# TARGET T0581 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0581.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.003 0.004 0.034 0.113 0.841 2 S 0.027 0.025 0.033 0.280 0.107 0.527 3 R 0.025 0.017 0.093 0.444 0.128 0.293 4 F 0.017 0.007 0.213 0.470 0.102 0.192 5 M 0.007 0.004 0.290 0.503 0.093 0.103 6 A 0.002 0.002 0.289 0.486 0.065 0.155 7 L 0.001 0.002 0.261 0.705 0.018 0.014 8 A 0.001 0.001 0.176 0.784 0.025 0.014 9 L 0.001 0.001 0.151 0.830 0.014 0.005 10 C 0.001 0.001 0.120 0.846 0.026 0.008 11 F 0.001 0.001 0.102 0.841 0.034 0.023 12 V 0.001 0.003 0.042 0.911 0.026 0.017 13 L 0.001 0.002 0.028 0.811 0.054 0.105 14 P 0.001 0.001 0.024 0.953 0.013 0.009 15 T 0.001 0.001 0.025 0.958 0.012 0.004 16 A 0.001 0.001 0.019 0.968 0.010 0.002 17 A 0.001 0.001 0.023 0.950 0.021 0.005 18 H 0.001 0.001 0.020 0.932 0.031 0.015 19 A 0.002 0.004 0.018 0.906 0.043 0.028 20 A 0.003 0.006 0.020 0.782 0.077 0.112 21 S 0.007 0.015 0.013 0.542 0.143 0.280 22 L 0.001 0.001 0.014 0.895 0.044 0.045 23 K 0.001 0.001 0.011 0.913 0.037 0.038 24 D 0.001 0.001 0.005 0.978 0.009 0.007 25 F 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.004 26 E 0.001 0.001 0.001 0.990 0.004 0.004 27 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.003 0.005 28 S 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 29 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 30 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 32 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.003 33 K 0.001 0.001 0.001 0.989 0.006 0.005 34 V 0.001 0.001 0.001 0.985 0.007 0.006 35 A 0.001 0.001 0.006 0.965 0.015 0.013 36 K 0.001 0.001 0.012 0.893 0.055 0.039 37 E 0.001 0.001 0.021 0.855 0.063 0.059 38 S 0.005 0.011 0.023 0.478 0.221 0.262 39 S 0.008 0.007 0.021 0.219 0.416 0.330 40 V 0.008 0.007 0.007 0.076 0.482 0.419 41 G 0.008 0.015 0.009 0.043 0.481 0.444 42 T 0.019 0.009 0.010 0.024 0.297 0.641 43 P 0.034 0.013 0.201 0.248 0.219 0.286 44 R 0.073 0.012 0.270 0.227 0.260 0.158 45 A 0.129 0.026 0.283 0.163 0.273 0.125 46 I 0.177 0.139 0.055 0.100 0.266 0.263 47 N 0.074 0.034 0.023 0.089 0.511 0.269 48 E 0.009 0.003 0.106 0.549 0.289 0.044 49 D 0.011 0.006 0.136 0.466 0.341 0.041 50 I 0.013 0.014 0.343 0.274 0.340 0.017 51 L 0.041 0.015 0.225 0.350 0.289 0.080 52 D 0.049 0.012 0.171 0.358 0.323 0.087 53 Q 0.072 0.012 0.042 0.266 0.366 0.241 54 G 0.062 0.017 0.018 0.120 0.280 0.503 55 Y 0.116 0.056 0.014 0.170 0.219 0.426 56 T 0.109 0.033 0.021 0.253 0.199 0.385 57 V 0.073 0.049 0.018 0.349 0.340 0.171 58 E 0.042 0.006 0.017 0.430 0.348 0.157 59 G 0.014 0.002 0.015 0.687 0.205 0.077 60 N 0.018 0.002 0.021 0.805 0.129 0.025 61 Q 0.043 0.011 0.025 0.805 0.075 0.042 62 L 0.099 0.011 0.033 0.767 0.064 0.025 63 I 0.092 0.004 0.030 0.747 0.087 0.040 64 N 0.104 0.012 0.039 0.712 0.080 0.054 65 H 0.104 0.006 0.067 0.562 0.139 0.122 66 L 0.113 0.009 0.043 0.473 0.132 0.229 67 S 0.229 0.027 0.032 0.114 0.174 0.425 68 V 0.189 0.040 0.026 0.131 0.175 0.439 69 R 0.109 0.022 0.010 0.103 0.159 0.597 70 A 0.009 0.002 0.026 0.761 0.117 0.085 71 S 0.001 0.001 0.028 0.909 0.050 0.012 72 H 0.001 0.002 0.020 0.906 0.048 0.022 73 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 74 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 75 R 0.001 0.001 0.002 0.990 0.005 0.001 76 M 0.001 0.001 0.003 0.984 0.010 0.001 77 R 0.001 0.001 0.002 0.972 0.023 0.003 78 S 0.001 0.001 0.001 0.948 0.033 0.017 79 N 0.001 0.002 0.001 0.446 0.043 0.509 80 P 0.001 0.001 0.003 0.974 0.006 0.016 81 D 0.001 0.001 0.008 0.975 0.010 0.006 82 S 0.001 0.001 0.013 0.974 0.007 0.005 83 V 0.001 0.001 0.007 0.988 0.003 0.001 84 R 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 85 S 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.002 86 Q 0.001 0.001 0.003 0.987 0.006 0.003 87 L 0.001 0.001 0.002 0.989 0.005 0.003 88 G 0.001 0.001 0.003 0.980 0.011 0.005 89 D 0.001 0.001 0.008 0.934 0.040 0.017 90 S 0.006 0.005 0.018 0.873 0.068 0.030 91 V 0.009 0.013 0.021 0.818 0.105 0.034 92 C 0.006 0.007 0.037 0.733 0.130 0.086 93 S 0.011 0.006 0.010 0.247 0.219 0.507 94 N 0.004 0.004 0.010 0.613 0.130 0.239 95 T 0.001 0.001 0.007 0.878 0.054 0.059 96 G 0.001 0.002 0.010 0.933 0.036 0.018 97 Y 0.001 0.001 0.007 0.980 0.009 0.004 98 R 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 99 Q 0.001 0.001 0.009 0.984 0.005 0.001 100 L 0.001 0.001 0.014 0.967 0.016 0.003 101 L 0.002 0.001 0.013 0.954 0.021 0.008 102 A 0.009 0.002 0.017 0.878 0.064 0.030 103 R 0.034 0.004 0.012 0.304 0.278 0.367 104 G 0.133 0.006 0.005 0.023 0.245 0.588 105 A 0.580 0.012 0.005 0.009 0.133 0.261 106 I 0.795 0.017 0.003 0.005 0.053 0.127 107 L 0.825 0.005 0.005 0.007 0.047 0.111 108 T 0.922 0.004 0.003 0.003 0.022 0.046 109 Y 0.889 0.002 0.003 0.005 0.029 0.072 110 S 0.841 0.003 0.003 0.007 0.052 0.094 111 F 0.803 0.005 0.002 0.008 0.061 0.121 112 T 0.810 0.007 0.003 0.008 0.072 0.101 113 E 0.726 0.009 0.008 0.013 0.119 0.125 114 Y 0.555 0.010 0.015 0.018 0.230 0.171 115 K 0.436 0.009 0.017 0.019 0.334 0.185 116 T 0.307 0.016 0.012 0.019 0.397 0.250 117 N 0.234 0.029 0.009 0.017 0.348 0.364 118 Q 0.396 0.035 0.008 0.014 0.229 0.318 119 P 0.333 0.017 0.009 0.023 0.211 0.407 120 V 0.238 0.027 0.015 0.064 0.219 0.437 121 A 0.177 0.014 0.011 0.080 0.152 0.567 122 T 0.191 0.007 0.024 0.170 0.178 0.429 123 E 0.114 0.003 0.053 0.657 0.096 0.078 124 R 0.170 0.007 0.064 0.566 0.134 0.059 125 F 0.176 0.009 0.073 0.475 0.189 0.078 126 D 0.118 0.011 0.080 0.374 0.295 0.121 127 A 0.057 0.009 0.229 0.316 0.318 0.072 128 G 0.050 0.005 0.129 0.294 0.383 0.140 129 S 0.063 0.020 0.063 0.129 0.359 0.366 130 C 0.085 0.048 0.035 0.126 0.287 0.419 131 R 0.052 0.017 0.063 0.120 0.361 0.387 132 I 0.065 0.015 0.089 0.123 0.441 0.267 133 Q 0.099 0.013 0.073 0.079 0.385 0.350 134 G 0.102 0.018 0.041 0.059 0.332 0.448 135 K 0.117 0.029 0.026 0.083 0.210 0.535 136 K 0.021 0.017 0.006 0.028 0.104 0.824