# TARGET T0581 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0581.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.4265 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.612 0.096 0.094 0.110 0.024 0.016 0.027 0.007 0.010 0.004 0.001 2 S 0.619 0.102 0.114 0.089 0.023 0.020 0.015 0.005 0.008 0.004 0.001 3 R 0.632 0.152 0.080 0.080 0.016 0.018 0.007 0.002 0.012 0.001 0.001 4 F 0.576 0.158 0.156 0.033 0.018 0.026 0.008 0.001 0.021 0.002 0.001 5 M 0.873 0.031 0.060 0.017 0.004 0.010 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 6 A 0.912 0.029 0.026 0.015 0.005 0.008 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 7 L 0.947 0.026 0.009 0.012 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 A 0.963 0.018 0.007 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.980 0.008 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 C 0.973 0.006 0.004 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 F 0.932 0.008 0.004 0.047 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 12 V 0.704 0.039 0.040 0.197 0.004 0.007 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 13 L 0.509 0.078 0.231 0.017 0.014 0.027 0.031 0.005 0.082 0.006 0.001 14 P 0.831 0.003 0.136 0.011 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 15 T 0.954 0.004 0.011 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.924 0.007 0.008 0.051 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 A 0.887 0.018 0.024 0.058 0.003 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 18 H 0.840 0.029 0.037 0.073 0.005 0.007 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 19 A 0.692 0.055 0.077 0.124 0.014 0.012 0.011 0.005 0.007 0.001 0.001 20 A 0.499 0.091 0.207 0.138 0.023 0.017 0.011 0.003 0.008 0.002 0.001 21 S 0.224 0.116 0.411 0.061 0.083 0.059 0.007 0.004 0.024 0.011 0.001 22 L 0.937 0.004 0.009 0.040 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 23 K 0.925 0.006 0.013 0.049 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 D 0.787 0.005 0.015 0.174 0.001 0.006 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 25 F 0.669 0.052 0.102 0.106 0.014 0.019 0.022 0.006 0.008 0.002 0.001 26 E 0.735 0.039 0.086 0.038 0.010 0.047 0.023 0.003 0.015 0.003 0.001 27 L 0.948 0.005 0.007 0.034 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 S 0.981 0.002 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 K 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 M 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 K 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 V 0.983 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 A 0.961 0.002 0.009 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 K 0.965 0.002 0.010 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 E 0.654 0.006 0.015 0.318 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 38 S 0.317 0.049 0.375 0.172 0.037 0.015 0.007 0.008 0.012 0.007 0.001 39 S 0.436 0.043 0.091 0.256 0.021 0.040 0.055 0.031 0.018 0.010 0.001 40 V 0.262 0.091 0.176 0.425 0.017 0.008 0.011 0.002 0.006 0.002 0.001 41 G 0.095 0.007 0.060 0.068 0.040 0.003 0.062 0.539 0.002 0.122 0.001 42 T 0.033 0.240 0.552 0.004 0.020 0.028 0.004 0.001 0.118 0.001 0.001 43 P 0.137 0.005 0.767 0.005 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 44 R 0.467 0.137 0.259 0.051 0.030 0.021 0.010 0.007 0.014 0.002 0.001 45 A 0.339 0.171 0.317 0.045 0.064 0.031 0.009 0.006 0.012 0.005 0.003 46 I 0.401 0.251 0.197 0.069 0.038 0.026 0.003 0.001 0.011 0.002 0.001 47 N 0.237 0.139 0.241 0.077 0.032 0.177 0.011 0.002 0.081 0.004 0.001 48 E 0.943 0.009 0.012 0.023 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 49 D 0.879 0.005 0.011 0.080 0.001 0.009 0.010 0.002 0.003 0.001 0.001 50 I 0.860 0.013 0.010 0.105 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 51 L 0.702 0.058 0.106 0.085 0.009 0.021 0.010 0.001 0.006 0.002 0.001 52 D 0.763 0.027 0.045 0.108 0.008 0.014 0.025 0.003 0.005 0.001 0.001 53 Q 0.378 0.099 0.105 0.380 0.023 0.004 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 54 G 0.155 0.028 0.058 0.087 0.065 0.004 0.114 0.405 0.007 0.078 0.001 55 Y 0.051 0.356 0.434 0.027 0.044 0.046 0.009 0.001 0.030 0.002 0.001 56 T 0.072 0.444 0.391 0.017 0.019 0.043 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 57 V 0.089 0.622 0.136 0.042 0.021 0.034 0.002 0.001 0.053 0.001 0.001 58 E 0.049 0.187 0.648 0.019 0.018 0.027 0.018 0.001 0.027 0.004 0.001 59 G 0.079 0.011 0.050 0.021 0.070 0.010 0.254 0.363 0.003 0.138 0.001 60 N 0.548 0.083 0.098 0.178 0.028 0.023 0.022 0.007 0.010 0.003 0.001 61 Q 0.226 0.418 0.206 0.038 0.054 0.020 0.008 0.002 0.027 0.001 0.001 62 L 0.364 0.158 0.337 0.038 0.006 0.074 0.004 0.001 0.017 0.001 0.002 63 I 0.324 0.359 0.151 0.057 0.026 0.038 0.006 0.001 0.036 0.002 0.001 64 N 0.491 0.113 0.075 0.154 0.027 0.061 0.048 0.004 0.023 0.002 0.001 65 H 0.237 0.199 0.116 0.202 0.055 0.054 0.071 0.007 0.056 0.002 0.001 66 L 0.261 0.286 0.276 0.057 0.077 0.016 0.009 0.005 0.005 0.005 0.001 67 S 0.224 0.423 0.115 0.036 0.140 0.025 0.009 0.006 0.014 0.006 0.001 68 V 0.168 0.552 0.116 0.053 0.028 0.036 0.003 0.001 0.043 0.001 0.001 69 R 0.140 0.205 0.463 0.012 0.011 0.096 0.005 0.001 0.064 0.002 0.001 70 A 0.911 0.008 0.043 0.013 0.005 0.008 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 71 S 0.947 0.004 0.012 0.022 0.003 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 72 H 0.956 0.002 0.004 0.032 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 73 A 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 R 0.978 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 M 0.736 0.004 0.008 0.242 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 77 R 0.885 0.020 0.030 0.036 0.004 0.007 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 78 S 0.466 0.036 0.081 0.372 0.016 0.016 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 79 N 0.006 0.066 0.326 0.008 0.013 0.120 0.002 0.001 0.459 0.001 0.001 80 P 0.985 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 D 0.986 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 S 0.968 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 V 0.979 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 R 0.991 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 S 0.960 0.003 0.004 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 Q 0.847 0.010 0.022 0.100 0.001 0.006 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 87 L 0.569 0.021 0.116 0.269 0.002 0.009 0.003 0.003 0.006 0.001 0.001 88 G 0.401 0.032 0.172 0.050 0.040 0.009 0.065 0.106 0.006 0.117 0.001 89 D 0.437 0.045 0.159 0.277 0.026 0.020 0.020 0.007 0.005 0.003 0.001 90 S 0.389 0.142 0.148 0.090 0.180 0.012 0.009 0.014 0.007 0.010 0.001 91 V 0.314 0.343 0.082 0.169 0.037 0.026 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 92 C 0.169 0.349 0.228 0.077 0.043 0.063 0.013 0.001 0.053 0.003 0.001 93 S 0.118 0.144 0.329 0.166 0.055 0.116 0.031 0.006 0.028 0.005 0.001 94 N 0.058 0.103 0.272 0.050 0.053 0.222 0.054 0.003 0.179 0.006 0.001 95 T 0.804 0.011 0.050 0.112 0.005 0.004 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 96 G 0.824 0.002 0.012 0.024 0.007 0.001 0.009 0.072 0.001 0.049 0.001 97 Y 0.979 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 R 0.990 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 Q 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 L 0.987 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 L 0.967 0.005 0.004 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.926 0.012 0.017 0.034 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 103 R 0.568 0.018 0.048 0.352 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 104 G 0.095 0.003 0.011 0.042 0.017 0.001 0.171 0.628 0.002 0.032 0.001 105 A 0.105 0.206 0.541 0.038 0.070 0.024 0.003 0.001 0.005 0.005 0.001 106 I 0.053 0.700 0.165 0.018 0.035 0.016 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 107 L 0.028 0.706 0.148 0.014 0.052 0.024 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 108 T 0.021 0.747 0.155 0.007 0.028 0.025 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 109 Y 0.023 0.721 0.101 0.008 0.090 0.024 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 110 S 0.045 0.454 0.362 0.017 0.035 0.062 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 111 F 0.053 0.531 0.151 0.027 0.156 0.037 0.010 0.002 0.031 0.002 0.001 112 T 0.129 0.510 0.102 0.062 0.156 0.014 0.003 0.001 0.015 0.006 0.001 113 E 0.182 0.465 0.191 0.043 0.065 0.027 0.005 0.002 0.018 0.001 0.001 114 Y 0.171 0.334 0.225 0.114 0.056 0.041 0.018 0.004 0.033 0.002 0.001 115 K 0.208 0.336 0.155 0.080 0.034 0.055 0.038 0.004 0.087 0.002 0.001 116 T 0.243 0.192 0.230 0.208 0.058 0.015 0.022 0.003 0.007 0.021 0.001 117 N 0.061 0.026 0.045 0.254 0.024 0.034 0.437 0.095 0.016 0.008 0.001 118 Q 0.012 0.559 0.305 0.002 0.009 0.017 0.007 0.001 0.088 0.001 0.001 119 P 0.022 0.013 0.903 0.001 0.001 0.051 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 120 V 0.228 0.494 0.172 0.033 0.015 0.031 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 121 A 0.126 0.270 0.432 0.020 0.068 0.057 0.010 0.002 0.012 0.003 0.001 122 T 0.232 0.386 0.140 0.086 0.112 0.021 0.003 0.002 0.016 0.002 0.001 123 E 0.395 0.257 0.131 0.059 0.106 0.015 0.014 0.005 0.015 0.003 0.001 124 R 0.350 0.282 0.180 0.102 0.023 0.031 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 125 F 0.302 0.228 0.178 0.086 0.073 0.053 0.026 0.005 0.044 0.005 0.001 126 D 0.501 0.099 0.154 0.128 0.021 0.053 0.022 0.002 0.014 0.003 0.001 127 A 0.277 0.171 0.150 0.291 0.059 0.017 0.013 0.006 0.016 0.001 0.001 128 G 0.188 0.125 0.385 0.051 0.114 0.012 0.034 0.028 0.012 0.052 0.001 129 S 0.272 0.145 0.244 0.193 0.040 0.047 0.027 0.005 0.021 0.002 0.004 130 C 0.119 0.293 0.319 0.060 0.117 0.037 0.011 0.005 0.029 0.009 0.001 131 R 0.337 0.170 0.326 0.094 0.019 0.034 0.004 0.002 0.012 0.002 0.001 132 I 0.290 0.299 0.193 0.120 0.027 0.031 0.007 0.002 0.028 0.002 0.001 133 Q 0.223 0.155 0.242 0.212 0.037 0.022 0.067 0.005 0.031 0.006 0.001 134 G 0.088 0.019 0.090 0.058 0.078 0.009 0.181 0.374 0.004 0.098 0.001 135 K 0.181 0.234 0.314 0.184 0.024 0.029 0.010 0.003 0.020 0.002 0.001 136 K 0.120 0.230 0.399 0.058 0.062 0.028 0.037 0.020 0.018 0.028 0.001