# TARGET T0581 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0581.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.607 0.230 0.101 0.041 0.015 0.004 0.001 2 S 0.237 0.159 0.155 0.197 0.174 0.072 0.006 3 R 0.271 0.258 0.159 0.142 0.110 0.054 0.007 4 F 0.225 0.166 0.108 0.150 0.159 0.153 0.039 5 M 0.101 0.139 0.135 0.208 0.195 0.155 0.069 6 A 0.092 0.097 0.109 0.163 0.185 0.206 0.147 7 L 0.067 0.064 0.070 0.120 0.188 0.279 0.213 8 A 0.032 0.029 0.066 0.122 0.199 0.294 0.259 9 L 0.012 0.017 0.040 0.062 0.114 0.297 0.457 10 C 0.011 0.014 0.038 0.072 0.137 0.287 0.439 11 F 0.009 0.014 0.030 0.068 0.119 0.323 0.437 12 V 0.015 0.019 0.031 0.062 0.138 0.380 0.355 13 L 0.031 0.038 0.056 0.118 0.208 0.351 0.199 14 P 0.061 0.092 0.108 0.188 0.242 0.252 0.057 15 T 0.088 0.100 0.102 0.212 0.228 0.194 0.076 16 A 0.159 0.124 0.094 0.122 0.207 0.243 0.052 17 A 0.150 0.145 0.120 0.262 0.227 0.089 0.006 18 H 0.093 0.151 0.227 0.273 0.196 0.057 0.003 19 A 0.190 0.173 0.135 0.188 0.180 0.123 0.011 20 A 0.155 0.183 0.193 0.237 0.175 0.054 0.004 21 S 0.297 0.339 0.202 0.109 0.043 0.010 0.001 22 L 0.197 0.243 0.251 0.199 0.088 0.020 0.002 23 K 0.453 0.297 0.144 0.073 0.025 0.007 0.001 24 D 0.257 0.251 0.239 0.169 0.070 0.014 0.001 25 F 0.520 0.267 0.125 0.059 0.023 0.005 0.001 26 E 0.413 0.267 0.150 0.106 0.050 0.013 0.001 27 L 0.191 0.143 0.166 0.244 0.179 0.072 0.005 28 S 0.436 0.277 0.156 0.084 0.036 0.010 0.001 29 K 0.529 0.292 0.106 0.047 0.020 0.006 0.001 30 M 0.316 0.207 0.195 0.181 0.076 0.023 0.002 31 L 0.322 0.170 0.160 0.181 0.129 0.036 0.002 32 E 0.592 0.279 0.092 0.029 0.006 0.001 0.001 33 K 0.582 0.244 0.104 0.048 0.017 0.004 0.001 34 V 0.381 0.158 0.143 0.171 0.105 0.039 0.003 35 A 0.415 0.229 0.159 0.125 0.059 0.012 0.001 36 K 0.565 0.273 0.101 0.043 0.015 0.003 0.001 37 E 0.495 0.188 0.121 0.106 0.061 0.025 0.003 38 S 0.476 0.203 0.140 0.112 0.049 0.017 0.002 39 S 0.635 0.229 0.083 0.035 0.014 0.003 0.001 40 V 0.628 0.216 0.092 0.046 0.015 0.003 0.001 41 G 0.644 0.190 0.083 0.053 0.022 0.007 0.001 42 T 0.440 0.228 0.151 0.113 0.049 0.015 0.003 43 P 0.652 0.188 0.079 0.051 0.022 0.007 0.001 44 R 0.503 0.243 0.124 0.083 0.036 0.009 0.001 45 A 0.544 0.228 0.118 0.074 0.028 0.007 0.001 46 I 0.478 0.270 0.135 0.081 0.030 0.007 0.001 47 N 0.507 0.269 0.115 0.074 0.027 0.007 0.001 48 E 0.301 0.267 0.180 0.144 0.075 0.030 0.003 49 D 0.459 0.288 0.144 0.068 0.031 0.009 0.001 50 I 0.231 0.260 0.194 0.171 0.092 0.045 0.006 51 L 0.162 0.154 0.184 0.218 0.179 0.092 0.011 52 D 0.080 0.162 0.222 0.255 0.190 0.078 0.012 53 Q 0.060 0.117 0.149 0.220 0.269 0.155 0.029 54 G 0.028 0.100 0.204 0.307 0.211 0.119 0.032 55 Y 0.011 0.024 0.038 0.128 0.313 0.383 0.104 56 T 0.054 0.211 0.300 0.253 0.127 0.045 0.010 57 V 0.031 0.076 0.125 0.256 0.299 0.190 0.022 58 E 0.125 0.260 0.272 0.227 0.093 0.023 0.002 59 G 0.261 0.358 0.205 0.122 0.041 0.011 0.001 60 N 0.252 0.368 0.214 0.122 0.038 0.006 0.001 61 Q 0.178 0.382 0.264 0.129 0.040 0.007 0.001 62 L 0.054 0.098 0.156 0.274 0.271 0.139 0.009 63 I 0.091 0.142 0.182 0.216 0.210 0.142 0.018 64 N 0.233 0.251 0.193 0.170 0.097 0.049 0.007 65 H 0.097 0.125 0.163 0.223 0.221 0.146 0.025 66 L 0.100 0.089 0.106 0.192 0.257 0.215 0.041 67 S 0.116 0.180 0.197 0.221 0.168 0.095 0.022 68 V 0.114 0.157 0.188 0.235 0.192 0.101 0.014 69 R 0.135 0.188 0.195 0.220 0.166 0.085 0.012 70 A 0.442 0.302 0.144 0.071 0.029 0.010 0.002 71 S 0.393 0.320 0.176 0.078 0.026 0.007 0.001 72 H 0.140 0.140 0.151 0.218 0.232 0.108 0.011 73 A 0.167 0.190 0.216 0.243 0.138 0.042 0.004 74 E 0.454 0.352 0.137 0.044 0.011 0.002 0.001 75 R 0.292 0.217 0.203 0.181 0.084 0.022 0.001 76 M 0.164 0.133 0.128 0.199 0.237 0.130 0.008 77 R 0.247 0.254 0.252 0.171 0.064 0.012 0.001 78 S 0.469 0.352 0.127 0.042 0.009 0.002 0.001 79 N 0.300 0.245 0.175 0.163 0.092 0.025 0.002 80 P 0.233 0.222 0.215 0.206 0.099 0.023 0.002 81 D 0.537 0.323 0.098 0.033 0.008 0.001 0.001 82 S 0.268 0.300 0.233 0.149 0.045 0.005 0.001 83 V 0.141 0.123 0.117 0.217 0.246 0.148 0.009 84 R 0.133 0.230 0.220 0.228 0.143 0.044 0.003 85 S 0.307 0.331 0.209 0.102 0.038 0.012 0.001 86 Q 0.150 0.176 0.162 0.213 0.191 0.096 0.012 87 L 0.095 0.093 0.136 0.225 0.236 0.188 0.026 88 G 0.190 0.196 0.194 0.206 0.143 0.061 0.010 89 D 0.245 0.301 0.207 0.155 0.072 0.018 0.002 90 S 0.080 0.152 0.208 0.254 0.207 0.088 0.010 91 V 0.091 0.163 0.185 0.241 0.211 0.100 0.009 92 C 0.127 0.254 0.270 0.230 0.093 0.023 0.003 93 S 0.390 0.359 0.163 0.067 0.017 0.003 0.001 94 N 0.249 0.260 0.198 0.194 0.085 0.014 0.001 95 T 0.569 0.312 0.095 0.022 0.003 0.001 0.001 96 G 0.554 0.299 0.103 0.037 0.007 0.001 0.001 97 Y 0.276 0.226 0.198 0.183 0.097 0.019 0.001 98 R 0.193 0.282 0.252 0.185 0.073 0.014 0.001 99 Q 0.458 0.392 0.110 0.033 0.007 0.001 0.001 100 L 0.252 0.212 0.246 0.199 0.076 0.014 0.001 101 L 0.327 0.199 0.136 0.146 0.125 0.059 0.007 102 A 0.558 0.195 0.116 0.088 0.036 0.007 0.001 103 R 0.497 0.266 0.132 0.068 0.025 0.010 0.002 104 G 0.466 0.177 0.123 0.133 0.071 0.026 0.003 105 A 0.437 0.219 0.117 0.098 0.084 0.038 0.006 106 I 0.491 0.179 0.126 0.109 0.063 0.028 0.004 107 L 0.410 0.220 0.140 0.131 0.067 0.029 0.004 108 T 0.385 0.245 0.154 0.116 0.067 0.030 0.003 109 Y 0.325 0.217 0.160 0.147 0.115 0.033 0.003 110 S 0.312 0.295 0.215 0.125 0.043 0.009 0.001 111 F 0.198 0.121 0.143 0.233 0.204 0.094 0.007 112 T 0.449 0.289 0.141 0.086 0.029 0.006 0.001 113 E 0.500 0.234 0.124 0.085 0.043 0.013 0.001 114 Y 0.337 0.214 0.213 0.165 0.058 0.013 0.001 115 K 0.433 0.246 0.143 0.107 0.054 0.015 0.002 116 T 0.512 0.247 0.123 0.071 0.032 0.012 0.002 117 N 0.342 0.202 0.151 0.145 0.095 0.053 0.011 118 Q 0.304 0.258 0.190 0.143 0.071 0.029 0.005 119 P 0.379 0.281 0.160 0.104 0.055 0.019 0.003 120 V 0.224 0.230 0.226 0.194 0.094 0.029 0.004 121 A 0.134 0.145 0.140 0.220 0.220 0.127 0.014 122 T 0.190 0.256 0.245 0.192 0.091 0.024 0.002 123 E 0.431 0.313 0.146 0.072 0.028 0.009 0.001 124 R 0.305 0.314 0.225 0.121 0.029 0.005 0.001 125 F 0.181 0.141 0.156 0.259 0.209 0.052 0.002 126 D 0.495 0.330 0.124 0.041 0.009 0.001 0.001 127 A 0.565 0.283 0.107 0.036 0.007 0.001 0.001 128 G 0.300 0.241 0.217 0.165 0.066 0.011 0.001 129 S 0.404 0.283 0.180 0.093 0.034 0.006 0.001 130 C 0.362 0.185 0.182 0.173 0.080 0.016 0.001 131 R 0.577 0.277 0.102 0.034 0.009 0.001 0.001 132 I 0.433 0.217 0.173 0.123 0.047 0.008 0.001 133 Q 0.665 0.223 0.075 0.029 0.007 0.001 0.001 134 G 0.688 0.185 0.077 0.039 0.010 0.001 0.001 135 K 0.777 0.148 0.052 0.018 0.004 0.001 0.001 136 K 0.832 0.121 0.031 0.012 0.004 0.001 0.001