# TARGET T0581 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0581.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.21195 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.010 0.016 0.285 0.111 0.554 2 S 0.048 0.011 0.014 0.553 0.057 0.317 3 R 0.050 0.009 0.022 0.687 0.056 0.175 4 F 0.054 0.007 0.031 0.775 0.046 0.086 5 M 0.082 0.004 0.043 0.782 0.038 0.050 6 A 0.075 0.002 0.031 0.831 0.033 0.029 7 L 0.056 0.002 0.016 0.885 0.027 0.014 8 A 0.036 0.001 0.013 0.926 0.016 0.008 9 L 0.028 0.001 0.024 0.929 0.012 0.006 10 C 0.018 0.001 0.033 0.933 0.011 0.004 11 F 0.022 0.001 0.033 0.930 0.009 0.005 12 V 0.011 0.002 0.016 0.943 0.008 0.020 13 L 0.008 0.003 0.021 0.737 0.032 0.199 14 P 0.003 0.001 0.033 0.851 0.039 0.072 15 T 0.004 0.001 0.030 0.905 0.037 0.022 16 A 0.002 0.001 0.016 0.954 0.022 0.005 17 A 0.003 0.001 0.031 0.931 0.029 0.006 18 H 0.003 0.001 0.032 0.925 0.031 0.008 19 A 0.007 0.002 0.043 0.874 0.049 0.025 20 A 0.007 0.003 0.023 0.781 0.062 0.124 21 S 0.004 0.004 0.008 0.478 0.077 0.430 22 L 0.001 0.001 0.014 0.923 0.027 0.034 23 K 0.002 0.001 0.017 0.928 0.026 0.026 24 D 0.003 0.001 0.025 0.907 0.038 0.026 25 F 0.002 0.001 0.014 0.945 0.019 0.019 26 E 0.002 0.001 0.008 0.963 0.010 0.016 27 L 0.002 0.001 0.006 0.974 0.007 0.011 28 S 0.002 0.001 0.007 0.950 0.015 0.025 29 K 0.002 0.001 0.006 0.973 0.010 0.009 30 M 0.002 0.001 0.003 0.981 0.006 0.007 31 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.003 32 E 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 33 K 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.003 34 V 0.001 0.001 0.004 0.986 0.005 0.004 35 A 0.001 0.001 0.010 0.963 0.013 0.012 36 K 0.002 0.001 0.018 0.929 0.025 0.025 37 E 0.005 0.003 0.028 0.803 0.063 0.098 38 S 0.006 0.008 0.025 0.494 0.157 0.309 39 S 0.009 0.010 0.023 0.070 0.476 0.412 40 V 0.013 0.008 0.021 0.057 0.577 0.324 41 G 0.020 0.013 0.018 0.037 0.565 0.348 42 T 0.029 0.023 0.014 0.028 0.465 0.441 43 P 0.029 0.020 0.144 0.057 0.364 0.386 44 R 0.063 0.025 0.283 0.085 0.308 0.236 45 A 0.114 0.050 0.355 0.084 0.229 0.169 46 I 0.122 0.057 0.055 0.059 0.238 0.470 47 N 0.052 0.010 0.004 0.019 0.125 0.791 48 E 0.002 0.001 0.034 0.929 0.024 0.011 49 D 0.005 0.001 0.048 0.906 0.033 0.007 50 I 0.005 0.003 0.059 0.881 0.047 0.005 51 L 0.015 0.003 0.044 0.870 0.054 0.015 52 D 0.008 0.001 0.027 0.925 0.026 0.012 53 Q 0.006 0.001 0.016 0.913 0.035 0.029 54 G 0.032 0.002 0.016 0.556 0.129 0.265 55 Y 0.273 0.014 0.004 0.035 0.083 0.591 56 T 0.768 0.030 0.002 0.011 0.056 0.133 57 V 0.683 0.023 0.003 0.006 0.169 0.115 58 E 0.292 0.009 0.009 0.007 0.512 0.171 59 G 0.078 0.004 0.051 0.016 0.727 0.125 60 N 0.178 0.011 0.058 0.020 0.618 0.115 61 Q 0.523 0.020 0.059 0.022 0.241 0.135 62 L 0.755 0.036 0.026 0.024 0.093 0.065 63 I 0.734 0.024 0.022 0.041 0.116 0.063 64 N 0.600 0.013 0.028 0.066 0.185 0.109 65 H 0.421 0.011 0.036 0.095 0.255 0.182 66 L 0.371 0.019 0.048 0.110 0.213 0.240 67 S 0.353 0.033 0.074 0.098 0.152 0.289 68 V 0.224 0.041 0.054 0.077 0.184 0.420 69 R 0.146 0.017 0.043 0.133 0.202 0.459 70 A 0.024 0.005 0.135 0.431 0.220 0.185 71 S 0.007 0.005 0.123 0.670 0.126 0.067 72 H 0.002 0.002 0.220 0.701 0.059 0.017 73 A 0.001 0.001 0.087 0.865 0.035 0.011 74 E 0.001 0.001 0.073 0.882 0.033 0.010 75 R 0.002 0.003 0.082 0.818 0.060 0.036 76 M 0.005 0.004 0.081 0.618 0.237 0.055 77 R 0.004 0.007 0.046 0.343 0.440 0.161 78 S 0.002 0.007 0.015 0.234 0.379 0.364 79 N 0.001 0.004 0.001 0.019 0.221 0.753 80 P 0.001 0.001 0.018 0.931 0.021 0.030 81 D 0.001 0.001 0.016 0.971 0.010 0.002 82 S 0.001 0.001 0.014 0.975 0.009 0.001 83 V 0.002 0.001 0.004 0.987 0.004 0.002 84 R 0.003 0.001 0.007 0.983 0.004 0.003 85 S 0.003 0.001 0.008 0.979 0.007 0.004 86 Q 0.002 0.001 0.005 0.973 0.008 0.012 87 L 0.002 0.002 0.006 0.954 0.012 0.024 88 G 0.004 0.003 0.038 0.741 0.094 0.121 89 D 0.004 0.002 0.163 0.621 0.137 0.073 90 S 0.009 0.006 0.247 0.498 0.177 0.062 91 V 0.010 0.007 0.318 0.375 0.218 0.071 92 C 0.006 0.010 0.140 0.427 0.290 0.126 93 S 0.005 0.005 0.138 0.415 0.276 0.160 94 N 0.004 0.005 0.030 0.283 0.366 0.312 95 T 0.003 0.003 0.018 0.546 0.247 0.183 96 G 0.003 0.004 0.012 0.815 0.071 0.095 97 Y 0.002 0.001 0.004 0.977 0.008 0.008 98 R 0.003 0.001 0.005 0.974 0.010 0.007 99 Q 0.005 0.001 0.007 0.972 0.010 0.006 100 L 0.006 0.001 0.009 0.968 0.010 0.005 101 L 0.007 0.001 0.016 0.950 0.018 0.008 102 A 0.007 0.001 0.016 0.905 0.052 0.018 103 R 0.014 0.002 0.021 0.747 0.127 0.089 104 G 0.038 0.002 0.014 0.048 0.304 0.593 105 A 0.284 0.005 0.024 0.017 0.250 0.421 106 I 0.785 0.005 0.012 0.010 0.059 0.130 107 L 0.912 0.003 0.004 0.007 0.024 0.051 108 T 0.949 0.001 0.001 0.004 0.014 0.031 109 Y 0.947 0.001 0.001 0.003 0.011 0.037 110 S 0.921 0.002 0.001 0.005 0.022 0.049 111 F 0.837 0.005 0.003 0.007 0.058 0.091 112 T 0.686 0.008 0.007 0.007 0.120 0.171 113 E 0.610 0.009 0.018 0.012 0.161 0.189 114 Y 0.487 0.017 0.031 0.020 0.193 0.252 115 K 0.381 0.023 0.045 0.028 0.287 0.236 116 T 0.248 0.033 0.035 0.055 0.313 0.314 117 N 0.104 0.015 0.020 0.044 0.338 0.479 118 Q 0.246 0.013 0.034 0.074 0.297 0.337 119 P 0.282 0.014 0.059 0.130 0.233 0.282 120 V 0.272 0.034 0.061 0.227 0.172 0.234 121 A 0.256 0.027 0.037 0.240 0.163 0.277 122 T 0.223 0.010 0.055 0.358 0.145 0.208 123 E 0.179 0.006 0.080 0.444 0.153 0.137 124 R 0.218 0.014 0.080 0.433 0.148 0.108 125 F 0.210 0.013 0.092 0.388 0.179 0.118 126 D 0.177 0.011 0.089 0.314 0.218 0.191 127 A 0.093 0.010 0.116 0.329 0.257 0.195 128 G 0.146 0.011 0.104 0.127 0.294 0.318 129 S 0.130 0.022 0.098 0.111 0.281 0.357 130 C 0.121 0.036 0.098 0.097 0.236 0.412 131 R 0.085 0.026 0.047 0.058 0.292 0.492 132 I 0.054 0.014 0.071 0.049 0.505 0.307 133 Q 0.042 0.007 0.051 0.032 0.592 0.277 134 G 0.046 0.010 0.058 0.034 0.559 0.293 135 K 0.113 0.039 0.025 0.028 0.338 0.457 136 K 0.164 0.035 0.015 0.033 0.151 0.603