# TARGET T0581 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0581.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.21195 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.163 0.085 0.053 0.106 0.089 0.085 0.099 0.085 0.096 0.078 0.061 2 S 0.064 0.078 0.044 0.096 0.109 0.117 0.168 0.111 0.100 0.068 0.045 3 R 0.035 0.034 0.034 0.092 0.121 0.153 0.207 0.130 0.104 0.059 0.032 4 F 0.055 0.038 0.051 0.085 0.110 0.128 0.191 0.115 0.107 0.074 0.045 5 M 0.014 0.020 0.058 0.091 0.089 0.092 0.178 0.131 0.140 0.106 0.081 6 A 0.011 0.007 0.026 0.025 0.026 0.043 0.122 0.135 0.221 0.222 0.163 7 L 0.008 0.006 0.048 0.040 0.045 0.082 0.218 0.165 0.170 0.138 0.079 8 A 0.003 0.008 0.130 0.045 0.047 0.074 0.187 0.149 0.147 0.122 0.088 9 L 0.002 0.003 0.048 0.012 0.009 0.014 0.072 0.112 0.198 0.273 0.257 10 C 0.006 0.006 0.067 0.026 0.023 0.034 0.100 0.134 0.210 0.219 0.174 11 F 0.009 0.012 0.203 0.036 0.027 0.035 0.098 0.105 0.152 0.163 0.160 12 V 0.004 0.010 0.078 0.035 0.041 0.059 0.156 0.156 0.193 0.156 0.114 13 L 0.007 0.013 0.048 0.021 0.017 0.025 0.092 0.119 0.227 0.239 0.192 14 P 0.053 0.040 0.091 0.080 0.103 0.132 0.189 0.104 0.101 0.064 0.043 15 T 0.108 0.079 0.201 0.113 0.095 0.091 0.124 0.063 0.059 0.039 0.027 16 A 0.097 0.052 0.103 0.086 0.067 0.063 0.109 0.090 0.121 0.107 0.105 17 A 0.083 0.034 0.070 0.058 0.044 0.075 0.137 0.114 0.144 0.130 0.110 18 H 0.067 0.064 0.192 0.143 0.119 0.124 0.136 0.066 0.046 0.027 0.016 19 A 0.065 0.056 0.190 0.074 0.057 0.068 0.117 0.088 0.103 0.091 0.092 20 A 0.081 0.047 0.079 0.062 0.065 0.080 0.125 0.093 0.120 0.130 0.119 21 S 0.158 0.182 0.153 0.133 0.079 0.066 0.081 0.047 0.044 0.033 0.024 22 L 0.227 0.117 0.163 0.118 0.112 0.093 0.086 0.036 0.026 0.014 0.008 23 K 0.375 0.144 0.192 0.117 0.062 0.045 0.037 0.012 0.007 0.004 0.003 24 D 0.118 0.125 0.256 0.167 0.091 0.078 0.087 0.034 0.024 0.014 0.007 25 F 0.298 0.099 0.234 0.109 0.064 0.059 0.077 0.032 0.017 0.007 0.003 26 E 0.238 0.156 0.374 0.140 0.052 0.024 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 27 L 0.013 0.023 0.228 0.068 0.062 0.113 0.220 0.113 0.083 0.054 0.023 28 S 0.039 0.050 0.419 0.183 0.117 0.087 0.074 0.018 0.008 0.003 0.001 29 K 0.052 0.057 0.726 0.111 0.034 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 30 M 0.025 0.045 0.455 0.134 0.109 0.108 0.080 0.025 0.012 0.006 0.002 31 L 0.002 0.007 0.400 0.031 0.035 0.057 0.200 0.100 0.091 0.054 0.023 32 E 0.008 0.018 0.740 0.135 0.060 0.022 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 33 K 0.009 0.029 0.726 0.145 0.064 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 34 V 0.005 0.012 0.201 0.032 0.045 0.079 0.218 0.146 0.146 0.080 0.035 35 A 0.004 0.009 0.192 0.056 0.082 0.121 0.290 0.116 0.076 0.036 0.016 36 K 0.017 0.044 0.810 0.081 0.034 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 37 E 0.084 0.148 0.366 0.175 0.114 0.064 0.032 0.009 0.004 0.002 0.001 38 S 0.075 0.063 0.070 0.046 0.060 0.069 0.153 0.124 0.147 0.114 0.079 39 S 0.416 0.242 0.110 0.093 0.057 0.036 0.026 0.009 0.005 0.003 0.002 40 V 0.272 0.165 0.142 0.151 0.102 0.067 0.057 0.021 0.013 0.007 0.003 41 G 0.547 0.155 0.067 0.081 0.054 0.037 0.027 0.013 0.008 0.006 0.004 42 T 0.146 0.262 0.106 0.161 0.110 0.066 0.062 0.032 0.026 0.016 0.013 43 P 0.256 0.123 0.061 0.108 0.093 0.094 0.091 0.061 0.054 0.037 0.021 44 R 0.183 0.127 0.063 0.129 0.129 0.126 0.130 0.055 0.032 0.016 0.010 45 A 0.260 0.147 0.125 0.140 0.089 0.070 0.081 0.039 0.024 0.015 0.010 46 I 0.103 0.069 0.057 0.116 0.105 0.107 0.114 0.082 0.084 0.089 0.073 47 N 0.113 0.194 0.198 0.162 0.098 0.075 0.072 0.037 0.026 0.016 0.010 48 E 0.161 0.090 0.177 0.163 0.115 0.090 0.099 0.049 0.033 0.016 0.008 49 D 0.170 0.125 0.213 0.208 0.133 0.073 0.051 0.015 0.007 0.003 0.002 50 I 0.033 0.054 0.170 0.117 0.098 0.102 0.142 0.085 0.083 0.067 0.050 51 L 0.024 0.022 0.090 0.067 0.086 0.112 0.220 0.132 0.116 0.078 0.053 52 D 0.089 0.125 0.382 0.210 0.098 0.052 0.027 0.010 0.005 0.002 0.001 53 Q 0.070 0.110 0.168 0.174 0.159 0.120 0.106 0.046 0.026 0.015 0.006 54 G 0.276 0.128 0.111 0.127 0.101 0.068 0.071 0.039 0.034 0.025 0.021 55 Y 0.022 0.040 0.048 0.073 0.098 0.125 0.228 0.128 0.108 0.082 0.049 56 T 0.091 0.185 0.159 0.229 0.124 0.073 0.062 0.030 0.023 0.014 0.010 57 V 0.034 0.018 0.015 0.025 0.039 0.062 0.153 0.151 0.188 0.158 0.158 58 E 0.116 0.302 0.141 0.199 0.107 0.061 0.046 0.014 0.008 0.004 0.002 59 G 0.198 0.130 0.048 0.143 0.121 0.102 0.110 0.057 0.043 0.028 0.019 60 N 0.307 0.197 0.099 0.185 0.110 0.056 0.029 0.009 0.005 0.002 0.001 61 Q 0.030 0.095 0.089 0.284 0.208 0.154 0.102 0.025 0.009 0.003 0.002 62 L 0.004 0.004 0.007 0.016 0.019 0.030 0.110 0.168 0.232 0.232 0.177 63 I 0.006 0.006 0.021 0.045 0.070 0.113 0.239 0.187 0.154 0.104 0.056 64 N 0.009 0.049 0.251 0.273 0.176 0.104 0.072 0.035 0.020 0.009 0.004 65 H 0.006 0.014 0.029 0.059 0.068 0.131 0.246 0.177 0.130 0.097 0.043 66 L 0.010 0.010 0.025 0.030 0.032 0.038 0.136 0.170 0.226 0.201 0.123 67 S 0.044 0.091 0.138 0.124 0.117 0.117 0.194 0.085 0.050 0.026 0.013 68 V 0.014 0.038 0.083 0.089 0.096 0.094 0.136 0.120 0.132 0.125 0.072 69 R 0.037 0.190 0.184 0.174 0.141 0.103 0.102 0.038 0.019 0.008 0.003 70 A 0.316 0.125 0.216 0.198 0.084 0.032 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 71 S 0.690 0.122 0.118 0.047 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 72 H 0.029 0.058 0.094 0.114 0.088 0.174 0.244 0.101 0.060 0.027 0.010 73 A 0.004 0.007 0.062 0.040 0.079 0.186 0.349 0.142 0.077 0.039 0.015 74 E 0.055 0.041 0.816 0.060 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 75 R 0.004 0.021 0.216 0.258 0.272 0.147 0.060 0.015 0.005 0.002 0.001 76 M 0.006 0.009 0.042 0.013 0.017 0.033 0.111 0.128 0.207 0.236 0.198 77 R 0.010 0.028 0.266 0.207 0.222 0.139 0.099 0.019 0.007 0.002 0.001 78 S 0.079 0.090 0.740 0.061 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 79 N 0.014 0.134 0.125 0.168 0.146 0.146 0.157 0.057 0.029 0.017 0.007 80 P 0.026 0.028 0.023 0.034 0.075 0.135 0.283 0.147 0.131 0.069 0.048 81 D 0.705 0.151 0.094 0.037 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 S 0.088 0.153 0.154 0.285 0.165 0.096 0.047 0.008 0.003 0.001 0.001 83 V 0.007 0.005 0.007 0.009 0.011 0.020 0.072 0.138 0.240 0.248 0.245 84 R 0.017 0.023 0.055 0.186 0.235 0.233 0.172 0.048 0.020 0.007 0.003 85 S 0.022 0.064 0.658 0.157 0.056 0.027 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 86 Q 0.004 0.010 0.017 0.041 0.079 0.178 0.331 0.172 0.091 0.050 0.026 87 L 0.024 0.016 0.024 0.023 0.024 0.035 0.111 0.153 0.201 0.210 0.179 88 G 0.105 0.133 0.192 0.179 0.145 0.101 0.075 0.030 0.019 0.012 0.008 89 D 0.173 0.153 0.161 0.231 0.135 0.079 0.041 0.014 0.007 0.004 0.002 90 S 0.092 0.096 0.050 0.080 0.102 0.111 0.159 0.113 0.086 0.065 0.046 91 V 0.085 0.060 0.063 0.098 0.080 0.087 0.124 0.092 0.112 0.098 0.102 92 C 0.078 0.051 0.053 0.063 0.085 0.104 0.183 0.122 0.110 0.089 0.062 93 S 0.107 0.194 0.151 0.215 0.119 0.077 0.063 0.032 0.021 0.013 0.008 94 N 0.088 0.066 0.050 0.076 0.080 0.099 0.148 0.110 0.109 0.094 0.080 95 T 0.303 0.252 0.121 0.167 0.084 0.036 0.021 0.007 0.004 0.002 0.001 96 G 0.258 0.159 0.089 0.147 0.102 0.084 0.087 0.035 0.021 0.011 0.007 97 Y 0.012 0.016 0.026 0.047 0.058 0.084 0.164 0.134 0.173 0.149 0.136 98 R 0.037 0.028 0.091 0.097 0.097 0.152 0.244 0.115 0.078 0.040 0.021 99 Q 0.027 0.060 0.253 0.363 0.171 0.072 0.034 0.012 0.005 0.003 0.001 100 L 0.022 0.026 0.118 0.051 0.052 0.077 0.156 0.136 0.148 0.121 0.093 101 L 0.007 0.010 0.071 0.070 0.060 0.062 0.123 0.125 0.168 0.161 0.142 102 A 0.009 0.022 0.187 0.073 0.098 0.122 0.213 0.106 0.084 0.052 0.034 103 R 0.029 0.054 0.283 0.288 0.161 0.101 0.053 0.017 0.008 0.004 0.002 104 G 0.142 0.094 0.124 0.092 0.097 0.108 0.148 0.072 0.062 0.040 0.021 105 A 0.044 0.030 0.059 0.066 0.043 0.052 0.129 0.123 0.149 0.154 0.149 106 I 0.025 0.067 0.163 0.166 0.169 0.147 0.127 0.055 0.039 0.026 0.016 107 L 0.019 0.023 0.067 0.049 0.039 0.049 0.122 0.147 0.185 0.158 0.141 108 T 0.061 0.093 0.117 0.247 0.204 0.129 0.092 0.031 0.014 0.007 0.004 109 Y 0.011 0.013 0.020 0.022 0.024 0.034 0.101 0.122 0.224 0.228 0.201 110 S 0.081 0.168 0.134 0.337 0.174 0.065 0.028 0.007 0.004 0.002 0.001 111 F 0.010 0.010 0.011 0.016 0.019 0.029 0.101 0.130 0.231 0.237 0.205 112 T 0.077 0.161 0.154 0.274 0.160 0.083 0.054 0.019 0.010 0.005 0.003 113 E 0.147 0.186 0.086 0.174 0.126 0.094 0.096 0.043 0.027 0.014 0.008 114 Y 0.107 0.080 0.068 0.142 0.131 0.125 0.128 0.082 0.067 0.044 0.026 115 K 0.218 0.185 0.114 0.196 0.125 0.069 0.048 0.020 0.014 0.007 0.004 116 T 0.268 0.156 0.081 0.129 0.093 0.067 0.080 0.048 0.038 0.025 0.014 117 N 0.115 0.110 0.062 0.129 0.112 0.103 0.121 0.086 0.074 0.054 0.034 118 Q 0.120 0.185 0.078 0.169 0.141 0.109 0.095 0.045 0.031 0.018 0.008 119 P 0.241 0.127 0.095 0.152 0.106 0.082 0.083 0.045 0.035 0.022 0.011 120 V 0.068 0.047 0.045 0.079 0.092 0.105 0.176 0.120 0.117 0.091 0.061 121 A 0.043 0.090 0.103 0.136 0.103 0.107 0.143 0.099 0.084 0.056 0.036 122 T 0.085 0.108 0.136 0.252 0.185 0.105 0.069 0.031 0.018 0.008 0.004 123 E 0.335 0.134 0.234 0.129 0.074 0.044 0.029 0.010 0.006 0.003 0.002 124 R 0.067 0.108 0.115 0.209 0.175 0.125 0.120 0.043 0.024 0.010 0.004 125 F 0.011 0.013 0.021 0.030 0.046 0.074 0.176 0.168 0.198 0.164 0.098 126 D 0.163 0.224 0.272 0.211 0.081 0.030 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 127 A 0.223 0.149 0.219 0.172 0.105 0.067 0.042 0.013 0.007 0.003 0.001 128 G 0.116 0.060 0.040 0.066 0.071 0.099 0.151 0.124 0.117 0.092 0.064 129 S 0.141 0.241 0.132 0.211 0.128 0.068 0.046 0.017 0.010 0.005 0.002 130 C 0.062 0.052 0.049 0.045 0.056 0.074 0.154 0.149 0.164 0.124 0.071 131 R 0.211 0.222 0.155 0.221 0.107 0.043 0.025 0.008 0.004 0.002 0.001 132 I 0.116 0.074 0.045 0.084 0.085 0.086 0.151 0.116 0.109 0.086 0.048 133 Q 0.317 0.203 0.112 0.176 0.089 0.046 0.030 0.013 0.009 0.004 0.002 134 G 0.689 0.120 0.056 0.057 0.028 0.020 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 135 K 0.337 0.217 0.050 0.100 0.071 0.055 0.061 0.041 0.032 0.024 0.013 136 K 0.350 0.151 0.046 0.087 0.076 0.062 0.067 0.053 0.049 0.037 0.022