# TARGET T0581 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0581.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.001 0.012 0.065 0.013 0.016 0.883 2 S 0.059 0.028 0.019 0.341 0.014 0.039 0.500 3 R 0.045 0.026 0.009 0.546 0.080 0.035 0.258 4 F 0.013 0.004 0.006 0.787 0.022 0.024 0.145 5 M 0.003 0.001 0.009 0.896 0.013 0.030 0.048 6 A 0.003 0.001 0.006 0.939 0.013 0.026 0.012 7 L 0.009 0.001 0.008 0.941 0.014 0.017 0.011 8 A 0.009 0.001 0.015 0.928 0.019 0.016 0.012 9 L 0.006 0.001 0.031 0.897 0.013 0.038 0.015 10 C 0.006 0.001 0.071 0.807 0.013 0.083 0.019 11 F 0.008 0.003 0.093 0.529 0.023 0.310 0.033 12 V 0.005 0.003 0.061 0.445 0.069 0.317 0.100 13 L 0.005 0.004 0.027 0.432 0.160 0.045 0.327 14 P 0.003 0.003 0.032 0.805 0.046 0.040 0.071 15 T 0.003 0.002 0.023 0.878 0.021 0.045 0.029 16 A 0.002 0.002 0.021 0.866 0.027 0.054 0.028 17 A 0.004 0.002 0.026 0.845 0.039 0.058 0.026 18 H 0.004 0.001 0.041 0.777 0.026 0.101 0.049 19 A 0.001 0.003 0.044 0.654 0.031 0.212 0.053 20 A 0.001 0.003 0.028 0.510 0.111 0.164 0.183 21 S 0.001 0.002 0.025 0.561 0.073 0.214 0.123 22 L 0.001 0.002 0.028 0.637 0.076 0.145 0.111 23 K 0.001 0.001 0.031 0.782 0.037 0.080 0.068 24 D 0.002 0.001 0.015 0.857 0.036 0.045 0.044 25 F 0.004 0.004 0.011 0.837 0.043 0.048 0.053 26 E 0.004 0.003 0.005 0.882 0.013 0.058 0.033 27 L 0.002 0.001 0.004 0.902 0.010 0.055 0.027 28 S 0.002 0.001 0.002 0.944 0.014 0.018 0.019 29 K 0.001 0.001 0.001 0.973 0.006 0.008 0.011 30 M 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.006 0.003 31 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.006 0.002 32 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 33 K 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.006 0.002 34 V 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.002 35 A 0.001 0.001 0.002 0.971 0.003 0.018 0.005 36 K 0.001 0.001 0.007 0.892 0.006 0.087 0.007 37 E 0.001 0.001 0.009 0.755 0.019 0.200 0.015 38 S 0.002 0.007 0.011 0.505 0.107 0.241 0.127 39 S 0.003 0.020 0.011 0.079 0.217 0.233 0.438 40 V 0.005 0.008 0.011 0.023 0.346 0.153 0.455 41 G 0.009 0.014 0.015 0.022 0.465 0.132 0.343 42 T 0.015 0.024 0.024 0.033 0.225 0.036 0.643 43 P 0.055 0.010 0.047 0.058 0.138 0.063 0.629 44 R 0.220 0.014 0.091 0.058 0.266 0.097 0.253 45 A 0.329 0.057 0.100 0.052 0.074 0.060 0.328 46 I 0.337 0.084 0.033 0.028 0.098 0.027 0.393 47 N 0.229 0.018 0.009 0.007 0.102 0.014 0.621 48 E 0.047 0.004 0.246 0.080 0.171 0.187 0.265 49 D 0.033 0.016 0.265 0.068 0.155 0.163 0.300 50 I 0.016 0.005 0.621 0.094 0.066 0.142 0.057 51 L 0.025 0.016 0.340 0.205 0.089 0.192 0.133 52 D 0.024 0.014 0.186 0.230 0.170 0.202 0.174 53 Q 0.027 0.008 0.080 0.322 0.125 0.306 0.132 54 G 0.058 0.012 0.037 0.391 0.106 0.239 0.157 55 Y 0.207 0.018 0.035 0.434 0.085 0.061 0.160 56 T 0.321 0.039 0.023 0.345 0.043 0.048 0.180 57 V 0.184 0.032 0.037 0.395 0.059 0.126 0.167 58 E 0.102 0.010 0.019 0.161 0.221 0.262 0.225 59 G 0.011 0.001 0.072 0.403 0.118 0.345 0.051 60 N 0.040 0.003 0.102 0.560 0.094 0.094 0.106 61 Q 0.215 0.013 0.102 0.454 0.050 0.043 0.122 62 L 0.318 0.009 0.094 0.418 0.024 0.040 0.097 63 I 0.281 0.009 0.119 0.397 0.044 0.045 0.106 64 N 0.187 0.003 0.132 0.477 0.056 0.048 0.096 65 H 0.258 0.010 0.138 0.339 0.064 0.085 0.108 66 L 0.353 0.012 0.051 0.253 0.089 0.102 0.139 67 S 0.440 0.017 0.034 0.124 0.066 0.119 0.199 68 V 0.207 0.104 0.018 0.116 0.171 0.045 0.338 69 R 0.107 0.009 0.008 0.104 0.051 0.021 0.700 70 A 0.001 0.001 0.058 0.909 0.004 0.025 0.003 71 S 0.001 0.001 0.033 0.943 0.005 0.018 0.002 72 H 0.001 0.001 0.036 0.940 0.002 0.017 0.003 73 A 0.001 0.001 0.011 0.977 0.002 0.006 0.004 74 E 0.001 0.001 0.006 0.978 0.001 0.013 0.001 75 R 0.001 0.001 0.009 0.968 0.002 0.019 0.001 76 M 0.001 0.001 0.019 0.943 0.004 0.030 0.003 77 R 0.001 0.001 0.015 0.909 0.005 0.068 0.002 78 S 0.001 0.001 0.011 0.856 0.005 0.126 0.002 79 N 0.001 0.002 0.010 0.644 0.103 0.048 0.194 80 P 0.001 0.001 0.021 0.921 0.003 0.050 0.005 81 D 0.001 0.001 0.024 0.931 0.002 0.042 0.001 82 S 0.001 0.001 0.033 0.931 0.002 0.031 0.003 83 V 0.001 0.001 0.016 0.964 0.001 0.014 0.003 84 R 0.002 0.001 0.017 0.960 0.002 0.017 0.002 85 S 0.004 0.001 0.034 0.898 0.005 0.054 0.005 86 Q 0.002 0.001 0.043 0.761 0.006 0.180 0.006 87 L 0.015 0.018 0.037 0.644 0.062 0.159 0.064 88 G 0.006 0.002 0.080 0.716 0.049 0.079 0.069 89 D 0.005 0.001 0.096 0.728 0.051 0.084 0.036 90 S 0.005 0.002 0.172 0.652 0.030 0.103 0.036 91 V 0.010 0.013 0.120 0.651 0.039 0.115 0.053 92 C 0.007 0.006 0.070 0.468 0.089 0.275 0.086 93 S 0.006 0.003 0.019 0.388 0.180 0.264 0.140 94 N 0.003 0.003 0.008 0.298 0.205 0.078 0.404 95 T 0.002 0.003 0.013 0.728 0.071 0.110 0.074 96 G 0.004 0.004 0.016 0.789 0.042 0.081 0.064 97 Y 0.001 0.001 0.020 0.950 0.008 0.012 0.008 98 R 0.005 0.001 0.016 0.956 0.005 0.008 0.010 99 Q 0.008 0.001 0.025 0.937 0.006 0.015 0.009 100 L 0.020 0.001 0.028 0.903 0.006 0.029 0.013 101 L 0.017 0.006 0.074 0.767 0.011 0.099 0.027 102 A 0.051 0.005 0.097 0.516 0.041 0.196 0.094 103 R 0.005 0.001 0.038 0.159 0.026 0.757 0.014 104 G 0.019 0.002 0.013 0.027 0.085 0.799 0.055 105 A 0.163 0.006 0.001 0.003 0.042 0.006 0.778 106 I 0.829 0.003 0.001 0.002 0.070 0.003 0.091 107 L 0.973 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 108 T 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 109 Y 0.968 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.025 110 S 0.873 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 0.106 111 F 0.772 0.005 0.004 0.004 0.063 0.010 0.141 112 T 0.725 0.006 0.006 0.011 0.069 0.009 0.174 113 E 0.658 0.023 0.013 0.018 0.056 0.030 0.202 114 Y 0.524 0.023 0.015 0.038 0.074 0.076 0.252 115 K 0.277 0.011 0.017 0.045 0.164 0.249 0.238 116 T 0.155 0.006 0.007 0.058 0.336 0.162 0.276 117 N 0.087 0.005 0.002 0.030 0.430 0.052 0.394 118 Q 0.104 0.010 0.003 0.033 0.244 0.031 0.575 119 P 0.302 0.044 0.015 0.094 0.115 0.041 0.389 120 V 0.303 0.020 0.046 0.206 0.074 0.064 0.287 121 A 0.273 0.011 0.073 0.235 0.064 0.077 0.267 122 T 0.235 0.010 0.065 0.321 0.089 0.070 0.210 123 E 0.229 0.008 0.057 0.433 0.077 0.051 0.145 124 R 0.154 0.009 0.062 0.524 0.071 0.062 0.118 125 F 0.244 0.009 0.043 0.447 0.066 0.059 0.132 126 D 0.163 0.005 0.057 0.513 0.059 0.096 0.106 127 A 0.101 0.008 0.045 0.555 0.060 0.170 0.060 128 G 0.114 0.010 0.025 0.320 0.156 0.209 0.166 129 S 0.096 0.025 0.014 0.054 0.214 0.180 0.417 130 C 0.087 0.024 0.013 0.030 0.105 0.029 0.711 131 R 0.116 0.019 0.032 0.037 0.075 0.121 0.601 132 I 0.069 0.025 0.084 0.070 0.106 0.300 0.345 133 Q 0.076 0.019 0.067 0.046 0.232 0.276 0.284 134 G 0.058 0.015 0.033 0.035 0.318 0.132 0.410 135 K 0.073 0.056 0.014 0.030 0.074 0.055 0.698 136 K 0.004 0.004 0.001 0.005 0.011 0.002 0.972