# TARGET T0581 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0581.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.21195 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.009 0.151 0.004 0.036 0.667 0.002 0.001 0.003 0.036 0.052 0.011 0.018 2 S 0.019 0.005 0.106 0.005 0.024 0.721 0.004 0.001 0.005 0.035 0.024 0.014 0.038 3 R 0.018 0.001 0.029 0.005 0.014 0.851 0.003 0.001 0.005 0.021 0.016 0.025 0.012 4 F 0.021 0.002 0.019 0.001 0.006 0.869 0.006 0.004 0.011 0.008 0.012 0.015 0.027 5 M 0.038 0.002 0.022 0.004 0.003 0.841 0.012 0.007 0.011 0.006 0.012 0.019 0.023 6 A 0.041 0.003 0.020 0.004 0.002 0.849 0.009 0.005 0.012 0.004 0.007 0.018 0.027 7 L 0.038 0.001 0.022 0.014 0.005 0.852 0.005 0.002 0.008 0.009 0.011 0.012 0.020 8 A 0.040 0.001 0.027 0.005 0.009 0.827 0.007 0.002 0.009 0.010 0.015 0.019 0.028 9 L 0.032 0.001 0.019 0.002 0.011 0.858 0.006 0.003 0.010 0.009 0.014 0.013 0.022 10 C 0.035 0.002 0.019 0.003 0.007 0.834 0.009 0.007 0.013 0.009 0.029 0.015 0.020 11 F 0.050 0.004 0.034 0.002 0.007 0.753 0.011 0.006 0.012 0.016 0.053 0.032 0.021 12 V 0.048 0.005 0.058 0.002 0.004 0.718 0.009 0.004 0.010 0.028 0.064 0.009 0.039 13 L 0.008 0.005 0.173 0.002 0.003 0.645 0.002 0.001 0.007 0.085 0.025 0.032 0.012 14 P 0.002 0.002 0.083 0.001 0.013 0.812 0.001 0.001 0.002 0.021 0.046 0.002 0.015 15 T 0.002 0.002 0.033 0.001 0.022 0.851 0.001 0.001 0.002 0.022 0.056 0.003 0.005 16 A 0.003 0.003 0.027 0.001 0.034 0.860 0.001 0.001 0.003 0.014 0.045 0.002 0.005 17 A 0.007 0.003 0.036 0.001 0.046 0.786 0.002 0.001 0.003 0.017 0.080 0.008 0.011 18 H 0.011 0.003 0.037 0.001 0.041 0.748 0.001 0.001 0.002 0.018 0.121 0.007 0.010 19 A 0.011 0.007 0.072 0.001 0.068 0.607 0.001 0.001 0.003 0.024 0.174 0.007 0.023 20 A 0.003 0.014 0.153 0.002 0.030 0.421 0.001 0.001 0.002 0.120 0.231 0.012 0.011 21 S 0.001 0.006 0.443 0.001 0.013 0.232 0.001 0.001 0.002 0.128 0.155 0.004 0.015 22 L 0.001 0.001 0.035 0.001 0.062 0.794 0.001 0.001 0.001 0.025 0.080 0.001 0.001 23 K 0.001 0.002 0.031 0.001 0.058 0.794 0.001 0.001 0.001 0.020 0.091 0.001 0.002 24 D 0.001 0.001 0.028 0.001 0.043 0.870 0.001 0.001 0.002 0.011 0.040 0.001 0.003 25 F 0.001 0.001 0.020 0.001 0.009 0.944 0.001 0.001 0.001 0.011 0.012 0.001 0.001 26 E 0.001 0.003 0.031 0.001 0.007 0.928 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.001 0.002 27 L 0.001 0.001 0.015 0.001 0.007 0.945 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.001 0.001 28 S 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 29 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 30 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 31 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 32 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 33 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 34 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 35 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.963 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.001 0.001 36 K 0.001 0.001 0.005 0.001 0.014 0.922 0.001 0.001 0.001 0.004 0.053 0.001 0.001 37 E 0.001 0.001 0.012 0.001 0.016 0.830 0.001 0.001 0.001 0.013 0.127 0.001 0.001 38 S 0.001 0.007 0.278 0.001 0.018 0.379 0.001 0.001 0.001 0.136 0.177 0.001 0.001 39 S 0.001 0.015 0.389 0.001 0.030 0.077 0.001 0.001 0.002 0.186 0.296 0.001 0.002 40 V 0.001 0.021 0.301 0.001 0.018 0.031 0.001 0.001 0.006 0.310 0.300 0.005 0.006 41 G 0.001 0.039 0.362 0.004 0.008 0.011 0.001 0.001 0.006 0.439 0.118 0.003 0.008 42 T 0.001 0.020 0.701 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.009 0.239 0.009 0.009 0.004 43 P 0.001 0.034 0.639 0.009 0.024 0.071 0.001 0.001 0.017 0.099 0.072 0.001 0.034 44 R 0.004 0.036 0.339 0.006 0.066 0.135 0.003 0.002 0.042 0.182 0.081 0.097 0.006 45 A 0.004 0.058 0.427 0.001 0.064 0.171 0.004 0.002 0.048 0.064 0.050 0.004 0.103 46 I 0.005 0.081 0.242 0.004 0.078 0.274 0.005 0.004 0.028 0.061 0.174 0.031 0.013 47 N 0.002 0.012 0.354 0.004 0.059 0.203 0.001 0.002 0.012 0.127 0.192 0.008 0.023 48 E 0.001 0.002 0.068 0.001 0.137 0.479 0.001 0.001 0.001 0.061 0.243 0.003 0.004 49 D 0.001 0.010 0.091 0.001 0.146 0.567 0.001 0.001 0.002 0.039 0.129 0.005 0.007 50 I 0.004 0.015 0.092 0.003 0.242 0.470 0.001 0.002 0.009 0.029 0.102 0.005 0.026 51 L 0.016 0.015 0.117 0.022 0.247 0.398 0.002 0.002 0.006 0.040 0.094 0.018 0.023 52 D 0.017 0.005 0.098 0.023 0.250 0.305 0.002 0.003 0.005 0.076 0.153 0.034 0.029 53 Q 0.008 0.003 0.025 0.004 0.110 0.266 0.001 0.001 0.005 0.060 0.485 0.012 0.020 54 G 0.032 0.009 0.156 0.025 0.017 0.079 0.005 0.003 0.008 0.107 0.468 0.024 0.067 55 Y 0.060 0.057 0.325 0.011 0.003 0.029 0.015 0.007 0.041 0.080 0.032 0.199 0.139 56 T 0.065 0.026 0.274 0.008 0.003 0.031 0.014 0.010 0.083 0.040 0.038 0.076 0.331 57 V 0.088 0.025 0.202 0.009 0.016 0.096 0.020 0.008 0.039 0.073 0.207 0.125 0.091 58 E 0.032 0.016 0.140 0.010 0.016 0.062 0.008 0.003 0.014 0.107 0.449 0.066 0.077 59 G 0.009 0.004 0.126 0.014 0.022 0.043 0.001 0.001 0.003 0.143 0.571 0.026 0.037 60 N 0.037 0.006 0.189 0.015 0.048 0.126 0.002 0.001 0.004 0.136 0.312 0.046 0.078 61 Q 0.182 0.032 0.115 0.030 0.035 0.079 0.023 0.003 0.009 0.071 0.069 0.119 0.235 62 L 0.341 0.020 0.061 0.022 0.029 0.041 0.056 0.006 0.014 0.018 0.028 0.144 0.220 63 I 0.355 0.013 0.081 0.040 0.018 0.034 0.058 0.008 0.016 0.013 0.019 0.098 0.244 64 N 0.254 0.007 0.130 0.119 0.021 0.051 0.037 0.005 0.017 0.071 0.036 0.148 0.103 65 H 0.195 0.004 0.090 0.030 0.033 0.121 0.037 0.013 0.032 0.089 0.067 0.061 0.228 66 L 0.282 0.004 0.137 0.012 0.013 0.141 0.083 0.035 0.027 0.031 0.036 0.088 0.111 67 S 0.237 0.025 0.135 0.004 0.009 0.144 0.078 0.038 0.045 0.024 0.027 0.130 0.102 68 V 0.118 0.013 0.251 0.005 0.023 0.239 0.035 0.015 0.039 0.051 0.040 0.042 0.126 69 R 0.026 0.007 0.401 0.008 0.018 0.278 0.005 0.008 0.041 0.072 0.053 0.042 0.040 70 A 0.002 0.003 0.109 0.002 0.055 0.653 0.001 0.001 0.007 0.078 0.073 0.003 0.013 71 S 0.001 0.003 0.025 0.001 0.046 0.782 0.001 0.001 0.002 0.027 0.109 0.003 0.002 72 H 0.001 0.003 0.018 0.001 0.038 0.848 0.001 0.001 0.001 0.009 0.079 0.001 0.002 73 A 0.001 0.003 0.011 0.001 0.017 0.950 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 74 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.017 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 75 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.022 0.939 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 0.001 0.001 76 M 0.001 0.001 0.023 0.001 0.048 0.827 0.001 0.001 0.001 0.021 0.079 0.001 0.001 77 R 0.001 0.002 0.020 0.001 0.035 0.511 0.001 0.001 0.001 0.014 0.415 0.001 0.001 78 S 0.001 0.012 0.069 0.001 0.015 0.481 0.001 0.001 0.001 0.093 0.328 0.001 0.001 79 N 0.001 0.004 0.657 0.001 0.001 0.055 0.001 0.001 0.001 0.278 0.005 0.001 0.001 80 P 0.001 0.001 0.011 0.001 0.012 0.956 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 81 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 82 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 84 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 85 S 0.001 0.001 0.004 0.001 0.021 0.915 0.001 0.001 0.001 0.006 0.049 0.001 0.001 86 Q 0.001 0.002 0.022 0.001 0.029 0.823 0.001 0.001 0.001 0.016 0.102 0.001 0.002 87 L 0.001 0.021 0.075 0.001 0.022 0.650 0.001 0.002 0.007 0.046 0.168 0.004 0.004 88 G 0.001 0.017 0.220 0.007 0.038 0.371 0.001 0.001 0.003 0.097 0.232 0.005 0.009 89 D 0.002 0.009 0.266 0.012 0.044 0.317 0.001 0.001 0.004 0.201 0.124 0.008 0.012 90 S 0.004 0.012 0.202 0.002 0.115 0.397 0.001 0.003 0.011 0.080 0.148 0.010 0.015 91 V 0.010 0.035 0.092 0.001 0.106 0.459 0.005 0.007 0.016 0.098 0.128 0.006 0.036 92 C 0.012 0.036 0.178 0.006 0.065 0.376 0.006 0.012 0.029 0.089 0.122 0.051 0.019 93 S 0.006 0.025 0.278 0.002 0.029 0.256 0.002 0.004 0.018 0.176 0.156 0.011 0.038 94 N 0.001 0.006 0.521 0.001 0.006 0.140 0.001 0.001 0.004 0.268 0.048 0.003 0.005 95 T 0.001 0.002 0.055 0.001 0.020 0.644 0.001 0.001 0.001 0.068 0.210 0.001 0.001 96 G 0.001 0.008 0.028 0.001 0.014 0.799 0.001 0.001 0.001 0.026 0.121 0.001 0.001 97 Y 0.001 0.002 0.014 0.001 0.011 0.949 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.001 0.001 98 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 99 Q 0.001 0.001 0.007 0.001 0.008 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.956 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.002 101 L 0.001 0.001 0.018 0.001 0.010 0.883 0.001 0.001 0.001 0.010 0.071 0.001 0.002 102 A 0.002 0.004 0.030 0.001 0.018 0.677 0.001 0.001 0.001 0.016 0.242 0.006 0.003 103 R 0.001 0.001 0.015 0.002 0.011 0.195 0.001 0.001 0.001 0.042 0.732 0.001 0.001 104 G 0.001 0.001 0.127 0.003 0.008 0.036 0.001 0.001 0.001 0.085 0.726 0.003 0.007 105 A 0.028 0.009 0.620 0.003 0.009 0.016 0.009 0.001 0.025 0.080 0.037 0.057 0.108 106 I 0.164 0.015 0.076 0.004 0.002 0.006 0.083 0.009 0.089 0.029 0.004 0.146 0.371 107 L 0.398 0.001 0.031 0.032 0.001 0.002 0.076 0.008 0.023 0.005 0.003 0.333 0.087 108 T 0.548 0.001 0.025 0.009 0.001 0.002 0.091 0.007 0.025 0.006 0.004 0.041 0.240 109 Y 0.466 0.001 0.041 0.011 0.001 0.002 0.077 0.006 0.022 0.010 0.005 0.258 0.100 110 S 0.467 0.002 0.078 0.006 0.001 0.001 0.041 0.003 0.018 0.018 0.012 0.113 0.239 111 F 0.318 0.008 0.132 0.018 0.003 0.002 0.023 0.002 0.012 0.036 0.018 0.109 0.319 112 T 0.214 0.008 0.172 0.046 0.006 0.005 0.014 0.001 0.010 0.063 0.036 0.259 0.167 113 E 0.159 0.012 0.127 0.005 0.023 0.017 0.015 0.002 0.019 0.112 0.080 0.148 0.280 114 Y 0.198 0.025 0.137 0.014 0.031 0.023 0.020 0.002 0.011 0.078 0.091 0.088 0.281 115 K 0.084 0.049 0.192 0.016 0.042 0.024 0.015 0.002 0.010 0.076 0.137 0.195 0.160 116 T 0.010 0.018 0.276 0.013 0.022 0.021 0.003 0.001 0.005 0.128 0.389 0.029 0.087 117 N 0.006 0.009 0.399 0.013 0.012 0.014 0.001 0.001 0.002 0.299 0.201 0.008 0.036 118 Q 0.003 0.012 0.357 0.001 0.011 0.034 0.001 0.001 0.003 0.358 0.046 0.164 0.009 119 P 0.006 0.025 0.406 0.002 0.023 0.053 0.003 0.001 0.006 0.070 0.079 0.005 0.321 120 V 0.036 0.046 0.417 0.045 0.046 0.083 0.013 0.001 0.006 0.061 0.096 0.105 0.045 121 A 0.046 0.056 0.359 0.008 0.028 0.112 0.011 0.002 0.013 0.065 0.054 0.077 0.170 122 T 0.023 0.014 0.363 0.019 0.055 0.215 0.005 0.001 0.009 0.098 0.051 0.032 0.116 123 E 0.024 0.008 0.223 0.017 0.056 0.294 0.005 0.001 0.009 0.101 0.071 0.143 0.048 124 R 0.026 0.024 0.205 0.009 0.054 0.240 0.007 0.002 0.017 0.063 0.067 0.039 0.247 125 F 0.029 0.030 0.250 0.019 0.063 0.234 0.007 0.002 0.013 0.070 0.064 0.128 0.092 126 D 0.030 0.021 0.313 0.018 0.059 0.204 0.004 0.002 0.008 0.095 0.116 0.054 0.076 127 A 0.013 0.013 0.231 0.004 0.131 0.268 0.002 0.001 0.005 0.083 0.184 0.017 0.049 128 G 0.004 0.010 0.223 0.006 0.089 0.139 0.001 0.001 0.002 0.139 0.347 0.022 0.018 129 S 0.006 0.013 0.250 0.007 0.093 0.122 0.001 0.001 0.003 0.109 0.351 0.011 0.034 130 C 0.010 0.029 0.422 0.004 0.036 0.098 0.001 0.001 0.004 0.225 0.085 0.050 0.035 131 R 0.012 0.035 0.457 0.003 0.045 0.080 0.003 0.001 0.007 0.105 0.144 0.031 0.077 132 I 0.009 0.024 0.432 0.004 0.057 0.071 0.002 0.001 0.005 0.138 0.158 0.032 0.066 133 Q 0.003 0.010 0.284 0.014 0.069 0.047 0.001 0.001 0.002 0.131 0.400 0.021 0.018 134 G 0.001 0.008 0.301 0.003 0.038 0.026 0.001 0.001 0.001 0.230 0.366 0.011 0.014 135 K 0.003 0.019 0.685 0.003 0.011 0.015 0.001 0.001 0.002 0.147 0.066 0.017 0.034 136 K 0.001 0.022 0.848 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.002 0.070 0.011 0.015 0.020