T 0.007 0.004 0.009 0.094 0.081 0.092 0.043 0.001 0.001 0.001 0.669 57 V 0.006 0.005 0.008 0.106 0.163 0.234 0.049 0.001 0.001 0.002 0.426 58 E 0.008 0.010 0.002 0.120 0.068 0.168 0.156 0.001 0.001 0.006 0.462 59 G 0.036 0.004 0.001 0.060 0.022 0.069 0.159 0.001 0.001 0.018 0.629 60 N 0.359 0.032 0.007 0.067 0.026 0.043 0.151 0.001 0.001 0.016 0.299 61 Q 0.058 0.056 0.002 0.059 0.031 0.042 0.267 0.001 0.001 0.003 0.480 62 L 0.076 0.114 0.007 0.056 0.119 0.216 0.112 0.002 0.001 0.003 0.296 63 I 0.038 0.175 0.006 0.074 0.183 0.291 0.044 0.003 0.001 0.002 0.184 64 N 0.039 0.181 0.006 0.033 0.302 0.257 0.027 0.005 0.001 0.002 0.148 65 H 0.080 0.174 0.016 0.042 0.099 0.176 0.049 0.007 0.001 0.003 0.354 66 L 0.085 0.130 0.015 0.124 0.215 0.277 0.041 0.006 0.001 0.002 0.105 67 S 0.024 0.061 0.007 0.074 0.157 0.194 0.078 0.004 0.001 0.002 0.398 68 V 0.022 0.076 0.018 0.118 0.134 0.198 0.069 0.004 0.001 0.003 0.358 69 R 0.018 0.085 0.009 0.072 0.080 0.176 0.173 0.003 0.001 0.005 0.379 70 A 0.057 0.056 0.003 0.025 0.026 0.087 0.076 0.002 0.001 0.004 0.666 71 S 0.030 0.094 0.002 0.019 0.006 0.018 0.193 0.001 0.001 0.003 0.634 72 H 0.148 0.183 0.003 0.007 0.004 0.009 0.245 0.003 0.001 0.004 0.394 73 A 0.095 0.590 0.006 0.003 0.002 0.005 0.043 0.003 0.001 0.002 0.250 74 E 0.034 0.634 0.004 0.004 0.003 0.007 0.036 0.003 0.001 0.001 0.275 75 R 0.100 0.691 0.003 0.002 0.002 0.003 0.019 0.010 0.001 0.001 0.170 76 M 0.120 0.815 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 0.001 0.001 0.039 77 R 0.080 0.771 0.012 0.003 0.003 0.006 0.004 0.044 0.001 0.001 0.076 78 S 0.167 0.555 0.053 0.004 0.002 0.004 0.011 0.076 0.001 0.001 0.127 79 N 0.207 0.387 0.025 0.005 0.007 0.005 0.050 0.043 0.001 0.002 0.268 80 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 81 D 0.005 0.014 0.005 0.005 0.003 0.012 0.410 0.001 0.001 0.002 0.544 82 S 0.208 0.062 0.002 0.004 0.001 0.002 0.337 0.001 0.001 0.007 0.376 83 V 0.077 0.697 0.004 0.007 0.002 0.003 0.036 0.002 0.001 0.001 0.171 84 R 0.018 0.870 0.009 0.007 0.004 0.006 0.017 0.004 0.001 0.001 0.065 85 S 0.028 0.783 0.001 0.011 0.004 0.008 0.012 0.008 0.001 0.001 0.145 86 Q 0.139 0.675 0.004 0.012 0.009 0.012 0.012 0.027 0.001 0.001 0.108 87 L 0.118 0.692 0.028 0.011 0.008 0.010 0.017 0.030 0.001 0.001 0.086 88 G 0.101 0.306 0.047 0.022 0.025 0.039 0.049 0.029 0.001 0.003 0.379 89 D 0.091 0.104 0.051 0.039 0.018 0.024 0.055 0.010 0.001 0.003 0.604 90 S 0.116 0.092 0.015 0.045 0.051 0.056 0.073 0.007 0.001 0.004 0.541 91 V 0.082 0.059 0.016 0.039 0.034 0.054 0.102 0.004 0.001 0.003 0.606 92 C 0.063 0.105 0.014 0.089 0.096 0.182 0.087 0.006 0.001 0.005 0.351 93 S 0.047 0.073 0.009 0.045 0.054 0.094 0.110 0.005 0.001 0.005 0.557 94 N 0.130 0.149 0.011 0.056 0.055 0.094 0.090 0.009 0.001 0.009 0.396 95 T 0.104 0.100 0.013 0.025 0.024 0.030 0.143 0.005 0.001 0.015 0.542 96 G 0.048 0.032 0.005 0.005 0.006 0.010 0.481 0.001 0.001 0.010 0.403 97 Y 0.102 0.078 0.021 0.014 0.008 0.011 0.425 0.001 0.001 0.012 0.329 98 R 0.038 0.281 0.004 0.011 0.043 0.074 0.167 0.002 0.001 0.004 0.377 99 Q 0.019 0.364 0.003 0.014 0.015 0.026 0.154 0.002 0.001 0.001 0.403 100 L 0.041 0.669 0.004 0.022 0.025 0.057 0.025 0.008 0.001 0.001 0.149 101 L 0.016 0.883 0.008 0.005 0.017 0.028 0.005 0.007 0.001 0.001 0.029 102 A 0.023 0.871 0.003 0.009 0.008 0.014 0.003 0.013 0.001 0.001 0.056 103 R 0.141 0.651 0.013 0.014 0.012 0.018 0.013 0.028 0.001 0.002 0.107 104 G 0.476 0.138 0.018 0.012 0.026 0.040 0.022 0.042 0.001 0.003 0.223 105 A 0.124 0.069 0.510 0.051 0.042 0.035 0.027 0.007 0.001 0.002 0.131 106 I 0.011 0.023 0.012 0.245 0.166 0.237 0.043 0.002 0.001 0.001 0.259 107 L 0.009 0.019 0.004 0.207 0.348 0.292 0.022 0.001 0.001 0.001 0.097 108 T 0.010 0.035 0.004 0.434 0.137 0.234 0.023 0.001 0.001 0.001 0.122 109 Y 0.006 0.019 0.002 0.284 0.210 0.331 0.020 0.001 0.001 0.001 0.125 110 S 0.007 0.011 0.002 0.209 0.189 0.282 0.044 0.001 0.001 0.002 0.254 111 F 0.012 0.016 0.002 0.188 0.170 0.300 0.054 0.001 0.001 0.003 0.255 112 T 0.012 0.019 0.004 0.059 0.248 0.296 0.108 0.002 0.001 0.006 0.245 113 E 0.017 0.014 0.003 0.019 0.077 0.147 0.071 0.001 0.001 0.005 0.646 114 Y 0.023 0.019 0.005 0.035 0.094 0.202 0.199 0.001 0.001 0.012 0.411 115 K 0.190 0.025 0.005 0.023 0.084 0.118 0.124 0.003 0.001 0.013 0.415 116 T 0.066 0.072 0.010 0.030 0.044 0.052 0.120 0.004 0.001 0.009 0.594 117 N 0.205 0.029 0.033 0.037 0.066 0.118 0.063 0.007 0.001 0.020 0.422 118 Q 0.184 0.020 0.018 0.041 0.069 0.043 0.127 0.003 0.001 0.007 0.488 119 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.984 120 V 0.012 0.004 0.003 0.042 0.118 0.293 0.099 0.001 0.001 0.002 0.426 121 A 0.054 0.020 0.001 0.045 0.048 0.091 0.155 0.001 0.001 0.007 0.578 122 T 0.083 0.072 0.004 0.054 0.058 0.119 0.112 0.001 0.001 0.005 0.494 123 E 0.094 0.120 0.007 0.057 0.042 0.086 0.118 0.002 0.001 0.007 0.467 124 R 0.138 0.155 0.003 0.034 0.031 0.061 0.161 0.004 0.001 0.007 0.406 125 F 0.193 0.244 0.008 0.047 0.049 0.072 0.085 0.011 0.001 0.006 0.285 126 D 0.094 0.341 0.015 0.025 0.056 0.069 0.057 0.015 0.001 0.003 0.322 127 A 0.071 0.382 0.024 0.026 0.026 0.047 0.059 0.011 0.001 0.004 0.351 128 G 0.093 0.272 0.010 0.024 0.041 0.074 0.130 0.010 0.001 0.009 0.338 129 S 0.253 0.095 0.010 0.016 0.029 0.049 0.113 0.010 0.001 0.009 0.416 130 C 0.181 0.183 0.058 0.035 0.044 0.063 0.071 0.010 0.001 0.006 0.350 131 R 0.030 0.081 0.010 0.031 0.052 0.087 0.108 0.005 0.001 0.002 0.594 132 I 0.062 0.086 0.013 0.035 0.062 0.107 0.086 0.005 0.001 0.005 0.539 133 Q 0.080 0.060 0.005 0.032 0.041 0.078 0.077 0.004 0.001 0.006 0.617 134 G 0.098 0.023 0.008 0.020 0.022 0.038 0.094 0.003 0.001 0.006 0.688 135 K 0.240 0.023 0.017 0.028 0.025 0.032 0.069 0.003 0.001 0.006 0.558 136 K 0.036 0.009 0.002 0.022 0.016 0.023 0.075 0.001 0.001 0.002 0.815