# TARGET T0581 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0581.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.21195 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.643 0.050 0.095 0.081 0.026 0.015 0.046 0.017 0.014 0.013 0.001 2 S 0.849 0.023 0.062 0.040 0.005 0.010 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 3 R 0.892 0.032 0.021 0.033 0.005 0.007 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 4 F 0.875 0.027 0.031 0.041 0.003 0.014 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 5 M 0.903 0.029 0.016 0.032 0.004 0.008 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 6 A 0.909 0.022 0.024 0.022 0.004 0.010 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 7 L 0.950 0.012 0.010 0.022 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 A 0.953 0.017 0.009 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.978 0.008 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 C 0.979 0.007 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 F 0.956 0.009 0.003 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.809 0.031 0.020 0.116 0.003 0.007 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 13 L 0.641 0.067 0.137 0.021 0.007 0.031 0.018 0.002 0.075 0.002 0.001 14 P 0.860 0.003 0.102 0.012 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 15 T 0.953 0.004 0.011 0.025 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.933 0.006 0.008 0.043 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 A 0.886 0.015 0.024 0.062 0.003 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 18 H 0.829 0.025 0.035 0.088 0.005 0.006 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 19 A 0.691 0.047 0.073 0.140 0.012 0.011 0.012 0.006 0.007 0.001 0.001 20 A 0.512 0.085 0.200 0.137 0.021 0.017 0.013 0.004 0.008 0.003 0.001 21 S 0.241 0.111 0.392 0.069 0.081 0.060 0.008 0.004 0.021 0.012 0.001 22 L 0.928 0.005 0.011 0.045 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 23 K 0.915 0.007 0.015 0.054 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 24 D 0.777 0.006 0.017 0.178 0.002 0.007 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 25 F 0.649 0.057 0.109 0.109 0.015 0.020 0.023 0.006 0.009 0.002 0.001 26 E 0.716 0.043 0.092 0.040 0.011 0.051 0.025 0.003 0.016 0.003 0.001 27 L 0.945 0.005 0.007 0.034 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 S 0.980 0.002 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 K 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 M 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 K 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 V 0.983 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 A 0.961 0.002 0.009 0.023 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 K 0.964 0.003 0.010 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 E 0.668 0.006 0.016 0.301 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 38 S 0.332 0.050 0.352 0.180 0.037 0.015 0.007 0.008 0.012 0.007 0.001 39 S 0.439 0.045 0.092 0.248 0.022 0.040 0.056 0.030 0.018 0.009 0.001 40 V 0.260 0.093 0.173 0.429 0.017 0.008 0.011 0.002 0.006 0.002 0.001 41 G 0.096 0.007 0.061 0.069 0.041 0.003 0.062 0.533 0.002 0.126 0.001 42 T 0.032 0.247 0.546 0.004 0.020 0.027 0.004 0.001 0.118 0.001 0.001 43 P 0.129 0.005 0.774 0.005 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 44 R 0.459 0.140 0.263 0.052 0.031 0.021 0.010 0.007 0.014 0.002 0.001 45 A 0.327 0.173 0.323 0.045 0.065 0.031 0.010 0.006 0.012 0.005 0.003 46 I 0.383 0.258 0.204 0.072 0.039 0.027 0.003 0.001 0.012 0.002 0.001 47 N 0.220 0.141 0.255 0.074 0.034 0.179 0.012 0.002 0.080 0.004 0.001 48 E 0.944 0.009 0.012 0.023 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 49 D 0.875 0.005 0.011 0.084 0.001 0.009 0.010 0.002 0.003 0.001 0.001 50 I 0.859 0.013 0.010 0.106 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 51 L 0.701 0.058 0.108 0.084 0.009 0.021 0.010 0.001 0.006 0.002 0.001 52 D 0.761 0.028 0.046 0.110 0.008 0.014 0.024 0.003 0.005 0.001 0.001 53 Q 0.382 0.096 0.106 0.378 0.023 0.004 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 54 G 0.151 0.027 0.057 0.087 0.063 0.004 0.114 0.415 0.007 0.076 0.001 55 Y 0.050 0.349 0.442 0.028 0.043 0.046 0.009 0.001 0.029 0.002 0.001 56 T 0.070 0.451 0.385 0.017 0.021 0.042 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 57 V 0.088 0.625 0.136 0.042 0.022 0.033 0.002 0.001 0.052 0.001 0.001 58 E 0.049 0.190 0.645 0.019 0.019 0.027 0.018 0.001 0.027 0.004 0.001 59 G 0.081 0.011 0.050 0.021 0.070 0.010 0.249 0.363 0.003 0.142 0.001 60 N 0.547 0.084 0.099 0.177 0.028 0.023 0.021 0.007 0.010 0.003 0.001 61 Q 0.228 0.416 0.206 0.038 0.054 0.020 0.008 0.002 0.027 0.001 0.001 62 L 0.366 0.159 0.332 0.039 0.006 0.074 0.004 0.001 0.017 0.001 0.002 63 I 0.329 0.358 0.148 0.058 0.026 0.037 0.006 0.001 0.035 0.001 0.001 64 N 0.486 0.112 0.077 0.154 0.028 0.061 0.050 0.004 0.023 0.002 0.001 65 H 0.240 0.193 0.114 0.210 0.055 0.052 0.071 0.007 0.053 0.002 0.001 66 L 0.257 0.289 0.274 0.060 0.078 0.016 0.009 0.005 0.005 0.005 0.001 67 S 0.222 0.422 0.119 0.037 0.138 0.026 0.009 0.006 0.014 0.006 0.001 68 V 0.169 0.555 0.117 0.051 0.028 0.035 0.003 0.001 0.042 0.001 0.001 69 R 0.143 0.216 0.455 0.013 0.011 0.093 0.005 0.001 0.060 0.002 0.001 70 A 0.903 0.009 0.047 0.013 0.006 0.008 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 71 S 0.944 0.005 0.013 0.023 0.004 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 72 H 0.953 0.003 0.004 0.033 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 73 A 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 E 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 R 0.978 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 M 0.736 0.004 0.008 0.241 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 77 R 0.882 0.021 0.032 0.037 0.004 0.008 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 78 S 0.461 0.036 0.082 0.377 0.016 0.016 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 79 N 0.006 0.067 0.330 0.007 0.013 0.118 0.002 0.001 0.457 0.001 0.001 80 P 0.985 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 D 0.985 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 S 0.967 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 V 0.979 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 R 0.990 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 S 0.960 0.003 0.004 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 Q 0.848 0.010 0.022 0.099 0.001 0.006 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 87 L 0.567 0.021 0.112 0.276 0.002 0.009 0.003 0.003 0.006 0.001 0.001 88 G 0.397 0.030 0.162 0.051 0.040 0.009 0.068 0.115 0.006 0.123 0.001 89 D 0.435 0.047 0.162 0.272 0.027 0.021 0.020 0.007 0.005 0.003 0.001 90 S 0.393 0.141 0.149 0.090 0.175 0.012 0.009 0.014 0.007 0.010 0.001 91 V 0.319 0.342 0.082 0.167 0.037 0.025 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 92 C 0.171 0.350 0.226 0.077 0.042 0.063 0.012 0.001 0.053 0.003 0.001 93 S 0.120 0.145 0.329 0.166 0.055 0.113 0.030 0.006 0.028 0.005 0.001 94 N 0.061 0.103 0.272 0.052 0.052 0.220 0.056 0.003 0.174 0.006 0.001 95 T 0.800 0.011 0.052 0.114 0.005 0.005 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 96 G 0.817 0.002 0.012 0.024 0.007 0.001 0.010 0.075 0.001 0.052 0.001 97 Y 0.978 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 R 0.990 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 Q 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 L 0.987 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 L 0.968 0.005 0.004 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.928 0.012 0.017 0.033 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 103 R 0.565 0.018 0.048 0.356 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 104 G 0.091 0.002 0.011 0.040 0.016 0.001 0.168 0.637 0.002 0.032 0.001 105 A 0.105 0.200 0.548 0.038 0.069 0.025 0.003 0.002 0.005 0.005 0.001 106 I 0.054 0.693 0.167 0.019 0.036 0.017 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 107 L 0.029 0.702 0.151 0.014 0.053 0.024 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 108 T 0.021 0.748 0.153 0.007 0.029 0.025 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 109 Y 0.024 0.719 0.101 0.009 0.092 0.023 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 110 S 0.045 0.457 0.357 0.018 0.036 0.061 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 111 F 0.055 0.529 0.152 0.028 0.153 0.038 0.010 0.002 0.031 0.002 0.001 112 T 0.134 0.507 0.102 0.064 0.153 0.014 0.003 0.001 0.015 0.006 0.001 113 E 0.181 0.467 0.192 0.042 0.065 0.026 0.005 0.002 0.018 0.001 0.001 114 Y 0.174 0.336 0.225 0.115 0.054 0.040 0.018 0.004 0.032 0.002 0.001 115 K 0.211 0.334 0.154 0.080 0.034 0.055 0.039 0.004 0.087 0.002 0.001 116 T 0.244 0.193 0.226 0.213 0.057 0.015 0.022 0.003 0.007 0.020 0.001 117 N 0.059 0.026 0.044 0.251 0.024 0.034 0.444 0.094 0.016 0.008 0.001 118 Q 0.012 0.561 0.305 0.002 0.009 0.016 0.007 0.001 0.087 0.001 0.001 119 P 0.022 0.012 0.904 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 120 V 0.226 0.495 0.172 0.033 0.016 0.031 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 121 A 0.127 0.272 0.430 0.020 0.068 0.056 0.009 0.002 0.012 0.003 0.001 122 T 0.233 0.388 0.139 0.084 0.112 0.021 0.003 0.002 0.016 0.002 0.001 123 E 0.402 0.252 0.133 0.058 0.103 0.015 0.014 0.005 0.015 0.003 0.001 124 R 0.362 0.277 0.174 0.103 0.022 0.031 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 125 F 0.318 0.224 0.173 0.086 0.069 0.052 0.024 0.004 0.044 0.006 0.001 126 D 0.502 0.104 0.148 0.124 0.022 0.055 0.023 0.002 0.015 0.004 0.001 127 A 0.285 0.172 0.152 0.276 0.061 0.018 0.012 0.005 0.017 0.001 0.001 128 G 0.198 0.123 0.360 0.059 0.123 0.011 0.032 0.029 0.012 0.053 0.001 129 S 0.283 0.143 0.232 0.200 0.037 0.047 0.027 0.004 0.022 0.002 0.004 130 C 0.142 0.266 0.299 0.096 0.107 0.039 0.012 0.006 0.023 0.009 0.001 131 R 0.249 0.178 0.296 0.164 0.026 0.047 0.011 0.003 0.023 0.003 0.001 132 I 0.188 0.322 0.268 0.105 0.032 0.033 0.009 0.002 0.038 0.003 0.001 133 Q 0.214 0.122 0.391 0.139 0.026 0.025 0.049 0.007 0.019 0.008 0.001 134 G 0.088 0.032 0.103 0.068 0.089 0.010 0.187 0.341 0.006 0.075 0.001 135 K 0.166 0.262 0.324 0.160 0.024 0.030 0.009 0.003 0.020 0.001 0.001 136 K 0.092 0.277 0.381 0.054 0.069 0.034 0.032 0.016 0.021 0.022 0.001