# TARGET T0581 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0581.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.21195 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.001 0.003 0.164 0.006 0.008 0.811 2 S 0.041 0.012 0.007 0.450 0.008 0.017 0.465 3 R 0.042 0.004 0.012 0.836 0.020 0.018 0.067 4 F 0.033 0.001 0.014 0.902 0.010 0.011 0.029 5 M 0.029 0.001 0.008 0.941 0.003 0.005 0.012 6 A 0.012 0.001 0.004 0.973 0.002 0.004 0.005 7 L 0.011 0.001 0.003 0.977 0.002 0.004 0.004 8 A 0.003 0.001 0.002 0.990 0.001 0.003 0.001 9 L 0.009 0.001 0.006 0.967 0.002 0.016 0.001 10 C 0.015 0.001 0.007 0.950 0.003 0.023 0.002 11 F 0.025 0.001 0.007 0.890 0.008 0.063 0.004 12 V 0.018 0.004 0.007 0.813 0.015 0.118 0.024 13 L 0.014 0.003 0.008 0.732 0.051 0.056 0.136 14 P 0.011 0.003 0.052 0.642 0.041 0.082 0.169 15 T 0.013 0.006 0.101 0.699 0.044 0.079 0.059 16 A 0.015 0.005 0.128 0.709 0.033 0.059 0.051 17 A 0.012 0.004 0.215 0.640 0.017 0.083 0.030 18 H 0.020 0.003 0.140 0.570 0.030 0.208 0.030 19 A 0.028 0.007 0.150 0.452 0.058 0.195 0.110 20 A 0.050 0.044 0.033 0.256 0.212 0.125 0.280 21 S 0.026 0.020 0.017 0.148 0.112 0.063 0.615 22 L 0.001 0.001 0.125 0.802 0.005 0.055 0.012 23 K 0.001 0.001 0.146 0.760 0.008 0.074 0.011 24 D 0.001 0.001 0.167 0.741 0.009 0.045 0.035 25 F 0.002 0.002 0.038 0.877 0.016 0.041 0.024 26 E 0.003 0.004 0.029 0.822 0.009 0.088 0.045 27 L 0.002 0.001 0.019 0.898 0.009 0.035 0.036 28 S 0.002 0.001 0.010 0.939 0.008 0.017 0.023 29 K 0.001 0.001 0.013 0.947 0.007 0.023 0.009 30 M 0.001 0.001 0.007 0.960 0.005 0.017 0.011 31 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.002 32 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 33 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 34 V 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.008 0.001 35 A 0.001 0.001 0.013 0.958 0.002 0.024 0.002 36 K 0.003 0.001 0.022 0.886 0.005 0.077 0.006 37 E 0.005 0.003 0.029 0.771 0.019 0.127 0.046 38 S 0.009 0.009 0.025 0.301 0.179 0.159 0.319 39 S 0.010 0.011 0.021 0.090 0.266 0.262 0.340 40 V 0.012 0.006 0.010 0.035 0.337 0.410 0.190 41 G 0.015 0.006 0.004 0.025 0.474 0.216 0.260 42 T 0.042 0.019 0.001 0.021 0.222 0.010 0.685 43 P 0.103 0.039 0.024 0.166 0.050 0.040 0.578 44 R 0.281 0.023 0.067 0.263 0.128 0.051 0.188 45 A 0.356 0.030 0.112 0.162 0.103 0.050 0.188 46 I 0.414 0.065 0.072 0.151 0.106 0.058 0.134 47 N 0.260 0.030 0.064 0.116 0.105 0.107 0.319 48 E 0.029 0.004 0.515 0.183 0.034 0.152 0.083 49 D 0.023 0.003 0.567 0.164 0.042 0.145 0.057 50 I 0.027 0.014 0.670 0.074 0.041 0.133 0.041 51 L 0.179 0.034 0.123 0.063 0.226 0.140 0.236 52 D 0.139 0.014 0.079 0.052 0.183 0.215 0.318 53 Q 0.131 0.012 0.057 0.037 0.117 0.546 0.099 54 G 0.171 0.004 0.020 0.024 0.173 0.436 0.172 55 Y 0.644 0.039 0.010 0.019 0.040 0.031 0.218 56 T 0.784 0.031 0.002 0.013 0.011 0.017 0.142 57 V 0.689 0.033 0.006 0.014 0.045 0.047 0.165 58 E 0.463 0.022 0.010 0.020 0.075 0.284 0.126 59 G 0.115 0.003 0.043 0.019 0.159 0.596 0.065 60 N 0.288 0.010 0.075 0.024 0.176 0.209 0.218 61 Q 0.501 0.021 0.082 0.020 0.115 0.100 0.161 62 L 0.722 0.028 0.053 0.014 0.048 0.031 0.103 63 I 0.780 0.016 0.029 0.012 0.024 0.017 0.123 64 N 0.754 0.006 0.029 0.018 0.043 0.025 0.126 65 H 0.729 0.013 0.039 0.044 0.026 0.040 0.110 66 L 0.640 0.008 0.023 0.039 0.051 0.045 0.194 67 S 0.515 0.023 0.028 0.049 0.072 0.064 0.248 68 V 0.280 0.045 0.023 0.056 0.082 0.049 0.465 69 R 0.148 0.020 0.019 0.081 0.083 0.029 0.620 70 A 0.015 0.003 0.128 0.648 0.065 0.070 0.071 71 S 0.006 0.003 0.131 0.615 0.035 0.166 0.045 72 H 0.004 0.003 0.094 0.715 0.024 0.107 0.053 73 A 0.002 0.002 0.054 0.893 0.007 0.026 0.017 74 E 0.002 0.001 0.070 0.880 0.005 0.032 0.011 75 R 0.001 0.001 0.076 0.843 0.005 0.063 0.011 76 M 0.005 0.003 0.086 0.714 0.028 0.128 0.036 77 R 0.006 0.007 0.057 0.507 0.038 0.309 0.075 78 S 0.007 0.006 0.032 0.337 0.123 0.395 0.101 79 N 0.003 0.005 0.003 0.035 0.301 0.016 0.637 80 P 0.001 0.001 0.036 0.887 0.004 0.055 0.017 81 D 0.001 0.001 0.026 0.941 0.002 0.027 0.002 82 S 0.001 0.001 0.033 0.948 0.001 0.010 0.005 83 V 0.001 0.001 0.008 0.976 0.002 0.007 0.005 84 R 0.002 0.001 0.012 0.961 0.004 0.016 0.004 85 S 0.001 0.001 0.013 0.933 0.001 0.049 0.002 86 Q 0.003 0.001 0.014 0.913 0.006 0.040 0.023 87 L 0.010 0.006 0.036 0.776 0.038 0.065 0.070 88 G 0.008 0.005 0.074 0.592 0.051 0.218 0.050 89 D 0.008 0.002 0.134 0.439 0.076 0.290 0.051 90 S 0.026 0.010 0.144 0.411 0.101 0.194 0.115 91 V 0.045 0.031 0.118 0.370 0.118 0.199 0.119 92 C 0.045 0.031 0.092 0.217 0.142 0.261 0.213 93 S 0.023 0.015 0.048 0.229 0.203 0.268 0.213 94 N 0.014 0.011 0.019 0.268 0.242 0.091 0.356 95 T 0.005 0.003 0.024 0.649 0.062 0.190 0.066 96 G 0.009 0.006 0.018 0.792 0.032 0.092 0.050 97 Y 0.004 0.001 0.009 0.956 0.004 0.011 0.014 98 R 0.002 0.001 0.005 0.979 0.002 0.006 0.005 99 Q 0.002 0.001 0.005 0.983 0.002 0.005 0.003 100 L 0.005 0.001 0.012 0.970 0.002 0.007 0.004 101 L 0.008 0.001 0.016 0.944 0.004 0.022 0.005 102 A 0.024 0.003 0.028 0.808 0.021 0.106 0.011 103 R 0.007 0.001 0.019 0.212 0.025 0.729 0.007 104 G 0.012 0.001 0.007 0.014 0.047 0.874 0.045 105 A 0.094 0.005 0.005 0.006 0.049 0.029 0.812 106 I 0.693 0.012 0.006 0.005 0.088 0.010 0.186 107 L 0.952 0.002 0.002 0.002 0.005 0.002 0.035 108 T 0.972 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.020 109 Y 0.964 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.027 110 S 0.849 0.002 0.001 0.002 0.010 0.008 0.128 111 F 0.746 0.002 0.002 0.003 0.042 0.018 0.187 112 T 0.765 0.009 0.004 0.007 0.048 0.025 0.142 113 E 0.727 0.008 0.015 0.025 0.066 0.057 0.102 114 Y 0.681 0.011 0.016 0.032 0.059 0.074 0.128 115 K 0.550 0.012 0.023 0.041 0.065 0.108 0.201 116 T 0.366 0.011 0.012 0.038 0.126 0.117 0.330 117 N 0.331 0.012 0.011 0.056 0.160 0.105 0.325 118 Q 0.459 0.010 0.006 0.081 0.222 0.023 0.201 119 P 0.508 0.022 0.010 0.116 0.046 0.021 0.278 120 V 0.473 0.025 0.014 0.148 0.061 0.023 0.257 121 A 0.443 0.018 0.021 0.143 0.054 0.027 0.295 122 T 0.265 0.011 0.062 0.373 0.076 0.039 0.173 123 E 0.220 0.006 0.073 0.439 0.100 0.069 0.093 124 R 0.363 0.012 0.066 0.321 0.055 0.077 0.106 125 F 0.420 0.044 0.057 0.229 0.055 0.043 0.152 126 D 0.245 0.010 0.077 0.237 0.080 0.106 0.244 127 A 0.107 0.007 0.143 0.303 0.078 0.255 0.106 128 G 0.110 0.013 0.105 0.194 0.111 0.304 0.162 129 S 0.137 0.015 0.064 0.100 0.159 0.244 0.282 130 C 0.188 0.020 0.032 0.047 0.127 0.058 0.528 131 R 0.297 0.038 0.022 0.061 0.071 0.048 0.463 132 I 0.216 0.024 0.047 0.096 0.118 0.070 0.429 133 Q 0.110 0.010 0.045 0.072 0.142 0.287 0.335 134 G 0.057 0.008 0.034 0.029 0.253 0.300 0.318 135 K 0.063 0.024 0.007 0.016 0.121 0.030 0.739 136 K 0.021 0.006 0.002 0.004 0.020 0.004 0.944