# TARGET T0581 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0581.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.008 0.787 0.001 0.009 0.153 0.001 0.001 0.004 0.015 0.011 0.003 0.008 2 S 0.001 0.057 0.471 0.001 0.017 0.341 0.001 0.001 0.019 0.027 0.042 0.005 0.016 3 R 0.001 0.010 0.287 0.003 0.008 0.506 0.001 0.001 0.011 0.132 0.030 0.002 0.010 4 F 0.001 0.001 0.085 0.002 0.005 0.855 0.001 0.001 0.002 0.037 0.009 0.003 0.002 5 M 0.001 0.001 0.014 0.001 0.008 0.961 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.002 6 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.011 0.968 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 7 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.979 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 8 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.021 0.954 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.001 0.001 9 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.031 0.939 0.001 0.001 0.002 0.003 0.019 0.001 0.001 10 C 0.001 0.001 0.002 0.001 0.041 0.923 0.001 0.001 0.002 0.003 0.028 0.001 0.001 11 F 0.001 0.001 0.005 0.001 0.032 0.866 0.001 0.001 0.001 0.006 0.087 0.001 0.001 12 V 0.001 0.001 0.009 0.001 0.012 0.879 0.001 0.001 0.001 0.010 0.086 0.001 0.001 13 L 0.001 0.003 0.094 0.001 0.006 0.786 0.001 0.001 0.003 0.076 0.025 0.002 0.003 14 P 0.001 0.002 0.081 0.001 0.015 0.845 0.001 0.001 0.003 0.022 0.026 0.001 0.003 15 T 0.001 0.001 0.005 0.001 0.016 0.958 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 16 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 17 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.019 0.956 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 18 H 0.001 0.001 0.005 0.001 0.014 0.951 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.001 0.001 19 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.014 0.887 0.001 0.001 0.002 0.007 0.081 0.001 0.001 20 A 0.001 0.002 0.040 0.001 0.010 0.739 0.001 0.001 0.002 0.050 0.155 0.001 0.001 21 S 0.001 0.005 0.145 0.001 0.007 0.690 0.001 0.001 0.001 0.078 0.072 0.001 0.002 22 L 0.001 0.001 0.022 0.001 0.017 0.906 0.001 0.001 0.001 0.014 0.040 0.001 0.001 23 K 0.001 0.001 0.005 0.001 0.014 0.951 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.001 0.001 24 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 25 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 26 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 27 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.955 0.001 0.001 0.001 0.007 0.027 0.001 0.001 28 S 0.001 0.001 0.009 0.001 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 29 K 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.001 0.001 30 M 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 31 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 32 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 33 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 34 V 0.001 0.001 0.006 0.001 0.009 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 35 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 0.959 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 36 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.929 0.001 0.001 0.001 0.006 0.044 0.001 0.001 37 E 0.001 0.002 0.021 0.001 0.011 0.823 0.001 0.001 0.001 0.019 0.120 0.001 0.002 38 S 0.001 0.006 0.268 0.001 0.013 0.397 0.001 0.001 0.001 0.075 0.230 0.003 0.005 39 S 0.001 0.017 0.242 0.001 0.027 0.110 0.001 0.001 0.001 0.181 0.408 0.003 0.010 40 V 0.001 0.014 0.244 0.001 0.029 0.035 0.001 0.001 0.001 0.331 0.332 0.006 0.007 41 G 0.001 0.006 0.266 0.001 0.015 0.014 0.001 0.001 0.001 0.525 0.167 0.003 0.004 42 T 0.001 0.005 0.425 0.001 0.009 0.033 0.001 0.001 0.001 0.453 0.068 0.001 0.004 43 P 0.001 0.006 0.141 0.001 0.094 0.339 0.001 0.001 0.001 0.095 0.313 0.002 0.008 44 R 0.003 0.006 0.161 0.003 0.115 0.450 0.001 0.001 0.001 0.109 0.137 0.007 0.008 45 A 0.004 0.012 0.088 0.002 0.280 0.493 0.002 0.001 0.003 0.039 0.051 0.006 0.021 46 I 0.013 0.013 0.112 0.012 0.124 0.529 0.005 0.001 0.006 0.056 0.085 0.012 0.031 47 N 0.011 0.013 0.100 0.010 0.114 0.505 0.005 0.001 0.004 0.058 0.128 0.024 0.028 48 E 0.008 0.009 0.267 0.004 0.053 0.336 0.001 0.001 0.005 0.190 0.038 0.053 0.035 49 D 0.004 0.022 0.271 0.013 0.117 0.288 0.002 0.001 0.006 0.068 0.104 0.008 0.096 50 I 0.012 0.016 0.095 0.005 0.276 0.349 0.001 0.001 0.003 0.055 0.158 0.012 0.017 51 L 0.015 0.016 0.098 0.008 0.233 0.332 0.002 0.001 0.005 0.084 0.159 0.016 0.031 52 D 0.016 0.011 0.140 0.011 0.218 0.163 0.002 0.001 0.007 0.095 0.282 0.022 0.033 53 Q 0.012 0.007 0.144 0.027 0.061 0.226 0.001 0.001 0.009 0.181 0.279 0.013 0.039 54 G 0.034 0.011 0.248 0.009 0.039 0.143 0.007 0.003 0.025 0.143 0.219 0.072 0.048 55 Y 0.144 0.032 0.182 0.004 0.023 0.114 0.037 0.010 0.053 0.069 0.064 0.043 0.226 56 T 0.114 0.017 0.305 0.003 0.007 0.064 0.027 0.020 0.067 0.019 0.013 0.233 0.110 57 V 0.106 0.032 0.242 0.007 0.011 0.081 0.022 0.010 0.082 0.032 0.045 0.027 0.303 58 E 0.041 0.021 0.179 0.048 0.016 0.132 0.009 0.005 0.032 0.124 0.213 0.127 0.052 59 G 0.020 0.006 0.185 0.014 0.029 0.102 0.002 0.001 0.006 0.203 0.332 0.032 0.068 60 N 0.018 0.011 0.192 0.043 0.062 0.158 0.004 0.001 0.007 0.152 0.258 0.018 0.075 61 Q 0.072 0.015 0.171 0.006 0.085 0.111 0.033 0.012 0.017 0.070 0.117 0.183 0.107 62 L 0.072 0.057 0.107 0.009 0.072 0.097 0.041 0.024 0.034 0.062 0.076 0.029 0.319 63 I 0.045 0.027 0.175 0.037 0.101 0.148 0.015 0.014 0.023 0.086 0.125 0.144 0.060 64 N 0.019 0.025 0.186 0.188 0.158 0.060 0.006 0.002 0.009 0.114 0.145 0.020 0.067 65 H 0.014 0.010 0.158 0.059 0.256 0.041 0.002 0.001 0.006 0.123 0.268 0.022 0.042 66 L 0.063 0.032 0.142 0.015 0.121 0.041 0.007 0.001 0.017 0.148 0.246 0.017 0.149 67 S 0.102 0.056 0.230 0.003 0.036 0.032 0.021 0.001 0.020 0.100 0.045 0.266 0.087 68 V 0.021 0.063 0.335 0.001 0.008 0.030 0.005 0.001 0.027 0.230 0.021 0.046 0.213 69 R 0.001 0.013 0.717 0.002 0.002 0.050 0.001 0.001 0.008 0.158 0.013 0.002 0.034 70 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.918 0.001 0.001 0.001 0.018 0.051 0.001 0.001 71 S 0.001 0.001 0.007 0.001 0.006 0.948 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 0.001 0.001 72 H 0.001 0.001 0.008 0.001 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 73 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 74 E 0.001 0.002 0.002 0.001 0.009 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 75 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.013 0.936 0.001 0.001 0.001 0.004 0.040 0.001 0.001 76 M 0.001 0.001 0.026 0.001 0.021 0.871 0.001 0.001 0.001 0.021 0.057 0.001 0.002 77 R 0.001 0.003 0.018 0.001 0.015 0.846 0.001 0.001 0.001 0.022 0.093 0.001 0.001 78 S 0.001 0.002 0.023 0.001 0.004 0.716 0.001 0.001 0.001 0.067 0.188 0.001 0.001 79 N 0.001 0.002 0.354 0.001 0.002 0.411 0.001 0.001 0.001 0.190 0.040 0.001 0.001 80 P 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 81 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 82 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 85 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 86 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.955 0.001 0.001 0.001 0.007 0.026 0.001 0.001 87 L 0.001 0.003 0.010 0.001 0.006 0.892 0.001 0.001 0.001 0.010 0.075 0.001 0.002 88 G 0.001 0.001 0.026 0.001 0.009 0.843 0.001 0.001 0.001 0.028 0.089 0.002 0.001 89 D 0.001 0.003 0.097 0.001 0.046 0.697 0.001 0.001 0.001 0.057 0.090 0.001 0.005 90 S 0.002 0.008 0.082 0.001 0.066 0.671 0.001 0.001 0.002 0.050 0.110 0.005 0.006 91 V 0.003 0.014 0.054 0.001 0.101 0.586 0.001 0.001 0.002 0.066 0.162 0.002 0.009 92 C 0.001 0.013 0.180 0.001 0.085 0.312 0.001 0.001 0.005 0.075 0.314 0.004 0.010 93 S 0.001 0.006 0.207 0.001 0.026 0.153 0.001 0.001 0.002 0.145 0.455 0.001 0.005 94 N 0.001 0.004 0.418 0.001 0.014 0.144 0.001 0.001 0.001 0.322 0.094 0.001 0.003 95 T 0.001 0.002 0.028 0.001 0.029 0.592 0.001 0.001 0.001 0.044 0.304 0.001 0.001 96 G 0.001 0.001 0.020 0.001 0.014 0.759 0.001 0.001 0.001 0.027 0.179 0.001 0.001 97 Y 0.001 0.001 0.027 0.001 0.014 0.917 0.001 0.001 0.001 0.016 0.022 0.001 0.002 98 R 0.001 0.004 0.075 0.001 0.012 0.872 0.001 0.001 0.002 0.015 0.007 0.003 0.007 99 Q 0.002 0.005 0.024 0.001 0.020 0.910 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 0.003 0.012 100 L 0.002 0.002 0.012 0.001 0.044 0.893 0.001 0.002 0.002 0.007 0.028 0.001 0.005 101 L 0.005 0.006 0.023 0.003 0.072 0.785 0.002 0.003 0.005 0.018 0.063 0.006 0.009 102 A 0.004 0.003 0.048 0.017 0.272 0.428 0.001 0.001 0.004 0.047 0.149 0.009 0.016 103 R 0.005 0.002 0.027 0.015 0.122 0.198 0.001 0.001 0.003 0.087 0.515 0.012 0.012 104 G 0.011 0.003 0.085 0.018 0.035 0.037 0.003 0.001 0.010 0.076 0.677 0.011 0.034 105 A 0.041 0.007 0.630 0.004 0.004 0.011 0.011 0.001 0.057 0.083 0.023 0.064 0.065 106 I 0.099 0.006 0.189 0.094 0.002 0.010 0.037 0.014 0.148 0.114 0.015 0.085 0.186 107 L 0.306 0.005 0.050 0.004 0.001 0.007 0.100 0.121 0.141 0.011 0.002 0.168 0.081 108 T 0.337 0.005 0.019 0.005 0.001 0.011 0.151 0.185 0.111 0.002 0.001 0.030 0.143 109 Y 0.204 0.004 0.043 0.015 0.002 0.018 0.149 0.231 0.130 0.006 0.003 0.121 0.076 110 S 0.194 0.005 0.101 0.032 0.002 0.017 0.099 0.082 0.194 0.022 0.010 0.065 0.178 111 F 0.094 0.024 0.338 0.028 0.012 0.026 0.035 0.012 0.091 0.076 0.047 0.067 0.148 112 T 0.037 0.011 0.474 0.041 0.019 0.034 0.008 0.002 0.019 0.164 0.075 0.050 0.066 113 E 0.038 0.018 0.260 0.019 0.020 0.052 0.007 0.001 0.033 0.240 0.056 0.123 0.132 114 Y 0.030 0.021 0.313 0.015 0.050 0.067 0.015 0.004 0.019 0.124 0.095 0.045 0.204 115 K 0.050 0.043 0.236 0.023 0.050 0.057 0.017 0.001 0.015 0.103 0.186 0.129 0.089 116 T 0.029 0.039 0.249 0.030 0.031 0.039 0.007 0.001 0.006 0.142 0.240 0.047 0.140 117 N 0.016 0.018 0.348 0.034 0.016 0.038 0.004 0.001 0.003 0.260 0.160 0.025 0.077 118 Q 0.008 0.009 0.381 0.008 0.007 0.028 0.002 0.001 0.003 0.376 0.029 0.124 0.026 119 P 0.010 0.018 0.366 0.007 0.012 0.069 0.006 0.001 0.009 0.062 0.042 0.011 0.388 120 V 0.065 0.039 0.268 0.059 0.014 0.172 0.018 0.002 0.021 0.080 0.046 0.141 0.076 121 A 0.097 0.043 0.167 0.006 0.007 0.169 0.021 0.003 0.031 0.076 0.017 0.161 0.202 122 T 0.059 0.016 0.240 0.016 0.013 0.264 0.014 0.002 0.016 0.069 0.014 0.035 0.241 123 E 0.062 0.005 0.164 0.008 0.032 0.452 0.007 0.002 0.017 0.059 0.027 0.095 0.071 124 R 0.048 0.010 0.122 0.016 0.045 0.493 0.005 0.001 0.013 0.050 0.050 0.023 0.124 125 F 0.037 0.016 0.143 0.009 0.079 0.416 0.005 0.001 0.013 0.075 0.067 0.084 0.055 126 D 0.022 0.022 0.188 0.009 0.063 0.344 0.002 0.001 0.009 0.101 0.120 0.041 0.076 127 A 0.007 0.007 0.111 0.005 0.134 0.285 0.001 0.001 0.002 0.073 0.344 0.004 0.027 128 G 0.005 0.010 0.171 0.003 0.113 0.110 0.001 0.001 0.002 0.138 0.427 0.013 0.007 129 S 0.003 0.028 0.332 0.001 0.077 0.060 0.001 0.001 0.002 0.275 0.194 0.005 0.023 130 C 0.001 0.024 0.632 0.001 0.026 0.028 0.001 0.001 0.001 0.228 0.034 0.008 0.017 131 R 0.001 0.012 0.253 0.001 0.094 0.144 0.001 0.001 0.001 0.149 0.334 0.003 0.009 132 I 0.001 0.005 0.075 0.001 0.118 0.137 0.001 0.001 0.001 0.126 0.533 0.001 0.003 133 Q 0.001 0.003 0.179 0.001 0.086 0.135 0.001 0.001 0.001 0.322 0.261 0.006 0.005 134 G 0.001 0.032 0.490 0.001 0.032 0.084 0.001 0.001 0.001 0.170 0.166 0.002 0.022 135 K 0.001 0.069 0.640 0.001 0.015 0.093 0.001 0.001 0.005 0.059 0.067 0.026 0.024 136 K 0.001 0.004 0.970 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.009