# TARGET T0581 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0581.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.4265 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.116 0.090 0.054 0.133 0.124 0.120 0.120 0.081 0.074 0.052 0.036 2 S 0.130 0.108 0.070 0.110 0.104 0.099 0.120 0.083 0.079 0.058 0.041 3 R 0.059 0.062 0.046 0.128 0.151 0.155 0.176 0.096 0.071 0.038 0.019 4 F 0.044 0.030 0.028 0.054 0.076 0.105 0.180 0.137 0.149 0.116 0.082 5 M 0.028 0.035 0.059 0.114 0.129 0.140 0.197 0.107 0.092 0.060 0.039 6 A 0.015 0.013 0.033 0.053 0.057 0.077 0.173 0.146 0.186 0.150 0.096 7 L 0.011 0.006 0.032 0.027 0.029 0.050 0.141 0.143 0.196 0.203 0.164 8 A 0.005 0.007 0.073 0.047 0.048 0.080 0.203 0.162 0.155 0.129 0.091 9 L 0.002 0.005 0.079 0.021 0.016 0.024 0.094 0.130 0.197 0.228 0.203 10 C 0.005 0.006 0.082 0.027 0.021 0.030 0.092 0.125 0.197 0.227 0.187 11 F 0.010 0.014 0.137 0.051 0.053 0.066 0.151 0.124 0.151 0.131 0.110 12 V 0.005 0.014 0.097 0.035 0.032 0.042 0.112 0.127 0.196 0.189 0.150 13 L 0.008 0.021 0.048 0.042 0.045 0.064 0.159 0.154 0.204 0.158 0.096 14 P 0.079 0.063 0.099 0.082 0.095 0.125 0.177 0.093 0.089 0.057 0.039 15 T 0.148 0.088 0.191 0.125 0.110 0.095 0.109 0.052 0.042 0.025 0.016 16 A 0.096 0.057 0.111 0.100 0.069 0.061 0.102 0.085 0.116 0.101 0.101 17 A 0.076 0.027 0.070 0.048 0.036 0.063 0.127 0.116 0.156 0.151 0.131 18 H 0.046 0.048 0.207 0.160 0.124 0.132 0.140 0.064 0.043 0.024 0.013 19 A 0.043 0.046 0.231 0.070 0.057 0.071 0.126 0.091 0.098 0.084 0.083 20 A 0.057 0.039 0.090 0.065 0.066 0.081 0.129 0.095 0.123 0.133 0.123 21 S 0.131 0.159 0.159 0.125 0.079 0.069 0.096 0.057 0.054 0.041 0.029 22 L 0.197 0.118 0.189 0.130 0.116 0.093 0.082 0.033 0.023 0.012 0.006 23 K 0.369 0.142 0.209 0.112 0.061 0.045 0.037 0.012 0.007 0.004 0.003 24 D 0.115 0.121 0.268 0.167 0.089 0.076 0.086 0.033 0.024 0.014 0.007 25 F 0.301 0.100 0.249 0.105 0.060 0.055 0.074 0.030 0.016 0.007 0.003 26 E 0.232 0.150 0.381 0.143 0.054 0.024 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 27 L 0.014 0.024 0.256 0.069 0.062 0.111 0.212 0.107 0.076 0.049 0.020 28 S 0.037 0.049 0.440 0.179 0.113 0.083 0.071 0.017 0.008 0.002 0.001 29 K 0.048 0.055 0.733 0.110 0.034 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 30 M 0.026 0.046 0.478 0.133 0.105 0.101 0.073 0.022 0.010 0.005 0.002 31 L 0.002 0.007 0.438 0.031 0.034 0.055 0.191 0.092 0.081 0.048 0.020 32 E 0.008 0.018 0.747 0.131 0.057 0.021 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 33 K 0.009 0.029 0.723 0.147 0.065 0.021 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 34 V 0.006 0.013 0.229 0.033 0.046 0.077 0.210 0.139 0.138 0.075 0.033 35 A 0.004 0.010 0.211 0.058 0.084 0.121 0.283 0.110 0.071 0.033 0.015 36 K 0.017 0.043 0.810 0.081 0.034 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 37 E 0.081 0.148 0.364 0.177 0.116 0.065 0.033 0.009 0.004 0.002 0.001 38 S 0.073 0.063 0.072 0.045 0.059 0.067 0.151 0.124 0.149 0.116 0.080 39 S 0.415 0.243 0.112 0.093 0.057 0.035 0.026 0.009 0.005 0.003 0.002 40 V 0.274 0.166 0.144 0.152 0.102 0.066 0.055 0.020 0.012 0.006 0.003 41 G 0.548 0.156 0.068 0.080 0.054 0.036 0.027 0.012 0.008 0.006 0.004 42 T 0.148 0.261 0.108 0.161 0.108 0.066 0.062 0.032 0.026 0.016 0.013 43 P 0.255 0.124 0.061 0.108 0.093 0.093 0.091 0.061 0.055 0.037 0.021 44 R 0.180 0.125 0.062 0.128 0.129 0.128 0.133 0.056 0.033 0.017 0.010 45 A 0.261 0.146 0.125 0.139 0.089 0.070 0.081 0.039 0.024 0.015 0.011 46 I 0.109 0.071 0.059 0.120 0.106 0.106 0.111 0.080 0.081 0.086 0.071 47 N 0.110 0.190 0.199 0.163 0.098 0.075 0.073 0.038 0.027 0.017 0.010 48 E 0.153 0.088 0.173 0.158 0.114 0.091 0.105 0.053 0.036 0.018 0.009 49 D 0.166 0.122 0.212 0.209 0.135 0.075 0.052 0.015 0.007 0.003 0.003 50 I 0.034 0.056 0.173 0.120 0.099 0.101 0.140 0.082 0.080 0.065 0.049 51 L 0.027 0.023 0.093 0.069 0.086 0.110 0.215 0.130 0.116 0.078 0.053 52 D 0.093 0.126 0.363 0.212 0.101 0.055 0.030 0.011 0.005 0.003 0.001 53 Q 0.068 0.111 0.167 0.173 0.158 0.119 0.107 0.048 0.027 0.016 0.007 54 G 0.271 0.126 0.110 0.126 0.102 0.069 0.072 0.040 0.035 0.026 0.022 55 Y 0.022 0.041 0.049 0.074 0.098 0.123 0.225 0.128 0.108 0.082 0.050 56 T 0.089 0.182 0.157 0.227 0.124 0.075 0.064 0.032 0.025 0.016 0.011 57 V 0.037 0.019 0.016 0.026 0.040 0.064 0.153 0.149 0.185 0.155 0.155 58 E 0.113 0.289 0.138 0.200 0.112 0.065 0.051 0.016 0.009 0.004 0.002 59 G 0.195 0.130 0.049 0.143 0.120 0.102 0.111 0.058 0.044 0.029 0.019 60 N 0.300 0.194 0.099 0.189 0.112 0.057 0.030 0.010 0.005 0.002 0.002 61 Q 0.029 0.092 0.087 0.278 0.208 0.158 0.107 0.026 0.010 0.003 0.002 62 L 0.004 0.004 0.007 0.015 0.019 0.029 0.108 0.167 0.233 0.234 0.180 63 I 0.005 0.006 0.021 0.044 0.068 0.108 0.236 0.189 0.157 0.107 0.058 64 N 0.008 0.047 0.240 0.267 0.178 0.109 0.077 0.038 0.023 0.010 0.005 65 H 0.005 0.013 0.028 0.055 0.064 0.124 0.242 0.181 0.137 0.104 0.046 66 L 0.010 0.009 0.024 0.029 0.031 0.037 0.136 0.171 0.228 0.201 0.123 67 S 0.040 0.085 0.131 0.117 0.112 0.117 0.204 0.093 0.057 0.029 0.015 68 V 0.014 0.038 0.081 0.091 0.098 0.095 0.135 0.120 0.132 0.124 0.071 69 R 0.036 0.187 0.183 0.174 0.142 0.105 0.104 0.039 0.019 0.008 0.003 70 A 0.322 0.125 0.219 0.196 0.081 0.030 0.019 0.004 0.002 0.001 0.001 71 S 0.692 0.122 0.116 0.047 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 72 H 0.029 0.057 0.095 0.113 0.087 0.173 0.247 0.102 0.060 0.027 0.010 73 A 0.004 0.006 0.064 0.040 0.080 0.189 0.351 0.139 0.074 0.037 0.014 74 E 0.051 0.039 0.825 0.058 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 75 R 0.003 0.019 0.204 0.258 0.278 0.153 0.062 0.016 0.005 0.002 0.001 76 M 0.005 0.009 0.044 0.013 0.017 0.032 0.110 0.127 0.207 0.237 0.199 77 R 0.010 0.027 0.278 0.208 0.221 0.135 0.094 0.018 0.006 0.002 0.001 78 S 0.079 0.090 0.742 0.060 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 79 N 0.013 0.129 0.128 0.168 0.146 0.147 0.159 0.057 0.029 0.017 0.007 80 P 0.024 0.027 0.024 0.034 0.075 0.136 0.289 0.147 0.130 0.067 0.047 81 D 0.702 0.152 0.097 0.036 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 S 0.083 0.148 0.153 0.289 0.168 0.099 0.048 0.008 0.003 0.001 0.001 83 V 0.006 0.004 0.007 0.008 0.010 0.018 0.069 0.135 0.240 0.251 0.251 84 R 0.016 0.022 0.054 0.185 0.235 0.234 0.174 0.049 0.020 0.007 0.003 85 S 0.021 0.063 0.648 0.162 0.059 0.029 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 86 Q 0.004 0.009 0.016 0.038 0.074 0.171 0.331 0.178 0.096 0.054 0.028 87 L 0.025 0.016 0.025 0.024 0.025 0.035 0.112 0.154 0.200 0.208 0.176 88 G 0.102 0.130 0.188 0.180 0.147 0.103 0.077 0.032 0.021 0.012 0.009 89 D 0.166 0.153 0.157 0.233 0.137 0.081 0.043 0.015 0.008 0.004 0.002 90 S 0.091 0.094 0.050 0.079 0.101 0.110 0.160 0.114 0.088 0.066 0.046 91 V 0.085 0.060 0.064 0.098 0.080 0.087 0.123 0.091 0.111 0.098 0.103 92 C 0.080 0.052 0.055 0.065 0.087 0.105 0.183 0.121 0.107 0.086 0.060 93 S 0.106 0.192 0.151 0.216 0.121 0.077 0.064 0.032 0.021 0.013 0.008 94 N 0.080 0.061 0.049 0.072 0.075 0.095 0.149 0.114 0.117 0.102 0.087 95 T 0.294 0.256 0.124 0.171 0.085 0.036 0.020 0.006 0.004 0.002 0.001 96 G 0.257 0.155 0.090 0.147 0.102 0.084 0.089 0.036 0.021 0.011 0.007 97 Y 0.012 0.017 0.028 0.049 0.060 0.086 0.164 0.133 0.170 0.147 0.134 98 R 0.035 0.027 0.090 0.093 0.093 0.148 0.248 0.119 0.082 0.042 0.022 99 Q 0.027 0.059 0.253 0.362 0.171 0.073 0.033 0.012 0.006 0.003 0.001 100 L 0.023 0.027 0.125 0.052 0.053 0.078 0.157 0.133 0.145 0.117 0.089 101 L 0.008 0.010 0.076 0.073 0.061 0.061 0.120 0.123 0.167 0.160 0.142 102 A 0.009 0.021 0.177 0.069 0.095 0.120 0.218 0.110 0.088 0.056 0.037 103 R 0.029 0.053 0.292 0.289 0.159 0.098 0.051 0.016 0.008 0.004 0.002 104 G 0.137 0.093 0.127 0.093 0.099 0.111 0.150 0.071 0.060 0.038 0.020 105 A 0.045 0.030 0.060 0.066 0.042 0.050 0.126 0.122 0.150 0.157 0.152 106 I 0.025 0.066 0.161 0.164 0.168 0.147 0.128 0.056 0.041 0.028 0.017 107 L 0.019 0.024 0.070 0.049 0.039 0.048 0.121 0.146 0.185 0.158 0.141 108 T 0.060 0.092 0.119 0.248 0.205 0.130 0.092 0.030 0.014 0.007 0.004 109 Y 0.011 0.013 0.020 0.022 0.023 0.033 0.099 0.120 0.223 0.230 0.204 110 S 0.079 0.164 0.132 0.341 0.177 0.065 0.028 0.007 0.004 0.001 0.001 111 F 0.010 0.010 0.011 0.016 0.018 0.029 0.101 0.129 0.232 0.237 0.205 112 T 0.074 0.158 0.153 0.277 0.163 0.084 0.054 0.019 0.010 0.005 0.003 113 E 0.142 0.183 0.084 0.173 0.127 0.095 0.099 0.045 0.029 0.015 0.008 114 Y 0.107 0.080 0.069 0.146 0.134 0.125 0.125 0.081 0.065 0.042 0.025 115 K 0.213 0.184 0.113 0.197 0.127 0.071 0.049 0.021 0.015 0.007 0.004 116 T 0.261 0.156 0.082 0.131 0.095 0.068 0.081 0.048 0.038 0.025 0.014 117 N 0.104 0.104 0.060 0.126 0.111 0.103 0.124 0.091 0.079 0.059 0.037 118 Q 0.113 0.180 0.079 0.172 0.145 0.112 0.097 0.046 0.031 0.018 0.008 119 P 0.233 0.126 0.096 0.153 0.106 0.083 0.085 0.047 0.036 0.023 0.012 120 V 0.066 0.047 0.046 0.081 0.093 0.105 0.176 0.120 0.116 0.090 0.060 121 A 0.043 0.090 0.106 0.136 0.102 0.105 0.142 0.099 0.085 0.057 0.037 122 T 0.086 0.112 0.140 0.255 0.183 0.102 0.066 0.029 0.016 0.008 0.004 123 E 0.350 0.136 0.231 0.127 0.071 0.041 0.027 0.009 0.005 0.002 0.001 124 R 0.071 0.108 0.116 0.211 0.175 0.125 0.119 0.041 0.022 0.009 0.004 125 F 0.012 0.014 0.022 0.031 0.047 0.074 0.178 0.169 0.196 0.162 0.097 126 D 0.161 0.226 0.264 0.212 0.084 0.032 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 127 A 0.206 0.148 0.217 0.178 0.110 0.071 0.044 0.014 0.007 0.003 0.001 128 G 0.111 0.056 0.040 0.062 0.067 0.096 0.153 0.127 0.123 0.098 0.068 129 S 0.130 0.231 0.142 0.220 0.130 0.069 0.045 0.017 0.010 0.005 0.002 130 C 0.054 0.050 0.052 0.047 0.060 0.079 0.159 0.149 0.157 0.122 0.072 131 R 0.159 0.193 0.179 0.247 0.120 0.051 0.030 0.010 0.005 0.003 0.002 132 I 0.082 0.061 0.051 0.083 0.088 0.093 0.163 0.120 0.116 0.091 0.052 133 Q 0.192 0.184 0.142 0.218 0.117 0.062 0.044 0.018 0.012 0.006 0.003 134 G 0.588 0.138 0.080 0.073 0.039 0.029 0.027 0.012 0.008 0.005 0.002 135 K 0.376 0.212 0.071 0.111 0.068 0.048 0.046 0.026 0.020 0.014 0.007 136 K 0.386 0.174 0.055 0.094 0.072 0.054 0.055 0.038 0.034 0.024 0.014