# TARGET T0581 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0581.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.21195 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.030 0.048 0.018 0.010 0.045 0.010 0.027 0.590 0.138 0.072 0.015 2 S 0.015 0.060 0.023 0.006 0.034 0.011 0.021 0.652 0.129 0.041 0.008 3 R 0.006 0.013 0.005 0.002 0.015 0.004 0.016 0.824 0.104 0.010 0.003 4 F 0.012 0.013 0.004 0.001 0.019 0.003 0.016 0.841 0.076 0.010 0.005 5 M 0.005 0.006 0.002 0.001 0.009 0.001 0.009 0.849 0.103 0.013 0.002 6 A 0.004 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.911 0.062 0.004 0.001 7 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.921 0.055 0.002 0.001 8 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.015 0.926 0.046 0.003 0.001 9 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.876 0.102 0.005 0.001 10 C 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.874 0.098 0.006 0.001 11 F 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.880 0.094 0.008 0.001 12 V 0.004 0.006 0.002 0.001 0.007 0.002 0.021 0.773 0.158 0.024 0.003 13 L 0.003 0.016 0.004 0.001 0.008 0.001 0.008 0.878 0.078 0.002 0.001 14 P 0.002 0.007 0.001 0.001 0.004 0.002 0.018 0.907 0.056 0.002 0.001 15 T 0.003 0.006 0.002 0.002 0.003 0.005 0.030 0.849 0.088 0.011 0.001 16 A 0.004 0.006 0.002 0.003 0.005 0.006 0.018 0.766 0.152 0.036 0.003 17 A 0.005 0.028 0.004 0.002 0.013 0.007 0.028 0.715 0.178 0.018 0.003 18 H 0.012 0.009 0.003 0.003 0.013 0.007 0.064 0.617 0.136 0.120 0.018 19 A 0.041 0.035 0.011 0.004 0.055 0.013 0.087 0.322 0.180 0.214 0.037 20 A 0.060 0.272 0.080 0.018 0.185 0.018 0.038 0.155 0.071 0.071 0.033 21 S 0.029 0.533 0.204 0.004 0.106 0.001 0.003 0.069 0.018 0.024 0.008 22 L 0.005 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.552 0.404 0.021 0.004 23 K 0.002 0.018 0.006 0.002 0.005 0.004 0.012 0.805 0.132 0.012 0.002 24 D 0.007 0.006 0.001 0.001 0.011 0.001 0.007 0.766 0.109 0.089 0.003 25 F 0.006 0.025 0.011 0.001 0.017 0.002 0.005 0.832 0.082 0.017 0.003 26 E 0.023 0.022 0.008 0.001 0.021 0.002 0.009 0.783 0.056 0.055 0.020 27 L 0.003 0.007 0.002 0.001 0.005 0.001 0.002 0.835 0.105 0.039 0.002 28 S 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.940 0.043 0.004 0.001 29 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.961 0.030 0.002 0.001 30 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.020 0.005 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.044 0.005 0.001 32 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.032 0.001 0.001 33 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.971 0.019 0.003 0.001 34 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.939 0.044 0.011 0.001 35 A 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.824 0.140 0.023 0.001 36 K 0.001 0.007 0.002 0.001 0.002 0.003 0.041 0.841 0.098 0.006 0.001 37 E 0.007 0.017 0.008 0.003 0.020 0.014 0.150 0.509 0.120 0.142 0.010 38 S 0.087 0.370 0.134 0.004 0.283 0.002 0.012 0.040 0.023 0.024 0.020 39 S 0.055 0.039 0.030 0.015 0.044 0.036 0.070 0.352 0.174 0.144 0.040 40 V 0.015 0.327 0.143 0.056 0.073 0.016 0.070 0.088 0.071 0.124 0.016 41 G 0.027 0.028 0.067 0.170 0.020 0.058 0.025 0.036 0.052 0.374 0.142 42 T 0.013 0.560 0.231 0.012 0.105 0.004 0.008 0.038 0.017 0.007 0.004 43 P 0.198 0.152 0.036 0.004 0.261 0.006 0.019 0.121 0.108 0.036 0.060 44 R 0.055 0.121 0.033 0.015 0.116 0.039 0.102 0.254 0.175 0.065 0.027 45 A 0.177 0.171 0.036 0.003 0.270 0.005 0.018 0.145 0.047 0.074 0.055 46 I 0.126 0.246 0.052 0.025 0.233 0.029 0.026 0.098 0.036 0.068 0.061 47 N 0.100 0.321 0.197 0.018 0.195 0.003 0.003 0.045 0.019 0.063 0.034 48 E 0.005 0.009 0.003 0.001 0.010 0.001 0.004 0.630 0.322 0.013 0.002 49 D 0.006 0.014 0.004 0.002 0.010 0.003 0.018 0.776 0.134 0.028 0.005 50 I 0.004 0.005 0.001 0.002 0.008 0.005 0.032 0.686 0.184 0.070 0.002 51 L 0.026 0.030 0.015 0.003 0.040 0.006 0.024 0.609 0.188 0.042 0.015 52 D 0.018 0.028 0.022 0.009 0.026 0.014 0.070 0.407 0.192 0.199 0.014 53 Q 0.020 0.328 0.141 0.022 0.095 0.014 0.055 0.128 0.066 0.116 0.014 54 G 0.076 0.064 0.041 0.037 0.060 0.018 0.019 0.052 0.080 0.360 0.192 55 Y 0.091 0.319 0.085 0.011 0.319 0.007 0.020 0.049 0.035 0.036 0.028 56 T 0.178 0.251 0.064 0.003 0.375 0.004 0.009 0.038 0.014 0.021 0.041 57 V 0.122 0.160 0.114 0.037 0.189 0.063 0.063 0.107 0.051 0.047 0.046 58 E 0.036 0.061 0.093 0.139 0.045 0.105 0.175 0.204 0.060 0.053 0.029 59 G 0.011 0.066 0.131 0.204 0.026 0.046 0.016 0.155 0.113 0.211 0.021 60 N 0.021 0.048 0.016 0.017 0.050 0.020 0.035 0.408 0.227 0.138 0.020 61 Q 0.067 0.089 0.025 0.009 0.142 0.013 0.046 0.446 0.103 0.042 0.018 62 L 0.104 0.058 0.013 0.019 0.179 0.035 0.059 0.358 0.081 0.062 0.032 63 I 0.115 0.081 0.017 0.024 0.209 0.037 0.062 0.284 0.079 0.049 0.042 64 N 0.052 0.059 0.026 0.020 0.085 0.033 0.078 0.368 0.104 0.123 0.052 65 H 0.107 0.088 0.021 0.005 0.173 0.006 0.032 0.182 0.108 0.232 0.047 66 L 0.118 0.192 0.035 0.006 0.245 0.010 0.024 0.154 0.094 0.063 0.058 67 S 0.144 0.221 0.064 0.004 0.244 0.004 0.019 0.100 0.045 0.080 0.074 68 V 0.110 0.211 0.063 0.010 0.176 0.009 0.021 0.201 0.079 0.069 0.051 69 R 0.020 0.474 0.238 0.015 0.066 0.007 0.009 0.121 0.023 0.021 0.006 70 A 0.010 0.020 0.008 0.003 0.024 0.007 0.013 0.772 0.124 0.012 0.007 71 S 0.003 0.012 0.008 0.003 0.006 0.005 0.011 0.868 0.063 0.017 0.003 72 H 0.004 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.834 0.057 0.089 0.003 73 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.910 0.076 0.007 0.001 74 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.921 0.066 0.001 0.001 75 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.871 0.075 0.017 0.001 76 M 0.015 0.025 0.011 0.002 0.034 0.003 0.016 0.630 0.167 0.093 0.005 77 R 0.019 0.027 0.010 0.004 0.027 0.010 0.036 0.640 0.115 0.104 0.011 78 S 0.011 0.080 0.086 0.028 0.047 0.055 0.231 0.168 0.072 0.205 0.016 79 N 0.461 0.040 0.011 0.001 0.374 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.103 80 P 0.004 0.007 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.464 0.495 0.015 0.003 81 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.817 0.141 0.010 0.001 82 S 0.008 0.011 0.002 0.001 0.014 0.001 0.008 0.783 0.097 0.073 0.002 83 V 0.008 0.004 0.001 0.001 0.012 0.001 0.003 0.859 0.080 0.026 0.005 84 R 0.006 0.010 0.002 0.002 0.014 0.007 0.020 0.760 0.150 0.022 0.006 85 S 0.016 0.022 0.010 0.003 0.024 0.005 0.047 0.714 0.105 0.044 0.013 86 Q 0.021 0.025 0.016 0.007 0.031 0.020 0.126 0.562 0.095 0.085 0.010 87 L 0.061 0.155 0.071 0.038 0.076 0.014 0.026 0.241 0.095 0.177 0.046 88 G 0.026 0.031 0.028 0.098 0.032 0.100 0.088 0.317 0.153 0.098 0.030 89 D 0.023 0.081 0.043 0.027 0.065 0.040 0.083 0.352 0.190 0.079 0.018 90 S 0.109 0.066 0.025 0.009 0.142 0.007 0.038 0.254 0.153 0.142 0.057 91 V 0.068 0.075 0.017 0.009 0.118 0.024 0.077 0.307 0.183 0.084 0.038 92 C 0.079 0.204 0.049 0.011 0.172 0.015 0.047 0.196 0.086 0.081 0.058 93 S 0.054 0.083 0.046 0.035 0.061 0.064 0.076 0.161 0.110 0.236 0.074 94 N 0.117 0.176 0.097 0.039 0.202 0.024 0.028 0.091 0.045 0.127 0.054 95 T 0.014 0.106 0.106 0.036 0.036 0.040 0.051 0.369 0.139 0.089 0.015 96 G 0.004 0.015 0.022 0.022 0.005 0.006 0.011 0.701 0.099 0.105 0.011 97 Y 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.881 0.096 0.010 0.001 98 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.935 0.053 0.004 0.001 99 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.031 0.002 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.946 0.035 0.006 0.001 101 L 0.004 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 0.826 0.110 0.024 0.004 102 A 0.011 0.022 0.015 0.008 0.018 0.012 0.068 0.700 0.104 0.037 0.005 103 R 0.002 0.224 0.168 0.074 0.021 0.080 0.216 0.163 0.030 0.019 0.002 104 G 0.078 0.028 0.027 0.056 0.031 0.019 0.015 0.026 0.024 0.428 0.268 105 A 0.197 0.202 0.010 0.002 0.526 0.003 0.004 0.011 0.008 0.013 0.024 106 I 0.232 0.079 0.006 0.003 0.624 0.003 0.005 0.006 0.004 0.007 0.029 107 L 0.279 0.081 0.008 0.004 0.597 0.005 0.005 0.002 0.001 0.002 0.015 108 T 0.409 0.037 0.005 0.005 0.435 0.007 0.018 0.005 0.003 0.012 0.064 109 Y 0.169 0.241 0.027 0.004 0.503 0.004 0.003 0.005 0.003 0.008 0.035 110 S 0.265 0.154 0.019 0.002 0.434 0.001 0.004 0.007 0.005 0.033 0.075 111 F 0.354 0.094 0.014 0.011 0.282 0.013 0.012 0.014 0.022 0.050 0.134 112 T 0.040 0.277 0.201 0.096 0.166 0.059 0.043 0.046 0.042 0.019 0.010 113 E 0.234 0.100 0.034 0.016 0.236 0.030 0.049 0.085 0.059 0.074 0.083 114 Y 0.163 0.172 0.055 0.048 0.255 0.037 0.060 0.069 0.042 0.046 0.053 115 K 0.187 0.038 0.027 0.042 0.103 0.058 0.049 0.062 0.066 0.192 0.176 116 T 0.023 0.249 0.131 0.181 0.100 0.056 0.057 0.107 0.047 0.036 0.012 117 N 0.050 0.027 0.021 0.040 0.033 0.021 0.019 0.057 0.100 0.541 0.092 118 Q 0.008 0.414 0.402 0.019 0.085 0.005 0.009 0.042 0.012 0.003 0.001 119 P 0.220 0.224 0.036 0.002 0.374 0.002 0.011 0.064 0.013 0.009 0.044 120 V 0.164 0.157 0.076 0.027 0.212 0.039 0.073 0.108 0.043 0.047 0.055 121 A 0.119 0.227 0.081 0.033 0.247 0.031 0.029 0.121 0.036 0.039 0.037 122 T 0.099 0.237 0.070 0.031 0.214 0.024 0.025 0.133 0.069 0.065 0.033 123 E 0.116 0.114 0.046 0.014 0.175 0.015 0.044 0.263 0.104 0.072 0.039 124 R 0.096 0.128 0.035 0.015 0.158 0.025 0.074 0.242 0.086 0.087 0.054 125 F 0.115 0.294 0.067 0.022 0.251 0.014 0.016 0.078 0.045 0.053 0.045 126 D 0.075 0.186 0.134 0.021 0.116 0.019 0.037 0.196 0.085 0.082 0.047 127 A 0.070 0.096 0.028 0.012 0.103 0.013 0.035 0.248 0.212 0.137 0.045 128 G 0.053 0.173 0.079 0.030 0.137 0.034 0.063 0.216 0.131 0.056 0.028 129 S 0.110 0.076 0.031 0.009 0.137 0.009 0.038 0.110 0.108 0.280 0.092 130 C 0.144 0.219 0.057 0.005 0.344 0.004 0.008 0.076 0.057 0.050 0.037 131 R 0.145 0.122 0.052 0.012 0.187 0.027 0.057 0.167 0.084 0.080 0.069 132 I 0.112 0.124 0.080 0.048 0.152 0.030 0.052 0.131 0.085 0.129 0.056 133 Q 0.020 0.125 0.119 0.183 0.056 0.129 0.165 0.121 0.040 0.029 0.014 134 G 0.025 0.033 0.058 0.105 0.023 0.028 0.015 0.043 0.069 0.509 0.092 135 K 0.043 0.392 0.193 0.018 0.177 0.011 0.022 0.061 0.037 0.032 0.014 136 K 0.079 0.341 0.129 0.015 0.216 0.013 0.027 0.078 0.039 0.032 0.031