# TARGET T0581 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0581.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.061 0.250 0.088 0.012 0.178 0.011 0.024 0.152 0.127 0.067 0.030 2 S 0.191 0.148 0.024 0.002 0.359 0.002 0.006 0.097 0.063 0.053 0.054 3 R 0.087 0.245 0.087 0.008 0.222 0.006 0.019 0.185 0.079 0.039 0.024 4 F 0.020 0.093 0.047 0.008 0.053 0.005 0.013 0.623 0.121 0.009 0.008 5 M 0.004 0.008 0.004 0.003 0.006 0.003 0.015 0.840 0.106 0.008 0.002 6 A 0.004 0.009 0.004 0.001 0.008 0.001 0.007 0.854 0.104 0.007 0.002 7 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.855 0.124 0.008 0.001 8 A 0.001 0.008 0.003 0.001 0.003 0.001 0.011 0.895 0.070 0.006 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.852 0.124 0.011 0.001 10 C 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.009 0.033 0.795 0.154 0.003 0.001 11 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.041 0.835 0.102 0.012 0.003 12 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.301 0.217 0.454 0.008 13 L 0.007 0.110 0.037 0.006 0.036 0.003 0.015 0.619 0.148 0.016 0.004 14 P 0.001 0.011 0.004 0.002 0.003 0.003 0.022 0.856 0.094 0.005 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.045 0.833 0.095 0.017 0.001 16 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.891 0.088 0.008 0.002 17 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.885 0.093 0.009 0.001 18 H 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.003 0.016 0.892 0.067 0.011 0.002 19 A 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.021 0.752 0.109 0.094 0.007 20 A 0.006 0.111 0.024 0.005 0.035 0.013 0.065 0.614 0.082 0.040 0.005 21 S 0.044 0.353 0.038 0.004 0.063 0.002 0.013 0.372 0.038 0.052 0.021 22 L 0.003 0.010 0.009 0.004 0.011 0.024 0.031 0.717 0.150 0.038 0.004 23 K 0.021 0.034 0.009 0.003 0.020 0.003 0.009 0.797 0.067 0.015 0.022 24 D 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.005 0.008 0.830 0.108 0.037 0.002 25 F 0.001 0.009 0.004 0.002 0.005 0.004 0.008 0.879 0.073 0.013 0.002 26 E 0.004 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.857 0.097 0.022 0.005 27 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.904 0.070 0.009 0.001 28 S 0.004 0.005 0.002 0.002 0.007 0.001 0.015 0.873 0.078 0.009 0.004 29 K 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.003 0.026 0.853 0.092 0.015 0.003 30 M 0.004 0.011 0.003 0.001 0.006 0.001 0.011 0.878 0.067 0.016 0.003 31 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.824 0.151 0.012 0.001 32 E 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.029 0.877 0.076 0.003 0.001 33 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.019 0.842 0.091 0.038 0.001 34 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.843 0.127 0.009 0.001 35 A 0.003 0.003 0.002 0.002 0.004 0.002 0.011 0.782 0.160 0.029 0.003 36 K 0.001 0.005 0.003 0.001 0.003 0.006 0.051 0.810 0.109 0.011 0.001 37 E 0.021 0.023 0.006 0.005 0.024 0.008 0.054 0.593 0.169 0.086 0.011 38 S 0.021 0.411 0.136 0.014 0.146 0.007 0.031 0.140 0.064 0.026 0.006 39 S 0.051 0.013 0.007 0.009 0.029 0.018 0.075 0.300 0.177 0.282 0.039 40 V 0.026 0.240 0.093 0.019 0.105 0.025 0.107 0.258 0.066 0.046 0.014 41 G 0.038 0.072 0.055 0.101 0.043 0.052 0.032 0.227 0.083 0.209 0.087 42 T 0.045 0.214 0.200 0.048 0.123 0.025 0.034 0.216 0.047 0.027 0.021 43 P 0.052 0.038 0.020 0.008 0.063 0.012 0.016 0.569 0.161 0.039 0.023 44 R 0.015 0.030 0.017 0.008 0.035 0.007 0.014 0.583 0.220 0.057 0.014 45 A 0.033 0.060 0.023 0.008 0.061 0.006 0.017 0.606 0.125 0.048 0.013 46 I 0.018 0.097 0.039 0.005 0.050 0.011 0.042 0.559 0.116 0.055 0.009 47 N 0.083 0.100 0.026 0.006 0.142 0.005 0.021 0.436 0.101 0.052 0.028 48 E 0.013 0.056 0.017 0.008 0.040 0.009 0.019 0.558 0.243 0.029 0.006 49 D 0.018 0.015 0.008 0.003 0.021 0.004 0.020 0.640 0.176 0.077 0.018 50 I 0.021 0.010 0.003 0.002 0.023 0.004 0.024 0.586 0.218 0.093 0.016 51 L 0.004 0.014 0.005 0.007 0.011 0.019 0.090 0.633 0.191 0.023 0.002 52 D 0.020 0.012 0.006 0.010 0.020 0.018 0.106 0.399 0.189 0.200 0.019 53 Q 0.032 0.371 0.203 0.025 0.146 0.016 0.034 0.072 0.040 0.046 0.014 54 G 0.154 0.047 0.020 0.018 0.115 0.014 0.024 0.087 0.086 0.212 0.222 55 Y 0.148 0.208 0.085 0.025 0.296 0.019 0.024 0.043 0.045 0.061 0.046 56 T 0.207 0.138 0.028 0.014 0.380 0.011 0.028 0.066 0.034 0.047 0.045 57 V 0.086 0.045 0.034 0.070 0.071 0.098 0.074 0.176 0.122 0.167 0.057 58 E 0.017 0.045 0.070 0.273 0.024 0.120 0.120 0.177 0.063 0.075 0.016 59 G 0.027 0.042 0.087 0.333 0.035 0.036 0.019 0.135 0.051 0.169 0.065 60 N 0.060 0.058 0.030 0.045 0.062 0.030 0.081 0.323 0.164 0.112 0.035 61 Q 0.061 0.268 0.089 0.015 0.186 0.010 0.042 0.263 0.044 0.014 0.008 62 L 0.137 0.052 0.007 0.010 0.120 0.021 0.042 0.437 0.092 0.042 0.039 63 I 0.092 0.096 0.042 0.033 0.133 0.043 0.065 0.347 0.066 0.038 0.043 64 N 0.091 0.058 0.037 0.015 0.096 0.030 0.044 0.357 0.114 0.076 0.082 65 H 0.039 0.117 0.055 0.016 0.103 0.005 0.010 0.272 0.262 0.089 0.030 66 L 0.014 0.037 0.011 0.017 0.024 0.027 0.054 0.316 0.392 0.095 0.013 67 S 0.026 0.052 0.014 0.005 0.058 0.006 0.076 0.426 0.227 0.094 0.016 68 V 0.042 0.058 0.029 0.008 0.044 0.009 0.039 0.277 0.197 0.258 0.039 69 R 0.079 0.349 0.139 0.017 0.178 0.006 0.009 0.120 0.042 0.034 0.028 70 A 0.004 0.013 0.006 0.008 0.011 0.022 0.041 0.725 0.157 0.009 0.003 71 S 0.004 0.008 0.009 0.005 0.006 0.005 0.039 0.754 0.100 0.065 0.006 72 H 0.003 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.831 0.113 0.035 0.003 73 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.863 0.121 0.004 0.001 74 E 0.003 0.004 0.002 0.001 0.005 0.001 0.012 0.885 0.079 0.005 0.003 75 R 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.004 0.016 0.744 0.155 0.074 0.001 76 M 0.005 0.023 0.002 0.001 0.018 0.001 0.016 0.644 0.247 0.038 0.004 77 R 0.009 0.037 0.009 0.005 0.032 0.005 0.058 0.605 0.192 0.043 0.004 78 S 0.004 0.050 0.049 0.014 0.027 0.118 0.339 0.268 0.052 0.069 0.011 79 N 0.501 0.017 0.004 0.001 0.221 0.001 0.001 0.043 0.022 0.032 0.158 80 P 0.002 0.015 0.004 0.001 0.009 0.001 0.003 0.529 0.416 0.019 0.001 81 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.033 0.798 0.136 0.022 0.001 82 S 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.033 0.824 0.100 0.030 0.001 83 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.021 0.846 0.102 0.021 0.002 84 R 0.006 0.003 0.001 0.003 0.007 0.005 0.019 0.686 0.217 0.045 0.008 85 S 0.004 0.019 0.009 0.008 0.011 0.009 0.086 0.714 0.128 0.010 0.002 86 Q 0.015 0.014 0.010 0.011 0.018 0.016 0.159 0.510 0.109 0.128 0.010 87 L 0.036 0.103 0.076 0.056 0.068 0.039 0.062 0.301 0.105 0.131 0.022 88 G 0.042 0.121 0.063 0.107 0.057 0.030 0.035 0.179 0.128 0.195 0.042 89 D 0.019 0.060 0.053 0.058 0.043 0.061 0.208 0.247 0.107 0.126 0.019 90 S 0.086 0.061 0.036 0.016 0.147 0.012 0.051 0.306 0.151 0.075 0.060 91 V 0.080 0.030 0.011 0.022 0.071 0.090 0.114 0.341 0.147 0.051 0.042 92 C 0.064 0.113 0.061 0.048 0.137 0.078 0.150 0.240 0.058 0.033 0.019 93 S 0.040 0.022 0.013 0.025 0.026 0.032 0.032 0.047 0.074 0.610 0.077 94 N 0.039 0.327 0.261 0.082 0.144 0.012 0.011 0.021 0.015 0.071 0.017 95 T 0.013 0.217 0.089 0.061 0.043 0.044 0.067 0.263 0.092 0.092 0.019 96 G 0.017 0.084 0.166 0.065 0.019 0.029 0.028 0.332 0.062 0.148 0.049 97 Y 0.043 0.009 0.002 0.001 0.035 0.001 0.002 0.692 0.174 0.023 0.019 98 R 0.002 0.008 0.003 0.001 0.005 0.002 0.005 0.881 0.090 0.003 0.001 99 Q 0.003 0.004 0.001 0.001 0.010 0.001 0.006 0.912 0.057 0.005 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.015 0.882 0.066 0.026 0.001 101 L 0.009 0.016 0.004 0.001 0.011 0.002 0.021 0.753 0.138 0.032 0.012 102 A 0.009 0.020 0.011 0.006 0.014 0.011 0.060 0.707 0.103 0.053 0.006 103 R 0.003 0.450 0.254 0.034 0.036 0.025 0.092 0.074 0.021 0.010 0.001 104 G 0.150 0.015 0.008 0.005 0.043 0.001 0.002 0.016 0.015 0.249 0.496 105 A 0.084 0.188 0.034 0.019 0.285 0.046 0.085 0.137 0.049 0.051 0.023 106 I 0.231 0.063 0.003 0.001 0.613 0.003 0.009 0.032 0.009 0.014 0.022 107 L 0.298 0.086 0.009 0.008 0.531 0.008 0.005 0.017 0.005 0.006 0.028 108 T 0.294 0.055 0.008 0.007 0.472 0.011 0.017 0.022 0.010 0.036 0.069 109 Y 0.222 0.164 0.036 0.007 0.489 0.004 0.005 0.008 0.004 0.011 0.050 110 S 0.234 0.104 0.031 0.015 0.356 0.023 0.038 0.038 0.028 0.048 0.084 111 F 0.288 0.097 0.034 0.036 0.272 0.026 0.020 0.029 0.031 0.057 0.112 112 T 0.122 0.143 0.084 0.082 0.249 0.059 0.062 0.061 0.052 0.057 0.030 113 E 0.239 0.099 0.033 0.019 0.275 0.015 0.024 0.052 0.064 0.104 0.076 114 Y 0.191 0.118 0.058 0.038 0.302 0.022 0.028 0.058 0.035 0.062 0.089 115 K 0.126 0.130 0.053 0.055 0.184 0.116 0.086 0.064 0.042 0.088 0.054 116 T 0.158 0.155 0.069 0.050 0.288 0.024 0.039 0.052 0.046 0.065 0.055 117 N 0.123 0.054 0.036 0.058 0.104 0.031 0.047 0.091 0.122 0.245 0.090 118 Q 0.037 0.433 0.210 0.017 0.207 0.006 0.015 0.034 0.019 0.013 0.008 119 P 0.255 0.165 0.045 0.006 0.398 0.008 0.012 0.048 0.014 0.009 0.040 120 V 0.128 0.069 0.033 0.042 0.162 0.068 0.102 0.132 0.073 0.103 0.088 121 A 0.089 0.286 0.170 0.054 0.169 0.020 0.011 0.056 0.028 0.084 0.033 122 T 0.124 0.350 0.064 0.008 0.335 0.004 0.005 0.040 0.017 0.022 0.031 123 E 0.152 0.070 0.022 0.025 0.195 0.024 0.031 0.278 0.129 0.031 0.044 124 R 0.058 0.109 0.040 0.018 0.122 0.022 0.067 0.373 0.104 0.059 0.030 125 F 0.237 0.095 0.016 0.005 0.208 0.008 0.024 0.171 0.080 0.076 0.080 126 D 0.053 0.111 0.047 0.044 0.105 0.073 0.107 0.256 0.140 0.043 0.021 127 A 0.138 0.068 0.028 0.031 0.130 0.028 0.063 0.168 0.113 0.132 0.102 128 G 0.079 0.234 0.071 0.038 0.227 0.028 0.032 0.100 0.071 0.083 0.037 129 S 0.109 0.067 0.031 0.040 0.117 0.026 0.055 0.079 0.098 0.284 0.094 130 C 0.089 0.245 0.251 0.051 0.204 0.008 0.008 0.032 0.032 0.046 0.034 131 R 0.077 0.145 0.074 0.036 0.124 0.034 0.070 0.234 0.103 0.065 0.036 132 I 0.059 0.149 0.116 0.074 0.109 0.074 0.106 0.125 0.065 0.090 0.033 133 Q 0.045 0.107 0.100 0.178 0.083 0.090 0.064 0.067 0.054 0.151 0.060 134 G 0.147 0.097 0.073 0.033 0.177 0.013 0.016 0.059 0.073 0.199 0.112 135 K 0.068 0.272 0.219 0.032 0.172 0.011 0.019 0.069 0.051 0.057 0.030 136 K 0.060 0.239 0.149 0.036 0.158 0.032 0.060 0.122 0.057 0.055 0.032